חבר מועצת ד&quot;ר סטיבן, ד&quot;ר דוד ליף, וארין Macri הם הכירו תודה לעזרה עם מיקרוסקופ. מחקר זה מומן באמצעות מענק מגידולי המחקר יוזמת מיוחד NIFA, משרד החקלאות פרס גרנט SCRI-SREP מס 2,009-02,484. ריאנה Kinash, קווין Kinloch, מייגן לאונרד ג&#39;וזף מק &#39;קול, מריה McSharry וניקול Sallee סיפק סיוע טכני מעולה ודיונים מתחשבים.

<ol>
	<li>Gregory, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environmental+implications+of+plastic+debris+in+marine+settings+-+entanglement,+ingestion,+smothering,+hangers-on,+hitch-hiking+and+alien+invasions.">Environmental implications of plastic debris in marine settings - entanglement, ingestion, smothering, hangers-on, hitch-hiking and alien invasions.</a> Philosophical Transactions of the Royal Society. 364, 2013-2025 (2009).</li><li>Teuten, E. L., Saquing, J. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transport+and+release+of+chemicals+from+plastics+to+the+environment+and+to+wildlife.">Transport and release of chemicals from plastics to the environment and to wildlife.</a> Philosophical Transactions of the Royal Society. 364, 2027-2045 (2009).</li><li>Thompson, R. C., Moore, C. J., vom Saal, F. S., Swan, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plastics+the+environment+and+human+health:+current+consensus+and+future+trends.">Plastics the environment and human health: current consensus and future trends.</a> Philosophical Transactions of the Royal Society. 364, 2153-2166 (2009).</li><li>ASTM D 883. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Standard terminology relating to plastics. , (1991).</li><li>SO 472. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Plastics - vocabulary, amendment 3. General terms and terms relating to degradable plastics. , (1993).</li><li>Krzan, A., Hemjinda, S., Miertus, S., Corti, A., Chiellini, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standardization+and+certification+in+the+area+of+environmentally+degradable+plastics.">Standardization and certification in the area of environmentally degradable plastics.</a> Polymer Degradation and Stability. 91, 2819-2833 (2006).</li><li>Shogren, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biodegradable+mulches+from+renewable+resources.">Biodegradable mulches from renewable resources.</a> Journal of Sustainable Agriculture. 16, 33-47 (2000).</li><li>Takakura, T., Fang, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Climate under cover. , 1-10 (2001).</li><li>Miles, C., Hayes, D., Brodhagen, M., Lee, J., Wszelaki, A., Moore-Kucera, J., Wallace, R., Marsh, T., Inglis, D., van Steenbergen, F., Tuinhof, A., Knoop, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plastic+mulches,+biodegradable+alternatives,+China+and+US.">Plastic mulches, biodegradable alternatives, China and US.</a> Transforming Landscapes, Transforming Lives: The Business of Sustainable Water Buffer Management. , (2011).</li><li>Song, J. H., Murphy, R. J., Narayan, R., Davies, G. B. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biodegradable+and+compostable+alternatives+to+conventional+plastics.">Biodegradable and compostable alternatives to conventional plastics.</a> Transactions of the Royal Society B. 364, 2127-2139 (2009).</li><li>Hayes, D. G., Dharmalingam, S., Wadsworth, L. C., Leonas, K. K., Miles, C., Inglis, D. A., Khemani, K. C., Scholz, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biodegradable+agricultural+mulches+derived+from+biopolymers.">Biodegradable agricultural mulches derived from biopolymers.</a> Degradable polymers and materials, principles and practice. ACS Symposium Series. 1114, 201-223 (2012).</li><li>Ojeda, T. F. M., Dalmolin, E., Forte, M. M. C., Jacques, R. J. S., Bento, F. M., Camargo, F. A. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Abiotic+and+biotic+degradation+of+oxo-biodegradable+polyethylenes.">Abiotic and biotic degradation of oxo-biodegradable polyethylenes.</a> Polymer Degradation and Stability 94. , 965-970 (2009).</li><li>van der Zee, M., Lendlein, A., Sisson, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analytical+methods+for+monitoring+biodegradation+processes+of+environmentally+degradable+polymers.">Analytical methods for monitoring biodegradation processes of environmentally degradable polymers.</a> Handbook of Biodegradable Polymers. , 263-281 (2011).</li><li>Narayan, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Misleading+claims+and+misuse+of+standards+continues+to+proliferate+in+the+nascent+bioplastics+industry+space.">Misleading claims and misuse of standards continues to proliferate in the nascent bioplastics industry space.</a> BioPlastics. 01/10, (2010).</li><li>ASTM D 5338-98. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standard+test+method+for+determining+aerobic+biodegradation+of+plastic+materials+under+controlled+composting+conditions.">Standard test method for determining aerobic biodegradation of plastic materials under controlled composting conditions.</a> Annual Book of ASTM Standards. , 504-509 (1998).</li><li>ASTM D 5988-03. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standard+test+method+for+determining+aerobic+biodegradation+in+soil+of+plastic+materials+or+residual+plastic+materials+after+composting.">Standard test method for determining aerobic biodegradation in soil of plastic materials or residual plastic materials after composting.</a> Annual Book of ASTM Standards. , 354-358 (2003).</li><li>ASTM D 6954-04. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standard+guide+for+exposing+and+testing+plastics+that+degrade+in+the+environment+by+a+combination+of+oxidation+and+biodegradation.">Standard guide for exposing and testing plastics that degrade in the environment by a combination of oxidation and biodegradation.</a> Annual Book of ASTM Standards. , 748-753 (2004).</li><li>ASTM G21-96. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standard+practice+for+determining+resistance+of+synthetic+polymeric+materials+to+fungi.">Standard practice for determining resistance of synthetic polymeric materials to fungi.</a> Annual Book of ASTM Standards. , 433-437 (2002).</li><li>ISO 846. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Plastics - evaluation of the action of microorganisms. , 1-22 (1997).