This work received the financial support of USDA-ARS CRIS project 6604-21000-004-00D, CRIS project 6604-42000-008-00D, and USAID Feed-the-Future program Agreement number 58-0210-3-012. We thank Valerie Orner, LaTanya Johnson, Joseph Powell and Kathy Gray for their technical assistance. Mention of trade names or commercial products in this article is solely for the purpose of providing specific information and does not imply recommendation or endorsement by the US Department of Agriculture.

The authors have nothing to disclose or any conflicts of interest.

בתיווך RNAi צמח-מארח השתקה של גנים בפטריית פתוגנים הודגמה 27,43, לעומת זאת, אין פרסומים המציגים את ההיתכנות של שליטה בתיווך RNAi של הצטברות mycotoxin בצמחים. גורם מגביל אחת עבור מחקרים אלה בבוטנים היה חוסר שיטה להעריך פנוטיפ הצטברות לא-אפלטוקסין בצמחים בודדים, כעלים לא מראים סימפטומים על זיהום פטרייתי של תרמילי מחתרת. בנוסף, ההצטברות לא-מתפלגת נורמלי של aflatoxins, ואת הצורך בדגימות גדולות לניתוח כימי 15,16 מנעו כימות של השפעה פוטנציאלית על RNAi צמח בודד. השיטה המוצגת כאן מורכבת של 72 ניסויי שעות באמצעות חמישה זרעים לבצע שלוש דגימות 24 שעות מרווח בשלושה עותקים (טבלת 1, איור 7). בהשוואה לניתוח אפלטוקסין הטיפוסי שדורש לא פחות מ -100 גרם של זרעים, השיטה שלנו היא מתאימה במיוחד לindividuaאירועים מהונדסים l של צמחי בוטנים שתחילה לייצר לא יותר משניים או שלושה תרמילים. השתקה בתיווך RNA של סינתזת אפלטוקסין הודגמה על ידי הפיכה גנטית flavus אספרגילוס וא parasiticus. מאז aflR הוא רגולטור ראשי של ייצור אפלטוקסין בא flavus וא parasiticus 44,45, הוא הופך להיות יעד מעניין להשתקה בתיווך RNA בצמחים. עם זאת, וריאציות גנטיות בaflR הוכחו בין מיני אספרגילוס 46, וריאנטים גנטיים אלה יכולים לברוח השתקה אם אין רצף מושלם התאמה עם אות RNAi מיוצרת במפעל המארח. לפיכך, aflR היה אחד מהיעדים להשתקה בp5XCAPD וקטור, אבל לא היה יחיד. חוזר הפוך של גן aflR הציג לא flavus וא parasiticus ידי שינוי הביא להשתקה ומינימלית או ללא מוצרהיון של aflatoxins 47 (מקדונלד et al., 2005b). כמו כן, גן aflD השתקה מנע ייצור אפלטוקסין בשיעור של עד 98% בא flavus וא parasiticus בשינוי ישיר 48. כדי להגדיל את ההסתברות להצלחה במערכת שלנו, בוטנים הפכו עם שברים חוזרים הפוכים של חמישה גנים המעורבים בייצור אפלטוקסין בא flavus. כאן הוא הראה כי שימוש בp5XCAPD שמכוון להשתקת מספר גנים במסלול סינתזת אפלטוקסין, 90% -100% רמות נמוכות יותר של אפלטוקסין B 1 ו- B 2 הושגו בקו 288-72, ורמות 60-100% נמוכים שנצברו ב קו 288-74 בהשוואה לשליטה, כאשר מחצית פסיגים היו מחוסן עם א &#39; flavus, איורים 4 7,. והכי חשוב, שיטה זו זוהתה הבדלים מובהקים סטטיסטי בהצטברות אפלטוקסין בקווים 288-72, 288-74 לעומת השליטה לאורך כל הניסוי על ידי יישום statis פרמטריתטיקים, איור 7. בהתחשב בגודל המדגם הקטן, חשוב להדגיש את הצורך בשימוש בשיטה רבת עוצמה לזיהוי aflatoxins, ניסויים אלה נותחו על ידי UPLC שבעל רזולוציה גבוהה, פי חמישה ביצועים גבוהים יותר ורגישות גבוהה פי שלושה מ HPLC 49. ביטוי של RNAi להוסיף ב288-74 התגלה רק בפסיגים בוגרים (צהובים) בשעה 24 דגירה. הכנס RNAi לא זוהה על ידי RT-PCR על פסיגים בוגרים של 288-74 ב 24 שעות, או על כל קבוצה בגרות ב 48 שעות, איור 6. אותו תופעה זו נצפתה בקווי בוטנים אחרים RNAi מהונדסים (אריאס, RS 2015 לא פורסם), שבו בדרך כלל תמלילי RNAi התגלו רק בפסיגים בוגרים ב 24 שעות. טופלו דגימות RNA עם DNAse לפני סינתזת cDNA, הנתונים היו מנורמלים לרמה של ביטוי אקטין ואין עדות לזיהום הדנ&quot;א נצפה. צריך DNA היה נוכח בדגימות, שהוא צריךזוהה בדגימות שעה 48 גם כן, אבל באופן עקבי כי לא היה המקרה. ביטוי תחת השליטה של ​​35S-האמרגן הוא לא תמיד אחיד; יכול להיות מושפע על ידי תנאים סביבתיים זה 50, סוג של רקמה ושלב ההתפתחותי 51,52. במקביל, במסלול של התערבות RNA, השיעור של mRNA ריקבון וקצב דעיכת siRNA יכולים להשתנות באופן משמעותי 53. ייתכן שהשפלה המהירה של mRNA על ידי המנגנון של התערבות RNA יכולה הייתה למנוע זיהוי mRNA ב 48 שעות דגירה. אם היעדרות של ביטוי בשעה 48 הייתה עקב שעתוק הנמוך 35S-אמרגן מונע, או להשפלה מהירה של dsRNA ידי דייסר נותר ענה. כך, זיהוי של RNA קטן על ידי רצף תפוקה גבוה היה נותן תובנה טובה יותר על התהליכים המתרחשים באמצעות RNAi 54 בניסויים אלה. עם זאת, מאז השתקת RNA מתפשטת מערכתית, בעיקר דרך השיפה מphotosyntשונא את המקורות לסוכרוז כיורים (במקרה זרעי בוטנים זה) 55, ההשתקה של אפלטוקסין-סינתזה יכולה להתרחש בזרעים ללא ביטוי מקומי של RNAi להוסיף. מחקרים רבים נותר לעשות כדי לקבוע את רמת הסף של RNA הקטן מפריע (siRNAs) הנחוץ כדי למנוע הצטברות אפלטוקסין בזרעים. חשוב להדגיש את העובדה ששניהם ביטוי mRNA, של RNAi לבנות (איור 6), והצטברות של aflatoxins B 1 ו- B 2 (איור 7) הראתה תוצאות שונות עבור בוגר (צהוב) לעומת. בוגרת פסיגים (חום). יש צמחי בוטנים צמיחה בלתי מוגדרת, כלומר, הם מציגים בקציר מגוון של תרמילים בגרות, איור 2. בנוסף, זרעים מקבוצות בגרות שונות נבדלים בהרכב הכימי שלהם, למשל., סוכרוז 2.4% בזרעים לא בשלה, ושל 1.9% ב זרעים בוגרים באותם 56,57 תנאי שדה. לכן, כדי להבין את efficienc בפועלy שליטה בתיווך RNA של הצטברות אפלטוקסין, חשוב לנתח קבוצות בגרות בנפרד. הגנה טבעית של זרעי בוטנים היא הייצור של phytoalexins, אשר משתנה במגוון של תרכובות המיוצרות והכמויות היחסית שלהם בהתאם לפדיון של הזרעים ותנאים סביבתיים 58-61, והוא גבוה במיוחד בהשוואה לעוברי פסיגים 62. עוברים יש גם ריכוזים גבוהים יותר באופן משמעותי של חומצות גרעין, שני DNA ו- RNA מהפסיגים (RS אריאס, לא פורסמו). כזרעי בוטנים בוגרים, שינויים בפיסיולוגיה שלהם והרכב כימי להתרחש 63. נוגדי חמצון פנול בטאנינים מרוכזים צורת testa בוטנים עם פעילות fungistatic 64; זה ניכר גם בצבע mesocarp המשקף שלבים בגרות, צהובים לשחור 35, כתוכנו של טאנינים ותרכובות פנוליות עולה עם בגרות 65. לפיכך, נוכחותם של לאesta או עוברים בניסוי, נתנו מאפייני מיקרוביאלית שלהם, יכול היה מוגבלים פטרייתי צמיחה ולכן בהערכת ההשפעה של השתקת RNAi, לכן, הם הוסרו. כמו כן, הסרת טסטה והעוברים מסייעת להגביל את המקורות שונים בניתוח, כמחצית טבורית שנושאת את העובר יהיה יותר ויותר תוכן phytoalexins RNA. בנוסף לניתוח על ידי קבוצות בגרות וההסרה של טסטה ועובר בניסויים אלה, חשוב להצביע על עוד כמה תצפיות: א) אם כי תוצאות מוצגות לעד 96 שעות דגירה, מומלץ שלא להשתמש יותר מ 72 שעות כדי להשיג תוצאות עקביות, כמו זרעים לקבל מושפלות על ידי 96 שעות; ב) ואילו מחצית פסיגים מאותו הזרע, אם כי דגמו באופן אקראי, אינם מהווים מדגמים בלתי תלויים לחלוטין, RT-PCR והצטברות אפלטוקסין באירועים מהונדסים הראו וריאציה מינימאלית בין זרעים. גם נבגי פטרייתי מדויקים, לספור, הבידוד נפחים של 2 μl, ויישום של נבגים על פני השטח החתך של הפסיגים הימנעות מטפטף על הצדדים חשובים לוודא הנבגים המונבטים נחשפים לרקמות הצמח. המים / אגר על הצלחות צריכים להיות בשיעור של 1.5% (w / v), אגר רך גורם נגר של נבגים כפי שמוצג במסגרת האחרונה של איור 4 (תחתון). צריך זרע זמינות מאירוע מהונדס מסוים להיות מוגבל, דגימה יכולה להיעשות בשני עותקים במקום תוצאות דומות בשלושה עותקים קבלת (כלומר, איור 7); עם זאת, בשלושה עותקים דגימות יסייעו להפחית את השגיאה סטנדרטית. המגבלה היחידה של שיטה זו היא שהיא דורשת מערכת רגישה מאוד (UPLC) לגילוי אפלטוקסין / כימות, אבל באותו הזמן זה מקטין את ההסתברות של הערכת יתר של השפעת RNAi צריך aflatoxins לא להיות מזוהה על ידי שיטות פחות רגישות. לסיכום, שיטה זו מציעה בפעם הראשונה בגישה אמינה ללמודהשפעה של RNAi בשליטה של ​​aflatoxins. צמצום הזמן לניסוי מעונת גידול כולו לפחות משבוע, בשיטה זו תהיה מאוד להאיץ את המחקר על RNAi-בוטנים / pathosystem Aspergillus להפחתה ו / או החיסול של aflatoxins.

