The authors would like to thank the Biomarker Imaging&#160;Research Laboratory (BIRL) at Sunnybrook Research Institute for their histology services. Support for this work was provided by the Terry Fox Foundation, the Canadian Breast Cancer Foundation&#8208;the Prairie&#8208;NWT as well as a CIHR grant, #MOP-97996.

1. דגימה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בלו בלוטות החלב בניתוח מהסוג wild-CDH1 כמו גם עכברי Igfbp7-null שלושה ימים שלאחר תחילתה של הנקה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מורחים את הבלוטות על גבי שקופיות זכוכית כדי לעזור להחזיר את מורפולוגיה בלוטת החלב מקומית. </li></ol> 2. קיבוע ועיבוד רקמות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> תקן את בלוטות החלב בPFA 4% O / N הניטרלי שנאגרו ב4 o C. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אחסן את הבלוטות ב70% אתנול לפני עיבוד רקמות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> העבר את הבלוטות לקלטות עיבוד רקמות קטנות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לעבד את הרקמות באמצעות מעבד רקמות אוטומטית <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מייבשים את הרקמות בהגדלת אמבטיות אתנול וקסילן של 70% אתנול ל45 דקות, 2 פעמים ב95% אתנול ל45 דקות, 3 פעמים ב100% אתנול עבור שעה 1 ו -2 פעמים בקסילן 45 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מחלחל רקמות עם 3 פעמים פרפין במשך שעה 1 כל אחד בואקום עם לחץ מופעל. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להטביע את הרקמות בפרפין ליצירת בלוקים, עבור חתך. </li></ol> 3. היסטולוגיה וBlockface הדמיה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חתוך את בלוקי פרפין באמצעות microtome סיבובי עד פרפין העודף מוסר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השתמש במכונת טחינה אנכית לקדוח חורי 1 מ&quot;מ לפחות בשתי פינות של גוש פרפין בניצב לקלטת. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הר גוש הרקמה בmicrotome הסיבובי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הגדר את מערכת ההדמיה blockface 19 מול microtome. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לכידת תמונת blockface אופטית לפני חתך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחתוך סרטים מארבעה חלקים בעובי 5 מיקרומטר על microtome. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להעביר את הסרטים לאמבטיה מים הקרים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפרד את החלקים השניה והרביעי של הסרט ולעלות אותם בשקופיות מיקרוסקופ. בחירת החלקים השניה והרביעי מספקת פער 5 מיקרומטר בין סעיפים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להרחיב כל קטע באמבט מים חם (48 C o) לunwrinkle, ואז שוב לעלות אותו על שקופיות מיקרוסקופ. הערה: Cutting, הרכבה, unwrinkling הסעיפים לגרום לעיוותים במקטע, כגון דמעה, לקפל, התכווצות והתרחבות. ממצאים אלה לסבך את הרישום של חלקי היסטולוגיה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להכתים את החלקים עם H &amp; E באמצעות שטיינר אוטומטי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Coverslip השקופיות באמצעות coverslipper אוטומטי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ספרת השקופיות באמצעות סורק שקופיות היסטולוגיה דיגיטלי ברזולוציה של עניין. לפרוטוקול זה הוא בהגדלה 20x והרזולוציה היא 0.47 מיקרומטר. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> למטה לדגום את תמונות היסטולוגיה לרזולוציה של תמונות blockface, 18 מיקרומטר. </li></ol></li></ol> 4. רישום תמונה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פילוח תמונה ובחירת נקודה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בblockface תמונות למדוד את ערכי פיקסל של חורי הרישום ולהשתמש בערך הממוצע כסף קבוע למגזר חורי הרישום בפינות של בלוק פרפין. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מאז כמה חלקים נוספים עשויים להיות גם בפילוח לפישימוש בסף הקבוע, השתמש בהמעגליות והשטח של האובייקטים מפולחים למצוא את החורים וזורקים חפצים נוספים. כדי לעשות זאת, לכתוב קוד קטן ולמצוא את היחס (x אזור 4π) / (היקפי) 2 לאובייקטים מפולחים. יחס זה לעצמים עגולים הוא 1. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עבור כל בלוטת החלב, בחר את תמונת blockface אחד כנקודת התייחסות וליישר את שאר תמונות blockface להתייחסות על ידי שימוש במרכז חורי הרישום וטכניקות רישום המבוסס על ציון דרך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לתמונות blockface המיושרים, באופן ידני או לחלץ קטע הרקמה מהרקע. השתמש באובייקט הגדול ביותר במסכה למשך שארית הפרוטוקול. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עבור H &amp; E סעיפים בצעו את השלבים הבאים לפילוח אוטומטי. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השתמש בטכניקת thresholding אוטסו 20 לתמונות קטע מהרקע ויצירת מסכות בינאריות של תמונות היסטולוגיה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לזהות ולבחור את האובייקט הגדול ביותר בכל מסכה באמצעות histogram של האובייקטים שכותרתו. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חלץ את נקודות גבול רחבה פיקסל אחד משני היסטולוגיה ומסכות blockface. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השתמש באלגוריתם קוד שרשרת 21, לייצג את נקודות גבול על ידי רצף של יניארי piecewise מתאים. </li></ol></li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רישום נוקשה ראשוני <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השתמש במתארים פורייה אלגוריתם 22, למצוא נוקשה הראשוני להפוך בין נקודות גבול של היסטולוגיה ותמונות blockface המקבילה שלהם. ראשוני להפוך את זה כולל את גורמי תרגום, סיבוב ואת קנה מידה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להפוך כל תמונת היסטולוגיה עם הראשוני להפוך התקבל מהשלב הקודם. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עידון של הרישום קשיח <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר את חלקי קצה עקמומיות גבוהים מגובה היסטולוגיה באמצעות מסנן גלגל את כדור 23. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בחר 500 נקודות מנקודות גבול היסטולוגיה שנותרו באופן אקראי באמצעות התפלגות אחידה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להפוך אתנקודות היסטולוגיה אקראיות גבול עם השינוי הראשוני המתקבל ממתארים פורייה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בחר את המערך השלם של blockface נקודות גבול ולהשתמש בנקודות הקרובה ביותר איטרטיבי אלגוריתם (ICP) 24 כדי למצוא את השינוי הנוקשה בין נקודות גבול blockface, היעד, ונקודות גבול אקראיות היסטולוגיה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להפוך את התמונות מיושרות היסטולוגיה שהתקבלו מהשלב הקודם ואת ערימת תמונות היסטולוגיה מיושרות יוצרת היסטולוגיה הנפח. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השתמש בתוכנה להדמיה 3D כדי ליצור תמונה חזותית של היסטולוגיה הנפח. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> צופה בערימה של תמונות בהגדלה 5x <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> למטה לדגום את תמונות היסטולוגיה המקוריות פי 5 ההגדלה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחתוך את האזור של עניין באחת תמונות היסטולוגיה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לחשב את מיקומו של אזור זה בתמונות היסטולוגיה אחרות 5x באמצעות השילוב של התמורות הנוקשה משני השלבים של רישום. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חתוך את regiפיירפוקס של עניין לאותו אזור בגודל בכל תמונות היסטולוגיה האחרות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לבסוף לחדד את התיאום בין האזורים באופן ידני. לכתוב תכנית ששכבות שתי תמונות ומאפשרת בחירת הערכים עבור סיבוב ותרגום של אחת התמונות על השני ולאחר מכן שומרת את התמונה הופכת כאשר היישור מקובל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> צפה בערימות של אזורי היסטולוגיה 5x המיושרים באמצעות תוכנת 3D להדמיה. </li></ol></li></ol>