</li><li>Russell, J. R., Huang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biodegradation+of+polyester+polyurethane+by+endophytic+fungi.">Biodegradation of polyester polyurethane by endophytic fungi.</a> Applied and Environmental Microbiology. 77, 6076-6084 (2011).</li><li>Maeda, H., Yamagata, Y., Abe, K., Hasegawa, F., Machida, M., Ishioka, R., Gomi, K., Nakajima, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Purification+and+characterization+of+a+biodegradable+plastic-degrading+enzyme+from+Aspergillus+oryzae.">Purification and characterization of a biodegradable plastic-degrading enzyme from Aspergillus oryzae.</a> Applied Microbiology and Biotechnology. 67, 778-788 (2005).</li><li>Tokiwa, Y., Calabia, B. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biodegradability+and+biodegradation+of+poly(lactide.">Biodegradability and biodegradation of poly(lactide.</a> Applied Microbiology and Biotechnology. 72, 244-251 (2006).</li><li>Karjomaa, S., Suortti, T., Lempi&#228;inen, R., Selin, J. -. F., It&#228;vaara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+degradation+of+poly-(L-lactic+acid)+oligomers.">Microbial degradation of poly-(L-lactic acid) oligomers.</a> Polymer Degradation and Stability. 59, 333-336 (1998).</li><li>Miles, C., Wallace, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deterioration+of+potentially+biodegradable+alternatives+to+black+plastic+mulch+in+three+tomato+production+regions.">Deterioration of potentially biodegradable alternatives to black plastic mulch in three tomato production regions.</a> HortScience. 47 (9), 1270-1277 (2012).</li><li>Hedh, J., Wallander, H., Erland, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ectomycorrhizal+mycelial+species+composition+in+apatite+amended+and+non-amended+mesh+bags+buried+in+a+phosphorus-poor+spruce+forest.">Ectomycorrhizal mycelial species composition in apatite amended and non-amended mesh bags buried in a phosphorus-poor spruce forest.</a> Mycological Research. 112, 681-688 (2008).</li><li>Wallander, H., Hagerberg, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Do+ectomycorrhizal+fungi+have+a+significant+role+inweathering+of+minerals+in+forest+soil?.">Do ectomycorrhizal fungi have a significant role inweathering of minerals in forest soil?.</a> , (2003).</li><li>Hehemann, J. -. H., Correc, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biochemical+and+structural+characterization+of+the+complex+agarolytic+enzyme+system+from+the+marine+bacterium+Zobellia+galactanivorans.">Biochemical and structural characterization of the complex agarolytic enzyme system from the marine bacterium Zobellia galactanivorans.</a> Journal of Biological Chemistry. 287, 30571-30584 (2012).</li><li>Stanier, R. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studies+on+marine+agar-digesting+bacteria.">Studies on marine agar-digesting bacteria.</a> Journal of Bacteriology. 42 (4), 527-559 (1941).</li><li>Hirsch, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+life+at+extremely+low+nutrient+levels.">Microbial life at extremely low nutrient levels.</a> Advances in Space Research. 6, 287-298 (1986).</li><li>Wainwright, M., Adam, T., Barakah, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+review+of+the+role+of+oligotrophic+micro-organisms+in+biodeterioration.">A review of the role of oligotrophic micro-organisms in biodeterioration.</a> International Biodeterioration and Biodegradation. 31, 1-13 (1993).</li><li>Wainwright, M., Barakah, R., Al-Turk, I., Ali, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Oligotrophic+micro-organisms+in+industry,+medicine,+and+the+environment.">Oligotrophic micro-organisms in industry, medicine, and the environment.</a> Science Progress. 75, 313-322 (1991).</li><li>Parkinson, S. M., Wainwright, M., Killham, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Observations+on+oligotrophic+growth+of+fungi+on+silica+gel.">Observations on oligotrophic growth of fungi on silica gel.</a> Mycological Research. 93 (4), 529-534 (1989).</li><li>Hill, T., Kafer, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+protocols+for+Aspergillus+minimal+medium:+trace+element+and+minimal+medium+salt+stock+solutions.">Improved protocols for Aspergillus minimal medium: trace element and minimal medium salt stock solutions.</a> Fungal Genetics Newsletter. 48, 20-21 (2001).</li><li>Hutner, S. H., Provasoli, L., Schatz, A., Haskins, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Some+approaches+to+the+study+of+the+role+of+metals+in+the+metabolism+of+microorganisms.">Some approaches to the study of the role of metals in the metabolism of microorganisms.</a> Proceedings of the American Philosophical Society. 94, 152-170 (1950).</li><li>Affeldt, K. J., Brodhagen, M., Keller, N. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aspergillus+oxylipin+signaling+and+quorum+sensing+pathways+depend+on+G+protein-coupled+receptors.">Aspergillus oxylipin signaling and quorum sensing pathways depend on G protein-coupled receptors.</a> Toxins. 4, 695-6171 (2012).</li><li>Sambrook, J., Russell, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Molecular cloning: a laboratory manual. , (2001).</li><li>Marzluf, G. A., Reddy, C. A., Beveridge, T. J., Breznak, J. A., Marzluf, G. A., Schmidt, T. M., Snyder, L. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Physiology,+metabolism,+and+molecular+aspects+of+filamentous+fungi.">Physiology, metabolism, and molecular aspects of filamentous fungi.</a> Methods for General and Molecular Microbiology. , 952-964 (2007).</li><li>Peters, J. E., Reddy, C. A., Beveridge, T. J., Breznak, J. A., Marzluf, G. A., Schmidt, T. M., Snyder, L. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+transfer+in+Gram-negative+bacteria.">Gene transfer in Gram-negative bacteria.</a> Methods for General and Molecular Microbiology. , 735-755 (2007).</li><li>Yabannavar, A. V., Bartha, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+assessment+of+biodegradability+of+plastic+films+in+soil.">Methods for assessment of biodegradability of plastic films in soil.</a> Applied and Environmental Microbiology. 60 (10), 3608-3614 (1994).</li></ol>

החוקרים מצהירים כי אין להם אינטרסים כלכליים מתחרים.