כ -4.5 מליארד בני אדם חשופים באופן קבוע aflatoxins 1, החומרים המסרטנים החזקים ביותר הידועים בטבע 2. mycotoxins אלה לזהם 25% מיבולי המזון בעולם 3, כולל תירס, קסבה, אורז, אגוזים, דגנים ותבלינים. 4. Aflatoxins סיבת להטוטים בילדים 5, לפגוע במערכת החיסונית 6, נמצא ב58% מhepatocellular-קרצינומה בביופסיות אנושיות 7,8, ולהרוג מאות אנשים במהלך התפרצויות תקופתיות של aflatoxicosis 9,10. Aflatoxins הוא mycotoxins נגזר polyketide בדרך כלל מיוצרת על ידי flavus אספרגילוס וא parasiticus; aflatoxins B 1 ו- B 2 מיוצרים על ידי א &#39; flavus, ואילו א parasiticus גם מייצר G 1 וG 2. המבנה הכימי של תרכובות אלה וchromatogram מראה ההפרדה שלהם על ידי UPLC מוצג באיור 1. </strאונג&gt; <img alt="איור 1" src="/files/ftp_upload/53398/53398fig1.jpg" /> איור 1. aflatoxins וRNAi להכניס לראש:. מבנה כימי (משמאל) ודוגמא של chromatogram (מימין) של ארבעה aflatoxins נגזר polyketide הנפוץ ביותר: B 1, B 2, G 1 וG 2, המיוצר על ידי parasiticus אספרגילוס, . Flavus מייצר B 1 ו- B 2 תחתון: סכמטי של שברי גן בRNAi לבנות p5XCAPD משמש לשינוי בוטנים, מספרים תחת חצים מספרי הצטרפות גן-בר בגנום flavus אספרגילוס;. PIV2: אינטרון תפוחי אדמה; זוגות בסיסים;: BP RT_5X_1 וRT_5X_2:. אתרי פריימר PCR בזמן אמת <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/53398/53398fig1large.jpg" target="_blank">אנא לחצו כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.</a> הפסדים כלכליים ביצוא בשל aflatoxins בבוטנים לבד יעלו 450,000,000 $ דולר ארה&quot;ב אם מחושב על בסיס 4 ng. ז -1 מגבלה של אפלטוקסין מותר למאכל אדם באיחוד האירופי 11. Aflatoxins כבר ידוע במשך 60 שנים 12; עם זאת, למרות שרבים שיטות חקלאיות שפותחו כדי להקל את השפעתן, כולל יישום של זני פטריות אחרים 13,14, אין שיטה של שליטה עקבית קיימת, וזני צמחים עמידים אינם זמינים. germplasm מפעל בדיקות להתנגדות לaflatoxins הוא קשה במיוחד, משום שגם בתנאים תורמים לפלישת פתוגן, הצטברות mycotoxin היא בלתי צפויה ולא פעלה התפלגות נורמלית. כך, ניסויים דורשים בדרך כלל אזורי נטיעה גדולים, מאות זרעים ודוגמאות רבות של 100-1,700 גרם להפחתת שונות של 15,16 נתונים. התערבות RNA הייתהגילה בשנת 1998 17; ואת היתרונות של &quot;השתקה&quot; כרגע נבדקות במספר היישומים החדשים, לדוגמא., בטיפולים אנושיים נגד סרטן השד גרורתי 18, סרטן כבד 19, לוקמיה מיאלואידית 20, ובהגנת צומח נגד חרקים 21 ונמטודות 22. בצמחים, אותות התערבות RNA יכולים לנסוע תא לתא, עם RNA הקטן מפריע (siRNA) ו- RNA משקל המולקולרי הגבוה להיות אחראי לגן posttranscriptional המערכתי השתקת 23,24, אפילו בתוך פתוגנים פטרייתי שנמצאים בקשר הדוק עם מארח צמח 25. היעילות של RNAi בהשתקה בתיווך מפעל של גנים פטרייתי לפתוגן תוארה בכמה pathosystems צמח, לאלה, בדיקה חזותית של תסמינים בחלקי האוויר של צמחים (עלים) אפשרה כימות מחלה, כלומר, Bremia oomycete בחסה 26 , Puccinia בחיטה <sup&gt; 27 וFusarium בבננה 28. הרבה יותר קשה הוא להעריך את יעילות RNAi לשלוט mycotoxins בצמחים, במיוחד בaflatoxins בוטנים כעלים לא מראים סימפטומים של זיהום, האיברים פלשו (זרעים) נמצאים תחת כמה אינץ &#39;של אדמה, את המופע של זיהום הוא בלתי צפוי, ורק כימי ניתוח יכול לקבוע את הנוכחות של aflatoxins. בנוסף, כל אירוע מהונדס בבוטנים בדרך כלל מייצר כמה זרעים (4-6 לכל צמח); לכן, בדיקה מסורתית לתכונה לא-אפלטוקסין הצטברות בחלקות שדה גדולים, שנמשך עונות חיתוך כל, ובאמצעות מאות זרעים היא לא ריאלי. שיטה מתוארת כאן כדי לנתח בפחות משבוע, זרעי RNAi בוטנים לנוכחות של transgene ועבור תכונת הצטברות לא-אפלטוקסין, באמצעות כמה רק זרעים.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="597">
	<tbody>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:40px;width:256px;">Primers, oligonucleotides</td>
			<td style="width:127px;">DNA Technologies, Coralville, IA, USA</td>
			<td style="width:123px;">n/a</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:256px;">Dneasy Plant Mini Kit</td>
			<td style="width:127px;">Qiagen, Valencia, CA</td>
			<td style="width:123px;">69106</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="64">
			<td height="64" style="height:64px;width:256px;">Czapek Dox agar medium</td>
			<td style="width:127px;">Oxoid, by Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA</td>
			<td style="width:123px;">CM0095</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:256px;">Agar</td>
			<td style="width:127px;">Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA</td>
			<td style="width:123px;">BP 1423</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:256px;">Freezer -80&#176;C</td>
			<td style="width:127px;">n/a</td>
			<td style="width:123px;">n/a</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="32">
			<td height="32" style="height:32px;width:256px;">Aluminum Oxide, Al2O3</td>
			<td style="width:127px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:123px;">A941</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="39">
			<td height="39" style="height:39px;width:256px;">SPE Reservoirs 1.5 mL</td>
			<td style="width:127px;">Grace Davison Discovery Scientific</td>
			<td style="width:123px;">210011</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:256px;">Frits for 1.5 mL SPE reservoir</td>
			<td style="width:127px;">Grace Davison Discovery Scientific</td>
			<td style="width:123px;">211401</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:256px;">Autosampler vials</td>
			<td style="width:127px;">Waters Corporation, Milford, MA</td>
			<td style="width:123px;">186005221</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="150">
			<td height="150" style="height:150px;width:256px;">Waters Acquity Ultra-Performance Liquid-Chromatography (UPLC) instrument; UPLC-H-Class Quaternary Solvent Manager; UPLC Sample Manager; UPLC Fluorescent detector (FLR); UPLC BEH C18 2.1mmx50mm, 1.7mm column</td>
			<td style="width:127px;">Waters Corporation, Milford, MA</td>
			<td style="width:123px;"></td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="66">
			<td height="66" style="height:66px;width:256px;">Finnigan LCQ Advantage MAX ion trap mass spectrometer, with Xcalibur version 1.4 software</td>
			<td style="width:127px;">Thermo Electron Corp., San Jose, CA</td>
			<td style="width:123px;"></td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:256px;">Aflatoxin standards, B1, B2, G1 and G2</td>
			<td style="width:127px;">Sigma-Aldrich, St. Louis, MO</td>
			<td style="width:123px;">A6636; A9887; A0138; A0263</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:256px;">Systat Software 12.2</td>
			<td style="width:127px;">SYSTAT Software Inc., Point Richmond, CA</td>
			<td style="width:123px;"></td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="32">
			<td height="32" style="height:32px;width:256px;">Trizol reagent</td>
			<td style="width:127px;">Invitrogen, CA</td>
			<td style="width:123px;">15596-018</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:256px;">SuperScript III First Strand Synthesis Super Mix</td>
			<td style="width:127px;">Invitrogen, CA</td>
			<td style="width:123px;">11752-050</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="45">
			<td height="45" style="height:45px;width:256px;">ABI 7500 Real-Time PCR</td>
			<td style="width:127px;">Lifetechnologies, Grand Island, NY</td>
			<td style="width:123px;">4406984</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="32">
			<td height="32" style="height:32px;width:256px;">Luria Broth-Miller</td>
			<td style="width:127px;">Fisher Scientific</td>
			<td style="width:123px;">R453642</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="32">
			<td height="32" style="height:32px;width:256px;">pENTR1A</td>
			<td style="width:127px;">Invitrogen, CA</td>
			<td style="width:123px;">A10462</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="32">
			<td height="32" style="height:32px;width:256px;">LR Clonase II enzyme mix</td>
			<td style="width:127px;">Invitrogen, CA</td>
			<td style="width:123px;">11791-020</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="32">
			<td height="32" style="height:32px;width:256px;">T4 DNA Ligase</td>
			<td style="width:127px;">NEB Biolabs</td>
			<td style="width:123px;">M0202L</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:256px;">Gelrite</td>
			<td style="width:127px;">Sigma-Aldrich, St. Louis, MO</td>
			<td style="width:123px;">G1919</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="41">
			<td height="41" style="height:41px;width:256px;">Acetosyringone</td>
			<td style="width:127px;">Sigma-Aldrich, St. Louis, MO</td>
			<td style="width:123px;">D134406</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="38">
			<td height="38" style="height:38px;width:256px;">QIAcube robot workstation</td>
			<td style="width:127px;">Qiagen, Valencia, CA</td>
			<td style="width:123px;">9001292</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="83">
			<td height="83" style="height:83px;width:256px;">Antibiotics: kanamycin, cefotaxime, gentamicin; streptomycin</td>
			<td style="width:127px;">Goldbio, St. Louis, MO</td>
			<td style="width:123px;">cef.: C-104-25; kan: K-120-5; gent.: G-400-1; strep.: S-150-50</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
		<tr height="46">
			<td height="46" style="height:46px;width:256px;">Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity</td>
			<td style="width:127px;">Invitrogen, CA</td>
			<td style="width:123px;">11304-029</td>
			<td style="width:92px;"></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