<ol>
	<li>Sunkin, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brain+Atlas:+An+integrated+spatiotemporal+port+for+exploring+the+central+nervous+system.">Brain Atlas: An integrated spatiotemporal port for exploring the central nervous system.</a> Nucleic Acids Research. 41, 996-1008 (2012).</li><li>Shen, E. H., Overly, C. C., Jones, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Allen+Human+Brain+Atlas:+Comprehensive+gene+expression+mapping+of+the+human+brain.">The Allen Human Brain Atlas: Comprehensive gene expression mapping of the human brain.</a> Trends in Neurosciences. 35 (12), 711-714 (2012).</li><li>Trifunovi&#263;, D., Karali, M., Camposampiero, D., Ponzin, D., Banfi, S., Marigo, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high-resolution+RNA+expression+atlas+of+retinitis+pigmentosa+genes+in+human+and+mouse+retinas.">A high-resolution RNA expression atlas of retinitis pigmentosa genes in human and mouse retinas.</a> Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 49 (6), 2330-2336 (2008).</li><li>Evdokimova, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=IGFBP7+binds+to+the+IGF-1+receptor+and+blocks+its+activation+by+insulin-like+growth+factors.">IGFBP7 binds to the IGF-1 receptor and blocks its activation by insulin-like growth factors.</a> Science Signaling. 5 (255), 92 (2012).</li><li>Burger, A., Leyland-Jones, B., Banerjee, K., Spyropoulos, D., Seth, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Essential+roles+for+IGFBP-3+and+IGFBP-rP1+in+breast+cancer.">Essential roles for IGFBP-3 and IGFBP-rP1 in breast cancer.</a> European J. Cancer. 41 (11), 1515-1527 (2005).</li><li>Amemiya, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insulin+like+growth+factor+binding+protein-7+reduces+growth+of+human+breast+cancer+cells+and+xenografted+tumors.">Insulin like growth factor binding protein-7 reduces growth of human breast cancer cells and xenografted tumors.</a> Breast Cancer Res Treat. 126 (2), 373-384 (2011).</li><li>Benatar, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=IGFBP7+reduces+breast+tumor+growth+by+induction+of+senescence+and+apoptosis+pathways.">IGFBP7 reduces breast tumor growth by induction of senescence and apoptosis pathways.</a> Breast Cancer Res Treat. 133 (2), 563-573 (2012).</li><li>Bardinet, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Co-registration+of+histological,+optical+and+MR+data+of+the+human+brain.">Co-registration of histological, optical and MR data of the human brain.</a> Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention-Part I. , 548-555 (2002).</li><li>Jacobs, M. A., Windham, J. P., Soltanian-Zadeh, H., Peck, D. J., Knight, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Registration+and+warping+of+magnetic+resonance+images+to+histological+sections.">Registration and warping of magnetic resonance images to histological sections.</a> Medical Physics. 26 (8), 1568-1578 (1999).</li><li>Zhan, Y., Ou, Y., Feldman, M., Tomaszeweski, J., Davatzikos, C., Shen, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Registering+histologic+and+MR+images+of+prostate+for+image-based+cancer+detection.">Registering histologic and MR images of prostate for image-based cancer detection.</a> Academic radiology. 14 (11), 1367-1381 (2007).</li><li>Dauguet, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+reconstruction+of+stained+histological+slices+and+3D+non-linear+registration+with+in+vivo+MRI+for+whole+baboon+brain.">Three-dimensional reconstruction of stained histological slices and 3D non-linear registration with in vivo MRI for whole baboon brain.</a> Journal of Neuroscience Methods. 164 (1), 191-204 (2007).</li><li>Lazebnik, R. S., Lancaster, T. L., Breen, M. S., Lewin, J. S., Wilson, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Volume+registration+using+needle+paths+and+point+landmarks+for+evaluation+of+interventional+MRI+treatments.">Volume registration using needle paths and point landmarks for evaluation of interventional MRI treatments.</a> IEEE Transactions on Medical Imaging. 22 (5), 653-660 (2003).