ההליך מתואר במסמך זה מייצג את הטכניקה הראשונה לעבור לבידוד degraders BDM הפוטנציאלי מהקרקע, והצלחה היה בשימוש כדי לבודד פטריות מBDMs קבורות באדמה במשך שבעה חודשים. פטריות גדלו כאשר reinoculated על חומר BDM טרי מאותו הסוג, המציינות את הפטריות המבודדות אכן היו מתיישבים, ושהסרטים לא ה?...

השפלה היסטורי נחשבת תכונה לא רצויה של פולימרים פלסטיק, כי התמוטטות מקצרת את תוחלת החיים של מוצר ועמידות. לאחרונה, מודעות לבעיות הסביבתיות שהוצגו על ידי פסולת פלסטיק בסביבה הטבעית 1,2,3 הפכה פלסטיק מתכלה חלופה אטרקטיבית לחומרים פלסטיים קונבנציונליים. השפלה (שהוגדר כשינויים מבניים, פיצול, והפחתה במשקל מולקולרי, יושרה, וכוח 4,5) מתרחשת דרך סדרה של אירועים, כולל שני התהליכים אביוטי (תרמית מתח, צילום חמצון, הידרוליזה, שחיקה ולחץ מכאני), והשפלה ביולוגית 6. בעוד תהליכים אביוטי יכולים לשנות את הגודל והמאפיינים של שבר פלסטיק, מיקרואורגניזמים נחוצים למינרליזציה האולטימטיבית שלהם למים ופחמן דו חמצני (בתנאים אירוביים) ו / או מתאן (בתנאים אנאירוביים). נישה משמעותית עבור<html> פלסטיק מתכלה קיים בחקלאות, שבו mulches פלסטיק משמש כדי למנוע צמיחת עשב, כדי לשמור על לחות קרקע ולהגדיל את טמפרטורת קרקע 7,8. מאות אלפי דונמים בארצות הברית לבדה מכוסים בפלסטיק mulches 9, כולל mulches מורכב מפלסטיק מתכלה. בעקבות עונת גידול יבול, האפשרויות לסילוק mulches מתכלה (BDMs) כוללות סילוק במזבלה, שריפת אנרגיה להתאוששות 10, השפלה באמצעות קומפוסט, או השפלה באדמה אחרי החריש 11. מבין אלה, הגורל עתיר עבודה לפחות הוא חורש BDMs לתוך האדמה, אך ללא השפלה יעילה ומינרליזציה במהלך חודשים שאינם הצומח (בדרך כלל בחורף), שברי פלסטיק יכולים להישאר ולהפריע לציוד חקלאי בחריש באביב ובשתילה, ו להתמיד בסביבה שבה הם להשפיע באופן משמעותי חיות הבר, מפעל חיים, וחיידקי 1,2,3,10. ss = &quot;jove_content&quot;&gt; למרות שמוצרי פלסטיק רבים, כוללים סרטים מאלצים חקלאיים, לשאת את התווית &quot;מתכלה&quot; או &quot;compostable&quot;, בפועל, השפלה ומינרליזציה עשויה להיות לא יעילים ו / או לא מלאים מדי מכדי שפירוק ב- אדמה להיות חלופה לסילוקם של מוצרים אלה. לדוגמה, פוליאתילן אוקסו מתכלה השיג רק 12.4% מינרליזציה לאחר שנה אחת של בליה ושלושה חודשים שלאחר מכן ב58 מעלות צלזיוס קומפוסט, ופחות ממחצית הסכום ששל מינרליזציה התרחש כאשר טמפרטורת הקומפוסט הייתה 25 מעלות צלזיוס 12. בחורף, טמפרטורת קרקע ברוב המקומות תהיה נמוכה יותר מאשר באחת מהטמפרטורות האלה, וכתוצאה מן הסתם בפעילות חיידקים אפילו נמוכה יותר וכתוצאה מכך, פחות מינרליזציה. בנוסף להאטת שיעורי השפלה, שימוש לרעה במושג &quot;מתכלה&quot; הובילה לחוסר אמון של מוצרים אלה על ידי צרכני 13,14, כולל אלה בתעשייה החקלאית. פירוק ביולוגי הוא הגיורשל פולימרים לפחמן דו חמצני (ו / או מתאן) ומים 14 טבעיים המתחוללים על ידי מיקרואורגניזמים 4. לכן, יש למדוד פירוק ביולוגי כימי; העמותה הפיסית של מיקרואורגניזמים עם מצע אינה מעיד השפלה המיקרוביאלי של חומר זה. כחלק ממאמץ לבחינת שימוש בר קיימא של BDMs בחקלאות, מחקר זה התמקד בגילוי מיקרואורגניזמים ילידים לקרקעות חקלאיות שליישב ולבזות BDMs, זמין מסחרי. שיטות בדיקה סטנדרטיות כבר פורסם למדידה כימית הפירוט של פלסטיק מתכלה באמצעות אביוטי וביולוגי 15,16,17. עם זאת, שיטות אלה אינן מטפלות בשפלה של פלסטיק על ידי מינים של חיידקים בודדים, או לספק שיטות לבידוד שלהם. מתודולוגיה דומה בזאת באופן הדוק יותר שיטות סטנדרטיות שנועדו להעריך את הפלסטיק לעמידות לחיידקים לאחר התמוטטות inoculating דגימות עם נבגי פטריות18,19. כאשר ניסוחים של פלסטיק ידועים ומקור לחומרי גלם זמין, יכול להיות מושעה פלסטיק אבקה בתקשורת מבוססת אגר והשפלות שנקבעו על ידי הדמיה של סליקת אזורים 13. בשיטה זו נעשתה שימוש בעבר כדי לזהות מיקרואורגניזמים שפוגעים בפולימרים כגון פוליאוריטן, 20 פולי-(butylene succinate-CO-adipate) 21, ופולי (חומצה לקטית) 22. שיטה דומה כרוכה בהשעיית פלסטיק אבקה טהורה במדיום נוזלי שבו הפלסטיק הוא מקור פחמן היחיד 20,23. אמנם יש לי שיטות אלה יתרון של מערכת מוגדרת, הם מחקים בצורה גרועה בשפלה באתרו של BDMs. ראשית, שטח הפנים הוא מופץ באופן שונה בגלל BDMs אינם מפוזר בחלקיקים קטנים ברחבי מטריצת האדמה, אלא נמכר ומשמש כסרטים. שנית, את המבנה הכימי של BDMs שונה מפולימרים טהורים. BDMs בדרך כלל מכיל תוספים כגוןחומרי מילוי, plasticizers, וצבע, ותוספים אלה עלולים להשפיע על התפתחותם של חיידקים ועל ידי כך, השיעור של מינרליזציה. מסיבה זו, ובגלל ההרכב של סרטים מסחריים מסוימים במחקר זה היה סרט קנייני, פלסטיק בשדה הטופס המוכן שלה נוצל לבודד את פטריות וחיידקים. לשם פשטות, השיטות שלהלן מתוארות רק לפטריות, עם שינויים שבו ציינו מתאים לבידודי חיידקים. במחקר שנערך לאחרונה 24, שלוש BDMs, זמין מסחרי וקולנוע ניסיוני אחד שמשו באתרים חקלאיים בשלושה אזורים של ארצות הברית שונות לעונה גידול אחת, ולאחר מכן הניח ברשת (250 מיקרון) שקיות ונקברו לחורף אחד באדמה באותם אתרים. 