כדי להתחיל, הצמד גוניומטר דו-צירי עם צלחת טיטניום ללוח הבמה למיקום XY מתחת למיקרוסקופ. הפעל את תוכנת הסריקה, הגדר פיקסלים ל- 512 על 512 דו-כיווני לשימוש בעדשת 20X אובייקטיבית. לאחר ביצוע ניתוח חלון הגולגולת, הניחו את הגור המבטא GCaMP בצד אחד של חצי הכדור על כרית החימום.
באמצעות ברגים, חבר את מוט הטיטניום לצלחת הטיטניום. לאחר מכן התאם את זווית החלון אופקית באמצעות הגוניומטר. האר את פני השטח של המוח עם התאורה האחורית ובחר את אזור ההדמיה באמצעות מיקום XY עם עדשה אובייקטיבית 5X.
תחת עדשת טבילה במים 20X, יש לתת טיפות עיניים לחלון הגולגולת. לאחר השבתת התאורה האחורית, סרוק את פני השטח של המוח במצב פוטון אחד. הגדל את עוצמת הלייזר כדי לדמיין את האוטופלואורסצנטיות הירוקה מפני השטח של הזכוכית והמוח.
כסו את המיקרוסקופ כדי למנוע הפרעות אור חיצוניות. הפעל את תוכנת הסריקה למצב שני פוטונים להדמיה. לאחר מכן כייל את עוצמת הלייזר ואת רווח הגלאי כדי להמחיש בצורה אופטימלית אותות GCaMP.
אתר את העומק באזור הדמיה המאוכלס בתאי עצב רבים המבטאים GCaMP והתחל דימות בהילוך מהיר כדי ללכוד אותות GCaMP. מיקרוסקופ של שני פוטונים חשף פעילות נוירונים בשכבה הרביעית בקליפת המוח של גור יום שישי לאחר הלידה עם פלואורסצנטיות ירוקה. ה-GCaMP הירוק היה בולט יותר, וכתוצאה מכך זליגת אות לערוץ האדום וזיהוי של 14 אזורי עניין.