Iniziare mescolando e aliquotando da 90 a 120 microlitri di campioni di C. Elegans reticolati di formaldeide in un tubo di sonicazione in polistirolo. Aggiungere un volume uguale di tampone di risospensione contenente 2X detergenti. Sonicare in un sonicatore a bagnomaria per sette minuti.
Miscelare delicatamente il campione mediante pipettaggio e ripetere la sonicazione per altri sette minuti. Una volta fatto, trasferire il lisato sonicato in una provetta da 1,5 millilitri. Aggiungere mezzo volume di tampone di risospensione senza detergenti.
Dopo la centrifugazione a 13.000 g per 15 minuti a quattro gradi Celsius, dividere il surnatante lisato in quattro parti. Conservare la parte di lisato in ingresso a meno 20 gradi Celsius in una provetta da 1,5 millilitri. Aggiungere 0,5 microgrammi di trimetilazione anti-H3K9, anti-istone H3 o IgG al campione di immunoprecipitazione o IP appropriato.
Incubare la reazione a quattro gradi Celsius durante la notte con rotazione. Il giorno seguente, aliquotare i nove microlitri di microsfere magnetiche rivestite di proteina G per campione IP in una provetta da 1,5 millilitri. Dopo due lavaggi con un millilitro di FA-150, risospendere le perle magnetiche nel tampone FA-150.
Una volta fatto, aggiungere 7,5 microlitri di sospensione di microsfere magnetiche a ciascuna miscela di anticorpi IP prima di incubare le provette a quattro gradi Celsius per due ore con rotazione. Successivamente, lavare le microsfere magnetiche sette volte utilizzando almeno 200 microlitri di ciascuna soluzione tampone. Incubare ogni lavaggio a quattro gradi Celsius per cinque minuti con rotazione prima di raccogliere le perle su un supporto magnetico per aspirare il lavaggio.
Dopo aver aspirato l'ultimo lavaggio del tampone, risospendere le microsfere magnetiche in 50 microlitri di tampone di eluizione IP della cromatina e trasferirlo in una provetta da 1,5 millilitri. Dopo aver eluito il campione in un ThermoMixer, raccogliere le perle su un supporto magnetico e trasferire il surnatante in una nuova provetta. Ripetere l'eluizione con altri 50 microlitri di tampone di eluizione per immunoprecipitazione della cromatina.
Una volta fatto, prelevare un totale di 100 microlitri di surnatante prima di procedere con la reticolazione inversa e l'eluizione del DNA.
