לאחר בניית קואורדינטות המערכת להדמיות דינמיקה מולקולרית, צור סקריפט הגשה כדי למזער ולהרפות את מערכת הקואורדינטות הבנויה. השתמש בפקודות המפורטות עד להערת הפקת האשטאג בקובץ README שסופק בפלט מ- CHARMM-GUI לסקריפט המסירה. הגש את סקריפט ההרפיה וודא שכל קובצי הפלט מהשלבים שלו הופקו לפני שמתקדמים להפעלת הייצור.
בסיום, אמת את נוכחותם של קבצי פלט עם סיומות שונות שנוצרו מ- GROMACS במהלך ריצת ההרפיה בת ששת השלבים. כדי לבצע השוואת ביצועים, צור מסלולים קצרים באורך ננו-שני ננו-שניות והערך את העלות החישובית באמצעות מספר משתנה של צמתי מחשוב. השווה את הביצועים בננו-שניות ליום עבור מספר שונה של צמתי מחשוב כדי לקבוע את המשאבים האופטימליים לריצה.
בחר את מספר הצמתים שתוצאתם רמת ביצועים בין 75% ל- 80% מהמקסימום. דחיסת קבצי מסלול גולמיים המסומנים כקבצי trr ב- GROMACS על ידי שינוי תבנית הקובץ לקבצי xtc או דילוג על מסגרות כדי להקטין את גודל הקובץ כדי להקל על העברה יעילה לתחנה המקומית לצורך תצוגה חזותית וניתוח. דמיינו את המסלול המלא לפני ביצוע ניתוח כלשהו כדי לזהות את המולקולות או האטומים המעניינים ולקבוע את חלק המסלול המיועד לאפיון.
לאחר מכן לקבוע את השטח לכל סדרת זמן שומנים עבור סימולציות ממברנה בלבד ולזהות את החלק של המסלול. ניתוח מבנה הממברנה גילה הבדל משמעותי בעובי בין שני המודלים עבור הרשתית האנדופלסמית, דבר המצביע על יחס הפוך בין השטח לשומנים לעובי הממברנה. פרמטרים של סדר דאוטריום של כל מין שומנים הראו כי אין כמעט הבדל בין סדר זנבות השומנים בין הדגמים למעט DPPE, אשר מראה עלייה קלה עבור זנב SN1 במודל PI.
הרכב שומנים ומודלים של ממברנות מווסתים אינטראקציות עם מולקולות אחרות. לדוגמה, סימולציות המשתמשות ביחסים שונים של ליפידים PC ו-PS הראו כי אינטראקציות אלקטרוסטטיות מניעות את הקישור הראשוני של D112, קטיון ליפופילי דה-לוקאלי לשומנים אניוניים, ואינטראקציות הידרופוביות מושכות את המולקולה לתוך ליבת הממברנה.
