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Using a Pan-Viral Microarray Assay (Virochip) to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

The diagnosis of viral causes of many infectious diseases is difficult due to the inherent sequence diversity of viruses as well as the ongoing emergence ...

University of California, San Francisco

El objetivo de este estudio es describir el espectro de hallazgos en la TC inicial y de seguimiento de la nueva influenza A (H1N1) en una serie de pacientes inmunocomprometidos. Ocho pacientes inmunocomprometidos con la nueva influenza documentada por A (H1N1) ten&#xED;an im&#xE1;genes de TC en nuestro centro entre mayo de 2009 y agosto de 2009. Un total de 20 cts (inicial y de seguimiento) se examinaron para detectar la presencia, severidad y distribuci&#xF3;n de los siguientes: vidrio deslustrado, consolidaci&#xF3;n, engrosamiento septal interlobular, la perfusi&#xF3;n de mosaico, el engrosamiento de las v&#xED;as respiratorias de la pared, la dilataci&#xF3;n de las v&#xED;as respiratorias, n&#xF3;dulos, quistes, derrame pleural, derrame peric&#xE1;rdico, linfadenopat&#xED;a y atrapamiento de aire. Los hallazgos m&#xE1;s frecuentes fueron: engrosamiento de las v&#xED;as respiratorias / dilataci&#xF3;n, la opacidad en vidrio esmerilado peribronquial, n&#xF3;dulos centrolobulillar, y opacidades de &#xE1;rbol en brote. La consolidaci&#xF3;n de la participaci&#xF3;n perif&#xE9;rica de los l&#xF3;bulos inferiores tambi&#xE9;n fue un patr&#xF3;n com&#xFA;n. Los resultados con frecuencia participan todos los l&#xF3;bulos y se asociaron estrechamente con cualquiera de las v&#xED;as respiratorias grandes o peque&#xF1;os. Dos pacientes presentaron at&#xED;picos hallazgos en la TC como la consolidaci&#xF3;n lobular focal y la consolidaci&#xF3;n del l&#xF3;bulo inferior irregular con suaves n&#xF3;dulos de tejido centrolobulillar. La mayor&#xED;a de los supervivientes mostraron cerca de una resoluci&#xF3;n completa de los resultados dentro de 35 d&#xED;as. Las tomograf&#xED;as computarizadas en los pacientes inmunocomprometidos con la nueva influenza H1N1 com&#xFA;nmente muestran un predominio de las v&#xED;as respiratorias fuerte de los resultados o &#xE1;reas perif&#xE9;ricas de la consolidaci&#xF3;n que afectan a los l&#xF3;bulos inferiores. Un subconjunto de pacientes con influenza A (H1N1) se muestran resultados que no son t&#xED;picas de la infecci&#xF3;n viral.

Hallazgos en TC tor&#xE1;cica de la nueva influenza A (H1N1) en pacientes inmunodeprimidos

Le but de cette &#xE9;tude est de d&#xE9;crire le spectre des r&#xE9;sultats de la TDM initiale et de suivi de la grippe A (H1N1) dans une s&#xE9;rie de patients immunod&#xE9;prim&#xE9;s. Huit patients immunod&#xE9;prim&#xE9;s atteints de la grippe roman document&#xE9; A (H1N1) a eu l&#x26;#39;imagerie CT dans notre institution entre mai 2009 et Ao&#xFB;t 2009. Un total de 20 cts (initiale et de suivi) ont &#xE9;t&#xE9; examin&#xE9;s pour la pr&#xE9;sence, la s&#xE9;v&#xE9;rit&#xE9;, et la distribution de ce qui suit: opacit&#xE9; en verre d&#xE9;poli, la consolidation, interlobulaires &#xE9;paississement du septum, de perfusion en mosa&#xEF;que, &#xE9;paississement de la paroi des voies a&#xE9;riennes, une dilatation des voies respiratoires, des nodules, kystes, &#xE9;panchement pleural, un &#xE9;panchement p&#xE9;ricardique, lymphad&#xE9;nopathie, et le pi&#xE9;geage de l&#x26;#39;air. Les r&#xE9;sultats les plus courantes &#xE9;taient l&#x26;#39;&#xE9;paississement des voies a&#xE9;riennes / dilatation, p&#xE9;ribronchique opacit&#xE9; en verre d&#xE9;poli, nodules centrolobulaires, et l&#x26;#39;arbre-en-bourgeon opacit&#xE9;s. La consolidation p&#xE9;riph&#xE9;rique impliquant les lobes inf&#xE9;rieurs &#xE9;tait &#xE9;galement un mod&#xE8;le commun. Les r&#xE9;sultats souvent impliqu&#xE9;s tous les lobes et ont &#xE9;t&#xE9; &#xE9;troitement associ&#xE9; &#xE0; deux voies grandes ou petites. Deux patients ont pr&#xE9;sent&#xE9; des r&#xE9;sultats du scanner atypiques, dont la consolidation lobaire focale et in&#xE9;gale consolidation du lobe inf&#xE9;rieur de douces nodules centrolobulaires tissus. La plupart des survivants ont montr&#xE9; pr&#xE8;s de la r&#xE9;solution compl&#xE8;te des r&#xE9;sultats dans les 35 jours. Tomodensitom&#xE9;trie chez les patients immunod&#xE9;prim&#xE9;s avec le roman de la grippe H1N1 montrent souvent une pr&#xE9;dominance des voies respiratoires forte des r&#xE9;sultats de la ou des zones p&#xE9;riph&#xE9;riques de la consolidation impliquant les lobes inf&#xE9;rieurs. Un sous-ensemble de patients atteints de la nouvelle grippe A (H1N1) affichera les r&#xE9;sultats non typiques d&#x26;#39;une infection virale.

Thoraciques r&#xE9;sultats du scanner de grippe A (H1N1) chez les patients immunod&#xE9;prim&#xE9;s

&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x662F;&#x63CF;&#x8FF0;&#x7684;&#x521D;&#x59CB;&#x53CA;&#x540E;&#x7EED; ct &#x8BCA;&#x65AD;&#x7684;&#x65B0;&#x578B;&#x6D41;&#x611F; (H1N1) &#x611F;&#x67D3;&#x7684;&#x4E00;&#x7CFB;&#x5217;&#x514D;&#x75AB;&#x635F;&#x5BB3;&#x60A3;&#x8005;&#x7684;&#x9891;&#x8C31;&#x3002;&#x6709;&#x6848;&#x53EF;&#x7A3D;&#x7684;&#x65B0;&#x578B;&#x6D41;&#x611F; (H1N1) &#x7684;&#x516B;&#x4E2A;&#x53D7;&#x635F;&#x60A3;&#x8005;&#x5728; 2009 &#x5E74; 5 &#x6708;&#x81F3; 2009 &#x5E74; 8 &#x6708;&#x6211;&#x4EEC;&#x673A;&#x6784;&#x4E86; CT &#x6210;&#x50CF;&#x3002;&#x603B;&#x5171;&#x6709; 20 CTs &#xFF08;&#x521D;&#x59CB;&#x548C;&#x540E;&#x7EED;&#x884C;&#x52A8;&#xFF09; &#x7684;&#x5B58;&#x5728;&#x3001; &#x4E25;&#x91CD;&#x6027;&#x548C;&#x4EE5;&#x4E0B;&#x7684;&#x5206;&#x5E03;&#x8FDB;&#x884C;&#x4E86;&#x5BA1;&#x67E5;&#xFF1A; &#x73BB;&#x7483;&#x4E0D;&#x900F;&#x660E;&#x5EA6;&#x3001; &#x6574;&#x5408;&#x3001; &#x5C0F;&#x53F6;&#x95F4;&#x95F4;&#x9694;&#x80A5;&#x539A;&#x3001; &#x9A6C;&#x8D5B;&#x514B;&#x704C;&#x6CE8;&#x3001; &#x6C14;&#x9053;&#x58C1;&#x589E;&#x539A;&#x3001; &#x6C14;&#x9053;&#x6269;&#x5F20;&#x3001; &#x7ED3;&#x8282;&#x3001; &#x56CA;&#x80BF;&#x3001; &#x80F8;&#x8154;&#x79EF;&#x6DB2;&#x3001; &#x5FC3;&#x5305;&#x79EF;&#x6DB2;&#x3001; &#x6DCB;&#x5DF4;&#x7ED3;&#x80BF;&#x5927;&#x3001; &#x5730;&#x9762;&#x548C;&#x7A7A;&#x4E2D;&#x9677;&#x5370;&#x3002;&#x6700;&#x5E38;&#x89C1;&#x7684;&#x7ED3;&#x679C;&#x6C14;&#x9053;&#x52A0;&#x539A;/&#x6269;&#x5F20;&#x3001; peribronchial &#x5730;&#x9762;&#x73BB;&#x7483;&#x4E0D;&#x900F;&#x660E;&#x5EA6;&#x3001; centrilobular &#x7ED3;&#x6838;&#x548C;&#x6811;&#x7684;&#x82BD;&#x6DF7;&#x6D4A;&#x3002;&#x5916;&#x8BBE;&#x6574;&#x5408;&#x6D89;&#x53CA;&#x8F83;&#x4F4E;&#x7684;&#x53F6;&#x4E5F;&#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x5E38;&#x89C1;&#x6A21;&#x5F0F;&#x3002;&#x7ED3;&#x679C;&#x7ECF;&#x5E38;&#x6D89;&#x53CA;&#x6240;&#x6709;&#x53F6;&#x548C;&#x5BC6;&#x5207;&#x5173;&#x8054;&#x5927;&#x6216;&#x5C0F;&#x7684;&#x822A;&#x7A7A;&#x516C;&#x53F8;&#x3002;&#x975E;&#x5178;&#x578B; CT &#x8868;&#x73B0;&#x5305;&#x62EC;&#x7126;&#x5927;&#x53F6;&#x6027;&#x6574;&#x5408;&#x548C;&#x8F6F;&#x7EC4;&#x7EC7; centrilobular &#x7ED3;&#x6838;&#x7684;&#x4FEE;&#x4FEE;&#x8865;&#x8865;&#x4F4E;&#x53F6;&#x6574;&#x5408;&#x63D0;&#x51FA;&#x4E86;&#x4E24;&#x4E2A;&#x75C5;&#x4EBA;&#x3002;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x5E78;&#x5B58;&#x8005;&#x5728; 35 &#x5929;&#x5185;&#x663E;&#x793A;&#x9644;&#x8FD1;&#x7684;&#x8C03;&#x67E5;&#x7ED3;&#x679C;&#x7684;&#x5B8C;&#x6574;&#x89E3;&#x51B3;&#x65B9;&#x6848;&#x3002;CT &#x626B;&#x63CF;&#x5728;&#x65B0;&#x578B;&#x6D41;&#x611F;&#x7532;&#x578B; h1n1 &#x6D41;&#x611F;&#x901A;&#x5E38;&#x663E;&#x793A;&#x7ED3;&#x679C;&#x5F3A;&#x6C14;&#x9053;&#x4F18;&#x52BF;&#x6216;&#x5468;&#x8FB9;&#x5730;&#x533A;&#x6574;&#x5408;&#x6D89;&#x53CA;&#x8F83;&#x4F4E;&#x7684;&#x53F6;&#x53D7;&#x635F;&#x60A3;&#x8005;&#x3002;&#x65B0;&#x578B;&#x6D41;&#x611F;&#x60A3;&#x8005;&#x7684;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5B50;&#x96C6; A (H1N1) &#x5C06;&#x663E;&#x793A;&#x7ED3;&#x679C;&#x4E0D;&#x662F;&#x5178;&#x578B;&#x7684;&#x75C5;&#x6BD2;&#x611F;&#x67D3;&#x3002;

