כדי להתחיל, פתח את MATLAB. פתח את הקובץ test_parallel.mfile. במשתנה baseDir, ציין את מיקום התיקייה Raw Image Sequences.
הקצה את המשתנים numOfSlice עם המספר הכולל של רצפי תמונות ו- numOfImage עם מספר התמונות בכל רצף. בדוק את רצף התמונות של המישור האמצעי של לב דג הזברה. זהה את מספרי המסגרות של הסיסטולים הראשון והרביעי ברצף והקצה אותם למשתנים systolicpoint_1st ו- systolicpoint_4th.
לחץ על הפעל כדי להתחיל את שחזור ההדמיה. הורד את חבילת 3D Cell Tracker והגדר את Python Environment. הורד ופתח את תוכנת הביאור ITK-SNAP.
תייג ידנית את תמונת הלב התלת-ממדית בשתי נקודות זמן, האחת במהלך מערכת העצבים והשנייה במהלך הסיסטולה החדרית כדי ליצור מערכי נתונים של אימון ותיקוף. בפייתון, הפעל את תוכנית האימונים 3D Cell Tracker. בפונקציה תלת-ממדית של יחידת הדרכה, אתחל את פרמטרי noise_level, folder_path והמודל כדי להגדיר את מודל היחידה התלת-ממדית המוגדר מראש.
ב- MATLAB, השתמש ב- imageDimConverter. תוכנית M להמרה ושינוי שם ערכת נתוני ההדרכה והאימות לפורמט המתאים לטעינה. בפייתון השתמש במאמן.
load_dataset ומאמן. draw_dataset פונקציות לטעינת ערכות הנתונים של ההדרכה והתיקוף, בהתאמה. לאחר מכן הפעל את החלק הראשון של תוכנית האימונים 3D Cell Tracker והגדר את פרמטרי ההדמיה עבור פילוח תאים תלת-ממדי.
כעת ב- MATLAB, השתמש ב- imageDimConverter. m תוכנית להמיר ולשנות את כל תמונות הלב 3D לפורמט הנכון ולהעביר אותם לתיקיית הנתונים. בפייתון, הפעל את החלק השני של תוכנית 3D Cell Tracker כדי להתחיל סגמנטציה.
לאחר פילוח התמונה התלת-ממדית הראשונה, השווה את תוצאת הפילוח לתמונה הגולמית. העבר את הפילוח המתוקן לתיקיית אמצעי האחסון הידנית שנוצרה. ב- Python, הפעל את החלק השלישי של תוכנית 3D Cell Tracker לפילוח כל התמונות.
לאחר מכן, פתח את תוכנת Amira והשווה את המיקומים של תאים במעקב עם התמונות הגולמיות המתאימות שלהם להערכה חזותית של תוצאות מעקב. אמת ידנית את נתוני תוצאות המעקב אחר תאים ובחר תאים בעלי עוצמת תמונה עקבית בכל אמצעי האחסון. בתוכנת 3D Slicer, באמצעות תוויות תאים ל- OBJ.
סקריפט IPYNB, צור רשת שינוי של פני השטח והקצה קוד צבע ייחודי לכל תא. יצא כל מודל תלת-ממדי כקובץ OBJ יחיד עם תת-אובייקטים מרובים בליווי קובץ MTL כדי לתאר את תווית התא. ייבא את המודלים התלת-ממדיים לתוך Unity, באמצעות הרישיון החינוכי.
החל את הסקריפטים המותאמים אישית המורכבים מפונקציות שנכתבו ב- C#Program על המודלים ורכיבי ממשק המשתמש עבור הדמיה 4D וניתוח אינטראקטיבי.
