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Separation of Single-stranded DNA, Double-stranded DNA and RNA from an Environmental Viral Community Using Hydroxyapatite Chromatography

Viruses, particularly bacteriophages (phages), are the most numerous biological entities on Earth1,2.  Viruses modulate host cell abundance and diversity, ...

The J. Craig Venter Institute

Der genetischen Verwandtschaft von der Bacillus Anthracis Eingabe Phagen Gamma und Kirsche wurde von Nukleotid-Sequenzierung und vergleichende Analyse bestimmt. Genome f&uuml;r diese zwei Phagen waren identisch au&szlig;er bei drei Variablen Loci, die Heterogenit&auml;t innerhalb einzelner Lysates und in Kirsche, Wbeta, Fah und vier Gamma Bakteriophage Sequenzen gezeigt haben.

Sequenzierung von Bacillus Anthracis eingeben von Phagen Gamma und Kirsche, offenbart eine gemeinsame Abstammung.

La parentela genetica del Bacillus anthracis digitando fagi Gamma e Cherry &egrave; stata determinata dalla sequenza nucleotidica e analisi comparativa. Il genoma di questi due fagi era identico tranne in tre loci variabile, che ha mostrato la eterogeneit&agrave; all&#39;interno di singoli lisati e tra ciliegio, Wbeta, Fah e quattro sequenze di batteriofago Gamma.

Sequenziamento Bacillus anthracis digitando ciliegio e fagi gamma rivela una comune discendenza.

&#x952E;&#x5165;&#x4F3D;&#x9A6C;&#x548C;&#x6A31;&#x6843;&#x7684;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x7684;&#x70AD;&#x75BD;&#x82BD;&#x5B62;&#x6746;&#x83CC;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x5173;&#x8054;&#x5EA6;&#x7684;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x53CA;&#x6BD4;&#x8F83;&#x5206;&#x6790;&#x7ED3;&#x679C;&#x786E;&#x5B9A;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E24;&#x79CD;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x662F;&#x76F8;&#x540C;&#xFF0C;&#x53EA;&#x662F;&#x5728;&#x4E09;&#x4E2A;&#x53D8;&#x91CF;&#x7684;&#x8F68;&#x8FF9;&#xFF0C;&#x663E;&#x793A;&#x5185;&#x90E8;&#x4E2A;&#x522B;&#x88C2;&#x89E3;&#x548C;&#x6A31;&#x6843;&#x3001; Wbeta&#x3001; &#x53D1;&#x548C;&#x56DB;&#x4E2A;&#x4F3D;&#x739B;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x5F02;&#x8D28;&#x6027;&#x3002;

&#x6D4B;&#x5E8F;&#x70AD;&#x75BD;&#x6746;&#x83CC;&#x952E;&#x5165;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x4F3D;&#x739B;&#x548C;&#x6A31;&#x6843;&#x63ED;&#x793A;&#x6709;&#x5171;&#x540C;&#x7684;&#x7956;&#x5148;&#x3002;

The genetic relatedness of the Bacillus anthracis typing phages Gamma and Cherry was determined by nucleotide sequencing and comparative analysis. The genomes of these two phages were identical except at three variable loci, which showed heterogeneity within individual lysates and among Cherry, Wbeta, Fah, and four Gamma bacteriophage sequences.

Sequencing Bacillus anthracis typing phages gamma and cherry reveals a common ancestry.

La parent&eacute; g&eacute;n&eacute;tique du Bacillus anthracis, dactylographie phages Gamma et Cherry a &eacute;t&eacute; d&eacute;termin&eacute;e par le s&eacute;quen&ccedil;age des nucl&eacute;otides et de l&#39;analyse comparative. Les g&eacute;nomes de ces deux phages sont identiques sauf &agrave; trois loci variables, qui ont montr&eacute; une h&eacute;t&eacute;rog&eacute;n&eacute;it&eacute; dans les lysats individuels et entre Cherry, Wbeta, Fah et quatre s&eacute;quences de bact&eacute;riophage de Gamma.

S&eacute;quen&ccedil;age de Bacillus anthracis, dactylographie cerise et gamma de phages r&eacute;v&egrave;le un anc&ecirc;tre commun.

