Iniziare con i dati di input elaborati e armonizzati, che contengono cinque colonne, l'ID del campione, il tipo, il set di dati, la variabile e il valore. Questi dati saranno utilizzati nel modello MOFA. Quindi, vai su Jupyter Lab e fai clic sul simbolo della cartella.
Fare doppio clic sul flusso di lavoro MOFA, seguito da script e configurazioni. Apri il file 03_MOFA_Configuration.csv. Immettere il numero di fattori da stimare nel modello MOFA e regolare i valori nel file per definire se l'attesa e la scala devono essere applicate.
Seleziona il file e salva il file CSV dal menu in alto per salvare le modifiche. Utilizzando il menu di navigazione sul lato sinistro, vai alla cartella degli script facendo clic su script. Quindi, aprire il blocco appunti 03_Run_MOFAipynb.
Fare clic sul pulsante Riavvia kernel ed esegui tutte le celle in alto per eseguire lo script, quindi fare clic su Riavvia nel popup. Per accedere alla cartella 03_figures, fare doppio clic sulle figure e quindi 03_figures. Aprire il grafico generato Figure03_Overview_Variance_Decomposition nome del risultato MOFA ed esaminare il risultato del modello.
Vai al menu di navigazione sul lato sinistro. Fare clic sul simbolo della cartella, quindi fare doppio clic sui dati di input per accedere alla cartella dei dati di input. Trascina e rilascia il preparato.
CSV contenente tutti i metadati dei campioni da analizzare in associazione con il file dei fattori generati nella cartella dei dati di input. Fare clic sul simbolo della cartella. Quindi, fai doppio clic su mofa_workflow, seguito da script e configurazioni per tornare alla cartella delle configurazioni.
Apri il file 04_Factor_Analysis_csv. Nella colonna delle variazioni numeriche, aggiungere i nomi di tutte le colonne numeriche nel file CSV di metadati di esempio preparato che verrà esaminato in relazione ai fattori MOFA separati da virgole. Nella colonna delle covariate categoriali, aggiungere i nomi di tutte le colonne categoriali nel file CSV di metadati di esempio preparato che verrà esaminato in relazione ai fattori MOFA, separati da virgole.
Salva le modifiche selezionando File e Salva file CSV dal menu in alto. Quindi, fai clic su script per accedere alla cartella degli script. Fare doppio clic sul 04_Downstream_Factor_Analysis_ipynb del taccuino per aprirlo.
Per eseguire lo script, fare clic sul pulsante Riavvia kernel ed esegui tutte le vendite in alto, quindi fare clic su Riavvia nel popup. Utilizzare il menu di navigazione a sinistra per accedere alla cartella 04_figures facendo doppio clic sulle figure, quindi 04_figures. Per aprire i grafici generati, fare doppio clic su di essi e indagare i fattori per modelli e associazioni interessanti.