250 פתחי רשת מיקרון לאפשר קורי פטרייה לחדור תוך נטרול שורשים ורוב בעלי חיים אדמה, ומזעור הסגת גבול אדמת 25,26. חומרי ניילון למנוע השפלה שקית באדמה. בעקבות חפירה, Fמבודדת ungal היו התאושש מחתיכות BDM והעריך לצמיחה על מדיום מינימאלי ללא מקור פחמן פרט לאגר ו5 ס&quot;מ x רבוע משטח disinfested 5 ס&quot;מ של סרט BDM חדש, שאינו בשימוש, שהיה מראש disinfested. לא יכול להיות autoclaved רוב הפלסטיק המשמש כסרטים ללא אובדן של יושרה, ולכן אור UV שימש כדי להרוג את כל תאי חיידקים המתגוררים על חלקי הפלסטיק. ISO 846 19 ממליצה משטח disinfesting באתנול 70% וייבוש שלאחר מכן, אבל אם משתמש בשיטה זו, יש לוודא ששום מרכיב או תוסף של הסרט מושפע לרעה על ידי אתנול. מאז BDMs ככל הנראה מיוצרים כדי לעמוד באור שמש, קרינת UV נבחר כשיטת טיהור. מבודדים שצמחו על BDM חתיכות טובות יותר מאשר במדיום מינימאלי בלבד, שנבחרו למחקר נוסף. אגר, פוליסכריד המיוצר על ידי אצות ימיות, משמש כדי לחזק את התקשורת של חיידקים משום שהוא בדרך כלל לא מנוצל על ידי חילוף חומרים חקלאי ורפואי לאמיקרואורגניזמים יכולים, עם זאת, האנזימים אגר hydrolyzing היו מבודדים מחיידקים ימיים 27 וחיידקים אגר hydrolyzing יש גם מבודדים מהקרקע 28. פולימרים ואגרו BDM שניהם צפויים להיות מצעים נדירים לאנזימים מופרשים על ידי פטריות קרקע, שלא התפתחו בסביבות המכילות פולימרים אלו כמקורות תזונתיים פוטנציאליים, אך שני מצעים נמצאים במבדק הצלחת תואר לעיל (שלב 7). יכולים להיות מובחנות המשתמשות בפטריות BDMs אך לא אגר כמקור פחמן מפטריות המשתמשות אגר בלבד, על ידי השוואת צמיחה באגר הגדילו מדיום המכיל i) מקור פחמן הוסיף שום פרט אגר (ביקורת שלילית), ii) BDM סרטים (ניסיוני) וIII) גלוקוז (ביקורת חיובית). צמיחה של כל הבידודים צפויה על מדיום בתוספת סוכר מינימאלי; פטריות לא נוצרו ברמת סוכר המכיל לוחיות עשוי שלא להיות מסוגל צמיחה על המדיום מינימאלי המסוים בשימוש בניסוי. Potentiאל BDM degraders צריך לגדול על אגר הגדילו מדיום מינימאלי + סרט BDM טוב יותר מאשר הם גדלים על אגר הגדילו מדיום מינימאלי בלבד. פטריות גדלות על צלחות בינוניות מינימאליות הן אגר degraders או oligotrophs, וגם צפויים לגדול על אגר קשור עם סרטי BDM במבדק צלחות, אבל לא על הסרטים עצמם (אלא אם כן הם serendipitously גם להשפיל פולימרים BDM). כדי לשלול את האפשרות לראות את התפתחותם של חיידקים כתוצאה מניצול של אגר ולא של BDMs, אנחנו אחרי assay הראשוני שלנו להתיישבות BDM על צלחות אגר עם מבדק במדיום מרק מוגדר (שלב 9). BDM חתיכות ייצגו את מקור פחמן הידוע רק בצינורות המבדק. לאחר הסינון הראשוני, ועל החייאת מניות גליצרול של הבידודים, קצת יצר mycelia מועט אך גלוי במדיום נוזלי מוגדר המכיל מקור פחמן לא ידוע. תוצאות אלו הציעו כי חלק מהבידודים שנרכשו היו oligotrophs - אורגניזמים שגדלים על ידי הדחה כמויות קטנות מאוד של פחמן, חנקן, וחומרים מזינים אחרים מומסים או בסביבה המימית או קיימים כנדיפים באוויר 29,30,31. זיהוי מינים באמצעות ניתוח ה-DNA ריבוזומלי 18S תמך בדעה זו, כפי שרבים מבידודי בהתאמה סוגי פטריות שדווחו בעבר להציג oligotrophy 32. Oligotrophs, שהם בדרך כלל saprophytes, דורש מגוון רחב של יכולות מטבוליות לניצול מצע במגוון של סביבות 30. לפיכך, אין זה מפתיע שאותם הפטריות שאנו מבודדים מBDMs (הדורש מן הסתם יכולות אנזימטיות חריגות) הפגינו יכולות oligotrophic, והצליחו לגדל במזהמי קורט כגון שמנים מעור טביעות אצבעות, אבק, או נדיפים קורט באוויר. בשל בידודו של oligotrophs, הגיע למסקנה כי צמיחה על משטח BDM לבדו לא יכול לשמש כדי להסיק התמוטטות BDM. השיטות שתוארו במסמך זה משקף את מאמצינו לSCמתיישבי BDM ילידים ירוקים מקרקעות חקלאיות להתמוטטות BDM בתום לב.