</li><li>Breen, M. S., Lazebnik, R. S., Wilson, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+registration+of+magnetic+resonance+image+data+to+histological+sections+with+model-based+evaluation.">Three-dimensional registration of magnetic resonance image data to histological sections with model-based evaluation.</a> Annals of Biomedical Engineering. 33 (8), 1100-1112 (2005).</li><li>Mori, H., Borowsky, A. D., Bhat, R., Ghajar, C. M., Seiki, M., Bissell, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The American Journal of Pathology. 180 (6), 2249-2256 (2012).</li><li>Gibb, M., Gilbert, D., Heiner, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resolving+the+three-dimensional+histology+of+the+heart.">Resolving the three-dimensional histology of the heart.</a> Computational Methods in Systems Biology. , 2-16 (2012).</li><li>Wu, M. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+virtual+microscopy+of+colorectal+biopsies.">Three-dimensional virtual microscopy of colorectal biopsies.</a> Archives of Pathology &amp; Laboratory Medicine. 129 (4), 507-510 (2005).</li><li>Arganda-Carreras, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D+Reconstruction+of+histological+sections:+Application+to+mammary+gland+tissue.">3D Reconstruction of histological sections: Application to mammary gland tissue.</a> Microscopy Research and Technique. 73 (11), 1019-1029 (2010).</li><li>Song, Y., Treanor, D., Bulpitt, A. J., Magee, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=3D+reconstruction+of+multiple+stained+histology+images.">3D reconstruction of multiple stained histology images.</a> Journal of Pathology Informatics. 4 (2), 7 (2013).</li><li>Shojaii, R., Karavardanyan, T., Yaffe, M., Martel, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Validation+of+histology+image+registration.">Validation of histology image registration.</a> SPIE Medical Imaging. 7962, 79621E, doi:10.1117/12.878762. 7962 (7962E), (2011).</li><li>Ridler, T. W., Calvard, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Picture+thresholding+using+an+iterative+selection+method.">Picture thresholding using an iterative selection method.</a> IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics. 8 (8), 630-632 (1978).</li><li>Freeman, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Computer+processing+of+line-drawing+images.">Computer processing of line-drawing images.</a> ACM Computing Surveys (CSUR. 6 (1), 57-97 (1974).</li><li>Giardina, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accuracy+of+curve+approximation+by+harmonically+related+vectors+with+elliptical+loci).">Accuracy of curve approximation by harmonically related vectors with elliptical loci).</a> Computer Graphics and Image Processing. 6 (3), 277-285 (1977).</li><li>Shojaii, R., Martel, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+edge+point+selection+method+for+registration+of+histology+images.">A novel edge point selection method for registration of histology images.</a> Optical Tissue Image analysis in Microscopy, Histopathology and Endoscopy. (OPTIMHisE) Workshop, MICCAI. , (2009).</li><li>Besl, P., McKay, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+registration+of+3-D+shapes.">A method for registration of 3-D shapes.</a> IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence. 14 (2), 239-256 (1992).</li><li>Chatterjee, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Loss+of+Igfbp7+causes+precocious+involution+in+lactating+mouse+mammary+gland.">Loss of Igfbp7 causes precocious involution in lactating mouse mammary gland.</a> PLoS ONE. 9 (2), e87858 (2013).</li><li>Manjunath, B. S., Chellappa, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unsupervised+texture+segmentation+using+Markov+random+field+models.">Unsupervised texture segmentation using Markov random field models.</a> IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence. 13 (5), 478-482 (1991).</li><li>Krishnamachari, S., Chellappa, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiresolution+Gauss-Markov+random+field+models+for+texture+segmentation.">Multiresolution Gauss-Markov random field models for texture segmentation.</a> IEEE Transactions on Image Processing: a publication of the IEEE Signal Processing Society. 6 (2), 251-267 (1997).</li></ol>

