Per iniziare, con un pennello, trasferisci gli embrioni di drosofila declorata su una lunga striscia di agar d'uva. Usa un ago da dissezione per allineare circa 60 embrioni lungo il bordo della striscia con la parte posteriore rivolta verso l'esterno. Ora posiziona un nastro biadesivo lungo 18 millimetri nel senso della lunghezza lungo il bordo di un vetrino coprioggetto.
Dopo aver rimosso il supporto, premere delicatamente il vetrino coprioggetto sugli embrioni allineati, trasferire il vetrino coprioggetto con gli embrioni in una scatola contenente un essiccante. Aggiungi olio di carbonio halo su di essi. Per microiniettare gli embrioni, caricare prima due microlitri di DNA in un ago usando una pipetta allungata.
Posizionare gli embrioni allineati con olio di carbonio halo al microscopio invertito. Successivamente, utilizzare un micromanipolatore per inserire l'ago nelle estremità posteriori di un embrione. Con il comando a pedale, iniettare con cautela il DNA nell'embrione.
Rimuovere l'ago dopo aver completato la microiniezione del primo embrione, quindi spostarlo all'estremità posteriore dell'embrione successivo. Trasferire gli embrioni iniettati in una piastra di agar per l'incubazione. Quando le uova si sono schiuse, prepara una fiala con il cibo.
Aggiungere alcune gocce di acqua distillata alla fiala. Con uno stereomicroscopio e un pennello, raccogli le larve schiuse, quindi trasferiscile nella fiala. Incubare la fiala a 25 gradi Celsius con un'umidità compresa tra il 50% e il 60% per 10 giorni.
Gli embrioni eccessivamente essiccati appaiono deformati e non possono essere utilizzati per microiniezioni. Gli embrioni poco essiccati perdevano una grande quantità di citoplasma quando venivano punti, riducendo così i tassi di sopravvivenza. Gli embrioni adeguatamente essiccati perdevano solo un piccolo volume, se non nullo, quando venivano iniettati.
La linea di drosofila che esprime l'integrasi phiC31 utilizzata per la microiniezione di embrioni aveva gli occhi bianchi. I moscerini anziani di questo genotipo hanno gli occhi rosa derivanti dall'accumulo di proteina fluorescente rossa espressa specificamente nell'occhio. Sono state prodotte con successo mosche transgeniche portatrici di un transgene nel sito di attracco attP2 con occhi arancioni.