I transposoni si trovano sia nei procarioti che negli eucarioti;rappresentano il 5%del genoma di ameba, 44%del genoma umano, e fino al 90%del mais. Ci sono molti tipi differenti di transposoni, ma possono essere ampiamente caratterizzati in due classi distinte-1 e 2. I transposoni di classe 1, noti anche come retrotransposoni, richiedono la trascrizione di un RNA intermedio in DNA prima di essere inserito nel loro bersaglio.

Tuttavia, i transposoni di classe 2, o transposoni di solo DNA, rimangono a forma di DNA durante tutta la trasposizione;contengono anche un gene che codifica per un enzima multifunzionale chiamato transposasi. Il gene della transposasi è affiancato da ripetizioni terminali invertite, che sono a filamento singolo, lunghe da circa nove a 40 coppie di basi, e integrazioni inverse l'una dell'altra. Durante la trasposizione di taglia e incolla, il gene esprime due monomeri dell'enzima transposasi, che si legano alle ripetizioni terminali invertite.

Quando i monomeri dimerizzano, portano insieme le due ripetizioni invertite. Questo crea un stabile complesso proteico di DNA, definito complesso sinaptico, o transpososoma. In seguito, il transpososoma taglia i filamenti di DNA su ogni estremità del transposone, lasciando indietro le sequenze chiamate ripetizioni dirette.

Questo rilascia il transposone dal DNA donatore, che è ora libero di essere trasportato ad un bersaglio casuale. Per l'inserzione, la transposasi effettua due tagli sfalsati nel DNA bersaglio mediante scissione dei legami fosfodiesteri. I filamenti sezionati del DNA bersaglio sono separati per creare un gap con sporgenze a singolo filamento.

Ora, l'estremità 3 primi OH del DNA di trasposone reagisce con il terminale 5 primi del DNA bersaglio, lasciando spazio tra l'estremità 5 primi del trasposone e l'estremità 3 primi del bersaglio. La DNA polimerasi utilizza l'estremità 3 primi del gap come primer e colma il gap in un processo chiamato duplicazione del sito target. Il DNA di nuova sintesi e il transposone sono uniti da DNA ligasi.

Tale inserimento può avere effetti significativi:in alcuni casi, può attivare o disattivare il gene bersaglio fornendo nuovi promotori o isolatori codificati dal transposone. In alternativa, può anche alterare la funzione genica interrompendo la normale giunzione dell'esone durante la generazione dell'mRNA. Ad esempio, questo può accadere se un transposone contenente un nuovo sito di splice, salta in un gene esistente e riavvolge i segnali trascrizionali, con conseguente creazione di un mRNA aberrante