The authors have nothing to disclose

במחקר זה, פיתחנו תהליך עבודה רישום תמונה לשחזר 3D היסטולוגיה נפח מתמונות סידורי 2D היסטולוגיה, אשר אינו מחייבות את ציוני דרך פנימיות שנבחרו באקראי או סמני fiducial מושתלים בתוך הרקמה, הדבר שעלול לעוות את הרקמות. בשיטה שתוארה, תמונות blockface אופטיות עצמם משמשות כהפנית התמונות...

IGFBP7 (אינסולין כמו גורם גדילת חלבון מחייב 7) הוא חבר של משפחת החלבון קושר IGF, והוכח להיקשר לקולטן IGF1 4. למטה רגולציה של IGFBP7 ידועה להיות מתואם עם פרוגנוזה גרועה בסרטן השד 5, ואילו החידוש של IGFBP7 במודלי גידול xenograft מאוד מעכב את גידולי צמיחת 6 באמצעות אינדוקציה של אפופטוזיס והזדקנות תאית 7. כדי לחקור את ההשפעות של IGFPB7, עכבר Igfbp7-null נוצר 5 (נתונים שלא פורסמו). בעוד עכברים אלו לא לפתח גידולים, הם מראים שינויים בהיסטולוגיה של השחלה, שריר ובכבד, כמו גם ליקויים בדפוסי החלב בלוטה התפתחותית (נתונים שלא פורסמו). פנוטיפ הפגום צוין ראשון כמו שיש לי העכברים null גדלי המלטה קטנים יותר ואינם מצליח לשמור על המלטות מרובות גדולות (נתונים שלא פורסמו). יש לי כרכי היסטולוגיה 3D הפוטנציאל לספק informat שימושייון לניתוחים והערכה כמותית והשוואתיים של ממצאים פתולוגיים בתמונות רפואיות נפחית. confocal תלת ממדים, שני הפוטונים במיקרוסקופ יכול לספק מידע מורפולוגי של תאים ברזולוציה גבוהה של הבלוטה ב14 מידה מקומית, אבל יש לו שדה ראייה מוגבל ועומק. שחזור היסטולוגיה נפח מספק מידע נוסף על מרחבי מידה גדולה הרבה יותר. תוך שימוש בגישות מסורתיות כמה עיוות צפויה במהלך תקופת ההכנה של סעיפים היסטולוגית, כגון התכווצות, התרחבות, דמעות, וקפלים. עיוותים אלה מקשים לרשום תמונות היסטולוגית סידוריים לתוך ערימת 3D לשחזר נפח 3D. ככל שמספר סעיפים ברציפות עם מומים מגדיל את הדמיון בין סעיפים בשלמות מצטמצם וכתוצאה מכך הופכת את תהליך הרישום מורכב יותר. שיטות שונות הוצעו כדי לרשום סעיפים היסטולוגית וליצור vo היסטולוגיה רציףlume. כמה טכניקות תלויות בוריאציות בעוצמה 8, ואחרים המבוססים על הצורה של הסעיפים 9. עבור חלק מדגימות יכולים לשמש מבנים אנטומיים כציוני דרך 10,11 יחד עם שיטות רישום המבוסס על ציון 12,13. אבל המבנים הפנימיים אלה עלולים שלא להתגלות לאורך כל הנפח ועבור חלק מדגימות לא ניתן לזהות מבנים אנטומיים אמינים. חלק מהקבוצות השתמשו בגישת רישום זוג חכם ורשומות תמונות היסטולוגיה רציפות אחד למשנו באמצעות קווי המתאר או מבנים אנטומיים 16-18. רישום סעיפי היסטולוגיה סידוריים זה לזה ללא השימוש בתמונות התייחסות עשויה להפיץ טעות ברישום ולשנות את הצורה האמיתית של היסטולוגיה הנפח. גישת רישום זוג חכמה מסתמכת על העקביות של צורה של סעיפי היסטולוגיה והמבנים הפנימיים לאורך הערימה של התמונות; לכן הוא דורש דגימה צפופה של הדגימה, אשראולי לא תמיד אפשרי, למשל, לדגימות קליניות. בצנרת זו אנו משתמשים בתמונות blockface כסט של תמונות התייחסות לשיקום היסטולוגיה נפח 19. תמונות Blockface נלקחות מאבני רקמות פרפין לאחר גובר על microtome ולפני כל קטע הוא לחתוך. לפיכך, נזק לקיצוץ סעיפים סידוריים בודד לא מפריע לרישום של חלקים סידוריים 8,11,15. אנו ללכוד את תמונות blockface בצורה שונה מהקבוצות האחרות. תמונות הפנים של הבלוק האופטי מתקבלות על ידי עדשת telecentric כדי למנוע או למזער את עיוות החבית ופרספקטיבה, אשר מתרחשת בדרך כלל בעת שימוש בעדשות רגילות באופטיקה. זהו אחד היתרונות של הגישה המוצעת על פני השיטות האחרות שפורסמו, אשר מבצעות הדמיה blockface שימוש בעדשות רגילות. התמונות שצולמו בזווית אלכסונית קלה להשתמש בהשתקפות של פני השטח של הבלוק להגברת ניגוד בין Tissמשטח UE ופרפין ולחסל את הצל של הרקמה בעומק, מתחת לפני שטח פרפין. מסנן צילום משמש גם כדי לקטב את האור המגיע ממשטח הבלוק והרקמות כדי לאזן את הניגוד 19. כדי לתקן את העקירה של הגוש על microtome הסיבובי, פעמים עד שלושה הם קדחו חורים בפינות הרחוב, שהם בקלות לזיהוי בתמונות blockface. Centroids של חורים אלה משמשים יחד עם רישום נוקשה המבוסס על אתר כדי ליישר את תמונות blockface.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="852">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">16% PFA</td>
			<td style="width:179px;">VWR International</td>
			<td style="width:119px;">15710</td>
			<td style="width:295px;">16% Paraformaldehyde solution</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Small tissue processing cassettes</td>
			<td style="width:179px;">VWR International</td>
			<td>CA95029-956</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:260px;">Leica ASP300 Automated Tissue processor</td>
			<td style="width:179px;">Leica</td>
			<td>14047643515</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">100% ethanol</td>
			<td style="width:179px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:119px;">S25307B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Xylene</td>
			<td>VWR International&#160;</td>
			<td>CA95057-822</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Paraffin&#160;</td>
			<td style="width:179px;">Thermo Fisher</td>
			<td style="width:119px;">39501006</td>
			<td>Paraplast Tissue Embedding Medium</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Leica EG 1160 Embedding Centre</td>
			<td style="width:179px;">Leica</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Leica rotary microtome</td>
			<td style="width:179px;">Leica</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Milling machine</td>
			<td style="width:179px;">Argo</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Microscope slides</td>
			<td style="width:179px;">VWR International&#160;</td>
			<td>CA48312-015</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">H&#38;E stain</td>
			<td style="width:179px;">VWR International</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Automatic stainer</td>
			<td style="width:179px;"></td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Coverslips&#160;</td>
			<td style="width:179px;">VWR International&#160;</td>
			<td>48404-452</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">MEDITE RCM 7000 Glass Coverslipper</td>
			<td style="width:179px;">MEDITE</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">Leica SCN400 slide scanner</td>
			<td style="width:179px;">Leica</td>
			<td style="width:119px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:260px;">MATLAB</td>
			<td style="width:179px;">MathWorks Inc</td>
			<td>MATLAB 2007b</td>
			<td>Development software</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:260px;">MeVisLab</td>
			<td style="width:179px;">MeVis Medical Solutions AG</td>
			<td>MeVisLab 2.1</td>
			<td>3D visualization software</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

