Dissociazione di campioni di tessuto tumorale umano e di topo per il sequenziamento dell'RNA a singola cellula

Lo scopo della nostra ricerca è studiare i meccanismi di risposta o resistenza nelle immunoterapie standard di cura. Il nostro laboratorio sta cercando di capire cosa guida una risposta immunitaria di successo contro i tumori e se possiamo identificare questi predittori della terapia per trovare bersagli in grado di superare la resistenza. Il più grande progresso degli ultimi anni è stato lo sviluppo e l'integrazione di tecniche di sequenziamento dell'RNA a singola cellula.

Ci consentono in tempo reale di studiare sistematicamente le caratteristiche molecolari delle singole cellule in modo imparziale, il che è utile nella dissezione di questi ecosistemi tumorali complessi e in evoluzione. Mentre molti modelli preclinici vengono utilizzati per studiare i meccanismi di risposta all'immunoterapia, non conosciamo ancora i determinanti immunologici che sono importanti nell'immunità umana. L'elaborazione e l'analisi dei campioni dei pazienti in tempo reale è fondamentale per la nostra capacità di studiare tutti i compartimenti cellulari all'interno di un determinato tumore.

Utilizzando tecniche genomiche e trascrittomiche imparziali, il nostro laboratorio ha scoperto che i difetti nel meccanismo di presentazione dell'antigene sono associati alla resistenza all'immunoterapia nel melanoma. Più recentemente, utilizzando approcci a singola cellula, abbiamo scoperto stati unici delle cellule T e polarità delle cellule mieloidi associati agli esiti dei pazienti rispettivamente nel melanoma e nel cancro della testa e del collo. Il più grande vantaggio del nostro protocollo risiede nella sua semplicità.

Si tratta di un protocollo universale regolato per la dissociazione di campioni tumorali piccoli e grandi da più tipi di cancro in un breve periodo di tempo, che termina con la generazione di sospensioni unicellulari altamente vitali.