La maggior parte dei genomi eucariotici contiene un gruppo unico di elementi trasposibili chiamati retrotrasposoni o transposoni di classe I.A differenza dei transposoni solo DNA o di Classe II, i retrotrasposoni impiegano un meccanismo di copia e incolla, il che significa che una copia del transposone si sposta in un nuovo sito sul genoma. Esistono due tipi di retrotrasposoni:a ripetizione terminale lunga, o retrotrasposoni LTR;e retrotrasposoni non LTR, entrambi i quali utilizzano meccanismi di trasposizione diversi. I retrotransposoni LTR consistono in una regione codificante di proteina lunga da 5 a 7 kb affiancata da entrambi i lati, da lunghe ripetizioni terminali, tipicamente da 250 a 600 coppie di basi in lunghezza.

Questi LTR contengono sequenze di intensificazione e promotrici per la trascrizione. La regione codificante è molto simile a quella del genoma retrovirale, consistente in geni strettamente correlati al gag e al pol dei retrovirus. Perciò, i retrotrasposoni di LTR sono anche noti come retrotrasposoni simili ai retrovirali.

Tuttavia, a differenza dei retrovirus, i retrotrasposoni LTR non codificano il gene env, e quindi non possono formare un involucro virale. Mentre il gene pol codifica enzimi, come la proteasi, trascrittasi inversa, integrasi e RNasi H, il gene gag codifica proteine strutturali che possono formare una particella simile al virus. Il meccanismo di trasposizione degli elementi LTR assomiglia anche alla replicazione retrovirale nelle cellule ospiti.

Prima di tutto, la RNA polimerasi II della cellula ospite si lega al cinque primi LTR e inizia trascrivendo i retrotrasposoni in un singolo filamento di RNA. L'RNA intermedio viene quindi processato dagli enzimi della cellula ospite per aggiungere un cappuccio a 5 primi e una poli-coda a 3 primi. L'RNA maturo viene quindi trasportato nel citoplasma e tradotto in proteine.

L'mRNA e i prodotti proteici si assemblano per formare una particella simile al virus;è all'interno di questa particella simile al virus che l'RNA è inversamente trascritto in una copia di DNA a filamento singolo. Ne segue la degradazione del filamento di RNA da parte di RNasi H e la sintesi di un filamento complementare di DNA, che porta ad un DNA a doppio filamento. Questo DNA lineare a doppio filamento è legato dall'integrasi ad entrambe le estremità per formare un complesso stabile chiamato intasoma che può essere trasportato di nuovo nel nucleo 00:02:52.370 00:02:57.460 e inserito in una nuova posizione sul genoma ospite.

I retrotrasposoni LTR possono fare diverse copie di se stessi nella stessa cellula usando questo meccanismo di replicazione.