&#x30B3;&#x30A1;&#x30B0;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC; &#x30AC;&#x30F3;&#x30DE;&#x3068;&#x685C;&#x70AD;&#x75BD;&#x83CC;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x985E;&#x7E01;&#x6027;&#x5869;&#x57FA;&#x914D;&#x5217;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x5206;&#x6790;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089; 2 &#x3064;&#x306E;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3067;&#x500B;&#x3005; &#x306E; lysates &#x5185;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30C1;&#x30A7;&#x30EA;&#x30FC;&#x3001;Wbeta&#x3001;Fah&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073; 4 &#x3064;&#x306E;&#x30AC;&#x30F3;&#x30DE;&#x306E;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x9593;&#x306E;&#x7570;&#x8CEA;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F; 3 &#x3064;&#x306E;&#x53EF;&#x5909;&#x90E8;&#x3092;&#x9664;&#x3044;&#x3066;&#x540C;&#x4E00;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3002;

&#x70AD;&#x75BD;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8; &#x30AC;&#x30F3;&#x30DE;&#x3068;&#x30C1;&#x30A7;&#x30EA;&#x30FC;&#x5165;&#x529B;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x304C;&#x5171;&#x901A;&#x306E;&#x7956;&#x5148;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xC785;&#xB825; &#xD398;&#xC774;&#xC9C0; &#xAC10;&#xB9C8; &#xBC0F; &#xCCB4;&#xB9AC; &#xADE0; &#xB4E4;&#xC740; &#xC720;&#xC804; relatedness &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBC0F; &#xBE44;&#xAD50; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACB0;&#xC815; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xB450; &#xD398;&#xC774;&#xC9C0;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xAC00; &#xAC1C;&#xBCC4; lysates &#xB0B4; &#xACE0; &#xBC84; &#xCC0C;, Wbeta, Fah, 4 &#xAC1C;&#xC758; &#xAC10;&#xB9C8; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC624;&#xD30C;&#xC9C0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC911;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900; &#xC138; &#xBCC0;&#xC218; loci&#xC5D0;&#xB97C; &#xC81C;&#xC678; &#xD558; &#xACE0; &#xB3D9;&#xC77C; &#xD588;&#xB2E4;.

&#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC785;&#xB825; &#xD398;&#xC774;&#xC9C0; &#xAC10;&#xB9C8; &#xBC0F; &#xCCB4;&#xB9AC; &#xADE0; &#xB4E4;&#xC740; &#xACF5;&#xD1B5; &#xC870;&#xC0C1;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;.

La relaci&oacute;n gen&eacute;tica de los Bacillus anthracis escribiendo phages Gamma y cereza fue determinada por la secuencia de nucle&oacute;tido y an&aacute;lisis comparativo. Los genomas de estos dos fagos fueron id&eacute;nticos, excepto en tres loci variables, que mostraron heterogeneidad lisados individuales y cereza, Wbeta, Fah y cuatro secuencias de bacteri&oacute;fagos de Gamma.

Secuenciaci&oacute;n de Bacillus anthracis escribiendo cereza y fagos gamma revela una ascendencia com&uacute;n.

Bracoviruses (&#x6807;&#x5FD7;) &#x7684;&#x53CC;&#x94FE; DNA &#x75C5;&#x6BD2;&#x7684;&#x5206;&#x6BB5;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#xFF0C;&#x4E00;&#x7EC4;&#x662F;&#x5BC4;&#x751F;&#x8702;&#x4E92;&#x60E0; endosymbionts&#x3002;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7C92;&#x5B50;&#x662F;&#x590D;&#x5236;&#x7F3A;&#x9677;&#xFF0C;&#x53EA;&#x7531;&#x5973;&#x6027;&#x8702;&#x4ECE;&#x96C6;&#x6210;&#x5230;&#x9EC4;&#x8702;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x5E8F;&#x5217;&#x3002;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7C92;&#x5B50;&#x6CE8;&#x5165;&#x5361;&#x7279;&#x5F7C;&#x52D2;&#x4E3B;&#x673A;&#xFF0C;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x5728;&#x65B9;&#x4FBF;&#x5BC4;&#x751F;&#x751F;&#x5B58;&#x548C;&#x56E0;&#x6B64;&#x6C38;&#x4E45;&#x5316;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x548C;&#x9E21;&#x86CB;&#x3002;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x4ECB;&#x7ECD; 223 &#x91D1;&#x534E;&#x5730;&#x533A;&#x7684; Glyptapanteles indiensis &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; DNA &#x5176;&#x4E2D;&#x5305;&#x542B; G.indiensis bracovirus (GiBV) &#x524D;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x4E00;&#x90E8;&#x5206;&#x3002;