&#x80F8; CT &#x7684;&#x65B0;&#x578B;&#x6D41;&#x611F; (H1N1) &#x611F;&#x67D3;&#x514D;&#x75AB;&#x635F;&#x5BB3;&#x60A3;&#x8005;&#x7684;&#x8C03;&#x67E5;&#x7ED3;&#x679C;&#x3002;

The goal of this study is to describe the spectrum of initial and follow-up CT findings of novel influenza A (H1N1) infection in a series of immunocompromised patients. Eight immunocompromised patients with documented novel influenza A (H1N1) had CT imaging at our institution between May 2009 and August 2009. A total of 20 CTs (initial and follow-up) were reviewed for the presence, severity, and distribution of the following: ground glass opacity, consolidation, interlobular septal thickening, mosaic perfusion, airway wall thickening, airway dilatation, nodules, cysts, pleural effusion, pericardial effusion, lymphadenopathy, and air trapping. The most common findings were airway thickening/dilatation, peribronchial ground glass opacity, centrilobular nodules, and tree-in-bud opacities. Peripheral consolidation involving the lower lobes was also a common pattern. Findings frequently involved all lobes and were closely associated with either large or small airways. Two patients presented with atypical CT findings including focal lobar consolidation and patchy lower lobe consolidation with soft tissue centrilobular nodules. Most survivors showed near complete resolution of findings within 35 days. CT scans in immunocompromised patients with novel influenza H1N1 commonly show a strong airway predominance of findings or peripheral areas of consolidation involving the lower lobes. A subset of patients with novel influenza A (H1N1) will show findings not typical of viral infection.

Thoracic CT findings of novel influenza A (H1N1) infection in immunocompromised patients.

Das Ziel dieser Studie ist es, das Spektrum der Erstausbildung und Follow-up CT-Ergebnisse der neuen Influenza A (H1N1) Infektion in einer Reihe von immungeschw&auml;chten Patienten zu beschreiben. Acht immungeschw&auml;chten Patienten mit dokumentierten neuartigen Influenza A (H1N1) hatte CT-Bildgebung bei unserer Institution von Mai 2009 bis August 2009. Insgesamt 20 CTs (Initial und Follow-up) wurden f&uuml;r die Pr&auml;senz, die schwere und die Verteilung der folgenden &uuml;berpr&uuml;ft: geschliffen, Glas Deckkraft, Konsolidierung, interlobular Septumdefekt Verdickung, Mosaik-Perfusion, Airway Wand Verdickung, Airway Dilatation, Kn&ouml;tchen, Zysten, Pleuraerguss, Perikarderguss, Lymphadenopathie und Luft auffangen. Die h&auml;ufigsten Befunde waren Airway Verdickung/Dilatation, Peribronchial eingeschliffenem Deckkraft, Centrilobular Kn&ouml;tchen und Baum-in-Bud Tr&uuml;bungen. Periphere Konsolidierung, die die unteren Lappen war auch ein gemeinsames Muster. Befunde h&auml;ufig beteiligt alle Lappen und waren eng verbunden mit entweder gro&szlig;e oder kleine Airways. Zwei Patienten mit atypischen CT-Befunde, die einschlie&szlig;lich fokale lob&auml;res Konsolidierung und l&uuml;ckenhaft unteren Lobus Konsolidierung mit Weichgewebe Centrilobular Kn&ouml;tchen. Die meisten &Uuml;berlebenden zeigte sich in der N&auml;he von vollst&auml;ndige R&uuml;ckbildung der Befunde innerhalb von 35 Tagen. CT scannt bei immungeschw&auml;chten Patienten mit neuartigen Influenza H1N1 zeigen h&auml;ufig eine starke Airway-Dominanz der Feststellungen oder Randgebiete der Konsolidierung, die die unteren Lappen. Eine Untergruppe von Patienten mit neuartigen Influenza A (H1N1) Feststellungen nicht typisch f&uuml;r virale Infektion zeigen.

Thoracic CT Befunde von neuartigen Influenza A (H1N1)-Infektionen bei immungeschw&auml;chten Patienten.

L&#39;obiettivo di questo studio &egrave; quello di descrivere lo spettro di risultati di CT iniziale e follow-up dell&#39;infezione da romanzo dell&#39;influenza A (H1N1) in una serie di pazienti immunocompromessi. Otto pazienti immunocompromessi con documentata romanzo dell&#39;influenza A (H1N1) avevano imaging CT presso la nostra istituzione tra maggio 2009 e agosto 2009. Un totale di 20 CTs (iniziale e follow-up) sono stati esaminati per la presenza, la gravit&agrave; e la distribuzione dei seguenti: terra vetro opacit&agrave;, consolidamento, interlobulari ispessimento del setto, perfusione mosaico, ispessimento di parete delle vie aeree, dilatazione delle vie aeree, noduli, cisti, versamento pleurico, versamento pericardico, linfoadenopatia e air trapping. I reperti pi&ugrave; comuni erano ispessimento/dilatazione delle vie aeree, peribronchiali vetro smerigliato opacit&agrave;, noduli centrolobulare e opacit&agrave; tree in bud. Consolidamento periferico che coinvolgono i lobi inferiori era anche un modello comune. Risultati frequentemente coinvolto tutti i lobi e sono stati strettamente associati o grandi o piccole vie aeree. Due pazienti presentati risultati di CT atipici tra cui focale consolidamento lobare e chiazze consolidamento del lobo inferiore con noduli di tessuto molle centrolobulare. La maggior parte dei sopravvissuti ha mostrato vicino a risoluzione completa dei risultati entro 35 giorni. TAC in pazienti immunocompromessi con romanzo dell&#39;influenza H1N1 comunemente mostrano una predominanza delle vie aeree forte dei risultati o zone periferiche di consolidamento che coinvolgono i lobi inferiori. Un sottogruppo di pazienti con romanzo dell&#39;influenza A (H1N1) mostrer&agrave; risultati non tipiche dell&#39;infezione virale.

Risultati di CT toracico di infezione romanzo dell&#39;influenza A (H1N1) in pazienti immunocompromessi.

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&#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC758; &#xBAA9;&#xC801;&#xC740; immunocompromised &#xD658;&#xC790; &#xC2DC;&#xB9AC;&#xC988;&#xC5D0; &#xC2E0;&#xD615; &#xC778;&#xD50C;&#xB8E8;&#xC5D4;&#xC790; (H1N1) &#xAC10;&#xC5FC;&#xC758; &#xCD08;&#xAE30; &#xBC0F; &#xD6C4;&#xC18D; CT &#xACB0;&#xACFC;&#xC758; &#xC2A4;&#xD399;&#xD2B8;&#xB7FC;&#xC744; &#xC124;&#xBA85;. 8 Immunocompromised &#xD658;&#xC790; &#xBB38;&#xC11C;&#xD654; &#xB41C; &#xC2E0;&#xD615; &#xC778;&#xD50C;&#xB8E8;&#xC5D4;&#xC790; (H1N1) 2009 &#xB144; 5 &#xC6D4; 8 &#xC6D4; 2009 &#xB144; &#xC0AC;&#xC774; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xAD50;&#xC721; &#xAE30;&#xAD00;&#xC5D0;&#xC11C; CT &#xC601;&#xC0C1;&#xC744; &#xD588;&#xB2E4;. &#xCD1D; 20 CTs (&#xCD08;&#xAE30; &#xBC0F; &#xD6C4;&#xC18D;)&#xC758; &#xC874;&#xC7AC;, &#xC2EC;&#xAC01;&#xB3C4;, &#xBC0F; &#xB2E4;&#xC74C;&#xC758; &#xBC30;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC80;&#xD1A0; &#xD588;&#xB2E4;: &#xC720;&#xB9AC; &#xBD88;&#xD22C;&#xBA85;&#xB3C4;, &#xD1B5;&#xD569;, interlobular septal &#xB450;&#xAECD;&#xAC8C;, &#xBAA8;&#xC790;&#xC774;&#xD06C; &#xAD00;&#xB958;, &#xAE30;&#xB3C4; &#xBCBD; &#xB450;&#xAECD;&#xAC8C;, &#xAE30;&#xB3C4; &#xD33D;&#xCC3D;, &#xD639;, cysts, &#xD749; &#xB9C9; &#xC720;&#xCD9C;, pericardial &#xC720;&#xCD9C;, lymphadenopathy, &#xC811;&#xC9C0; &#xBC0F; &#xD2B8;&#xB798;&#xD551;&#xC5D0; &#xC5B4;. &#xAC00;&#xC7A5; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xD588;&#xB2E4; &#xAE30;&#xB3C4; &#xB450;&#xAECD;&#xAC8C;/&#xD33D;&#xCC3D;, peribronchial &#xC9C0;&#xC0C1; &#xC720;&#xB9AC; &#xBD88;&#xD22C;&#xBA85;&#xB3C4;, centrilobular &#xD639; &#xB098;&#xBB34;-&#xBC84;&#xB4DC; &#xBD88;&#xD22C;&#xBA85;&#xB3C4;. &#xB0AE;&#xC740; &#xB3CC;&#xCD9C;&#xBD80;&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC8FC;&#xBCC0; &#xAE30;&#xAE30; &#xD1B5;&#xD569;&#xC740; &#xB610;&#xD55C; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xD328;&#xD134;. &#xACB0;&#xACFC; &#xC790;&#xC8FC; &#xCC38;&#xC5EC; &#xD558;&#xB294; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xB3CC;&#xCD9C;&#xBD80;&#xC640; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; &#xB610;&#xB294; &#xC18C;&#xADDC;&#xBAA8; &#xD56D;&#xACF5;. &#xB450; &#xD658;&#xC790; &#xCD08;&#xC810; lobar &#xD1B5;&#xD569; &#xBC0F; &#xC5F0; &#xC870;&#xC9C1; centrilobular &#xD639; &#xB204; &#xB355; &#xB204; &#xB355; &#xB0AE;&#xC740; &#xC5FD; &#xD1B5;&#xD569;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD55C; &#xBE44;&#xC815;&#xD615; CT &#xACB0;&#xACFC; &#xB9CC;&#xB0A9;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xC0DD;&#xC874;&#xC790; 35 &#xC77C; &#xC774;&#xB0B4;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC;&#xC758; &#xC804;&#xCCB4; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xAC00;&#xAE4C;&#xC774; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. &#xC2E0;&#xD615; &#xC778;&#xD50C;&#xB8E8;&#xC5D4;&#xC790; H1N1 &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xACB0;&#xACFC;&#xC758; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; &#xAE30;&#xB3C4; &#xC6B0;&#xC704; &#xB610;&#xB294; &#xB0AE;&#xC740; &#xB3CC;&#xCD9C;&#xBD80;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xD1B5;&#xD569;&#xC758; &#xC8FC;&#xBCC0; &#xC601;&#xC5ED; &#xD45C;&#xC2DC; immunocompromised &#xD658;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; CT &#xC2A4;&#xCE94;. &#xC2E0;&#xD615; &#xC778;&#xD50C;&#xB8E8;&#xC5D4;&#xC790; &#xD658;&#xC790;&#xC758; &#xD558;&#xC704; &#xC9D1;&#xD569; (H1N1)&#xB97C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD558;&#xC9C0; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xAC10;&#xC5FC;&#xC758; &#xC804;&#xD615;&#xC801;&#xC778; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xD749;&#xBD80; CT immunocompromised &#xD658;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2E0;&#xD615; &#xC778;&#xD50C;&#xB8E8;&#xC5D4;&#xC790; (H1N1) &#xAC10;&#xC5FC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC;.