<table border="1">
<tbody>
 <tr>
 <td>Reagent Name</td>
 <td>Company</td>
 <td>Catalog Number</td>
 <td>Comments</td>
 </tr>
 <tr>
 <td>Potato Dextrose Agar</td>
 <td>Becton Dickinson</td>
 <td>8X05491</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td >Agar</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>BP 1423-2</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td >Chloramphenicol</td>
 <td>Acros Organics</td>
 <td>200-287-4</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td >Glutaraldehyde</td>
 <td>Electon Microscopy Sciences</td>
 <td>16216-10</td>
 <td>Toxic</td>
 </tr>
 <tr>
 <td >Molecular sieve</td>
 <td>Fisher </td>
 <td>M-8892</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td >Ethanol</td>
 <td>Pharmco-Aaper</td>
 <td>E200</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td >Contrex</td>
 <td>Decon Labs, Inc.</td>
 <td>5204</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td >Parafilm M</td>
 <td>Pechiney Plastic Packaging</td>
 <td>S37440</td>
 <td></td>
 </tr>
 <tr>
 <td >Mineral salts for buffers and media</td>
 <td>Fisher</td>
 <td>Various</td>
 <td>Various vendors sell these reagents</td>
 </tr>
 </tbody>
</table>

isolation of native soil microorganisms with potential for breaking down biodegradable plastic mulch films used in agriculture

פטריות ילידים לקרקעות חקלאיות שיישבו מאלץ (BDM) סרטים מתכלים זמינים מסחרי היו מבודדות והעריכו לפוטנציאל לבזות פלסטיק. בדרך כלל, כאשר ניסוחים של פלסטיק ידועים ומקור לחומרי גלם זמין, יכול להיות מושעה פלסטיק אבקה בתקשורת מבוססת אגר והשפלות שנקבעו על ידי הדמיה של אזורי סליקה. עם זאת, גישה זו מחקה בצורה גרועה בשפלה באתרו של BDMs. ראשית, BDMs אינם מפוזר כחלקיקים קטנים ברחבי מטריצת האדמה. שנית, BDMs לא נמכרים מסחרי כמו פולימרים טהורים, אלא כסרטים המכילים תוספים (חומרי מילוי, plasticizers וצבעים למשל) שעשוי להשפיע על התפתחותם של חיידקים. את ההליכים המתוארים במסמך זה שמשו למבודד שנרכש מהאדמה קבורה סרטים מאלצים. מבודדת פטרייתיים נרכשו מBDMs נחפר נבדקו בנפרד לצמיחה על פיסות BDMs החדש, שהונחו על גבי disinfested בינונית מוגדרים המכיל לא דואר פחם מקורxcept אגר. מבודדים שצמחו על BDMs נבדקו נוסף במדיום נוזלי בי BDMs היה מקור פחמן הוסיף הבלעדי. אחרי כעשרה שבועות, קולוניזציה פטרייתי והשפלה BDM הוערכו על ידי סריקת מיקרוסקופ אלקטרונים. מבודד זוהו באמצעות ניתוח של רצפי גנים RNA ריבוזומלי. דו&quot;ח זה מתאר שיטות לבידוד פטרייתי, אבל גם חיידקים היו מבודדים תוך שימוש בשיטות אלה על ידי החלפת מדיה מתאימה לחיידקים. המתודולוגיה שלנו צריכה להיות שימושית עבור מחקרים חוקרים פירוט של סרטי פלסטיק שלמים או מוצרים שחומרי גלם פלסטיק הם או ידועים או שאינם זמינים. עם זאת הגישה שלנו אינה מספקת שיטה כמותית להשוואת מחירים של השפלה BDM.

במחקר שנערך לאחרונה 24, ארבע חזרות כל אחד משלושה BDMs, זמין מסחרי שכותרתו &quot;מתכלה&quot;, בתוספת סרט ניסיוני ושליטה קונבנציונלית פלסטיק, הונחו על אדמה כפי שמאלץ לייצור עגבניות באביב של שינה 2010 במאונט ורנון, וושינגטון, נוקסוויל, טנסי, וובק, טקסס. בסתיו של 2010, ריבועי סרט ...

