כדי להתחיל, לחלץ DNA מרקמת הצמח ולקבוע את ריכוז ה- DNA. הגדר את התגובה לאחר הוספת כל הרכיבים הדרושים לצינור צנטריפוגה של 0.2 מיליליטר. לאחר הגברת הפריימר, טען שלושה מיקרוליטרים של מוצר PCR ושני מיקרוליטרים של סמן DNA של זוג בסיס 5, 000 לבארות של ג'ל אגרוז.
הגדר את המתח ל -120 וולט, את הזרם ל -400 מיליאמפר והפעל את האלקטרופורזה למשך 40 דקות. השתמש במערכת ניתוח תמונות ג'ל רב-תכליתית כדי להציג ולנתח את תוצאות הג'ל. לאחר הפעלת הדגימה באמצעות יחידת רצף, בחר צור פרויקט חדש ולחץ על אישור כדי לעבור לדף הבית של התוכנה.
בתפריט קובץ, בחר ייבוא והוספה של דוגמאות. בחר בקובץ תבנית מעקב אחר רצף וייבא אותו כקובץ שיעובד תחת דגימות שלא הורכבו. בחר Contig.
לאחר מכן עבור אל הרכבה מתקדמת ובחר הרכיב בקבוצות. כשמופיעה תיבת הדו-שיח המבקשת להגדיר שמות, שנה את שם הקובץ במקטע define sample name parts ולחץ על Assemble כדי להציג את הרצף המיושר. בחר/י ״בצע״, בחר/י ״חפש רצף״ ולחץ/י על ״אישור״ כדי למצוא את הרצף התואם.
בחר/י ״Contig״ ולאחר מכן בחר/י ״מחק״ כדי להסיר את האזורים 5.8S ו-28S, יחד עם רצפים באיכות נמוכה. יצא את הפלט עם רצפי השחבור לצורך התאמה. בחר חיפוש BLAST באמצעות מסד הנתונים Nucleotide ב- NCBI.
בחר את כלי זיהוי המינים ואת הפריימר הספציפי ITS-2, המתאים למסד הנתונים הגנומי של הפרמקופיאה העולמית. הורד רצפים של שלושה מינים של אנג'ליקה ומין אחד של Peucedanum praeruptorum כקבוצת חוץ מ- NCBI. נתח רצפים אלה יחד עם רצפי התוצאות שהתקבלו.
לאחר מכן לחץ על קובץ. בחר פתח קובץ או הפעלה כדי לייבא את הקובץ ותופיע תיבת דו-שיח. בחר Align ואחריו DNA ובחר Align by ClustalW להשוואת רצפים.
נווט אל פילוגניה ולחץ על בנה עץ חיבור של שכן מבחן כדי ליצור עץ פילוגנטי. תוצאות אלקטרופורזה בג'ל הראו פסים שקופים בודדים סביב 500 זוגות בסיסים עבור דגימות AS1, AS2 ו-AS3, ללא פסים בבקרה השלילית, מה שמצביע על הגברה מוצלחת של הדנ"א שחולץ. תוצאות הריצוף זיהו את Angelica sinensis עם דמיון של 100% ברצף באמצעות BLAST, תוך התאמת התוצאות ממסד הנתונים GPGD.
בניתוח פילוגנטי, רצפי השחבור מקובצים עם Angelica sinensis OR8797150.1, עם ערך תמיכה של 100, המוכיח את הזיהוי כאנג'ליקה סיננסיס.