&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x4EE5;&#x524D;&#x7528;&#x4E8E;&#x75C5;&#x539F;&#x53D1;&#x73B0;&#xFF0C;&#x867D;&#x7136;&#x5176;&#x6210;&#x672C;&#x548C;&#x590D;&#x6742;&#x6027;&#x6709;&#x963B;&#x6B62;&#x5176;&#x5B9E;&#x9645;&#x7684;&#x524D;&#x7EBF;&#x8BCA;&#x65AD;&#x7528;&#x672A;&#x77E5;&#x7684;&#x4F20;&#x67D3;&#x6027;&#x75BE;&#x75C5;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C55;&#x793A;&#x8BE5;&#x5B9E;&#x7528;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x7684;&#x6218;&#x7565;&#x3001; &#x6CDB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x82AF;&#x7247; &#xFF08;Virochip&#xFF09; &#x548C;&#x6DF1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#xFF0C;&#x9274;&#x5B9A;&#x548C;&#x8868;&#x5F81; 2009 &#x5E74;&#x5927;&#x6D41;&#x884C;&#x7684;&#x7532;&#x578B; H1N1 &#x6D41;&#x611F;&#x75C5;&#x6BD2;&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x4F20;&#x67D3;&#x75C5;&#x7684;&#x58A8;&#x897F;&#x54E5;&#x3001; &#x52A0;&#x62FF;&#x5927;&#x548C;&#x7F8E;&#x56FD;&#x7684;&#x6700;&#x65E9;&#x9636;&#x6BB5;&#x671F;&#x95F4;&#x4F7F;&#x7528;&#x9F3B;&#x54BD;&#x62ED;&#x5B50;&#x6536;&#x96C6; &#xFF08;n = 17&#xFF09;&#xFF0C;Virochip &#x662F;&#x80FD;&#x591F;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x5BF9;&#x732A;&#x6D41;&#x611F;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6CA1;&#x6709;&#x5148;&#x9A8C;&#x4FE1;&#x606F;&#x4E0E;&#x6700;&#x5BC6;&#x5207;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x65B0;&#x578B;&#x75C5;&#x6BD2;&#x3002;&#x6DF1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x4EA7;&#x51FA;&#x7684;&#x8BFB;&#x53D6;&#x5BF9;&#x5E94; 2009 &#x5E74; h1n1 &#x75C5;&#x6BD2;&#x6D41;&#x611F; &#xFF08;&#x5BF9;&#x9F50;&#x5E8F;&#x5217;&#x5BF9;&#x5E94; 2009 &#x5E74; h1n1 &#x75C5;&#x6BD2; 0.0011%&#x81F3; 10.9%&#x7684;&#x767E;&#x5206;&#x6BD4;&#xFF09;&#xFF0C;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x793A;&#x4F8B;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x9AD8;&#x8FBE; 97%&#x7684;&#x6D41;&#x611F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5728;&#x4E00;&#x4E2A;&#x6837;&#x672C;&#x4E2D;&#x7684;&#x8986;&#x76D6;&#x9762;&#x3002;2009 &#x5E74; h1n1 &#x75C5;&#x6BD2;&#x7531;&#x6DF1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x68C0;&#x6D4B;&#x53EF;&#x80FD;&#x751A;&#x81F3;&#x5728;&#x9644;&#x8FD1;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x9006;&#x8F6C;&#x5F55;-&#x805A;&#x5408;&#x9176;&#x94FE;&#x53CD;&#x5E94;&#xFF0C;&#x68C0;&#x6D4B;&#x6781;&#x9650;&#x7684;&#x6D88;&#x957F;&#xFF0C;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6EF4;&#x5EA6;&#x4E0E;&#x7EBF;&#x6027;&#x76F8;&#x5173;&#x5E8F;&#x5217;&#x8BFB;&#x53D6;&#x7684;&#x767E;&#x5206;&#x6BD4;&#x3002;&#x6DF1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x8FD8;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x5728; 2009 &#x5E74; h1n1 &#x75C5;&#x6BD2;&#x611F;&#x67D3;&#x53CD;&#x5E94;&#x7684;&#x4E0A;&#x90E8;&#x7684;&#x547C;&#x5438;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x548C;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x89C1;&#x89E3;&#x3002;&#x4E0D;&#x504F;&#x4E0D;&#x501A;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#xFF0C;&#x7ED3;&#x5408;&#x6765;&#x81EA;&#x6240;&#x6709; 17 &#x7206;&#x53D1;&#x6837;&#x672C;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x663E;&#x793A; 90%&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x5728; 2009 &#x5E74;&#x7532;&#x578B; h1n1 &#x6D41;&#x611F;&#x805A;&#x96C6; de novo &#x65E0;&#x9700;&#x4F7F;&#x7528;&#x4EFB;&#x4F55;&#x53C2;&#x8003;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x96C6;&#x7684;&#x5168;&#x957F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6BB5;&#x9644;&#x8FD1;&#x7684;&#x51E0;&#x4E2A;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x7CBE;&#x7B80;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x68C0;&#x6D4B;&#x7B56;&#x7565;&#x6709;&#x53EF;&#x80FD;&#x53D6;&#x4EE3;&#x8C03;&#x67E5;&#x66B4;&#x53D1;&#x65B0;&#x578B;&#x75C5;&#x539F;&#xFF0C;&#x6240;&#x9700;&#x7684;&#x591A;&#x4E2A;&#x5E38;&#x89C4;&#x8BCA;&#x65AD;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x5E76;&#x5168;&#x9762;&#x8BCA;&#x65AD;&#x7684;&#x539F;&#x56E0;&#x4E0D;&#x660E;&#x7684;&#x6025;&#x6027;&#x75BE;&#x75C5;&#x6216;&#x4E34;&#x5E8A;&#x548C;&#x516C;&#x5171;&#x536B;&#x751F;&#x8BBE;&#x7F6E;&#x4E2D;&#x7684;&#x7A81;&#x53D1;&#x4E8B;&#x4EF6;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x4E00;&#x4E2A;&#x84DD;&#x56FE;&#x3002;

&#x5927;&#x6D41;&#x884C;&#x6027;&#x6D41;&#x611F; (&#x7532;&#x578B; h1n1 &#x6D41;&#x611F;&#x7684; 2009&#x5E74;) &#x611F;&#x67D3;&#x7684;&#x75C5;&#x4EBA;&#x4ECE;&#x5317;&#x7F8E;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

Although metagenomics has been previously employed for pathogen discovery, its cost and complexity have prevented its use as a practical front-line diagnostic for unknown infectious diseases. Here we demonstrate the utility of two metagenomics-based strategies, a pan-viral microarray (Virochip) and deep sequencing, for the identification and characterization of 2009 pandemic H1N1 influenza A virus. Using nasopharyngeal swabs collected during the earliest stages of the pandemic in Mexico, Canada, and the United States (n = 17), the Virochip was able to detect a novel virus most closely related to swine influenza viruses without a priori information. Deep sequencing yielded reads corresponding to 2009 H1N1 influenza in each sample (percentage of aligned sequences corresponding to 2009 H1N1 ranging from 0.0011% to 10.9%), with up to 97% coverage of the influenza genome in one sample. Detection of 2009 H1N1 by deep sequencing was possible even at titers near the limits of detection for specific RT-PCR, and the percentage of sequence reads was linearly correlated with virus titer. Deep sequencing also provided insights into the upper respiratory microbiota and host gene expression in response to 2009 H1N1 infection. An unbiased analysis combining sequence data from all 17 outbreak samples revealed that 90% of the 2009 H1N1 genome could be assembled de novo without the use of any reference sequence, including assembly of several near full-length genomic segments. These results indicate that a streamlined metagenomics detection strategy can potentially replace the multiple conventional diagnostic tests required to investigate an outbreak of a novel pathogen, and provide a blueprint for comprehensive diagnosis of unexplained acute illnesses or outbreaks in clinical and public health settings.

A metagenomic analysis of pandemic influenza A (2009 H1N1) infection in patients from North America.

Bien que la m&#xE9;tag&#xE9;nomique a d&#xE9;j&#xE0; &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9;e pour la d&#xE9;couverte des agents pathog&#xE8;nes, son co&#xFB;t et la complexit&#xE9; ont emp&#xEA;ch&#xE9; son utilisation comme une ligne de front pratique de diagnostic pour les maladies infectieuses inconnues. Ici, nous d&#xE9;montrer l&#x26;#39;utilit&#xE9; de deux strat&#xE9;gies bas&#xE9;es sur la m&#xE9;tag&#xE9;nomique, une puce &#xE0; ADN pan-virale (Virochip) et le s&#xE9;quen&#xE7;age en profondeur, pour l&#x26;#39;identification et la caract&#xE9;risation de 2009 virus pand&#xE9;mique H1N1 influenza A virus. Utilisation de pr&#xE9;l&#xE8;vements nasopharyng&#xE9;s recueillies au cours des premiers stades de la pand&#xE9;mie au Mexique, au Canada et aux &#xC9;tats-Unis (n = 17), le Virochip &#xE9;tait capable de d&#xE9;tecter un nouveau virus le plus &#xE9;troitement li&#xE9; aux virus de la grippe porcine sans information a priori. S&#xE9;quen&#xE7;age en profondeur a abouti &#xE0; lit correspondant &#xE0; la grippe H1N1 2009 dans chaque &#xE9;chantillon (pourcentage de s&#xE9;quences align&#xE9;es correspondant &#xE0; 2009 H1N1 allant de 0,0011% &#xE0; 10,9%), avec un maximum de couverture de 97% du g&#xE9;nome de la grippe dans un &#xE9;chantillon. D&#xE9;tection de la grippe H1N1 2009 par s&#xE9;quen&#xE7;age profonde &#xE9;tait possible, m&#xEA;me &#xE0; des titres &#xE0; proximit&#xE9; des limites de d&#xE9;tection pour les RT-PCR sp&#xE9;cifique, et le pourcentage de la s&#xE9;quence a &#xE9;t&#xE9; lit corr&#xE9;l&#xE9;e lin&#xE9;airement &#xE0; titre de virus. Profonde s&#xE9;quen&#xE7;age a &#xE9;galement fourni des indications sur le microbiote des voies respiratoires sup&#xE9;rieures et l&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes h&#xF4;te en r&#xE9;ponse &#xE0; 2009 l&#x26;#39;infection &#xE0; H1N1. Une analyse impartiale combinant les donn&#xE9;es de s&#xE9;quence de tous les 17 &#xE9;chantillons &#xE9;closion a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; que 90% du g&#xE9;nome H1N1 2009 pourrait &#xEA;tre assembl&#xE9; de novo sans l&#x26;#39;utilisation de n&#x26;#39;importe quelle s&#xE9;quence de r&#xE9;f&#xE9;rence, y compris l&#x26;#39;assemblage de plusieurs pr&#xE8;s de segments g&#xE9;nomiques de pleine longueur. Ces r&#xE9;sultats indiquent que la d&#xE9;tection d&#x26;#39;une strat&#xE9;gie rationalis&#xE9;e m&#xE9;tag&#xE9;nomique peut potentiellement remplacer les multiples tests classiques de diagnostic n&#xE9;cessaires pour enqu&#xEA;ter sur une &#xE9;pid&#xE9;mie d&#x26;#39;un agent pathog&#xE8;ne nouveau, et de fournir un plan d&#xE9;taill&#xE9; pour le diagnostic complet de maladies aigu&#xEB;s inexpliqu&#xE9;es ou des flamb&#xE9;es dans les milieux cliniques et de sant&#xE9; publique.