rnai-mediated control of aflatoxins in peanut: method to analyze mycotoxin production and transgene expression in the peanut/aspergillus pathosystem

ארגון המזון והחקלאות של האו&quot;ם מעריך כי 25% מיבולי המזון בעולם מזוהמים בaflatoxins. המייצג את מזון 100 מ&#39;טונות נהרסות או מופנות לצריכה שאינה בני אדם בכל שנה. Aflatoxins הם חומרים מסרטנים חזקים בדרך כלל שנצברו על ידי flavus פטריות אספרגילוס וparasiticus א בדגנים, אגוזים, גידולי שורש ומוצרים חקלאיים אחרים. השתקה של חמישה גני אפלטוקסין-סינתזה על ידי התערבות RNA (RNAi) בצמחי בוטנים הייתה משמשת לשליטה הצטברות אפלטוקסין הבאה חיסון עם א &#39; flavus. בעבר, לא הייתה קיימת שיטה לנתח את האפקטיביות של RNAi באירועים מהונדסים בוטנים בודדים, כמו אלה בדרך כלל לייצר כמה זרעים, ושיטות מסורתיות של ניסויי שדה גדולים בתנאי אפלטוקסין-תורם לא אופציה. בתחום, את ההסתברות למציאת זרעים מזוהמים באופן טבעי היא לעתים קרובות 1/100 ל1/1,000. בנוסף, זיהום אפלטוקסין לא מפוזר באופן אחיד. השיטה שלנו משתמשת בכמה זרעים מהונדס לאירוע, עם חתיכות קטנות מעובד בזמן אמת PCR (RT-PCR) או רצף RNA קטן, וניתוח של הצטברות אפלטוקסין ידי כרומטוגרפיה אולטרה ביצועים נוזלית (UPLC). קווי להביע RNAi בוטנים 288-72 ו288-74, הראו הפחתה של עד 100% (p≤0.01) באפלטוקסין B 1 ו- B 2 בהשוואה לשליטה שנצברה עד 14,000 ng. ז -1 של אפלטוקסין B 1 כאשר מחוסן עם א aflatoxigenic flavus. כהתייחסות, סך המרבי של aflatoxins המותר לצריכת אדם בארצות הברית הוא 20 ng g -1.. פרוטוקול זה מתאר את היישום של שליטה בתיווך RNAi של aflatoxins בזרעים מהונדסים בוטנים ושיטות להערכתה. אנו מאמינים כי יישומה בגידול של בוטנים וגידולים אחרים יביא התקדמות מהירה בתחום חשוב זה של מדע, רפואה ותזונת אדם, ויתרמו באופן משמעותי למאמץ הבינלאומי כדי לשלוט aflatoxins, וmycotoxins פוטנציאלית אחרת ביבולי מזון עיקריים.