Watch this Scientific Journal Video about Isolation of Native Soil Microorganisms with Potential for Breaking Down Biodegradable Plastic Mulch Films Used in Agriculture at JoVE.com

Isolation of Native Soil Microorganisms with Potential for Breaking Down Biodegradable Plastic Mulch Films Used in Agriculture

סרטי פלסטיק שכותרתו &quot;מתכלה&quot; זמינים מסחרי לשימוש חקלאי כmulches. עבוד האדמה מייצגת שיטת סילוק אטרקטיבית, אבל השפלה בתנאי שדה הוא הבין היטב. מטרתו של מחקר זה הייתה לפתח שיטות לבידוד פטריות וחיידקים אדמת מולדת שליישב סרטים מאלצים פלסטיק לאחר קבורת שדה.

בידוד של מיקרואורגניזמים באדמה אינדיאני עם פוטנציאל לפירוק סרטים מאלצים פלסטיק מתכלים המשמש בחקלאות

Fungi native to agricultural soils that colonized commercially available biodegradable mulch (BDM) films were isolated and assessed for potential to ...

isolation-native-soil-microorganisms-with-potential-for-breaking-down

Research

JoVE Journal

Biology

30.4K Views.  Western Washington University. סרטי פלסטיק שכותרתו "מתכלה" זמינים מסחרי לשימוש חקלאי כmulches. עבוד האדמה מייצגת שיטת סילוק אטרקטיבית, אבל השפלה בתנאי שדה הוא הבין היטב. מטרתו של מחקר זה הייתה לפתח שיטות לבידוד פטריות וחיידקים אדמת מולדת שליישב סרטים מאלצים פלסטיק לאחר קבורת שדה.

Video: Isolation of Native Soil Microorganisms with Potential for Breaking Down Biodegradable Plastic Mulch Films Used in Agriculture

Plastic Embedding and Sectioning of Xenopus laevis Embryos

Plastic sections maintain true tissue morphology in thin sections of tissue that can be immunostained with fluorescent secondary antibodies, making this method more useful than paraffin-embedded or frozen sections for many types of tissue. The method for staining, plastic embedding, and sectioning is demonstrated in this video.

פלסטיק הטבעת ואת חתך של עוברים Xenopus laevis

Isolation of Protoplasts from Tissues of 14-day-old Seedlings of Arabidopsis thaliana

Protoplasts are plant cells that have had their cell walls enzymatically removed. Isolation of protoplasts from different plant tissues was first reported more than 40 years ago 1 and has since been adapted to study a variety of cellular processes, such as subcellular localization of proteins, isolation of intact organelles and targeted gene-inactivation by double stranded RNA interference (RNAi) 2-5. Most of the protoplast isolation protocols use leaf tissues of mature Arabidopsis (e.g. 35-day-old plants) 2-4. We modified existing protocols by employing 14-day-old Arabidopsis seedlings. In this procedure, one gram of 14-day-old seedlings yielded 5 106-107 protoplasts that remain intact at least 96 hours. The yield of protoplasts from seedlings is comparable with preparations from leaves of mature Arabidopsis, but instead of 35-36 days, isolation of protoplasts is completed in 15 days. This allows decreasing the time and growth chamber space that are required for isolating protoplasts when mature plants are used, and expedites the downstream studies that require intact protoplasts.

Isolation of Protoplasts from Tissues of 14-day-old Seedlings of Arabidopsis thaliana

This video shows a procedure for isolating intact protoplasts from tissues of 14-day-old seedlings of Arabidopsis. Given that the isolated protoplasts remain intact for at least 96h and are isolated from seedlings instead of one-month-old mature plants, this procedure expedites assays requiring intact protoplasts.

בידוד של Protoplasts מרקמות של 14 יום בן שתילים של ארבידופסיס thaliana</em

Protoplasts are plant cells that have had their cell walls enzymatically removed. Isolation of protoplasts  from different plant tissues was first ...

Generation of Composite Plants in Medicago truncatula used for Nodulation Assays

Similar to Agrobacterium tumerfaciens, Agrobacterium rhizogenes can transfer foreign DNAs into plant cells based on the autonomous root-inducing (Ri) plasmid. A. rhizogenes can cause hairy root formation on plant tissues and form composite plants after transformation. On these composite plants, some of the regenerated roots are transgenic, carrying the wild type T-DNA and the engineered binary vector; while the shoots are still non-transgenic, serving to provide energy and growth support. These hairy root composite plants will not produce transgenic seeds, but there are a number of important features that make these composite plants very useful in plant research. First, with a broad host range,A. rhizogenes can transform many plant species, especially dicots, allowing genetic engineering in a variety of species. Second, A. rhizogenes infect tissues and explants directly; no tissue cultures prior to transformation is necessary to obtain composite plants, making them ideal for transforming recalcitrant plant species. Moreover, transgenic root tissues can be generated in a matter of weeks. For Medicago truncatula, we can obtain transgenic roots in as short as three weeks, faster than normal floral dip Arabidopsis transformation. Overall, the hairy root composite plant technology is a versatile and useful tool to study gene functions and root related-phenotypes. Here we demonstrate how hairy root composite plants can be used to study plant-rhizobium interactions and nodulation in the difficult-to-transform species M. truncatula.

Generation of Composite Plants in Medicago truncatula used for Nodulation Assays

We demonstrate how hairy root composite plants can be used to study plant-rhizobium interactions and nodulation in the difficult-to-transform species Medicago truncatula.

דור של צמחים Composite ב Medicago truncatula המשמש מבחני Nodulation

Similar to Agrobacterium tumerfaciens, Agrobacterium rhizogenes can transfer foreign DNAs into plant cells based on the autonomous root-inducing (Ri) ...

