Le cellule sono talvolta infettate da più di un virus contemporaneamente. Quando due virus si smontano per esporre i loro genomi per la replicazione nella stessa cellula, regioni simili dei loro genomi possono accoppiarsi e scambiare sequenze in un processo chiamato ricombinazione. In alternativa, i virus con genomi segmentati possono scambiare segmenti in un processo chiamato riassortimento.

La ricombinazione virale può creare nuove malattie

Alcune malattie possono infettare più specie. Ad esempio, i suini possono essere infettati da alcuni virus umani e uccelli, oltre ai virus che di solito infettano i maiali. Poiché i virus possono ricombinarsi quando coinfettano la stessa cellula, i maiali possono agire come "vasi di miscelazione" che ricombinano i virus di altre specie per creare nuovi virus che a volte possono infettare gli esseri umani. Questo fenomeno preoccupante rappresenta un percorso attraverso il quale il materiale infettivo di altre specie può entrare nella popolazione umana. Le malattie che si spostano dagli animali agli esseri umani sono conosciute come zoonosi. Gli esseri umani possono essere altamente suscettibili a tali virus perché non abbiamo alcuna storia di esposizione che avrebbe generato l'immunità.

L'influenza A è un primo esempio della teoria del "vaso di miscelazione" della malattia virale. La ricerca ha dimostrato che i virus dell'influenza umana, che si sono riproposti all'interno degli ospiti dei maiali. Questi eventi hanno prodotto virus "doppio reassortante" che contenevano geni provenienti da virus umani e avidi e virus "triplo-reassortante" che contenevano geni provenienti da virus umani, uccelli e suini. Nei Paesi Bassi, un virus reassortante composto da geni dell'influenza umana e aviaria è stato trasmesso dai suini all'uomo.