פלסמיד p5XCAPD נעשה כנגזרת של pCAPD 29, והשתמש בו כדי להפוך את צמחי בוטנים; וקטור זה נושא חוזר הפוכה של חמישה שברים קטנים, 70-80 נ&quot;ב כל, של גני אפלטוקסין-סינתזה של א &#39; flavus מופרד על ידי אינטרון (איור 1). ברי AFL2G_07224 (aflR), AFL2G_07223 (aflS או aflJ), AFL2G_05027 (משאבת זרימת אפלטוקסין, aflep), AFL2G_07228 (aflC / pksA / pksL1), וAFL2G_07731 (pes1) שמשו למבנה, מספרים בלהתכתב איור 1 ל . ביאור הגנום flavus לאור מכון, Cambridge, MA, וספרות 42. סך של 99 קווי בוטנים היו מחדש לאחר שעובר את תהליך השינוי, 50 היו PCR חיובי לNPTII זוהה על ידי STN-PCR, ו -33 קווים היו זרעים חיוביים ומיוצרים PCR. רק שבעה קווים חיוביים PCR היו מופצים clonally ונבדקו על ידי presenשיטה לא להצטברות אפלטוקסין, כל שבע הראתה בין 60% ל- 100% פחות הצטברות אפלטוקסין מהשליטה. כאן אנו מראים תוצאות של שניים משבעת קווים אלה. אירועים מהונדסים בודדים בדרך כלל לייצר כמה זרעים, שיטה פותחה לשימוש במספר מינימאלי של זרעים ועדיין להיות מסוגל לעשות את הניתוח סטטיסטי פרמטרית. תרשים זרימה של הכנת המדגם והגדרת ניסוי מוצגת באיור 5 ולוח 1. למרות שהדור הראשון של זרעים מהונדסים הוא בדרך כלל hemizygous, צפוי כי (siRNA) נוצר תא אל תא ותנועה מערכתית של RNA התערבות הקטן באמצעות התערבות RNA צריך להעניק השתקת אפלטוקסין-סינתזה ברחבי המפעל. <img alt="איור 5" src="/files/ftp_upload/53398/53398fig5.jpg" /> איור 5. תרשים זרימה סכמטי של השיטה לנתח את האפקטיביות של RNAi בהשתקה </sטרונג&gt; גני אפלטוקסין-סינתזת אספרגילוס בזרעי בוטנים. ייצוג גרפי של זרימת העבודה בעת עיבוד דגימות בוטנים לביטוי גנים או ניתוח אפלטוקסין. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/53398/53398fig5large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.</a> קווי RNAi בוטנים 288-72 ו288-74 הראו נוכחות של יצרנית בחירת NPTII כאשר נבדקו על ידי STN-PCR, סעיפי ג &#39;מוצגים באיור 6 (למעלה), תמונות מקוריות זמינות מהמחברים על פי דרישה. פלסמיד pCAPD לא היה בשימוש כשליטה של שינוי שכן הוא מקודד חוזר הפוך של שני גנים CMR (התנגדות chloramphenicol) וCcdB (רעלן) של השפעה ידועה על צמחים. PCR קו שלילי בוטנים 288-9 ואחרים שעברו את תהליך ההתחדשות וגדל באותם תנאים כמו קווי RNAi, שימש כקון השליליTrol. <img alt="איור 6" src="/files/ftp_upload/53398/53398fig6.jpg" /> . איור 6. איתור של transgenics וביטוי בזמן אמת של RNAi להוסיף למעלה: Single-צינור, זיהוי מקונן PCR של קווים מהונדסים בוטנים RNAi-288-72 וRNAi-288-74, צמחים חיוביים. בקרה: W (מים), PP (צמח חיובי), MM (תערובת אמן), עמ &#39;(פלסמיד p5XCAPD); שברים 1/2 1/4 1/8 1/16 מייצגים דילולים פי 2 של ה- DNA תחתון:. Real-Time PCR לגילוי ביטוי של RNAi להכניס (סטי פריימר: RT_5X_1, RT_5X_2, כמו באיור 1, על בוגר ( קו אפור; צהוב) ובוגר (פסיגים חום) של קווים מהונדסים ב 24 ודגירת 48hr: C T היסטוגרמות = 1. מייצגות את האמצעים וברים שגיאה סטנדרטיים (T) של שלוש דגימות ביולוגיותעם שלושה משכפל טכני. הכימות היחסי של הוספת RNAi היה מנורמל ביחס לגן המשק אקטין כבקרה פנימית וביטוי של פי השוואתי של transgene מחושב כפי שמתואר ב5.2.2 ו -5.3. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/53398/53398fig6large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו.</a> כדי לבחון את האפקטיביות של בקרה פוטנציאלית בתיווך RNAi צמח-מארח של הצטברות אפלטוקסין, נבגים טריים שנקטפו של אספרגילוס flavus NRRL 3357 יושמו על פני השטח החתך של מחצית פסיגים ממנו את העוברים וtesta הוסרו (איורים 3, 4). NRRL א flavus 3357, שהגנום כבר רצף והיה הבסיס לעיצוב p5XCAPD, נמסר באדיבות על ידי ד&quot;ר הורן בUSDA-ARS-NPRL. פלישת כתוצאה פטרייתי של מחצית טבורית לאחר 24, 48 ו -72 שעות על 30 מעלות צלזיוס היא מופע<html> n באיור 4. דוגמאות של מחצית פסיגים מחוסנים נאספו ב 24, 48, 72, 96 שעות של דגירה, ונותחו במשך ארבעה aflatoxins B העיקרי 1, B 2, G 1 וG 2 באמצעות UPLC ואושרו על ידי LC-MS ; תוצאות מוצגות באיור 6. ריכוזי אפלטוקסין נקבעו באמצעות שיטה שפורסמה עם שינויים 36. בשעה 96 דגירה, פסיגים מתחילים להתפורר בשל הזיהום פטרייתי. קו RNAi 288-72 הציג רמות נמוכות יותר באופן משמעותי של aflatoxins מאשר השליטה בכל תאריכי הדגימה בפסיגים לא בוגרים ולכל היותר תאריכי דגימה בבוגרים אלה. קו RNAi 288-74 הראה רמות נמוכות יותר באופן משמעותי של aflatoxins ברוב תאריכי דגימה. רמות של משמעות של הבדיקה של Tukey מסומנות בכוכבית בגרפיקה של איור 7. <html> g7.jpg &quot;/&gt; . איור 7. aflatoxins B 1 ו- B 2 בפסיגי בוטנים חצי לאחר דגירה (24, 48, 72 ו -96 שעות) עם flavus אספרגילוס בקרה: זרעים של 288-9 קו שאינו מהונדס; RNAi: זרעים מRNAi-288-72 וRNAi-288-74, מהונדס לRNAi p5XCAPD להשתיק חמישה גני אפלטוקסין-סינתזה. אפלטוקסין B 1 בזרעים בשלים (חום) (א); אפלטוקסין B 2 זרעים בשלים (ב); אפלטוקסין (ג) ב 1 בזרעים בשלים (צהוב) ואפלטוקסין (ד &#39;) ב&#39; 2 בזרעים לא בשלה. ערכים ממוצעים עם הברים המקבילים סטנדרטי שגיאה (T) של דגימות ביולוגיות כפולות מיוצגים. הבדלים מובהקים סטטיסטי הבדיקה * של Tukey: p ≤ 0.05, **: p ≤ 0.01, ***: p ≤ 0.001.S: //www.jove.com/files/ftp_upload/53398/53398fig7large.jpg &quot;target =&quot; _ blank &quot;&gt; לחץ כאן כדי לצפות בגרסה גדולה יותר של דמות זו. בסך הכל, RNAi-288-72 הראה לאורך כל הניסוי (24-96 שעות דגירה), 94% הפחתה -100% באפלטוקסין B 2, והפחתה של 90% -100% באפלטוקסין B 1 בהשוואה לשליטה. RNAi-288-74 הראה 63% -100% הפחתה באפלטוקסין B 2 ו -60% -100% הפחתה באפלטוקסין B 1, איור 7. פריימרים המשמשים לזיהוי PCR בזמן אמת של ביטוי של להכניס את RNAi מוצגים באיור 1. פסיגים בוטנים-זרע נותחו ללא עוברים, כדי להסיר את ההגנות טבעיות שלהם ולהיות מסוגל לזהות את ההשפעה הפוטנציאלית של RNAi באזור החשוף ביותר ל פטריית פלישה, הפסיגים. ביטוי של RNAi מזוהה להוסיף בפסיגים בוגרים (צהוב) של קו 288-74 על ידי פריימר להגדיר RT_5X_1 היה פי ארבעה על T C </sUB&gt; = 1 סף של הביקורת השלילית, ועל ידי פריימר להגדיר RT_5X_2 היה 19 לקפל מעל הסף, בבת 24 שעות דגירה. לפחות שלוש מתוך חמישה שברי גן ברציפות בשימוש בשינוי הבוטנים, 5027, 7223 ו7228 (aflep, aflS / aflJ, וaflC / pksA, בהתאמה) אותרו על ידי RT-PCR (איור 1, 6). ביטוי של הכנס RNAi לא זוהה בפסיגים בוגרים ב 24 שעות, או בפסיגים בוגרים או לא בוגרים ב 48 שעות דגירה, איור 6 (למטה). <table fo:keep-together.within-page="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr height="21"><td height="65" rowspan="3" style="height:65px;width:64px;"> בוטנים קו </td><td rowspan="3" style="width:64px;"> זמן של דגימה </td><td colspan="3" style="width:192px;"> דוגמאות לRT-PCR </td><td colspan="3" rowspan="2" style="width:192px;"> דוגמאות לניתוח אפלטוקסין (מחוסן) </td><td rowspan="3" style="width:64px;"> Nחום-אדמדם של זרעים </td></tr><tr height="22"><td colspan="3" height="22" style="height:22px;width:192px;"> (לא מחוסן) </td></tr><tr height="22"><td height="22" style="height:22px;width:64px;"> נציג 1 </td><td style="width:64px;"> נציג 2 </td><td style="width:64px;"> נציג 3 </td><td style="width:64px;"> נציג 1 </td><td style="width:64px;"> נציג 2 </td><td style="width:64px;"> נציג 3 </td></tr><tr height="22"><td height="66" rowspan="3" style="height:66px;width:64px;"> RNAi (צהוב) </td><td style="width:64px;"> 24 שעות </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td rowspan="3" style="width:64px;"> 4.5 </td></tr><tr height="22"><td height="22" style="height:22px;width:64px;"> 48 שעות </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><tdסגנון &quot;רוחב: 64px;&quot; =&gt; 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td></tr><tr height="22"><td height="22" style="height:22px;width:64px;"> 72 שעות </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td></tr><tr height="22"><td height="22" style="height:22px;width:64px;"> לִשְׁלוֹט </td><td style="width:64px;"> 24 שעות </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td rowspan="3" style="width:64px;"> 4.5 </td></tr><tr height="22"><td height="22" style="height:22px;width:64px;"> (צָהוֹב) </td><td style="width:64px;"> 48 שעות </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td&gt; <td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td></tr><tr height="22"><td height="22" style="height:22px;width:64px;"></td><td style="width:64px;"> 72 שעות </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td><td style="width:64px;"> 1 </td></tr></tbody></table> טבלה 2. דוגמא להתקנה קטן מדגם לנתח ביטוי גנים והצטברות אפלטוקסין בזרעי בוטנים RNAi. ניתוח מלא של ביטוי וaflatoxins לקבוצה בגרות אחת (כלומר., צהובה), עם שלוש פעמים דגימה (24, 48 ו -72 שעות) , בשלושה עותקים, ידרוש 4.5 זרעים, כל מספר אחד בטבלה מייצג מחצית טבורית.