&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x6F14;&#x53D8;&#x7684; Glyptapanteles indiensis bracovirus &#x7EC4;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x8F68;&#x8FF9;&#x3002;

Bracoviruses (BVs), a group of double-stranded DNA viruses with segmented genomes, are mutualistic endosymbionts of parasitoid wasps. Virus particles are replication deficient and are produced only by female wasps from proviral sequences integrated into the wasp genome. Virus particles are injected along with eggs into caterpillar hosts, where viral gene expression facilitates parasitoid survival and therefore perpetuation of proviral DNA. Here we describe a 223 kbp region of Glyptapanteles indiensis genomic DNA which contains a part of the G. indiensis bracovirus (GiBV) proviral genome.

Structure and evolution of a proviral locus of Glyptapanteles indiensis bracovirus.

Bracovirus (BVs), un groupe de virus &agrave; ADN double brin avec g&eacute;nome segment&eacute;, sont des endosymbiontes mutualistes de gu&ecirc;pes parasito&iuml;des. Particules virales sont d&eacute;ficiente de la r&eacute;plication et sont produites uniquement par les gu&ecirc;pes femelles de s&eacute;quences proviral int&eacute;gr&eacute;s dans le g&eacute;nome de la gu&ecirc;pe. Particules virales sont inject&eacute;es ainsi que des &oelig;ufs dans les h&ocirc;tes de caterpillar, o&ugrave; l&#39;expression des g&egrave;nes viraux facilite la survie parasito&iuml;de et, par cons&eacute;quent, la perp&eacute;tuation de l&#39;ADN proviral. Nous d&eacute;crivons ici une r&eacute;gion kbp 223 Glyptapanteles indiensis ADN g&eacute;nomique qui contient une partie du g&eacute;nome proviral indiensis g. bracovirus (GiBV).

Structure et &eacute;volution d&#39;un locus proviral du Glyptapanteles indiensis bracovirus.

Bracoviruses (BVs), eine Gruppe von doppelstr&auml;ngige DNA-Viren mit segmentierten Genome sind mutualistischen Endosymbionts von Parasitoid Wespen. Viruspartikel Replikation mangelhaft sind und nur von weiblichen Wespen aus proviral Sequenzen in der Wespe-Genom integriert produziert werden. Viruspartikel sind zusammen mit Eiern in Raupe Gastgeber, eingespritzt, wobei virale Genexpression Parasitoiden &uuml;berleben und damit die Verewigung des proviral DNA erleichtert. Hier beschreiben wir eine 223 Kbp-Region Glyptapanteles Indiensis genomischer DNA, die einen Teil des G. Indiensis Bracovirus (GiBV) proviral Genoms enth&auml;lt.

Struktur und Entwicklung einer proviral Locus Glyptapanteles Indiensis Bracovirus.

Bracoviruses (BVs), un gruppo di virus a DNA double-stranded con genoma segmentato, sono mutualistiche endosimbionti del parassitoide vespe. Particelle virali sono carente di replica e vengono prodotte solo dalla femmine vespe da sequenze proviral integrati nel genoma della Vespa. Particelle virali vengono iniettati insieme con le uova in host caterpillar, dove facilita l&#39;espressione del gene virale parassitoide sopravvivenza e quindi la perpetuazione del DNA proviral. Qui descriviamo un 223 kbp regione di DNA genomic Glyptapanteles indiensis, che contiene una parte del genoma proviral g. indiensis bracovirus (GiBV).

Struttura e l&#39;evoluzione di un locus proviral di Glyptapanteles indiensis bracovirus.

