התחל בטעינת התמונות של שני האופנים. לשם כך, פתח את תוכנת הניתוח. כדי לטעון את תמונת CT A כשכבה תחתונה, עבור אל קובץ ואחריו על שכבה תחתונה ולחץ על טען שכבה תחתונה.
בתיבת הדו-שיח שמופיעה, בחר ופתח את קובץ התמונה. באופן דומה, לטעינת תמונת PET A כשכבת-על, לחצו על 'קובץ', 'כיסוי-על', 'טען כיסוי' ובחרו בקובץ התמונה לפתיחתו. למיזוג מבוסס סמן, הסתירו את הכיסוי התחתון באמצעות ניווט אל תצוגת תפריט, תצוגה ושכבה.
לאחר מכן בטלו את הסימון של Overlay והשאירו את Underlay. העבירו את השכבה שנבחרה לשכבה התחתונה במידת הצורך. להצגת תצוגות פרוסה מרובות, הקישו Alt ועוד A לתצוגות העטרה, Alt ו- S לקשת ו- Alt ו- Alt בתוספת C לתצוגות העטרה.
במידת הצורך, הקש Control בתוספת W וכוונן את הפסים האנכיים השמאלי והימני בתיבת הדו-שיח של החלון כדי לראות טוב יותר את הפידוקיאלים. לחץ על אישור כדי לסגור את הדו-שיח. לחץ על סמל הסמן בסרגל הכלים האנכי בצד שמאל כדי להפעיל את מצב הפעולה של העכבר, צור סמן.
נווט אל אחד הפידוקים של הפנטום. מקם את מצביע העכבר במרכזו ולחץ באמצעות לחצן העכבר השמאלי. בחר אישור כדי לשמור את הסמן.
מקם את מצביע העכבר מעל התצוגה של מישור והשתמש בקיצור Alt ובגלגל העכבר כדי לפרוס בין המישורים. התאימו את הגדרות התצוגה באמצעות ניווט אל 'תפריט', 'תצוגה', 'תצוגת שכבה' וסימון 'כיסוי-על' להצגת הכיסוי. העבירו את השכבה שנבחרה ל'כיסוי'.
התאם את החלון כפי שמוצג במידת הצורך. נווט לכל פידוקיאל של הפנטום. מקם את מצביע העכבר במרכז הלחיצה השמאלית והפידוקיאלית.
לחץ על אישור כדי לשמור את הסמן. מקם את מצביע העכבר מעל התצוגה של מישור והשתמש בקיצור Alt ובגלגל העכבר כדי לפרוס בין המישורים. יישרו את הסמנים של 'שכבה תחתונה' ו'שכבת-על' על-ידי ניווט אל 'מיזוג', ולאחר מכן 'רשום שכבת-על לשכבה תחתונה' ובחרו באפשרות 'סיבוב חישוב ותרגום'.
שים לב למדידה זו ולחץ על אישור. בדוק את תוצאת היישור. כפי שהודגם קודם לכן, הפעל את התצוגות של שכבות כיסוי תחתון ושכבת-על. לחץ על הסמל בסרגל הכלים האנכי בצד שמאל כדי להפעיל את מצב העכבר מיזוג תמונה אינטראקטיבי.
בדוק שכבת-על, בטל את הסימון של שכבה תחתונה וסגמנטציה. בצע תרגום על-ידי הצבת מצביע העכבר קרוב למרכז תצוגה. החזק את לחצן העכבר השמאלי והזז את העכבר כדי להזיז את שכבת העל.
בצע סיבוב על-ידי מיקום המצביע קרוב לקצה תצוגה, צירית, עטרה או קשת. החזק את לחצן העכבר השמאלי והזז את העכבר כדי לסובב את שכבת העל. המשך לבצע סיבובים ותרגומים בתצוגות השונות עד שהשכבה התחתונה והשכבת-על יתיישרו בצורה הטובה ביותר האפשרית.
צור ושמור את שינוי הצורה הדיפרנציאלי באמצעות ניווט ב'מיזוג', 'שינוי צורה של שכבת-על' ובחר 'צור ושמור שינוי צורה דיפרנציאלי'. בתיבת הדו-שיח הראשונה, בחר את קובץ הכיסוי המקורי ולחץ על פתח. בתיבת הדו-שיח השנייה, הזן שם קובץ לשינוי הצורה הדיפרנציאלי ולחץ על Save.