Watch this Scientific Journal Video about RNAi-mediated Control of Aflatoxins in Peanut: Method to Analyze Mycotoxin Production and Transgene Expression in the Peanut/Aspergillus Pathosystem at JoVE.c

RNAi-mediated Control of Aflatoxins in Peanut: Method to Analyze Mycotoxin Production and Transgene Expression in the Peanut/Aspergillus Pathosystem

אנו מדגימים שיטה לניתוח aflatoxins וביטוי transgene בזרעי בוטנים המכילים אותות RNA-התערבות להשתקת גני אפלטוקסין-סינתזה בflavus אספרגילוס הפטרייה. השליטה בתיווך RNAi של mycotoxins בצמחים לא דווחה בעבר.

בקרה בתיווך RNAi של aflatoxins בבוטנים: שיטה לניתוח ייצור mycotoxin וביטוי transgene בבוטנים /<em&gt; אספרגילוס</em&gt; Pathosystem

The Food and Agriculture Organization of the United Nations estimates that 25% of the food crops in the world are contaminated with aflatoxins. That ...

rnai-mediated-control-aflatoxins-peanut-method-to-analyze-mycotoxin

Research

JoVE Journal

Environment

RNAi-mediated Control of Aflatoxins in Peanut: Method to Analyze Mycotoxin Production and Transgene Expression in the Peanut/Aspergillus Pathosystem

20.8K Views.  United States Department of Agriculture, Agricultural Research Service.  אנו מדגימים שיטה לניתוח aflatoxins וביטוי transgene בזרעי בוטנים המכילים אותות RNA-התערבות להשתקת גני אפלטוקסין-סינתזה בflavus אספרגילוס הפטרייה. השליטה בתיווך RNAi של mycotoxins בצמחים לא דווחה בעבר. 

Video: RNAi-mediated Control of Aflatoxins in Peanut: Method to Analyze Mycotoxin Production and Transgene Expression in the Peanut/Aspergillus Pathosystem

Optimize Flue Gas Settings to Promote Microalgae Growth in Photobioreactors via Computer Simulations

Flue gas from power plants can promote algal cultivation and reduce greenhouse gas emissions1. Microalgae not only capture solar energy more efficiently than plants3, but also synthesize advanced biofuels2-4. Generally, atmospheric CO2 is not a sufficient source for supporting maximal algal growth5. On the other hand, the high concentrations of CO2 in industrial exhaust gases have adverse effects on algal physiology. Consequently, both cultivation conditions (such as nutrients and light) and the control of the flue gas flow into the photo-bioreactors are important to develop an efficient &ldquo;flue gas to algae&rdquo; system. Researchers have proposed different photobioreactor configurations4,6 and cultivation strategies7,8 with flue gas. Here, we present a protocol that demonstrates how to use models to predict the microalgal growth in response to flue gas settings. We perform both experimental illustration and model simulations to determine the favorable conditions for algal growth with flue gas. We develop a Monod-based model coupled with mass transfer and light intensity equations to simulate the microalgal growth in a homogenous photo-bioreactor. The model simulation compares algal growth and flue gas consumptions under different flue-gas settings. The model illustrates: 1) how algal growth is influenced by different volumetric mass transfer coefficients of CO2; 2) how we can find optimal CO2 concentration for algal growth via the dynamic optimization approach (DOA); 3) how we can design a rectangular on-off flue gas pulse to promote algal biomass growth and to reduce the usage of flue gas. On the experimental side, we present a protocol for growing Chlorella under the flue gas (generated by natural gas combustion). The experimental results qualitatively validate the model predictions that the high frequency flue gas pulses can significantly improve algal cultivation.

Flue gas from power plants is a cheap CO2 source for algal growth. We have built prototype &#34;flue gas to algal cultivation&#34; systems and described how to scale up the algal cultivation process. We have demonstrated the use of a mass-transfer bio-reaction model to simulate and to design the optimal operation of flue gas for the growth of Chlorella sp. in algal photo-bioreactors.

לייעל ארובות הגדרות גז לקידום Microalgae צמיחה בphotobioreactors באמצעות הדמיות מחשב

Flue gas from power plants can promote algal cultivation and reduce greenhouse gas emissions1. Microalgae not only capture solar energy more efficiently ...

Transient Gene Expression in Tobacco using Gibson Assembly and the Gene Gun

In order to target a single protein to multiple subcellular organelles, plants typically duplicate the relevant genes, and express each gene separately using complex regulatory strategies including differential promoters and/or signal sequences. Metabolic engineers and synthetic biologists interested in targeting enzymes to a particular organelle are faced with a challenge: For a protein that is to be localized to more than one organelle, the engineer must clone the same gene multiple times. This work presents a solution to this strategy: harnessing alternative splicing of mRNA. This technology takes advantage of established chloroplast and peroxisome targeting sequences and combines them into a single mRNA that is alternatively spliced. Some splice variants are sent to the chloroplast, some to the peroxisome, and some to the cytosol. Here the system is designed for multiple-organelle targeting with alternative splicing. In this work, GFP was expected to be expressed in the chloroplast, cytosol, and peroxisome by a series of rationally designed 5&#8217; mRNA tags. These tags have the potential to reduce the amount of cloning required when heterologous genes need to be expressed in multiple subcellular organelles. The constructs were designed in previous work11, and were cloned using Gibson assembly, a ligation independent cloning method that does not require restriction enzymes. The resultant plasmids were introduced into Nicotiana benthamiana epidermal leaf cells with a modified Gene Gun protocol. Finally, transformed leaves were observed with confocal microscopy.

This work describes a novel method for selectively targeting subcellular organelles in plants, assayed using the BioRad Gene Gun.

ביטוי גנים חולף בטבק באמצעות גיבסון הרכבה והאקדח הגן

In order to target a single protein to multiple subcellular organelles, plants typically duplicate the relevant genes, and express each gene separately ...

A Gusseted Thermogradient Table to Control Soil Temperatures for Evaluating Plant Growth and Monitoring Soil Processes

Thermogradient tables were first developed in the 1950s primarily to test seed germination over a range of temperatures simultaneously without using a series of incubators. A temperature gradient is passively established across the surface of the table between the heated and cooled ends and is lost quickly at distances above the surface. Since temperature is only controlled on the table surface, experiments are restricted to shallow containers, such as Petri dishes, placed on the table. Welding continuous aluminum vertical strips or gussets perpendicular to the surface of a table enables temperature control in depth via convective heat flow. Soil in the channels between gussets was maintained across a gradient of temperatures allowing a greater diversity of experimentation. The gusseted design was evaluated by germinating oat, lettuce, tomato, and melon seeds. Soil temperatures were monitored using individual, battery-powered dataloggers positioned across the table. LED lights installed in the lids or along the sides of the gradient table create a controlled temperature chamber where seedlings can be grown over a range of temperatures. The gusseted design enabled accurate determination of optimum temperatures for fastest germination rate and the highest percentage germination for each species. Germination information from gradient table experiments can help predict seed germination and seedling growth under the adverse soil conditions often encountered during field crop production. Temperature effects on seed germination, seedling growth, and soil ecology can be tested under controlled conditions in a laboratory using a gusseted thermogradient table.

Traditional thermogradient tables create a range of temperatures across the surface. Welding gussets perpendicular to the surface of a thermogradient table will control temperature in depth increasing possible research applications.

