כדי להתחיל, השתמש בדפדפן אינטרנט כדי לבקר את charmm-gui. אתר האינטרנט של הארגון. צור והפעל את החשבון החינמי שלך לפני בניית ערכת הקבצים הראשונה שלך.
עבור לתפריט העליון, נווט אל מחולל הקלט ובחר בונה ממברנות מהאפשרויות הזמינות בצד שמאל של המסך. בחרו בבונה הדו-שכבתי כדי לבנות דו-שכבתי שומנים, ולאחר מכן בחרו במערכת הממברנות בלבד ואחסנו את מזהה העבודה שנוצר לגישה עתידית. דמיינו את המערכות בכל שלב בתהליך הבנייה על ידי לחיצה על מבנה התצוגה הממוקם בראש העמוד.
בדוק באופן עקבי רכיבים חסרים או שגיאות בגודל התיקון. בחרו באפשרות 'שומנים הטרוגניים', בין אם לבנות דו-שכבתי של רכיב אחד, ולאחר מכן בחרו סוג תיבה מלבנית. עבור הידרציה, בחר 45 מולקולות מים לכל שומנים, וזה מספיק עבור bilayer hydrated מלא.
עכשיו להגדיר את אורך XY מבוסס על מספר רכיבי השומנים. קבע את מספר השומנים הדרושים לכל מין שומנים בהתבסס על המודל המתוכנן מראש. כדי לייצג את הרשתית האנדופלסמית והתאים האיקריוטים, נעשה שימוש בשילוב של 336 DOPC, 132 DPPE, 60 כולסטרול ו-72 שומנים POPI במודל PI ואילו 330 DOPC, 126 DPPE, 54 כולסטרול, 66 POPI ו-24 שומנים ב-DOPS שימשו למודל PIPS.
הזן את מספר המולקולות הרצוי עבור העלעלים העליונים והתחתונים בשתי הקופסאות ליד שם השומנים כדי ליצור הרכב קרום סימטרי. לאחר מכן נווט לראש רשימת מיני השומנים והתחל את הפעולה על ידי לחיצה על הלחצן הצג את פרטי המערכת. באמצעות CHARMM-GUI, אמת את הספירה הכוללת של שומנים בכל עלון בשכבה הדו-שכבתית הסימטרית.
המשך ללחוץ על המסכים הבאים כדי להגדיר את הערכים הרצויים עבור טמפרטורה ולחץ עבור סימולציה ואת התחביר של קבצי הסימולציה על פי מנוע הדינמיקה המולקולרית הנבחר. למשל, GROMACS. הורד את הקבצים המתקבלים והעבר אותם לאשכול המחשבים.
השתמש בתוכנות נבחרות, לדוגמה, דינמיקה מולקולרית חזותית או PyMOL כדי להמחיש את המערכת הסופית.