Une analyse m&#xE9;tag&#xE9;nomique de pand&#xE9;mie de grippe (H1N1 2009) chez les patients d&#x26;#39;Am&#xE9;rique du Nord

Obwohl Metagenomik f&uuml;r Pathogen Entdeckung vorher t&auml;tig ist, haben seine Kosten und die Komplexit&auml;t seiner Verwendung als eine praktische Front-Line Diagnose f&uuml;r unbekannte Infektionskrankheiten verhindert. Hier zeigen wir das Dienstprogramm zwei Metagenomik-basierte Strategien, eine Pfanne-viralen Microarray (Virochip) und Tiefe Sequenzierung, f&uuml;r die Identifizierung und Charakterisierung von 2009 Pandemie H1N1-Influenza-A-Virus. W&auml;hrend die fr&uuml;hesten Stadien der Pandemie in Mexiko, Kanada und den Vereinigten Staaten gesammelt mit Nasen-Rachen-Tupfer (n = 17), der Virochip konnte einen neuartigen Virus am engsten verwandt zur Schweine-Influenza-Viren ohne a priori Informationen aufdecken. Tief Sequenzierung hervorgebrachte liest entspricht 2009 H1N1 Influenza bei jeder Probe (Anteil der ausgerichtete Sequenzen, die 2009 H1N1 zwischen 0.0011 % und 10,9 % entspricht), mit bis zu 97 % Abdeckung der Grippe-Genom in einer Probe. Erkennung von 2009 H1N1 durch Ultratiefe Sequenzierung auch bei Titern nahe der Grenzen der Erkennung f&uuml;r spezifische RT-PCR m&ouml;glich war, und der Prozentsatz der Sequenz gelesen wurde linear korreliert mit Virus-Titer. Ultratiefe Sequenzierung bot au&szlig;erdem Einblicke in die oberen Atemwege Microbiota und Host-Gen-Ausdrucks in Reaktion auf 2009 H1N1-Infektion. Eine unvoreingenommene Analyse kombiniert Sequenzdaten aus allen 17 Ausbruch Proben ergab, dass 90 % des Genoms sein k&ouml;nnte 2009 H1N1 de Novo ohne jede Referenz-Sequenz, einschlie&szlig;lich Montage mehrerer nahe in genomic Segmente montiert. Diese Ergebnisse zeigen, dass eine optimierte Metagenomik-Erkennung-Strategie kann potenziell mehrere konventionelle Diagnosetests ben&ouml;tigt ersetzen, um einen Ausbruch der ein neuartiger Erreger untersuchen und eine Blaupause f&uuml;r umfassende Diagnose unerkl&auml;rliche akute Erkrankungen oder Ausbr&uuml;che in klinische und gesundheitspolitische Einstellungen schaffen.

Eine durchgef&uuml;hrte metagenomische-Analyse der pandemischen Influenza A (H1N1 2009) Infektionen bei Patienten aus Nordamerika.

Sebbene metagenomica &egrave; stata usata in precedenza per la scoperta di agente patogeno, il costo e la complessit&agrave; hanno impedito il relativo uso come una pratica diagnostica front-linea per le malattie infettive sconosciute. Qui abbiamo dimostrato l&#39;utilit&agrave; delle due strategie basate su metagenomica, un pan-virale microarray (Virochip) e deep sequencing, per l&#39;identificazione e la caratterizzazione del 2009 virus a dell&#39;influenza pandemica H1N1. Utilizzando tamponi nasofaringei raccolti durante le prime fasi della pandemia in Messico, Canada e Stati Uniti (n = 17), il Virochip &egrave; stato in grado di rilevare un virus romanzo pi&ugrave; strettamente correlato al virus dell&#39;influenza suina senza informazioni a priori. Deep sequencing fruttate letture corrispondenti all&#39;influenza H1N1 2009 in ciascun campione (percentuale di sequenze allineate corrispondente al 2009 H1N1 che vanno da 0.0011% al 10,9%), fino al 97% copertura del genoma dell&#39;influenza in un campione. Rilevazione del 2009 H1N1 da deep sequencing era possibile anche a titoli vicino i limiti di rilevazione per la RT-PCR specifico, e la percentuale di letture di sequenza &egrave; stata correlata linearmente con titolo di virus. Deep sequencing fornito anche intuizioni il superiore respiratoria microbiota e host di espressione genica in risposta all&#39;infezione da H1N1 2009. Un&#39;analisi imparziale combinando dati di sequenza da tutti i campioni di scoppio 17 ha rivelato che il 90% del 2009 H1N1 genoma potrebbe essere assemblato de novo, senza l&#39;uso di qualsiasi sequenza di riferimento, compreso il montaggio di diversi nei pressi di segmenti genomici full-length. Questi risultati indicano che una strategia di rilevazione metagenomica snella potenzialmente pu&ograve; sostituire i test diagnostici convenzionali pi&ugrave; richiesti per indagare su un focolaio di un agente patogeno romanzo e fornire un modello per la diagnosi completa di inspiegabili malattie acute o epidemie in ambienti clinici e sanitari.

Un&#39;analisi metagenomica di infezione da influenza pandemica A (H1N1 2009) nei pazienti affetti dal Nord America.

&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x4EE5;&#x524D;&#x306B;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x767A;&#x898B;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x63A1;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x304C;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x30B3;&#x30B9;&#x30C8;&#x3068;&#x8907;&#x96D1;&#x3055;&#x3001;&#x672A;&#x77E5;&#x306E;&#x611F;&#x67D3;&#x75C7;&#x306E;&#x8A3A;&#x65AD;&#x5B9F;&#x7528;&#x7684;&#x306A;&#x30D5;&#x30ED;&#x30F3;&#x30C8;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x305D;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x3092;&#x9632;&#x6B62;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;2009&#x30D1;&#x30F3;&#x30C7;&#x30DF;&#x30C3;&#x30AF;H1N1&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30EB;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B6;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x7279;&#x5FB4;&#x306E;2&#x3064;&#x306E;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x6226;&#x7565;&#x306E;&#x6709;&#x7528;&#x6027;&#x3001;&#x6C4E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#xFF08;Virochip&#xFF09;&#x3068;&#x6DF1;&#x3044;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30E1;&#x30AD;&#x30B7;&#x30B3;&#x3001;&#x30AB;&#x30CA;&#x30C0;&#x3001;&#x7C73;&#x56FD;&#xFF08;N = 17&#xFF09;&#x306B;&#x30D1;&#x30F3;&#x30C7;&#x30DF;&#x30C3;&#x30AF;&#x306E;&#x521D;&#x671F;&#x6BB5;&#x968E;&#x3067;&#x53CE;&#x96C6;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x9F3B;&#x54BD;&#x982D;&#x30B9;&#x30EF;&#x30D6;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;Virochip&#x306F;&#x3001;&#x4E8B;&#x524D;&#x60C5;&#x5831;&#x306A;&#x3057;&#x306B;&#x6700;&#x3082;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;&#x8C5A;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30EB;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B6;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x305F;&#x65B0;&#x578B;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x3092;&#x691C;&#x51FA;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x305F;&#x3002;&#x30C7;&#x30A3;&#x30FC;&#x30D7;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;1&#x3064;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30EB;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B6;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x6700;&#x5927;97&#xFF05;&#x306E;&#x7BC4;&#x56F2;&#x3067;&#x3001;&#x5404;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x4E2D;&#x306E;&#x65B0;&#x578B;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30EB;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B6;&#xFF08;0.0011&#x30D1;&#x30FC;&#x30BB;&#x30F3;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;10.9&#x30D1;&#x30FC;&#x30BB;&#x30F3;&#x30C8;&#x306B;&#x81F3;&#x308B;&#x307E;&#x3067;&#x65B0;&#x578B;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30EB;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B6;&#x306B;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x30A2;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x5272;&#x5408;&#xFF09;&#x306B;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3057;&#x305F;&#x8AAD;&#x307F;&#x8FBC;&#x307F;&#x304C;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x30C7;&#x30A3;&#x30FC;&#x30D7;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x65B0;&#x578B;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30EB;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B6;&#x306E;&#x691C;&#x51FA;&#x306F;&#x3001;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;RT-PCR&#x306E;&#x691C;&#x51FA;&#x9650;&#x754C;&#x306B;&#x8FD1;&#x3044;&#x529B;&#x4FA1;&#x3067;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3001;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x5272;&#x5408;&#x306F;&#x76F4;&#x7DDA;&#x7684;&#x306B;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x529B;&#x4FA1;&#x3068;&#x76F8;&#x95A2;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x8AAD;&#x307F;&#x8FBC;&#x307E;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6DF1;&#x3044;&#x307E;&#x305F;&#x3001;2009&#x5E74;&#x306E;H1N1&#x611F;&#x67D3;&#x306B;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x4E0A;&#x6C17;&#x9053;&#x7D30;&#x83CC;&#x53E2;&#x3068;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3002;&#x5168;17&#x30A2;&#x30A6;&#x30C8;&#x30D6;&#x30EC;&#x30A4;&#x30AF;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x305F;&#x516C;&#x5E73;&#x306A;&#x5206;&#x6790;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x65B0;&#x578B;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30EB;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B6;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;90&#xFF05;&#x304C;&#x5B8C;&#x5168;&#x9577;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30BB;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x8FD1;&#x304F;&#x306B;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3001;&#x4EFB;&#x610F;&#x306E;&#x53C2;&#x7167;&#x914D;&#x5217;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x305B;&#x305A;&#x306B;&#x306E;de novo&#x7D44;&#x307F;&#x7ACB;&#x3066;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F;&#x3001;&#x5408;&#x7406;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x691C;&#x51FA;&#x6226;&#x7565;&#x306F;&#x3001;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306B;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x306E;&#x767A;&#x751F;&#x3092;&#x8ABF;&#x67FB;&#x3057;&#x3001;&#x81E8;&#x5E8A;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x516C;&#x8846;&#x885B;&#x751F;&#x306E;&#x8A2D;&#x5B9A;&#x3067;&#x539F;&#x56E0;&#x4E0D;&#x660E;&#x306E;&#x6025;&#x6027;&#x75BE;&#x60A3;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x611F;&#x67D3;&#x306E;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x306A;&#x8A3A;&#x65AD;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x9752;&#x5199;&#x771F;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x306A;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x5F93;&#x6765;&#x306E;&#x8A3A;&#x65AD;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3092;&#x7F6E;&#x304D;&#x63DB;&#x3048;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x5317;&#x7C73;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x60A3;&#x8005;&#x306E;&#x65B0;&#x578B;&#x30A4;&#x30F3;&#x30D5;&#x30EB;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B6;&#xFF08;2009 H1N1&#xFF09;&#x611F;&#x67D3;&#x306E;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x89E3;&#x6790;