לוח א gusseted Thermogradient לשלוט טמפרטורות קרקע להערכת גדילת צמחי ניטור תהליכי אדמה

Thermogradient tables were first developed in the 1950s primarily to test seed germination over a range of temperatures simultaneously without using a ...

Production and Measurement of Organic Particulate Matter in the Harvard Environmental Chamber

The production and the evolution of atmospheric organic particulate matter (PM) are insufficiently understood for accurate simulations of atmospheric chemistry and climate. The complex production mechanisms and reaction pathways make this a challenging research topic. To address these issues, an environmental chamber, providing enough residence time and close-to-ambient concentrations of precursors for secondary organic materials, is needed. The Harvard Environmental Chamber (HEC) was built to serve this need, simulating the production of gas and particle phase species from volatile organic compounds (VOCs). The HEC has a volume of 4.7 m3 and a mean residence time of 3.4 h under typical operating conditions. It is operated as a completely mixed flow reactor (CMFR), providing the possibility of indefinite steady-state operation across days for sample collection and data analysis. The operation procedures are described in detail in this article. Several types of instrumentation are used to characterize the produced gas and particles. A High-Resolution Time-of-Fight Aerosol Mass Spectrometer (HR-ToF-AMS) is used to characterize particles. A Proton-Transfer-Reaction Mass Spectrometer (PTR-MS) is used for gaseous analysis. Example results are presented to show the use of the environmental chamber in a wide variety of applications related to the physicochemical properties and reaction mechanisms of organic atmospheric particulate matter.

This paper describes operation procedures for the Harvard Environmental Chamber (HEC) and related instrumentation for measuring gaseous and particle species. The environmental chamber is used to produce and study secondary organic species produced from the organic precursors, especially related to atmospheric organic particulate matter.

ייצור, מדידה של חלקיקים אורגניים בבית הבליעה סביבתיים הרווארד

The production and the evolution of atmospheric organic particulate matter (PM) are insufficiently understood for accurate simulations of atmospheric ...

The Plant Infection Test: Spray and Wound-Mediated Inoculation with the Plant Pathogen Magnaporthe Grisea

Plants possess a powerful system to defend themselves against potential threats by pathogenic fungi. For agriculturally important plants, however, current measures to combat such pathogens have proved too conservative and, thus, not sufficiently effective, and they can potentially pose environmental risks. Therefore, it is extremely necessary to identify host-resistance factors to assist in controlling plant diseases naturally through the identification of resistant germplasm, the isolation and characterization of resistance genes, and the molecular breeding of resistant cultivars. In this regard, there is need to establish an accurate, rapid, and large-scale inoculation method to breed and develop plant resistance genes. The rice blast fungal pathogen Magnaporthe grisea causes severe disease symptoms and yield losses. Recently, M. grisea has emerged as a model organism for studying the mechanisms of plant-fungal pathogen interactions. Hence, we report the development of a plant virulence test method that is specific for M. grisea. This method provides for both spray inoculation with a conidial suspension and wounding inoculation with mycelium cubes or droplets of conidial suspension. The key step of the wounding inoculation method for detached rice leaves is to make wounds on plant leaves, which avoids any interference caused by host penetration resistance. This spray/wounding protocol contributes to the rapid, accurate, and large-scale screening of the pathotypes of M. grisea isolates. This integrated and systematic plant infection method will serve as an excellent starting point for gaining a broad perspective of issues in plant pathology.

The Plant Infection Test: Spray and Wound-Mediated Inoculation with the Plant Pathogen Magnaporthe Grisea

Here, we present a protocol to test plant virulence with the plant pathogen Magnaporthe grisea. This report will contribute to the large-scale screening of the pathotypes of fungi isolates and serve as an excellent starting point for understanding the resistant mechanisms of plants during molecular breeding.

הבדיקה זיהום צמח: ריסוס, בתיווך הפצע חיסון עם הפתוגן של צמח Magnaporthe Grisea

Plants possess a powerful system to defend themselves against potential threats by pathogenic fungi. For agriculturally important plants, however, current ...

Assessing the Particulate Matter Removal Abilities of Tree Leaves

Based on the conventional cleaning methods (water cleaning (WC) + brush cleaning (BC)), this study evaluated the influence of ultrasonic cleaning (UC) on collecting various sized particulate matter (PM) retained on leaf surfaces. We further characterized the retention efficiency of leaves to various sized PM, which will help to assess the abilities of urban trees to remove PM from ambient air quantitatively. 
Taking three broadleaf tree species (Ginkgo biloba, Sophora japonica, and Salix babylonica) and two needleleaf tree species (Pinus tabuliformis and Sabina chinensis) as the research objects, leaf samples were collected 4 days (short PM retention period) and 14 days (long PM retention period) after the latest rainfall. PM retained on the leaf surfaces was collected by means of WC, BC, and UC in sequence. Then, retention efficiencies of leaves (AEleaf) to three types of the various sized PM, including easily removable PM (ERP), difficult-to-remove PM (DRP), and totally removable PM (TRP), were calculated. Only around 23%-45% of the total PM retained on leaves could be cleaned off and collected by WC. When the leaves were cleaned through WC+BC, the underestimation of the PM retention capacity of different tree species was in the range of 29%-46% for various sized PM. Almost all PM retained on leaves could be removed if UC was supplemented to WC+BC. 
In conclusion, if the UC was complemented after the conventional cleaning methods, more PM on leaf surfaces could be eluted and collected. The procedure developed in this study can be used for assessing the PM removal abilities of different tree species.

The ultrasonic cleaning method was applied to elute the particulate matter (PM) retained on leaf surfaces after PM was eluted by the conventional cleaning methods (water cleaning only or water cleaning plus brush cleaning). The methodology can help to improve the estimation accuracy for PM retention capacity of leaves.

הערכת היכולות הסרת חלקיקים של העץ עלים

Based on the conventional cleaning methods (water cleaning (WC) + brush cleaning (BC)), this study evaluated the influence of ultrasonic cleaning (UC) on ...

Visualizing Efficacy of Pesticides Against Disease Vector Mosquitoes in the Field

Efficacy of public health pesticides targeting nuisance and disease-vector insects such as mosquitoes, sand flies, and filth-breeding flies is not uniform across ecological zones. To best protect public and veterinary health from these insects, the environmental limitations of pesticides need to be investigated to inform effective use of the most appropriate pesticide formulations and techniques. We have developed a research program to evaluate combinations of pesticides, pesticide application equipment, and application techniques in hot-arid desert, hot-humid tropical, warm and cool temperate, and urban locations to derive pesticide use guidelines specific to target insect and environment. To these ends we designed a system of protocols to support efficient, cost-effective, portable, and standardized evaluation of a diverse range of pesticides and equipment across multiple environments. At the core of these protocols is the use of an array of small cages with colony-reared sentinel mosquitoes (adults and immatures) and sand flies (adults), strategically arranged in natural habitats and exposed to pesticide spray. Spatial and temporal patterns of pesticide efficacy are derived from percent mortality in sentinel cages, then mapped and visualized in a geographic information system. Maps of sentinel mortality data may be statistically compared to evaluate relative efficacy of a pesticide across multiple environments, or to study multiple pesticides in a single environment. Protocols may be modified to accommodate a variety of scenarios, including, for example, the vertical orientation of sentinels in canopy habitats or simultaneous testing of ground and aerial application methods.