Highly Efficient Ligation of Small RNA Molecules for MicroRNA Quantitation by High-Throughput Sequencing

MiRNA cloning and high-throughput sequencing, termed miR-Seq, stands alone as a transcriptome-wide approach to quantify miRNAs with single nucleotide resolution. This technique captures miRNAs by attaching 3&#8217; and 5&#8217; oligonucleotide adapters to miRNA molecules and allows de novo miRNA discovery. Coupling with powerful next-generation sequencing platforms, miR-Seq has been instrumental in the study of miRNA biology. However, significant biases introduced by oligonucleotide ligation steps have prevented miR-Seq from being employed as an accurate quantitation tool. Previous studies demonstrate that biases in current miR-Seq methods often lead to inaccurate miRNA quantification with errors up to 1,000-fold for some miRNAs1,2. To resolve these biases imparted by RNA ligation, we have developed a small RNA ligation method that results in ligation efficiencies of over 95% for both 3&#8217; and 5&#8242; ligation steps. Benchmarking this improved library construction method using equimolar or differentially mixed synthetic miRNAs, consistently yields reads numbers with less than two-fold deviation from the expected value. Furthermore, this high-efficiency miR-Seq method permits accurate genome-wide miRNA profiling from in vivo total RNA samples2.

MicroRNAs (miRNAs) are a widely conserved class of regulatory molecules. Here we describe a miRNA cloning method that relies upon two potent ligation steps followed by high-throughput sequencing. Our method permits accurate genome-wide quantitation of miRNAs.

קשירת יעילה ביותר של RNA קטן מולקולות לMicroRNA Quantitation על ידי רצף תפוקה גבוהה

MiRNA cloning and high-throughput sequencing, termed miR-Seq, stands alone as a transcriptome-wide approach to quantify miRNAs with single nucleotide ...

Visualization and Quantification of Mesenchymal Cell Adipogenic Differentiation Potential with a Lineage Specific Marker

Several dyes are currently available for use in detecting differentiation of mesenchymal cells into adipocytes. Dyes, such as Oil Red O, are cheap, easy to use and widely utilized by laboratories analyzing the adipogenic potential of mesenchymal cells. However, they are not specific to changes in gene transcription. We have developed a gene-specific differentiation assay to analyze when a mesenchymal cell has switched its fate to an adipogenic lineage. Immuno-labelling against fatty acid binding protein-4 (FABP4), a lineage-specific marker of adipogenic differentiation, enabled visualization and quantification of differentiated cells. The ability to quantify adipogenic differentiation potential of mesenchymal cells in a 96 well microplate format has promising implications for a number of applications. Hundreds of clinical trials involve the use of adult mesenchymal stromal cells and it is currently difficult to correlate therapeutic outcomes within and especially between such clinical trials. This simple high-throughput FABP4 assay provides a quantitative assay for assessing the differentiation potential of patient-derived cells and is a robust tool for comparing different isolation and expansion methods. This is particularly important given the increasing recognition of the heterogeneity of the cells being administered to patients in mesenchymal cell products. The assay also has potential utility in high throughput drug screening, particularly in obesity and pre-diabetes research.

Traditional methods of assessing adipogenic differentiation are cheap and easy to use, but are not specific to changes in gene expression. We have developed an assay to quantify mesenchymal cell differentiation into mature adipocytes using a lineage specific marker. This assay has diverse applications across basic research and clinical medicine.

ויזואליזציה, כימות פוטנציאל בידול Adipogenic תא Mesenchymal עם סמן ספציפי שושלת היוחסין

Several dyes are currently available for use in detecting differentiation of mesenchymal cells into adipocytes. Dyes, such as Oil Red O, are cheap, easy ...

Micron-scale Phenotyping Techniques of Maize Vascular Bundles Based on X-ray Microcomputed Tomography

It is necessary to accurately quantify the anatomical structures of maize materials based on high-throughput image analysis techniques. Here, we provide a 'sample preparation protocol' for maize materials (i.e., stem, leaf, and root) suitable for ordinary microcomputed tomography (micro-CT) scanning. Based on high-resolution CT images of maize stem, leaf, and root, we describe two protocols for the phenotypic analysis of vascular bundles: (1) based on the CT image of maize stem and leaf, we developed a specific image analysis pipeline to automatically extract 31 and 33 phenotypic traits of vascular bundles; (2) based on the CT image series of maize root, we set up an image processing scheme for the three-dimensional (3-D) segmentation of metaxylem vessels, and extracted two-dimensional (2-D) and 3-D phenotypic traits, such as volume, surface area of metaxylem vessels, etc. Compared with traditional manual measurement of vascular bundles of maize materials, the proposed protocols significantly improve the efficiency and accuracy of micron-scale phenotypic quantification.

We provide a novel method to improve the X-ray absorption contrast of maize tissue suitable for ordinary microcomputed tomography scanning. Based on CT images, we introduce a set of image-processing workflows for different maize materials to effectively extract microscopic phenotypes of vascular bundles of maize.

טכניקות Phenotyping בקנה מידה מיקרון של חבילות וסקולריים תירס מבוסס על צילום רנטגן טומוגרפיה Microcomputed

It is necessary to accurately quantify the anatomical structures of maize materials based on high-throughput image analysis techniques. Here, we provide a ...

Repeatable Stair-step Assay to Access the Allelopathic Potential of Weedy Rice (Oryza sativa ssp.)

Weed competition contributes significantly to yield losses in cropping systems worldwide. The evolution of resistance in many weed species to continuously applied herbicides has presented the need for additional management methods. Allelopathy is a physiological process that some plant species possess that provide the plant with an advantage over its neighbors. Allelopathic crop varieties would be equipped with the ability to suppress the growth of surrounding competitors, thus reducing potential yield loss due to weed interference. This paper focuses on the construction and operation of a stair-step assay used for the screening of the allelopathic potential of a donor species (Oryza sativa) against a receiver weed species (Echinochloa crus-galli) in a greenhouse setting. The structure described in this paper serves as a stand for the plant samples and incorporates a timed watering system for the accumulation and distribution of allelochemicals. Allelochemicals produced by the plant roots are allowed to flow downward through a series of four pots separately into a collection tank and recycled back to the top plant through electric pumps. This method of screening provides an avenue for the allelochemicals from the donor plant to reach receiver plants without any resource competition, thus allowing quantitative measurement of the allelopathic potential of the selected donor plant. The allelopathic potential is measurable through the height reduction of the receiver plants. Preliminary screening data for the effectiveness of this method demonstrated height reduction in the receiver species, barnyardgrass (E. crus-galli), and thus the presence of allelopathic residues from the donor plant, weedy rice (Oryza sativa).