reconstruction of 3-dimensional histology volume and its application to study mouse mammary glands

שחזור היסטולוגיה נפח מאפשר המחקר של צורת 3D ושינוי נפח של איברים ברמה של macrostructures המורכב של תאים. זה גם יכול לשמש כדי לחקור ולאמת את טכניקות חדשניות ואלגוריתמים בתחום הדמיה רפואית נפחית וטיפולים. יצירת אטלסים ברזולוציה גבוהה 3D של איברים שונים 1,2,3 היא יישום אחר של שיקום היסטולוגיה נפח. זה מספק משאבים לחקירת מבני רקמות והיחסים מרחביים בין תכונות תאיות השונות. אנו מציגים גישת רישום תמונה לשיקום היסטולוגיה נפח, אשר עושה שימוש בסט של תמונות blockface אופטיות. משוחזר היסטולוגיה הנפח מייצג צורה אמינה של דגימת מעובד ללא שגיאות רישום שלאחר עיבוד מופץ. סעיפי hematoxylin ו eosin (H &amp; E) המוכתמות של שתי בלוטות החלב עכבר נרשמו לתמונות blockface המקבילה שלהם באמצעות נקודות גבול שחולצו מן edGES של הדגימה בתמונות היסטולוגיה וblockface. הדיוק של הרישום הוערך באופן חזותי. היישור של macrostructures של בלוטות החלב הוערך גם מבחינה ויזואלית ברזולוציה גבוהה. מחקר זה מתאר את השלבים השונים של צינור רישום תמונה זו, החל מכריתה של בלוטת החלב ועד לשחזור היסטולוגיה נפח 3D. בעוד תמונות היסטולוגיה 2D לחשוף את ההבדלים המבניים בין הזוגות של חלקים, 3D היסטולוגיה נפח מספק את היכולת לדמיין את ההבדלים בצורה ובנפח של בלוטות החלב.

מלכודת של שיטות מיקרוסקופיה המסורתיות היא שההבנה של איבר ברמה המיקרוסקופית מוגבלת לשדה של נוף אחד בכל פעם. אפילו שקופיות &quot;בסך הכל גילוי&quot;, אשר מספקות חלקי שקופית כולה, אינן מספקות מידע תלת ממדים. עם התפתחותה של כל שקופית, טכנולוגיות סריקה דינמיות, היכולת שלנו לראו...

Watch this Scientific Journal Video about Reconstruction of 3-Dimensional Histology Volume and its Application to Study Mouse Mammary Glands at JoVE.com

Reconstruction of 3-Dimensional Histology Volume and its Application to Study Mouse Mammary Glands

We present an image registration approach for 3-dimensional (3D) histology volume reconstruction, which facilitates the study of the changes of an organ at the level of macrostructures made up of cells . Using this approach, we studied the 3D changes between wild-type and Igfbp7-null mammary glands.

שחזור נפח היסטולוגיה 3 ממדים ויישומו לחקר מאוס החלב בלוטות

Histology volume reconstruction facilitates the study of 3D shape and volume change of an organ at the level of macrostructures made up of cells. It can ...

reconstruction-3-dimensional-histology-volume-its-application-to

Research

JoVE Journal

Biology

14.3K Views.  University of Toronto. We present an image registration approach for 3-dimensional (3D) histology volume reconstruction, which facilitates the study of the changes of an organ at the level of macrostructures made up of cells . Using this approach, we studied the 3D changes between wild-type and Igfbp7-null mammary glands. 

Video: Reconstruction of 3-Dimensional Histology Volume and its Application to Study Mouse Mammary Glands

Testing Visual Sensitivity to the Speed and Direction of Motion in Lizards

Testing visual sensitivity in any species provides basic information regarding behaviour, evolution, and ecology. However, testing specific features of the visual system provide more empirical evidence for functional applications. Investigation into the sensory system provides information about the sensory capacity, learning and memory ability, and establishes known baseline behaviour in which to gauge deviations (Burghardt, 1977). However, unlike mammalian or avian systems, testing for learning and memory in a reptile species is difficult. Furthermore, using an operant paradigm as a psychophysical measure of sensory ability is likewise as difficult. Historically, reptilian species have responded poorly to conditioning trials because of issues related to motivation, physiology, metabolism, and basic biological characteristics. Here, I demonstrate an operant paradigm used a novel model lizard species, the Jacky dragon (Amphibolurus muricatus) and describe how to test peripheral sensitivity to salient speed and motion characteristics. This method uses an innovative approach to assessing learning and sensory capacity in lizards. I employ the use of random-dot kinematograms (RDKs) to measure sensitivity to speed, and manipulate the level of signal strength by changing the proportion of dots moving in a coherent direction. RDKs do not represent a biologically meaningful stimulus, engages the visual system, and is a classic psychophysical tool used to measure sensitivity in humans and other animals. Here, RDKs are displayed to lizards using three video playback systems. Lizards are to select the direction (left or right) in which they perceive dots to be moving. Selection of the appropriate direction is reinforced by biologically important prey stimuli, simulated by computer-animated invertebrates.