Metagenomics &#xBCD1;&#xC6D0; &#xCCB4; &#xBC1C;&#xACAC; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xACE0;&#xC6A9; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xBE44;&#xC6A9;&#xACFC; &#xBCF5;&#xC7A1;&#xC131;&#xC758; &#xC54C; &#xC218; &#xC5C6;&#xB294; &#xC804;&#xC5FC;&#xBCD1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC2E4;&#xC6A9;&#xC801;&#xC778; &#xC77C;&#xC120; &#xC9C4;&#xB2E8;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC744; &#xB9C9; &#xC558;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xB450; metagenomics &#xAE30;&#xBC18; &#xC804;&#xB7B5;, &#xD32C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; microarray (Virochip) &#xBC0F; &#xC2E0;&#xBD84;&#xC99D;&#xACFC; 2009&#xC758; &#xD2B9;&#xC131;&#xD654;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAE4A;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC758; &#xC720;&#xD2F8;&#xB9AC;&#xD2F0; &#xC2DC;&#xC5F0; &#xC720;&#xD589; &#xC131; H1N1 &#xC778;&#xD50C;&#xB8E8;&#xC5D4;&#xC790; A &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;. &#xBA55;&#xC2DC;&#xCF54;, &#xCE90;&#xB098;&#xB2E4; &#xBC0F; &#xBBF8;&#xAD6D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xD589; &#xC131; &#xB3C5;&#xAC10;&#xC758; &#xCD08;&#xAE30; &#xB2E8;&#xACC4; &#xB3D9;&#xC548; &#xC218;&#xC9D1; &#xB41C; nasopharyngeal &#xBA74;&#xBD09;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; (n = 17), &#xC5EC; Virochip&#xB294; &#xC120;&#xD5D8;&#xC801; &#xC815;&#xBCF4; &#xC5C6;&#xC774; &#xB3FC;&#xC9C0; &#xC778;&#xD50C;&#xB8E8;&#xC5D4;&#xC790; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xB97C; &#xAC00;&#xC7A5; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xB97C; &#xAC10;&#xC9C0;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB525; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB098;&#xC654;&#xACE0; &#xC77D;&#xAE30; &#xCD5C;&#xB300; 97%&#xAE4C;&#xC9C0; 2009 H1N1 &#xC778;&#xD50C;&#xB8E8;&#xC5D4;&#xC790; (2009 H1N1 0.0011%&#xC5D0;&#xC11C; 10.9%&#xC5D0; &#xC774;&#xB974;&#xAE30;&#xAE4C;&#xC9C0;&#xC5D0; &#xD574;&#xB2F9; &#xD558;&#xB294; &#xC815;&#xB82C; &#xB41C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xBE44;&#xC728;), &#xAC01; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0; &#xD574;&#xB2F9; &#xD55C; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC778;&#xD50C;&#xB8E8;&#xC5D4;&#xC790; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xBC94;&#xC704;. 2009 H 1 n 1&#xC73C;&#xB85C; &#xB525; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC80;&#xCD9C; titers &#xD2B9;&#xC815; RT-PCR&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC80;&#xCD9C; &#xD55C;&#xACC4; &#xADFC;&#xCC98; &#xC5D0;&#xC11C;&#xB3C4; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xC774;&#xC5C8;&#xACE0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC77D;&#xAE30; &#xBE44;&#xC728;&#xC740; &#xC120;&#xD615; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xAC00; &#xC0C1;&#xD638; &#xC5F0;&#xAD00;. &#xB525; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; 2009 H1N1 &#xAC10;&#xC5FC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0C1;&#xBD80; &#xD638;&#xD761;&#xAE30; microbiota &#xBC0F; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC9C4; &#xC2DD;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBAA8;&#xB4E0; 17 &#xBC1C;&#xBC1C; &#xC0D8;&#xD50C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xACB0;&#xD569; &#xD3B8;&#xACAC;&#xB41C; &#xBD84;&#xC11D; &#xACF5;&#xAC1C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC218; 2009 h 1 n 1&#xC758; 90% &#xC870;&#xB9BD; &#xC804;&#xC7A5; &#xAC8C;&#xB188; &#xC138;&#xADF8;&#xBA3C;&#xD2B8; &#xADFC;&#xCC98; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xCC38;&#xC870; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xACE0; &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC; &#xC720;&#xC120;&#xD615;&#xB41C; metagenomics &#xAC10;&#xC9C0; &#xC804;&#xB7B5; &#xC218; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xCCB4;&#xC758; &#xD655;&#xC0B0;&#xC744; &#xC870;&#xC0AC; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xAE30;&#xC874;&#xC758; &#xC9C4;&#xB2E8; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB97C; &#xB300;&#xCCB4; &#xD558; &#xACE0; &#xC124;&#xBA85;&#xD560; &#xC218; &#xC5C6;&#xB294; &#xAE09;&#xC131; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xB610;&#xB294; &#xC784;&#xC0C1; &#xBC0F; &#xACF5;&#xACF5; &#xC758;&#xB8CC; &#xC124;&#xC815;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC10;&#xC5FC;&#xC758; &#xD3EC;&#xAD04;&#xC801;&#xC778; &#xC9C4;&#xB2E8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCCAD;&#xC0AC;&#xC9C4;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xBD81;&#xBBF8; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD658;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xD589; &#xC131; &#xC778;&#xD50C;&#xB8E8;&#xC5D4;&#xC790; (2009 H1N1) &#xAC10;&#xC5FC;&#xC758; metagenomic &#xBD84;&#xC11D;.

Aunque metagen&#xF3;mica se ha empleado previamente para el descubrimiento de pat&#xF3;genos, su coste y complejidad han impedido su uso como una pr&#xE1;ctica de primera l&#xED;nea de diagn&#xF3;stico para enfermedades infecciosas desconocidas. Aqu&#xED; se demuestra la utilidad de dos estrategias basadas en la metagen&#xF3;mica, un microarray de pan-viral (Virochip) y la secuenciaci&#xF3;n de profundidad, para la identificaci&#xF3;n y caracterizaci&#xF3;n de la pandemia de influenza 2009 H1N1. Usando muestras de exudado nasofar&#xED;ngeo recogidas durante las primeras etapas de la pandemia en M&#xE9;xico, Canad&#xE1; y los Estados Unidos (n = 17), el Virochip fue capaz de detectar un nuevo virus m&#xE1;s estrechamente relacionados con los virus de la influenza porcina, sin informaci&#xF3;n a priori. Secuenciaci&#xF3;n profunda rindi&#xF3; dice que corresponde a la influenza H1N1 2009 en cada muestra (porcentaje de secuencias alineadas correspondiente a la gripe H1N1 2009 que van desde 0.0011% a 10,9%), con una cobertura de hasta el 97% del genoma de la gripe en una muestra. La detecci&#xF3;n de H1N1 2009 por secuenciaci&#xF3;n profunda era posible, incluso a concentraciones cerca de los l&#xED;mites de detecci&#xF3;n para espec&#xED;fico de RT-PCR, y el porcentaje de secuencia lee se correlacion&#xF3; linealmente con t&#xED;tulo del virus. Profundo secuenciaci&#xF3;n tambi&#xE9;n proporcion&#xF3; conocimientos sobre la microbiota del tracto respiratorio superior y la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica de acogida en respuesta a la infecci&#xF3;n por H1N1 2009. Un an&#xE1;lisis imparcial combinar datos de la secuencia de todas las 17 muestras de brotes revel&#xF3; que el 90% del genoma 2009 H1N1 podr&#xED;a ser ensamblado de novo sin el uso de cualquier secuencia de referencia, incluyendo el montaje de varios cerca de segmentos gen&#xF3;micos de longitud completa. Estos resultados indican que una estrategia eficiente de detecci&#xF3;n de la metagen&#xF3;mica potencialmente pueden reemplazar a las m&#xFA;ltiples pruebas convencionales de diagn&#xF3;stico necesarios para investigar un brote de un pat&#xF3;geno nuevo, y proporcionar un modelo para el diagn&#xF3;stico integral de inexplicables enfermedades agudas o brotes en entornos cl&#xED;nicos y de salud p&#xFA;blica.

Un an&#xE1;lisis de metagen&#xF3;mica de la influenza pand&#xE9;mica A (H1N1 2009) en pacientes de Am&#xE9;rica del Norte

