התחל על ידי הורדת המבנה של קומפלקס חלבון-חלבון. לשם כך, נווט אל דף הבית של בנק נתוני החלבונים והזן את מזהה PDB בתיבת החיפוש הראשית. בדף הראשי של המבנה, לחץ על הורדת קבצים ולאחר מכן על הרכבה ביולוגית 1 כדי להוריד את הקבצים בפורמט PDB-gz.
פתח את המבנה שהורדת ב- UCSF Chimera. נווט אל כלים, ולאחר מכן מבנה/עריכה, ולחץ על שינוי מזהי שרשרת. שנה את שם השרשרת השנייה, שסומנה בתחילה כ- A ל- B.לאחר מכן, לחץ על מועדפים, ולאחר מכן על לוח הדגם.
בחר את המודל עם שתי השרשראות, ולחץ על כפתור הקבוצה/פירוק הקבוצה כדי להפריד כל שרשרת לדגם אחר. לאחר מכן, בחר את שני הדגמים ולחץ על כפתור העתק/שילוב. הזן שם חדש עבור הדגם המשולב, סמן את סגור מודלים מקוריים ולחץ על אישור.
לחץ על בחר, לאחר מכן שרשרת, ואשר כי השרשראות בדימר מזוהות כעת כ- A ו- B.Click בקובץ, ושמור PDB כדי לשמור את המבנה הערוך כקובץ PDB חדש. לזיהוי מקטע המטרה בחלבון הליגנד, נווט אל שרת BUDE Alanine Scan. לחץ על כפתור בחירת הקובץ תחת מבנה, העלה והעלה את קובץ ה- PDB שנשמר.
בעמוד הבא, בדוק שהמבנה נטען כראוי והזן שם עבור המשימה בשרת. הגדר שרשראות A כקולטן, ו- B כליגנד, ולחץ על כפתור התחל סריקה כדי לשלוח את העבודה. לאחר סיום העבודה, לחץ על הצג תוצאות כדי לפתוח את דף התוצאות.
מרשימת השאריות, בחר את רצף השאריות הצפויות לקיים אינטראקציה טובה יותר עם משטח הקישור של המטרה. באמצעות פרוטוקול זה, נחזה מקטע חומצות אמינו המקיים אינטראקציה עם משטח קישור IRF5. באמצעות מוטגנזה חישובית של סריקת אלנין, נחזה מקטע של 13 חומצות אמינו ממיקומים 424 עד 436, כאשר מוטיב PLXIS מתחיל בארגינין 432.