Testing visual sensitivity in lizards using an operant conditioning paradigm that employs video playback of random-dot kinematograms and computer-generated invertebrates.

בדיקת רגישות חזותית על מהירות ועל כיוון התנועה של לטאות

Testing visual sensitivity in any species provides basic information regarding behaviour, evolution, and ecology. However, testing specific features of ...

The Ladder Rung Walking Task: A Scoring System and its Practical Application.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to elaborate distinct aspects of motor function and to determine even subtle loss of movement capacity. To enhance efficacy and resolution of testing, tests should permit qualitative and quantitative measures of motor function and be sensitive to changes in performance during recovery periods. The present study describes a new task to assess skilled walking in the rat to measure both forelimb and hindlimb function at the same time. Animals are required to walk along a horizontal ladder on which the spacing of the rungs is variable and is periodically changed. Changes in rung spacing prevent animals from learning the absolute and relative location of the rungs and so minimize the ability of the animals to compensate for impairments through learning. In addition, changing the spacing between the rungs allows the test to be used repeatedly in long-term studies. Methods are described for both quantitative and qualitative description of both fore- and hindlimb performance, including limb placing, stepping, co-ordination. Furthermore, use of compensatory strategies is indicated by missteps or compensatory steps in response to another limb&#x2019;s misplacement. 

The ladder rung walking task is a new test to assess skilled walking and measure both forelimb and hindlimb placing, stepping, and inter-limb co-ordination.

שלב בסולם הליכה משימה: שיטת הניקוד ואת היישום המעשי שלה.

Progress in the development of animal models for/stroke, spinal cord injury, and other neurodegenerative disease requires tests of high sensitivity to ...

Lens Transplantation in Zebrafish and its Application in the Analysis of Eye Mutants

The lens plays an important role in the development of the optic cup[1,2]. Using the zebrafish as a model organism, questions regarding lens development can be addressed. The zebrafish is useful for genetic studies due to several advantageous characteristics, including small size, high fecundity, short lifecycle, and ease of care. Lens development occurs rapidly in zebrafish. By 72 hpf, the zebrafish lens is functionally mature [3]. Abundant genetic and molecular resources are available to support research in zebrafish. In addition, the similarity of the zebrafish eye to those of other vertebrates provides basis for its use as an excellent animal model of human defects[4-7]. Several zebrafish mutants exhibit lens abnormalities, including high levels of cell death, which in some cases leads to a complete degeneration of lens tissues [8]. To determine whether lens abnormalities are due to intrinsic causes or to defective interactions with the surrounding tissues, transplantation of a mutant lens into a wild-type eye is performed. Using fire-polished metal needles, mutant or wild-type lenses are carefully dissected from the donor animal, and transferred into the host. To distinguish wild-type and mutant tissues, a transgenic line is used as the donor. This line expresses membrane-bound GFP in all tissues, including the lens. This transplantation technique is an essential tool in the studies of zebrafish lens mutants.

Lens development involves interactions with other tissues. Several zebrafish eye mutants are characterized by an abnormally small lens size. Here we demonstrate a lens transplantation experiment to determine whether this phenotype is due to intrinsic causes or defective interactions with tissues that surround the lens.

השתלת עדשה של דג הזברה Application שלה ניתוח של מוטאנטים העין

The lens plays an important role in the development of the optic cup[1,2]. Using the zebrafish as a model organism, questions regarding lens development ...

Mouse Mammary Epithelial Cells form Mammospheres During Lactogenic Differentiation

A phenotypic measure commonly used to determine the degree of lactogenic differentiation in mouse mammary epithelial cell cultures is the formation of dome shaped cell structures referred to as mammospheres 1. The HC11 cell line has been employed as a model system for the study of regulation of mammary lactogenic differentiation both in vitro and in vivo 2. The HC11 cells differentiate and synthesize milk proteins in response to treatment with lactogenic hormones. Following the growth of HC11 mouse mammary epithelial cells to confluence, lactogenic differentiation was induced by the addition of a combination of lactogenic hormones including dexamethasone, insulin, and prolactin, referred to as DIP. The HC11 cells induced to differentiate were photographed at times up to 120 hours post induction of differentiation and the number of mammospheres that appeared in each culture was enumerated. The size of the individual mammospheres correlates with the degree of differentiation and this is depicted in the images of the differentiating cells.

HC11 lactogenic differentiation can be characterized by the formation of domed structures referred to as mammospheres. The structures can be enumerated by phase contrast microscopy to aid in quantifying lactogenic differentiation.

תאים אפיתל עכבר החלב טופס Mammospheres במהלך התמיינות Lactogenic

A phenotypic measure commonly used to determine the degree of lactogenic differentiation in mouse mammary epithelial cell cultures is the formation of ...