&#x817A;&#x75C5;&#x6BD2;&#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x81EA;&#x7136;&#x611F;&#x67D3;&#x8BB8;&#x591A;&#x810A;&#x690E;&#x52A8;&#x7269;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x548C;&#x7334;&#x5B50;&#xFF0C;DNA &#x75C5;&#x6BD2;&#x548C;&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x4E2D;&#x5F15;&#x8D77;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x4E34;&#x5E8A;&#x75BE;&#x75C5;&#x3002;&#x4ECE;&#x4E2A;&#x4F53;&#x83CC;&#x682A;&#x611F;&#x67D3;&#x5E38;&#x89C4;&#x60F3;&#x662F;&#x7269;&#x79CD;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x91C7;&#x7528; Virochip&#xFF0C;&#x6CDB;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x7684;&#x82AF;&#x7247;&#xFF0C;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5728;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5C01;&#x95ED;&#x7684;&#x65B0;&#x4E16;&#x754C;&#x7334; (titi &#x7334;&#x5B50; &#xFF1B; &#x6B96;&#x6C11;&#x5730;&#x7684;&#x81F4;&#x547D;&#x6027;&#x66B4;&#x53D1;&#x7684;&#x539F;&#x56E0;&#x67E5;&#x660E;&#x65B0;&#x578B;&#x817A;&#x75C5;&#x6BD2; &#xFF08;TMAdV&#xFF0C;titi &#x7334;&#x817A;&#x75C5;&#x6BD2;&#xFF09;Callicebus cupreus&#xFF09; &#x5728;&#x52A0;&#x5229;&#x798F;&#x5C3C;&#x4E9A;&#x5DDE;&#x56FD;&#x5BB6;&#x7075;&#x957F;&#x7C7B;&#x52A8;&#x7269;&#x7814;&#x7A76;&#x4E2D;&#x5FC3; (CNPRC)&#x3002;65 Titi &#x7334;&#x5B50;&#x4F4F;&#x5728;&#x4E00;&#x5E62;&#x5927;&#x53A6;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D; 23 (34%) &#x53D1;&#x8FBE;&#x56FD;&#x5BB6;&#x4E0A;&#x547C;&#x5438;&#x9053;&#x611F;&#x67D3;&#x75C5;&#x5FB5;&#xFF0C;&#x8FDB;&#x5C55;&#x5230;&#x66B4;&#x53D1;&#x6027;&#x80BA;&#x708E;&#x3001; &#x809D;&#x708E;&#x3001; &#x548C; 19 23 &#x7334;&#x5B50;&#xFF0C;83%&#x7684;&#x611F;&#x67D3;&#x3001; &#x6B7B;&#x4EA1;&#x6216;&#x88AB;&#x4EBA;&#x9053;&#x5730;&#x6267;&#x884C;&#x5B89;&#x4E50;&#x6B7B;&#x3002;TMAdV &#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x63ED;&#x793A;&#x6B64;&#x817A;&#x75C5;&#x6BD2;&#x662F;&#x4E00;&#x4E2A;&#x65B0;&#x7269;&#x79CD;&#x548C;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x4E0D;&#x540C;&#xFF0C;&#x5171;&#x4EAB; &lt; 57%&#x6210;&#x5BF9;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x8EAB;&#x4EFD;&#x4E0E;&#x5176;&#x4ED6;&#x817A;&#x75C5;&#x6BD2;&#x3002;TMAdV &#x79CD;&#x690D;&#x5DF2;&#x6210;&#x529F;&#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x80BA;&#x817A;&#x764C; a549&#xFF0C;&#x4F46;&#x4E0D;&#x662F;&#x5728;&#x5C0F;&#x5B66;&#x6216;&#x65E2;&#x5B9A;&#x7334;&#x80BE;&#x7EC6;&#x80DE;&#x3002;&#x7206;&#x53D1;&#x521D;&#x671F;&#xFF0C;&#x4E0E;&#x7334;&#x5B50;&#x4EB2;&#x5BC6;&#x63A5;&#x89E6;&#x7814;&#x7A76;&#x5458;&#x6025;&#x6027;&#x547C;&#x5438;&#x9053;&#x75BE;&#x75C5;&#xFF0C;&#x75C7;&#x72B6;&#x6301;&#x7EED;&#x4E86; 4 &#x4E2A;&#x661F;&#x671F;&#xFF0C;&#x7814;&#x53D1;&#x4E86;&#x8840;&#x6E05;&#x53CD;&#x5E94;&#x9633;&#x6027;&#x7684;&#x6062;&#x590D;&#x671F;&#x8840;&#x6E05;&#x6837;&#x672C;&#x4E3A; TMAdV&#x3002;&#x4E34;&#x5E8A;&#x4E0A;&#x751F;&#x75C5;&#x7684;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x6210;&#x5458;&#xFF0C;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x6CA1;&#x6709;&#x63A5;&#x89E6;&#x8FC7; CNPRC&#xFF0C;&#x4E5F;&#x5316;&#x9A8C;&#x7ED3;&#x679C;&#x5448;&#x9633;&#x6027;&#xFF0C;&#x548C;&#x4E00;&#x5957; 81 &#x968F;&#x673A;&#x6210;&#x4EBA;&#x732E;&#x8840;&#x8005;&#x4ECE;&#x7F8E;&#x56FD;&#x897F;&#x90E8;&#x7684;&#x7B5B;&#x9009; 2 &#x4E2A;&#x4EBA;&#x5728;&#x68C0;&#x6D4B;&#x5230;&#x7279;&#x5B9A;&#x4E8E; TMAdV &#x7684;&#x4E2D;&#x548C;&#x6297;&#x4F53; (2/81 &#x6216; 2.5%)&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x8BBA;&#x63D0;&#x51FA;&#x7684; TMAdV &#x7684;&#x4EBA;&#x755C;&#x5171;&#x60A3;&#x611F;&#x67D3;&#x7684;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x548C;&#x4EBA;&#x4E0E;&#x4EBA;&#x4F20;&#x64AD;&#x8BE5;&#x75C5;&#x6BD2;&#x5728;&#x4EBA;&#x53E3;&#x4E2D;&#x3002;&#x9274;&#x4E8E;&#x5F02;&#x4E4E;&#x5BFB;&#x5E38;&#x7684;&#x9AD8;&#x75C5;&#x6B7B;&#x7387;&#x4ECE;&#x7206;&#x53D1; &#xFF08;83%&#xFF09;&#xFF0C;&#x5B83;&#x4E0D;&#x53EF;&#x80FD; titi &#x7334;&#x5B50;&#x662F;&#x672C;&#x673A;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x7269;&#x79CD;&#x4E3A; TMAdV&#xFF0C;&#x548C;&#x8FD9;&#x79CD;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7684;&#x5929;&#x7136;&#x6C34;&#x5E93;&#x4ECD;&#x672A;&#x77E5;&#x3002;TMAdV&#xFF0C;&#x6709;&#x80FD;&#x529B;&#x611F;&#x67D3;&#x7334;&#x5B50;&#x548C;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684;&#x65B0;&#x578B;&#x817A;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7684;&#x53D1;&#x73B0;&#x8868;&#x660E;&#x817A;&#x75C5;&#x6BD2;&#x5E94;&#x5BC6;&#x5207;&#x76D1;&#x6D4B;&#xFF0C;&#x4E3A;&#x6F5C;&#x5728;&#x539F;&#x56E0;&#x7684;&#x8DE8;&#x7269;&#x79CD;&#x7206;&#x53D1;&#x3002;

&#x8DE8;&#x7269;&#x79CD;&#x4F20;&#x64AD;&#x7684;&#x5173;&#x8054;&#x5728;&#x65B0;&#x4E16;&#x754C;&#x7334;&#x7334;&#x7FA4;&#x4E2D;&#x66B4;&#x53D1;&#x6027;&#x80BA;&#x708E;&#x7206;&#x53D1;&#x65B0;&#x578B;&#x817A;&#x75C5;&#x6BD2;&#x3002;

Adenoviruses are DNA viruses that naturally infect many vertebrates, including humans and monkeys, and cause a wide range of clinical illnesses in humans. Infection from individual strains has conventionally been thought to be species-specific. Here we applied the Virochip, a pan-viral microarray, to identify a novel adenovirus (TMAdV, titi monkey adenovirus) as the cause of a deadly outbreak in a closed colony of New World monkeys (titi monkeys; Callicebus cupreus) at the California National Primate Research Center (CNPRC). Among 65 titi monkeys housed in a building, 23 (34%) developed upper respiratory symptoms that progressed to fulminant pneumonia and hepatitis, and 19 of 23 monkeys, or 83% of those infected, died or were humanely euthanized. Whole-genome sequencing of TMAdV revealed that this adenovirus is a new species and highly divergent, sharing <57% pairwise nucleotide identity with other adenoviruses. Cultivation of TMAdV was successful in a human A549 lung adenocarcinoma cell line, but not in primary or established monkey kidney cells. At the onset of the outbreak, the researcher in closest contact with the monkeys developed an acute respiratory illness, with symptoms persisting for 4 weeks, and had a convalescent serum sample seropositive for TMAdV. A clinically ill family member, despite having no contact with the CNPRC, also tested positive, and screening of a set of 81 random adult blood donors from the Western United States detected TMAdV-specific neutralizing antibodies in 2 individuals (2/81, or 2.5%). These findings raise the possibility of zoonotic infection by TMAdV and human-to-human transmission of the virus in the population. Given the unusually high case fatality rate from the outbreak (83%), it is unlikely that titi monkeys are the native host species for TMAdV, and the natural reservoir of the virus is still unknown. The discovery of TMAdV, a novel adenovirus with the capacity to infect both monkeys and humans, suggests that adenoviruses should be monitored closely as potential causes of cross-species outbreaks.

Cross-species transmission of a novel adenovirus associated with a fulminant pneumonia outbreak in a new world monkey colony.

Les ad&#xE9;novirus sont des virus &#xE0; ADN qui infectent naturellement de nombreux vert&#xE9;br&#xE9;s, y compris les humains et les singes, et de provoquer un large &#xE9;ventail de maladies cliniques chez les humains. Infection &#xE0; partir de souches individuelles a traditionnellement &#xE9;t&#xE9; consid&#xE9;r&#xE9; comme sp&#xE9;cifique &#xE0; l&#x26;#39;esp&#xE8;ce. Ici nous avons appliqu&#xE9; la Virochip, une puce &#xE0; ADN pan-virale, afin d&#x26;#39;identifier un ad&#xE9;novirus roman (TMAdV, ad&#xE9;novirus singe titi) comme &#xE9;tant la cause d&#x26;#39;une &#xE9;pid&#xE9;mie mortelle dans une colonie ferm&#xE9;e de singes du Nouveau Monde (singes titi; Callicebus cupreus) &#xE0; la National Californie Primate Research Center (CNPRC). Parmi les singes titi 65 log&#xE9;s dans un b&#xE2;timent, 23 (34%) ont d&#xE9;velopp&#xE9; des sympt&#xF4;mes respiratoires sup&#xE9;rieures qui ont &#xE9;volu&#xE9; vers une pneumonie fulminante et l&#x26;#39;h&#xE9;patite, et 19 sur 23 singes, ou 83% des personnes infect&#xE9;es, sont d&#xE9;c&#xE9;d&#xE9;s ou ont &#xE9;t&#xE9; euthanasi&#xE9;s sans cruaut&#xE9;. Tout le s&#xE9;quen&#xE7;age du g&#xE9;nome de TMAdV a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; que cet ad&#xE9;novirus est une nouvelle esp&#xE8;ce et tr&#xE8;s divergentes, de partage &#x26;lt;57% par paires identit&#xE9; en nucl&#xE9;otides avec d&#x26;#39;autres ad&#xE9;novirus. La culture de TMAdV a r&#xE9;ussi &#xE0; un &#xEA;tre humain A549 lign&#xE9;e cellulaire ad&#xE9;nocarcinome de poumon, mais pas dans les cellules primaires ou &#xE9;tablies de rein de singe. Au d&#xE9;but de l&#x26;#39;&#xE9;pid&#xE9;mie, le chercheur en contact &#xE9;troit avec les singes d&#xE9;velopp&#xE9; une maladie respiratoire aigu&#xEB;, avec des sympt&#xF4;mes qui persistent pendant 4 semaines, et a eu un s&#xE9;ropositif &#xE9;chantillon s&#xE9;rum de convalescent pour TMAdV. Un membre de la famille cliniquement malades, malgr&#xE9; l&#x26;#39;absence de contact avec le CNPRC, &#xE9;galement test&#xE9; positif, et le d&#xE9;pistage d&#x26;#39;un ensemble de 81 al&#xE9;atoires donneurs de sang adultes en provenance des &#xC9;tats-Unis de l&#x26;#39;Ouest d&#xE9;tect&#xE9; TMAdV anticorps neutralisants sp&#xE9;cifiques de 2 personnes (2/81, soit 2,5 %). Ces r&#xE9;sultats soul&#xE8;vent la possibilit&#xE9; d&#x26;#39;une infection zoonotique par TMAdV et humain &#xE0; humain de transmission du virus dans la population. &#xC9;tant donn&#xE9; le taux de cas anormalement &#xE9;lev&#xE9; de mortalit&#xE9; de l&#x26;#39;&#xE9;pid&#xE9;mie (83%), il est peu probable que les singes titi sont les esp&#xE8;ces indig&#xE8;nes d&#x26;#39;accueil pour TMAdV, et le r&#xE9;servoir naturel du virus est encore inconnue. La d&#xE9;couverte de TMAdV, un ad&#xE9;novirus roman avec la capacit&#xE9; d&#x26;#39;infecter les singes et les humains, sugg&#xE8;re que les ad&#xE9;novirus doivent &#xEA;tre &#xE9;troitement surveill&#xE9;s comme des causes potentielles de foyers inter-esp&#xE8;ces.

