Author Spotlight: תוכנה יעילה וחזקה למיזוג אוטומטי של שיטות הדמיה פרה-קליניות מרובות

אנו מפתחים כלי תוכנה לדימות פרה-קליני, כולל שחזור תמונה, איחוי, סגמנטציה וכימות. התוכנה שלנו אמורה להיות ידידותית למשתמש, יעילה ותואמת לכל מכשיר הדמיה של בעלי חיים קטנים כדי לאפשר ניתוח כמותי ניתן לשחזור של נתוני התמונה הרב-מודאליים שנרכשו. אוטומציה היא נושא חשוב בתחום שלנו מכיוון שניתוח ידני הוא לעתים קרובות גוזל זמן רב מדי, נוטה לשגיאות וכמעט שאינו ניתן לשחזור.

אוטומציה מבוססת תוכנה יכולה להפוך את הניתוח ליעיל וניתן לשחזור, אך האתגר הוא להפוך את האוטומציה לחזקה מספיק. מכשירי הדמיה של בעלי חיים קטנים מספקים נתוני תמונה נפחית של עכברי מעבדה מורדמים וחולדות, ומאפשרים הערכה לא פולשנית של שינויים פתולוגיים ופיזיולוגיים. התקנים רב-מודאליים משולבים משלבים את החוזקות של שיטות מרובות, כגון Micro-CT ו- PET.

ניתן גם לשלב שני מכשירים נפרדים. פיתחנו תוכנה למיזוג אוטומטי של שיטות מיוחדות, כגון Micro-CT ו- FMT. סיפקנו גם תוכנה יעילה למיזוג תמונות אינטראקטיבי, והגדרנו פורמט קובץ חדש לאחסון נתוני התמונה, תוך התחשבות בהיבטים של אוצרות נתונים.

בשנה שעברה פרסמנו גישה לגידור נשימתי רטרוספקטיבי תחת הגדרות תפוקה גבוהה. הפרוטוקול שלנו שוכן במטריצת טרנספורמציה, אשר נוצרת באמצעות שלב כיול הכולל מבנים גלויים כגון סמנים פידוקיאליים. לאחר מכן, מיזוג התמונה יכול להיות אוטומטי באמצעות מטריצת טרנספורמציה זו, אשר מבטלת את הצורך בסמנים.