Evaluation of Mammary Gland Development and Function in Mouse Models

The human mammary gland is composed of 15-20 lobes that secrete milk into a branching duct system opening at the nipple. Those lobes are themselves composed of a number of terminal duct lobular units made of secretory alveoli and converging ducts1. In mice, a similar architecture is observed at pregnancy in which ducts and alveoli are interspersed within the connective tissue stroma. The mouse mammary gland epithelium is a tree like system of ducts composed of two layers of cells, an inner layer of luminal cells surrounded by an outer layer of myoepithelial cells denoted by the confines of a basement membrane2. At birth, only a rudimental ductal tree is present, composed of a primary duct and 15-20 branches. Branch elongation and amplification start at the beginning of puberty, around 4 weeks old, under the influence of hormones3,4,5. At 10 weeks, most of the stroma is invaded by a complex system of ducts that will undergo cycles of branching and regression in each estrous cycle until pregnancy2. At the onset of pregnancy, a second phase of development begins, with the proliferation and differentiation of the epithelium to form grape-shaped milk secretory structures called alveoli6,7. Following parturition and throughout lactation, milk is produced by luminal secretory cells and stored within the lumen of alveoli. Oxytocin release, stimulated by a neural reflex induced by suckling of pups, induces synchronized contractions of the myoepithelial cells around the alveoli and along the ducts, allowing milk to be transported through the ducts to the nipple where it becomes available to the pups 8. Mammary gland development, differentiation and function are tightly orchestrated and require, not only interactions between the stroma and the epithelium, but also between myoepithelial and luminal cells within the epithelium9,10,11. Thereby, mutations in many genes implicated in these interactions may impair either ductal elongation during puberty or alveoli formation during early pregnancy, differentiation during late pregnancy and secretory activation leading to lactation12,13. In this article, we describe how to dissect mouse mammary glands and assess their development using whole mounts. We also demonstrate how to evaluate myoepithelial contractions and milk ejection using an ex-vivo oxytocin-based functional assay. The effect of a gene mutation on mammary gland development and function can thus be determined in situ by performing these two techniques in mutant and wild-type control mice.

This method describes how to dissect and assess mammary gland development and function from mice. Excised mammary glands are assessed for the degree of development using whole mount while milk ejection is evaluated using an oxytocin-based myoepithelial cell contraction assay.

הערכת התפתחות בלוטת החלב פונקציה ועל מודלים עכבר

The human mammary gland is composed of 15-20 lobes that secrete milk into a branching duct system opening at the nipple. Those lobes are themselves ...

Intraductal Injection for Localized Drug Delivery to the Mouse Mammary Gland

Herein we describe a protocol to deliver various reagents to the mouse mammary gland via intraductal injections. Localized drug delivery and knock-down of genes within the mammary epithelium has been difficult to achieve due to the lack of appropriate targeting molecules that are independent of developmental stages such as pregnancy and lactation. Herein, we describe a technique for localized delivery of reagents to the mammary gland at any stage in adulthood via intraductal injection into the nipples of mice. The injections can be performed on live mice, under anesthesia, and allow for a non-invasive and localized drug delivery to the mammary gland. Furthermore, the injections can be repeated over several months without damaging the nipple. Vital dyes such as Evans Blue are very helpful to learn the technique. Upon intraductal injection of the blue dye, the entire ductal tree becomes visible to the eye. Furthermore, fluorescently labeled reagents also allow for visualization and distribution within the mammary gland. This technique is adaptable for a variety of compounds including siRNA, chemotherapeutic agents, and small molecules.

A protocol for the non-invasive intraductal delivery of aqueous reagents to the mouse mammary gland is described. The method takes advantage of localized injection into the nipples of mammary glands targeting mammary ducts specifically. This technique is adaptable for a variety of compounds including siRNA, chemotherapeutic agents and small molecules.

הזרקת intraductal עבור משלוח סמים מקומיים לעכבר החלב בלוטת

Herein we describe a protocol to deliver various reagents to the mouse mammary gland via intraductal injections. Localized drug delivery and knock-down of ...

A Fluorescence-based Exonuclease Assay to Characterize DmWRNexo, Orthologue of Human Progeroid WRN Exonuclease, and Its Application to Other Nucleases

WRN exonuclease is involved in resolving DNA damage that occurs either during DNA replication or following exposure to endogenous or exogenous genotoxins. It is likely to play a role in preventing accumulation of recombinogenic intermediates that would otherwise accumulate at transiently stalled replication forks, consistent with a hyper-recombinant phenotype of cells lacking WRN. In humans, the exonuclease domain comprises an N-terminal portion of a much larger protein that also possesses helicase activity, together with additional sites important for DNA and protein interaction. By contrast, in Drosophila, the exonuclease activity of WRN (DmWRNexo) is encoded by a distinct genetic locus from the presumptive helicase, allowing biochemical (and genetic) dissection of the role of the exonuclease activity in genome stability mechanisms. Here, we demonstrate a fluorescent method to determine WRN exonuclease activity using purified recombinant DmWRNexo and end-labeled fluorescent oligonucleotides. This system allows greater reproducibility than radioactive assays as the substrate oligonucleotides remain stable for months, and provides a safer and relatively rapid method for detailed analysis of nuclease activity, permitting determination of nuclease polarity, processivity, and substrate preferences.

Exonucleases play critical roles in ensuring genome stability. Loss of WRN exonuclease function results in premature aging. Studying substrates and other requirements of the nuclease in vitro can help elucidate its role in vivo. Here we demonstrate a rapid and reproducible fluorescence-based assay to measure its nuclease activity.