The efficacy of public health pesticides targeting nuisance and disease-vector insects is not uniform across different ecological zones. Here we present a system of techniques using captive vector insects as sentinels for pesticide efficacy to derive electronic maps supporting the standard evaluation of pesticides across multiple environments.

להמחיש את היעילות של חומרי הדברה נגד יתושים וקטור מחלת בשטח

Efficacy of public health pesticides targeting nuisance and disease-vector insects such as mosquitoes, sand flies, and filth-breeding flies is not uniform ...

Composition and Distribution Analysis of Bioaerosols Under Different Environmental Conditions

Variable microorganisms in particulate matter (PM) under different environmental conditions may have significant impacts on human health. In this study, we described a protocol for multiple analyses of the biological compositions in environmental PM. Five experiments are presented: (1) PM number monitoring by using a laser particle counter; (2) PM collection by using a cyclonic aerosol sampler; (3) PM collection by using a high-volume air sampler with filters; (4) culturable microbes collection by the Andersen six-stage sampler; and (5) detection of biological composition of environmental PM by bacterial 16SrDNA and fungal ITS region sequencing. We selected hazy days and a livestock farm as two typical examples of the application in this protocol. In this study, these two sampling methods, cyclonic aerosol sampler and filter sampler, showed different sampling efficiency. The cyclonic aerosol sampler performed much better in terms of collecting bacteria, while these two methods showed the same efficiency in collecting fungi. Filter samplers can work under low temperature conditions while cyclonic aerosol samplers have a sampling limitation for temperature. A solid impacting sampler, such as an Andersen six-stage sampler, can be used to sample bioaerosols directly into the culture medium, which increases the survival rate of culturable microorganisms. However, this method mainly relies on culture while more than 99% of microbes cannot be cultured. DNA extracted from the culturable bacteria collected by the Andersen six-stage sampler and samples collected by cyclonic aerosol sampler and filter sampler were detected by bacterial 16S rDNA and fungal ITS region sequencing.All the methods above may have wide application in many fields of study, such as environmental monitoring and airborne pathogen detection. From these results, we can conclude that these methods can be used under different conditions and may help other researchers further explore the health impacts of environmental bioaerosols.

Understanding the biological composition of environmental particulate matter is important for the study of its significant impacts on human health and disease spread. Here, we used three types of bioaerosol sampling methods and a biological analysis of airborne microbes to better explore airborne microbial communities under different environmental conditions.

הלחנה וניתוח הפצה Bioaerosols בתנאים סביבתיים שונים

Variable microorganisms in particulate matter (PM) under different environmental conditions may have significant impacts on human health. In this study, ...

A Telemetric, Gravimetric Platform for Real-Time Physiological Phenotyping of Plant&ndash;Environment Interactions

Food security for the growing global population is a major concern. The data provided by genomic tools far exceeds the supply of phenotypic data, creating a knowledge gap. To meet the challenge of improving crops to feed the growing global population, this gap must be bridged.
Physiological traits are considered key functional traits in the context of responsiveness or sensitivity to environmental conditions. Many recently introduced high-throughput (HTP) phenotyping techniques are based on remote sensing or imaging and are capable of directly measuring morphological traits, but measure physiological parameters mainly indirectly.
This paper describes a method for direct physiological phenotyping that has several advantages for the functional phenotyping of plant&#8211;environment interactions. It helps users overcome the many challenges encountered in the use of load-cell gravimetric systems and pot experiments. The suggested techniques will enable users to distinguish between soil weight, plant weight and soil water content, providing a method for the continuous and simultaneous measurement of dynamic soil, plant and atmosphere conditions, alongside the measurement of key physiological traits. This method allows researchers to closely mimic field stress scenarios while taking into consideration the environment&#8217;s effects on the plants&#8217; physiology. This method also minimizes pot effects, which are one of the major problems in pre-field phenotyping. It includes a feed-back fertigation system that enables a truly randomized experimental design at a field-like plant density. This system detects the soil-water-content limiting threshold (&#952;) and allows for the translation of data into knowledge through the use of a real-time analytic tool and an online statistical resource. This method for the rapid and direct measurement of the physiological responses of multiple plants to a dynamic environment has great potential for use in screening for beneficial traits associated with responses to abiotic stress, in the context of pre-field breeding and crop improvement.

A Telemetric, Gravimetric Platform for Real-Time Physiological Phenotyping of Plant&amp;#8211;Environment Interactions

This high-throughput, telemetric, whole-plant water relations gravimetric phenotyping method enables direct and simultaneous real-time measurements, as well as the analysis of multiple yield-related physiological traits involved in dynamic plant&#8211;environment interactions.

פלטפורמה טלמטרית, כבידתית ל Phenotyping פיזיולוגי בזמן אמת של אינטראקציות צמח-סביבה

Food security for the growing global population is a major concern. The data provided by genomic tools far exceeds the supply of phenotypic data, creating ...

Mistletoe Eradicator - A Novel Tool for Simultaneous Mechanical and Chemical Control of Mistletoe

Some species of mistletoes, an aerial plant hemiparasites, play a Janus-like role in ecosystems by being rich biodiversity hotspots due to their trophic and topic associations with various organisms and at the same time acting as biological pirates, exhausting the host trees by stealing water and nutrients via the haustorium. Many crop and timber trees are attacked by mistletoes, for example, dwarf mistletoes parasitize conifers, representatives of genus Tapinanthus target guava, and Phoradendron mistletoe target pecans. Recently, an increasing infestation of the European mistletoe (Viscum album subsp. album L.) in monoculture stands of common walnuts (Juglans regia L.)&#160;was recorded for the first time during 2018 in different regions of Kashmir Valley, India. The common chemical approach based on the spraying of mistletoe exophytes with the growth regulators, ethephon and glyphosate, was not efficient since V. album resprouted in the next vegetation season. Hand pruning of mistletoe was time-consuming, and a polyethylene covering resulted in the localized rotting of host tissues. The most efficient approach to eradicate mistletoe was the use of a novel tool called Mistletoe Eradicator, which allows to use mechanical and chemical means of mistletoe control simultaneously. It consists of a manipulating pole with the terminal pruning saw having a container filled with the growth regulator, from which the liquid slowly drops onto the saw blade through the nozzle. It allows working both from the ground and in the tree canopy. After the targeted application of 5%-10% ethephon or glyphosate to the base of the just pruned V. album stems (stubs), exophyte resprouting was significantly reduced 9 months after the pruning as compared to the only pruned or sprayed exophytes. An alternative variant of Mistletoe Eradicator was constructed in Ukraine filled just with a food color additive to track the liquid dropping and was successfully tested.

The protocol describes an easy-to-handle tool called Mistletoe Eradicator which combines mechanical and chemical approaches and is efficient in the control of mistletoe infestation on the host trees. The manuscript uses the European mistletoe (Viscum album subsp. album L.) as an example.

Mistletoe Midicator - כלי חדשני לבקרה מכנית וכימית סימולטנית של Mistletoe

Some species of mistletoes, an aerial plant hemiparasites, play a Janus-like role in ecosystems by being rich biodiversity hotspots due to their trophic ...