Iniziare aggiungendo tutti i set di dati di input multiomici alla cartella dei dati di input. Qui contengono dati di pazienti con sindromi coronariche stabili, croniche e acute. Per pre-elaborare i dati, fare clic sul simbolo della cartella, quindi fare doppio clic sul mofa_workflow script e configurazioni per accedere alla cartella di configurazione.
Fare doppio clic sul file CSV di configurazione dei dati per aprirlo. Nella colonna del valore, inserisci i percorsi delle cartelle dei dati di input e dei risultati. Nella colonna nome-valore della configurazione, specificare un nome da aggiungere come estensione di file per tutti i file salvati.
Per salvare le modifiche, seleziona File e Salva file CSV dal menu in alto. Quindi, utilizzando il menu di navigazione sul lato sinistro, fai clic su script per accedere alla cartella degli script. Fare doppio clic su 00_Configuration_Update.
ipynb per aprire il notebook di inizializzazione. Per eseguire lo script, fare clic sul pulsante Riavvia kernel ed esegui tutte le celle in alto, quindi fare clic su Riavvia nel popup. Per accedere alla cartella delle configurazioni, fare doppio clic su configurazioni.
Quindi fare doppio clic su 01_Pre_Processing_SC_Data. csv per aprire il file. Verifica i valori compilati automaticamente, seleziona File e Salva file CSV dal menu in alto per salvare le modifiche.
Quindi utilizzare il menu di navigazione sul lato sinistro e fare clic su script per accedere alla cartella degli script. Fare doppio clic su 01_Prepare_Pseudobulk. ipynb per aprire il taccuino.
Per eseguire lo script, fare clic sul pulsante Riavvia kernel ed esegui tutte le celle in alto, quindi fare clic su Riavvia nel popup. Per accedere alla cartella delle figure, fare doppio clic prima sulle figure e poi su 01_figures. Apri il grafico appena generato FIG01_Amount_of_Cells panoramica.
Quindi esaminare il grafico per identificare i cluster di tipi di cellule con un numero molto basso di cellule per campione. Annotare i nomi di tali ID cluster per escluderli nei passaggi successivi. Per tornare alla cartella di configurazione, fare clic sui punti e fare doppio clic su configurazioni.
Aprire quindi il file 02_Pre_Processing_Configuration_SC.csv. Aggiungere tutti gli ID cluster identificati per l'esclusione nel passaggio precedente, separati da virgole nella colonna cell_type_exclusion. Per salvare le modifiche, seleziona File e Salva file CSV dal menu in alto.
Ora apri il file 02_Pre_Processing_Configuration. CSV e regolare la configurazione di pre-elaborazione per ogni set di dati incluso e archiviato nella cartella di input dei dati. Regolare i parametri nelle colonne in base alle esigenze, a seconda delle fasi di pre-elaborazione da applicare.
Salvare le modifiche selezionando File e Salva file CSV. Per accedere alla cartella degli script, fare clic su script. Aprire il notebook 02_Integrate_and_Normalize_Data_Sources.ipynb.
Fare clic sul pulsante Riavvia kernel ed esegui tutte le celle in alto, quindi fare clic su Riavvia nel popup. Quindi, vai alla cartella 02_results generata. Fare clic sul simbolo della cartella, quindi fare doppio clic su risultati e 02_results.
Verificare che includa il 02_Combined_Data del file, il nome della configurazione, il file CSV INTEGRATO contenente il file di input dei dati di pre-elaborazione combinato.