Assay exonuclease הקרינה מבוסס לאפיין DmWRNexo, Orthologue של האדם Progeroid WRN exonuclease, ויישומו nucleases אחר

WRN exonuclease is involved in resolving DNA damage that occurs either during DNA replication or following exposure to endogenous or exogenous genotoxins. ...

Application of Retinoic Acid to Obtain Osteocytes Cultures from Primary Mouse Osteoblasts

The need for osteocyte cultures is well known to the community of bone researchers; isolation of primary osteocytes is difficult and produces low cell numbers. Therefore, the most widely used cellular system is the osteocyte-like MLO-Y4 cell line.
The method here described refers to the use of retinoic acid to generate a homogeneous population of ramified cells with morphological and molecular osteocyte features.
After isolation of osteoblasts from mouse calvaria, all-trans retinoic acid (ATRA) is added to cell medium, and cell monitoring is conducted daily under an inverted microscope. First morphological changes are detectable after 2 days of treatment and differentiation is generally complete in 5 days, with progressive development of dendrites, loss of the ability to produce extracellular matrix, down-regulation of osteoblast markers and up-regulation of osteocyte-specific molecules.
Daily cell monitoring is needed because of the inherent variability of primary cells, and the protocol can be adapted with minimal variation to cells obtained from different mouse strains and applied to transgenic models. 
The method is easy to perform and does not require special instrumentation, it is highly reproducible, and rapidly generates a mature osteocyte population in complete absence of extracellular matrix, allowing the use of these cells for unlimited biological applications.

Treatment of primary mouse osteoblasts with retinoic acid produces a homogeneous population of ramified cells bearing morphological and molecular features of osteocytes. The method overcomes the difficulty of obtaining and maintaining primary osteocytes in culture, and can be advantageous to study cells derived from transgenic models.&#160;

יישום של חומצה הרטינואית לקבל תרבויות Osteocytes מOsteoblasts העכבר העיקרי

The need for osteocyte cultures is well known to the community of bone researchers; isolation of primary osteocytes is difficult and produces low cell ...

High-throughput Image Analysis of Tumor Spheroids: A User-friendly Software Application to Measure the Size of Spheroids Automatically and Accurately

The increasing number of applications of three-dimensional (3D) tumor spheroids as an in vitro model for drug discovery requires their adaptation to large-scale screening formats in every step of a drug screen, including large-scale image analysis. Currently there is no ready-to-use and free image analysis software to meet this large-scale format. Most existing methods involve manually drawing the length and width of the imaged 3D spheroids, which is a tedious and time-consuming process. This study presents a high-throughput image analysis software application &#8211; SpheroidSizer, which measures the major and minor axial length of the imaged 3D tumor spheroids automatically and accurately; calculates the volume of each individual 3D tumor spheroid; then outputs the results in two different forms in spreadsheets for easy manipulations in the subsequent data analysis. The main advantage of this software is its powerful image analysis application that is adapted for large numbers of images. It provides high-throughput computation and quality-control workflow. The estimated time to process 1,000 images is about 15 min&#160;on a minimally configured laptop, or around 1 min&#160;on a multi-core performance workstation. The graphical user interface (GUI) is also designed for easy quality control, and users can manually override the computer results. The key method used in this software is adapted from the active contour algorithm, also known as Snakes, which is especially suitable for images with uneven illumination and noisy background that often plagues automated imaging processing in high-throughput screens. The complimentary &#8220;Manual Initialize&#8221; and &#8220;Hand Draw&#8221; tools provide the flexibility to SpheroidSizer in dealing with various types of spheroids and diverse quality images. This high-throughput image analysis software remarkably reduces labor and speeds up the analysis process. Implementing this software is beneficial for 3D tumor spheroids to become a routine in vitro model for drug screens in industry and academia.

We present a high-throughput image analysis software application to measure the size of three-dimensional tumor spheroids imaged with bright-field microscopy. This application provides a fast and effective way to examine the effects of therapeutic drugs on spheroids, which is beneficial for researchers who wish to use spheroids in drug screens.

ניתוח תפוקה גבוהה תמונה של spheroids גידול: יישום תוכנה ידידותי למשתמש כדי למדוד את גודל של spheroids באופן אוטומטי ומדויק

The increasing number of applications of three-dimensional (3D) tumor spheroids as an in vitro model for drug discovery requires their adaptation to ...

Measuring Pressure Volume Loops in the Mouse

Understanding the causes and progression of heart disease presents a significant challenge to the biomedical community. The genetic flexibility of the mouse provides great potential to explore cardiac function at the molecular level. The mouse&#39;s small size does present some challenges in regards to performing detailed cardiac phenotyping. Miniaturization and other advancements in technology have made many methods of cardiac assessment possible in the mouse. Of these, the simultaneous collection of pressure and volume data provides a detailed picture of cardiac function that is not available through any other modality. Here a detailed procedure for the collection of pressure-volume loop data is described. Included is a discussion of the principles underlying the measurements and the potential sources of error. Anesthetic management and surgical approaches are discussed in great detail as they are both critical to obtaining high quality hemodynamic measurements. The principles of hemodynamic protocol development and relevant aspects of data analysis are also addressed.

This manuscript describes a detailed protocol for the collection of pressure-volume data from the mouse.

מדידת לולאות נפח לחץ העכבר

Understanding the causes and progression of heart disease presents a significant challenge to the biomedical community. The genetic flexibility of the ...