Repeatable Stair-step Assay to Access the Allelopathic Potential of Weedy Rice Oryza sativa ssp.

Allelopathy has shown promise as a useful supplemental weed control strategy in cropping systems. To determine the allelopathic potential of a desired plant specimen, a stair-step screening method is provided.

מדרגות לשחזור-שיטת הצעד כדי לגשת לפוטנציאל אללופתיה של אורז Weedy (Oryza sativa ssp.)

Weed competition contributes significantly to yield losses in cropping systems worldwide. The evolution of resistance in many weed species to continuously ...

Laser-Capture Microdissection RNA-Sequencing for Spatial and Temporal Tissue-Specific Gene Expression Analysis in Plants

The development of a complex multicellular organism is governed by distinct cell types that have different transcriptional profiles. To identify transcriptional regulatory networks that govern developmental processes it is necessary to measure the spatial and temporal gene expression profiles of these individual cell types. Therefore, insight into the spatio-temporal control of gene expression is essential to gain understanding of how biological and developmental processes are regulated. Here, we describe a laser-capture microdissection (LCM) method to isolate small number of cells from three barley embryo organs over a time-course during germination followed by transcript profiling. The method consists of tissue fixation, tissue processing, paraffin embedding, sectioning, LCM and RNA extraction followed by real-time PCR or RNA-seq. This method has enabled us to obtain spatial and temporal profiles of seed organ transcriptomes from varying numbers of cells (tens to hundreds), providing much greater tissue-specificity than typical bulk-tissue analyses. From these data we were able to define and compare transcriptional regulatory networks as well as predict candidate regulatory transcription factors for individual tissues. The method should be applicable to other plant tissues with minimal optimization.

Presented here is a protocol for laser-capture microdissection (LCM) of plant tissues. LCM is a microscopic technique for isolating areas of tissue in a contamination-free manner. The procedure includes tissue fixation, paraffin embedding, sectioning, LCM and RNA extraction. RNA is used in the downstream tissue-specific, temporally resolved analysis of transcriptomes.

לכידת לייזר מיקרודיסציה RNA-רצף לניתוח ביטוי גנים ספציפי רקמה מרחבית וזמנית בצמחים

The development of a complex multicellular organism is governed by distinct cell types that have different transcriptional profiles. To identify ...

Isolation of Primary Rat Hepatocytes with Multiparameter Perfusion Control

Primary hepatocytes are widely used in basic research on liver diseases and for toxicity testing in vitro. The two-step collagenase perfusion procedure for primary hepatocyte isolation is technically challenging, especially in portal vein cannulation. The procedure is also prone to occasional contamination and variations in perfusion conditions due to difficulties in the assembly, optimization, or maintenance of the perfusion setup. Here, a detailed protocol for an improved two-step collagenase perfusion procedure with multiparameter perfusion control is presented. Primary rat hepatocytes were successfully and reliably isolated by taking the necessary technical precautions at critical steps of the procedure, and by reducing the operational difficulty and mitigating the variability of perfusion parameters through the adoption of a special intravenous catheter, standardized sterile disposable tubing, temperature control, and real-time monitoring and alarm system. The isolated primary rat hepatocytes consistently exhibit high cell viability (85%-95%), yield (2-5 x 108 cells per 200-300 g rat) and functionality (albumin, urea and CYP activity). The procedure was complemented by an integrated perfusion system, which is compact enough to be set up in the laminar flow hood to ensure aseptic operation.

This protocol details the use of a special intravenous catheter, standardized sterile disposable tubing, temperature control complemented by real-time monitoring, and an alarm system for two-step collagenase perfusion procedure to improve the consistency in the viability, yield, and functionality of isolated primary rat hepatocytes.

בידוד של הפטוציטים ראשוניים של חולדות עם בקרת זלוף רב-פרמטרית

Primary hepatocytes are widely used in basic research on liver diseases and for toxicity testing in vitro. The two-step collagenase perfusion procedure ...

Application of Passive Head Motion to Generate Defined Accelerations at the Heads of Rodents

Exercise is widely recognized as effective for various diseases and physical disorders, including those related to brain dysfunction. However, molecular mechanisms behind the beneficial effects of exercise are poorly understood. Many physical workouts, particularly those classified as aerobic exercises such as jogging and walking, produce impulsive forces at the time of foot contact with the ground. Therefore, it was speculated that mechanical impact might be implicated in how exercise contributes to organismal homeostasis. For testing this hypothesis on the brain, a custom-designed ''passive head motion'' (hereafter referred to as PHM) system was developed that can generate vertical accelerations with controlled and defined magnitudes and modes and reproduce mechanical stimulation that might be applied to the heads of rodents during treadmill running at moderate velocities, a typical intervention to test the effects of exercise in animals. By using this system, it was demonstrated that PHM recapitulates the serotonin (5-hydroxytryptamine, hereafter referred to as 5-HT) receptor subtype 2A (5-HT2A) signaling in the prefrontal cortex (PFC) neurons of mice. This work provides detailed protocols for applying PHM and measuring its resultant mechanical accelerations at rodents' heads.

The present protocol describes a custom-designed ''passive head motion'' system, which reproduces mechanical accelerations at rodents' heads generated during their treadmill running at moderate velocities. It allows dissecting mechanical factors/elements from the beneficial effects of physical exercise.

יישום של תנועת ראש פסיבית ליצירת תאוצות מוגדרות בראשי מכרסמים

Exercise is widely recognized as effective for various diseases and physical disorders, including those related to brain dysfunction. However, molecular ...