Croix-esp&#xE8;ces de transmission d&#x26;#39;un ad&#xE9;novirus Novel associ&#xE9;e &#xE0; une &#xE9;pid&#xE9;mie de pneumonie fulminante dans une colonie de singes du Nouveau Monde

Adenoviren sind DNA-Viren, die nat&uuml;rlich viele Wirbeltiere, einschlie&szlig;lich Menschen und Affen, infizieren und eine Vielzahl von klinischen Erkrankungen beim Menschen verursachen. Infektion von einzelnen St&auml;mmen hat artspezifische zu konventionell gedacht. Hier wir die Virochip, eine Pfanne-viralen Microarray, um eine neuartige Adenoviren (TMAdV, Titi Monkey Adenovirus) als Ursache eines t&ouml;dlichen Ausbruchs in einer geschlossenen Kolonie der Neuweltaffen (Titi-Affen; identifizieren angewendet Callicebus Cupreus) am California National Primate Research Center (CNPRC). Unter 65 Titi-Affen in einem Geb&auml;ude untergebracht 23 (34 %) entwickelte obere respiratorische Symptome, die bei fulminanten Pneumonie und Hepatitis angelangt und 19 von 23 Affen oder 83 % derjenigen infiziert, starben oder wurden Human eingeschl&auml;fert. Gesamten Genoms von TMAdV ergab, dass diese Adenovirus eine neue Art ist und stark divergierenden Teilen &lt; 57 % paarweise Nukleotid Identit&auml;t mit anderen Adenoviren. Anbau von TMAdV war erfolgreich in eine menschliche A549 Lunge Adenokarzinom Zelllinie, aber nicht in Prim&auml;r- oder etablierten Monkey Nierenzellen. Zu Beginn des Ausbruchs der Forscher im engsten Kontakt mit den Affen entwickelt eine akute Atemwegserkrankungen mit Symptomen, die f&uuml;r 4 Wochen beibehalten, und hatte einen Rekonvaleszenten Serumprobe seropositiven TMAdV. Ein klinisch Kranken Familienmitglied, obwohl er keinen Kontakt mit der CNPRC, auch positiv getestet und Screening von einer Reihe von 81 zuf&auml;llig ausgew&auml;hlte Erwachsene Blutspender aus den westlichen USA erkannt TMAdV-spezifische neutralisierende Antik&ouml;rper bei 2 Personen (2/81 oder 2,5 %). Diese Erkenntnisse werfen die M&ouml;glichkeit einer Zoonose Infektion durch TMAdV und Mensch-zu-Mensch-&Uuml;bertragung des Virus in der Bev&ouml;lkerung. Angesichts der Fall ungew&ouml;hnlich hohe Sterblichkeitsrate der Ausbruch (83 %), ist es unwahrscheinlich, dass Titi-Affen die native Host-Arten f&uuml;r TMAdV sind und das nat&uuml;rliche Reservoir des Virus noch nicht bekannt ist. Die Entdeckung des TMAdV, eine neuartige Adenoviren mit einer Kapazit&auml;t von Affen und Menschen infizieren zufolge Adenoviren genau &uuml;berwacht werden sollte, da Potenzial der Kreuz-Arten Ausbr&uuml;che verursacht.

Cross-Spezies &Uuml;bertragung eine neuartige Adenoviren, die im Zusammenhang mit eines fulminanten Pneumonie-Ausbruchs in einer neuen Welt-Affen-Kolonie.

Adenovirus sono virus a DNA che naturalmente infettare molti vertebrati, compresi gli esseri umani e scimmie, e causare una vasta gamma di malattie cliniche negli esseri umani. Infezione da ceppi singoli convenzionalmente &egrave; stato pensato per essere specie-specifici. Qui abbiamo applicato il Virochip, un microarray pan-virale, per identificare un romanzo adenovirus (TMAdV, adenovirus scimmia titi) come la causa di un&#39;epidemia mortale in una colonia di scimmie del nuovo mondo (titi monkeys; chiusa Callicebus cupreus) a California National Primate Research Center (CNPRC). Tra 65 titi scimmie ospitati in un edificio, 23 (34%) sviluppato sintomi respiratori superiori che ha progredito per epatite e polmonite fulminante, e 19 di 23 scimmie, 83% di quelli infetti, morto o umanamente sono stati sacrificati. Intero-genome sequencing di TMAdV ha rivelato che questo adenovirus &egrave; una nuova specie e altamente divergente, condivisione &lt; identit&agrave; nucleotidica pairwise 57% con altri adenovirus. Coltivazione di TMAdV era successo in una linea di cellule adenocarcinoma umana A549 polmone, ma non in cellule di rene di scimmia primario o stabilito. Al momento della comparsa del focolaio, il ricercatore in contatto vicino con le scimmie sviluppato una malattia respiratoria acuta, con sintomi persistenti per 4 settimane e aveva un campione di siero convalescente sieropositivo per TMAdV. Un membro della famiglia clinicamente malato, pur non avendo nessun contatto con il CNPRC, anche risultati positivi, e lo screening di una serie di 81 donatori di sangue adulti casuale da Stati Uniti occidentali rilevati anticorpi neutralizzanti specifici per TMAdV in 2 persone (2/81, o il 2,5%). Queste scoperte aumentare le possibilit&agrave; di infezione zoonotica da TMAdV e trasmissione da uomo a uomo del virus nella popolazione. Dato il tasso di mortalit&agrave; insolitamente alto da scoppio (83%), &egrave; improbabile che titi scimmie sono la specie ospite nativo per TMAdV, e il serbatoio naturale del virus &egrave; ancora sconosciuto. La scoperta di TMAdV, un romanzo adenovirus con la capacit&agrave; di infettare sia le scimmie e gli esseri umani, suggerisce che adenovirus dovrebbero essere strettamente monitorati come potenziali cause di epidemie di cross-specie.

Cross-specie trasmissione di un romanzo adenovirus associati a un focolaio di polmonite fulminante in una nuova colonia di scimmia del mondo.

&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306F;&#x81EA;&#x7136;&#x306B;&#x3001;&#x4EBA;&#x9593;&#x3068;&#x30B5;&#x30EB;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x810A;&#x690E;&#x52D5;&#x7269;&#x306B;&#x611F;&#x67D3;&#x3057;&#x3001;&#x30D2;&#x30C8;&#x3067;&#x306E;&#x81E8;&#x5E8A;&#x75C5;&#x6C17;&#x306E;&#x5E83;&#x3044;&#x7BC4;&#x56F2;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3059;DNA&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x682A;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x611F;&#x67D3;&#x306F;&#x3001;&#x5F93;&#x6765;&#x304B;&#x3089;&#x7A2E;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3068;&#x8003;&#x3048;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x304D;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x65B0;&#x4E16;&#x754C;&#x30B6;&#x30EB;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30BA;&#x30C9;&#x30B3;&#x30ED;&#x30CB;&#x30FC;&#xFF08;&#x30C6;&#x30A3;&#x30C6;&#x30A3;&#x30E2;&#x30F3;&#x30AD;&#x30FC;&#x3001;Callicebus cupreus&#xFF09;&#x3067;&#x81F4;&#x547D;&#x7684;&#x306A;&#x6D41;&#x884C;&#x306E;&#x539F;&#x56E0;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#xFF08;TMAdV&#x3001;&#x30C6;&#x30A3;&#x30C6;&#x30A3;&#x30E2;&#x30F3;&#x30AD;&#x30FC;&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#xFF09;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;Virochip&#x3001;&#x30D1;&#x30F3;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x3092;&#x3001;&#x9069;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30AB;&#x30EA;&#x30D5;&#x30A9;&#x30EB;&#x30CB;&#x30A2;&#x5DDE;&#x30CA;&#x30B7;&#x30E7;&#x30CA;&#x30EB;&#x3067;&#x970A;&#x9577;&#x985E;&#x7814;&#x7A76;&#x30BB;&#x30F3;&#x30BF;&#x30FC;&#xFF08;CNPRC&#xFF09;&#x3002;&#x5EFA;&#x7269;&#x5185;&#x306B;65&#x30C6;&#x30A3;&#x30C6;&#x30A3;&#x30B5;&#x30EB;&#x306E;&#x3046;&#x3061;&#x3001;23&#xFF08;34&#xFF05;&#xFF09;&#x3001;&#x5287;&#x75C7;&#x80BA;&#x708E;&#x3084;&#x809D;&#x708E;&#x3001;23&#x733F;&#x306E;19&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x611F;&#x67D3;&#x8005;&#x306E;83&#xFF05;&#x306B;&#x9032;&#x884C;&#x3057;&#x3001;&#x4E0A;&#x6C17;&#x9053;&#x75C7;&#x72B6;&#x3092;&#x767A;&#x75C7;&#x3057;&#x6B7B;&#x4EA1;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x4EBA;&#x9053;&#x7684;&#x306B;&#x5B89;&#x697D;&#x6B7B;&#x3055;&#x305B;&#x305F;&#x3002; 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- &#x30D2;&#x30C8;&#x611F;&#x67D3;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x4EBA;&#x7363;&#x5171;&#x901A;&#x611F;&#x67D3;&#x75C7;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x9AD8;&#x3081;&#x308B;&#x3002;&#x767A;&#x751F;&#x304B;&#x3089;&#x7570;&#x5E38;&#x306B;&#x9AD8;&#x3044;&#x81F4;&#x6B7B;&#x7387;&#xFF08;83&#xFF05;&#xFF09;&#x3092;&#x8003;&#x3048;&#x308C;&#x3070;&#x3001;&#x30C6;&#x30A3;&#x30C6;&#x30A3;&#x30E2;&#x30F3;&#x30AD;&#x30FC;&#x306F;TMAdV&#x306E;&#x30CD;&#x30A4;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x306E;&#x7A2E;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x81EA;&#x7136;&#x5BBF;&#x4E3B;&#x306F;&#x4F9D;&#x7136;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x4E0D;&#x660E;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306F;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002; TMAdV&#x3001;&#x30B5;&#x30EB;&#x3068;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306B;&#x611F;&#x67D3;&#x3059;&#x308B;&#x80FD;&#x529B;&#x3092;&#x6709;&#x3059;&#x308B;&#x65B0;&#x898F;&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x3001;&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x767A;&#x898B;&#x306F;&#x3001;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B9;&#x7A2E;&#x306E;&#x6D41;&#x884C;&#x306E;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x539F;&#x56E0;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5BC6;&#x63A5;&#x306B;&#x76E3;&#x8996;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

&#x65B0;&#x4E16;&#x754C;&#x733F;&#x306E;&#x30B3;&#x30ED;&#x30CB;&#x30FC;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x5287;&#x75C7;&#x80BA;&#x708E;&#x306E;&#x30A2;&#x30A6;&#x30C8;&#x30D6;&#x30EC;&#x30A4;&#x30AF;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x65B0;&#x898F;&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30B9;&#x7A2E;&#x4F1D;&#x9001;

Adenoviruses &#xC790;&#xC5F0;&#xC2A4;&#xB7FD; &#xAC8C; &#xC778;&#xAC04;&#xACFC; &#xC6D0;&#xC22D;&#xC774; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xB9CE;&#xC740; &#xCC99;&#xCD94; &#xB3D9;&#xBB3C;&#xC744; &#xAC10;&#xC5FC; &#xD558;&#xB294; DNA &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC774;&#xBA70; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC784;&#xC0C1; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC758; &#xB113;&#xC740; &#xBC94;&#xC704;&#xB97C; &#xC77C;&#xC73C;&#xD0AC;. &#xC804;&#xD1B5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xBCC0;&#xC885; &#xAC10;&#xC5FC; &#xC885;&#xC758; &#xC218;&#xB97C; &#xC0DD;&#xAC01; &#xD558;&#xACE0;&#xC788;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC2E0;&#xC138;&#xACC4; &#xC6D0;&#xC22D;&#xC774; (&#xD2F0; &#xD2F0; &#xC6D0;&#xC22D;&#xC774;;&#xC758; &#xB2EB;&#xD78C;&#xB41C; &#xC2DD;&#xBBFC;&#xC9C0;&#xC5D0; &#xCE58;&#xBA85;&#xC801;&#xC778; &#xBC1C;&#xBC1C;&#xC758; &#xC6D0;&#xC778;&#xC73C;&#xB85C; &#xC18C;&#xC124; &#xC544; &#xB370; &#xB178; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; (TMAdV, &#xD2F0; &#xD2F0; &#xC6D0;&#xC22D;&#xC774; &#xC544; &#xB370; &#xB178; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;)&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xB294; Virochip, &#xD32C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; microarray &#xC801;&#xC6A9; Callicebus cupreus) &#xCE98;&#xB9AC;&#xD3EC;&#xB2C8;&#xC544; &#xAD6D;&#xB9BD; &#xC601;&#xC7A5;&#xB958; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC13C;&#xD130; (CNPRC)&#xC5D0;&#xC11C;. &#xAC74;&#xBB3C;&#xC5D0; 65 &#xD2F0; &#xD2F0; &#xC6D0;&#xC22D;&#xC774; &#xC911;&#xC5D0;&#xC11C; 23 (34%) &#xAC1C;&#xBC1C; fulminant &#xD3D0; &#xB834; &#xBC0F; &#xAC04;&#xC5FC;, &#xC9C4;&#xD589; &#xD558;&#xB294; &#xC0C1;&#xBD80; &#xD638;&#xD761;&#xAE30; &#xC99D;&#xC0C1; &#xBC0F; 19 23 &#xC6D0;&#xC22D;&#xC774;&#xC758; &#xB610;&#xB294; &#xADF8;&#xC758; 83% &#xAC10;&#xC5FC;, &#xC0AC;&#xB9DD; &#xB610;&#xB294; &#xC548;&#xB77D;&#xC0AC; &#xACE0;&#xD1B5; &#xC5C6;&#xC774; &#xD588;&#xB2E4;. Tmadv&#xC758; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBC1D;&#xD600;&#xC774; &#xC544; &#xB370; &#xB178;&#xC774; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xB294; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC885;&#xC774; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xB2E4;&#xC591; &#xD558; &#xACE0;, &#xACF5;&#xC720; &#xD558; &#xACE0; &lt; &#xB2E4;&#xB978; adenoviruses 57% &#xC5C6;&#xC74C;&#xC744; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xC815;&#xCCB4;&#xC131;. Tmadv&#xC758; &#xC7AC;&#xBC30;&#xC5D0; &#xC131;&#xACF5;&#xD55C; &#xC778;&#xAC04; A549 &#xD3D0; &#xC120; &#xC554; &#xC138;&#xD3EC; &#xC120;, &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xAE30;&#xBCF8; &#xB610;&#xB294; &#xC124;&#xB9BD; &#xC6D0;&#xC22D;&#xC774; &#xC2E0;&#xC7A5; &#xC138;&#xD3EC;. &#xBC1C;&#xBC1C;&#xC758; &#xAC1C;&#xC2DC;&#xC5D0; &#xC6D0;&#xC22D;&#xC774;&#xC640; &#xAC00;&#xC7A5; &#xAC00;&#xAE4C;&#xC6B4; &#xC811;&#xCD09;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC6D0; &#xAE09;&#xC131; &#xD638;&#xD761;&#xAE30; &#xC9C8;&#xD658; &#xC99D;&#xC0C1;&#xC774; 4 &#xC8FC; &#xC9C0;&#xC18D; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD558; &#xACE0; Tmadv&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD68C;&#xBCF5; &#xC138;&#xB7FC; &#xC0D8;&#xD50C; seropositive &#xD588;&#xB2E4;. CNPRC&#xACFC; &#xC811;&#xCD09; &#xD558;&#xB294; &#xB370;&#xC5D0; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xC784;&#xC0C1;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCD1;&#xC774; &#xAC00;&#xC871; &#xAD6C;&#xC131;&#xC6D0;&#xB3C4; &#xAC80;&#xC0AC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC591;&#xC131;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; 81 &#xC784;&#xC758;&#xC758; &#xC131;&#xC778; &#xD608;&#xC561; &#xAE30;&#xC99D;&#xC790; &#xC11C; &#xBD80; &#xBBF8;&#xAD6D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9D1;&#xD569;&#xC758; &#xC2EC;&#xC0AC; 2 &#xAC1C;&#xC778; TMAdV &#xD2B9;&#xC815; &#xC911;&#xD654; &#xD56D; &#xCCB4; &#xAC80;&#xCD9C; (2/81, &#xB610;&#xB294; 2.5%). &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC870;&#xC0AC; &#xACB0;&#xACFC; &#xC778;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xC778;&#xAC04; &#xB300; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC804;&#xC1A1; &#xBC0F; Tmadv&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; zoonotic &#xAC10;&#xC5FC; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131; &#xB192;&#xC774;. &#xBC1C;&#xBC1C; (83%)&#xC5D0;&#xC11C; &#xBE44;&#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB192;&#xC740; &#xC0AC;&#xAC74; &#xC0AC;&#xB9DD;&#xC790; &#xC18D;&#xB3C4; &#xAC10;&#xC548;&#xD560; &#xB54C;, &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xD2F0; &#xD2F0; &#xC6D0;&#xC22D;&#xC774; TMAdV&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB124;&#xC774;&#xD2F0;&#xBE0C; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC885; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xC790;&#xC5F0; &#xC800;&#xC218;&#xC9C0;&#xB294; &#xC544;&#xC9C1; &#xC54C; &#xC218; &#xC5C6;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. TMAdV, &#xC6D0;&#xC22D;&#xC774; &#xC778;&#xAC04;&#xC744; &#xAC10;&#xC5FC; &#xD558;&#xB294; &#xC6A9;&#xB7C9; &#xC18C;&#xC124; &#xC544; &#xB370; &#xB178; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xBC1C;&#xACAC; adenoviruses &#xBC1C;&#xC0DD;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xAC04; &#xC885; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xC758; &#xC6D0;&#xC778;&#xC73C;&#xB85C; &#xBC00;&#xC811; &#xD558; &#xAC8C; &#xBAA8;&#xB2C8;&#xD130;&#xB9C1; &#xD574;&#xC57C; &#xADF8;&#xAC00; &#xB098;&#xC654;&#xB2E4;.

&#xAC04; &#xC885; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC138;&#xACC4; &#xC6D0;&#xC22D;&#xC774; &#xC2DD;&#xBBFC;&#xC9C0;&#xC5D0; fulminant &#xD3D0; &#xB834; &#xBC1C;&#xBCD1;&#xACFC; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC18C;&#xC124; &#xC544; &#xB370; &#xB178; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xC804;&#xC1A1;.

Los adenovirus son virus ADN que infectan naturalmente muchos vertebrados, incluidos los humanos y los monos, y causar una amplia gama de enfermedades cl&#xED;nicas en los seres humanos. La infecci&#xF3;n de las cepas individuales que convencionalmente se ha pensado para ser espec&#xED;fico de la especie. Aqu&#xED; se aplica la Virochip, un microarray de pan-viral, para identificar un nuevo adenovirus (TMAdV, adenovirus titi mono) como la causa de un brote de mortal en una colonia cerrada de los monos del Nuevo Mundo (monos tit&#xED;, Callicebus cupreus) en el Instituto Nacional de California Primate Research Center (CNPRC). Entre los 65 monos tit&#xED; en un edificio, de 23 a&#xF1;os (34%) desarrollaron s&#xED;ntomas respiratorios superiores que evolucionaron a neumon&#xED;a fulminante y hepatitis, y 19 de 23 monos, o el 83% de los infectados, murieron o fueron sacrificados humanitariamente. Secuenciaci&#xF3;n del genoma completo de la TMAdV revel&#xF3; que este adenovirus es una especie nueva y muy divergentes, el intercambio de &#x26;lt;57% de identidad de nucle&#xF3;tidos pares con otros adenovirus. El cultivo de TMAdV tuvo &#xE9;xito en un humano A549 l&#xED;nea celular de adenocarcinoma de pulm&#xF3;n, pero no en c&#xE9;lulas de ri&#xF1;&#xF3;n de mono primarias o establecida. En el inicio del brote, el investigador en estrecho contacto con los monos desarroll&#xF3; una enfermedad respiratoria aguda, con s&#xED;ntomas que persisten durante 4 semanas, y ten&#xED;a un seropositivo convalecencia muestra de suero para TMAdV. Un miembro de la familia cl&#xED;nicamente enfermos, a pesar de no tener contacto con el CNPRC, tambi&#xE9;n dio positivo, y la proyecci&#xF3;n de un conjunto de 81 donantes escogidos al azar para adultos de sangre del oeste de Estados Unidos detect&#xF3; TMAdV anticuerpos neutralizantes espec&#xED;ficos en 2 personas (2/81, o 2,5 %). Estos resultados plantean la posibilidad de una infecci&#xF3;n zoon&#xF3;tica por TMAdV y humano a humano del virus en la poblaci&#xF3;n. Teniendo en cuenta la tasa de letalidad inusualmente alta del brote (83%), es poco probable que los monos tit&#xED; son las especies nativas para TMAdV, y el reservorio natural del virus es a&#xFA;n desconocido. El descubrimiento de TMAdV, un adenovirus novela con la capacidad de infectar a los monos y los seres humanos, sugiere que los adenovirus deben ser estrechamente vigilados como posibles causas de los brotes de especies cruzadas.

Eunice C. Chen

Department of Laboratory Medicine

University of California, San Francisco

Using a Pan-Viral Microarray Assay (Virochip) to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

Eunice C. Chen

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University of California, San Francisco

Using a Pan-Viral Microarray Assay (Virochip) to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

Department of Laboratory Medicine