Bracoviruses &#xFF08;BVs) &#x5206;&#x7BC0;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x4E8C;&#x672C;&#x9396; DNA &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306E;&#x5BC4;&#x751F;&#x8702;&#x76F8;&#x5229;&#x5171;&#x751F;&#x5171;&#x751F;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x7C92;&#x5B50;&#x306F;&#x8907;&#x88FD;&#x6B20;&#x4E4F;&#x306F;&#x3001;&#x3060;&#x3051;&#x304C;&#x5973;&#x6027;&#x306E;&#x30CF;&#x30C1; &#x30CF;&#x30C1; &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x30D7;&#x30ED;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x7C92;&#x5B50;&#x306F;&#x3001;&#x5375;&#x3068;&#x4E00;&#x7DD2;&#x306B;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306B;&#x5BC4;&#x751F;&#x306E;&#x751F;&#x5B58;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x6C38;&#x7D9A;&#x30D7;&#x30ED;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9; DNA &#x306E;&#x5BB9;&#x6613;&#x306B;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x5E7C;&#x866B;&#x306E;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x306B;&#x6CE8;&#x5165;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067; g. indiensis bracovirus (GiBV) &#x30D7;&#x30ED;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x4E00;&#x90E8;&#x3092;&#x542B;&#x3080; Glyptapanteles indiensis &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; DNA &#x306E; 223 kbp &#x9818;&#x57DF;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x69CB;&#x9020;&#x3068; Glyptapanteles indiensis bracovirus &#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x8ECC;&#x8DE1;&#x306E;&#x9032;&#x5316;&#x3002;

Bracoviruses (BVs) &#xC138;&#xADF8;&#xBA3C;&#xD2B8; &#xAC8C;&#xB188;&#xACFC; &#xC774;&#xC911; &#xAC00;&#xB2E5; DNA &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xADF8;&#xB8F9; parasitoid &#xB9D0; &#xBC8C;&#xC758; mutualistic endosymbionts &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC785;&#xC790; &#xBCF5;&#xC81C; &#xACB0;&#xD54D; &#xACE0;&#xB9CC; &#xB9D0; &#xBC8C; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xD1B5;&#xD569; proviral &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5EC;&#xC131; &#xB9D0; &#xBC8C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC0DD;&#xC0B0; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC785;&#xC790; &#xB2EC;&#xAC40; &#xD568;&#xAED8; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604; &#xC27D;&#xAC8C; parasitoid &#xC0DD;&#xC874; &#xD558; &#xACE0; &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; proviral DNA&#xC758; &#xC601;&#xAD6C; &#xD654; &#xC560;&#xBC8C;&#xB808; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC8FC;&#xC785;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; G. indiensis bracovirus (GiBV) proviral &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xC77C;&#xBD80;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; Glyptapanteles indiensis genomic DNA&#xC758; 223 kbp &#xC601;&#xC5ED;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xAD6C;&#xC870;&#xC640; Glyptapanteles indiensis bracovirus&#xC758; proviral &#xB85C;&#xCEE4; &#xC2A4;&#xC758; &#xC9C4;&#xD654;.

Bracoviruses (BVs), un grupo de virus de ADN de doble hebra con genomas segmentados, son endosimbiontes mutualistas de avispas parasitoides. Part&iacute;culas del virus son replicaci&oacute;n deficiente y se producen s&oacute;lo por avispas hembras de secuencias proviral integradas en el genoma de la avispa. Part&iacute;culas del virus se inyectan junto con huevos en anfitriones de caterpillar, que facilita la expresi&oacute;n g&eacute;nica viral parasitoide supervivencia y por lo tanto la perpetuaci&oacute;n de la DNA proviral. Aqu&iacute; describimos una regi&oacute;n kbp 223 de ADN gen&oacute;mico de Glyptapanteles indiensis que contiene una parte del genoma proviral indiensis g. bracovirus (GiBV).

Estructura y evoluci&oacute;n de un locus proviral de Glyptapanteles indiensis bracovirus.

Polydnaviruses, doppelstr&auml;ngige DNA-Viren mit segmentierten Genome, haben als obligat Endosymbionts von Parasitoid Wespen entwickelt. Viruspartikel sind Replikation mangelhaft und produziert vom weiblichen Wespen aus proviral Sequenzen in der Wespe-Genom integriert. Diese Teilchen sind Granulozyten mit Eiern in Raupe Hosts, wo virale Genexpression Parasitoiden &uuml;berleben erleichtert und somit &Uuml;berleben der proviral DNA. Hier wir charakterisieren und vergleichen, dem die Encapsidated virale Genomsequenzen von Bracoviruses in der Familie Polydnaviridae zugeordnet Glyptapanteles Schwammspinner Parasitoide, zusammen mit in der N&auml;he von kompletten proviral Sequenzen aus welche sowohl virale Genome abgeleitet.

Vergleichende Genomik mutualistischen Viren von Glyptapanteles parasitische Wespen.

Polydnaviruses, virus a DNA double-stranded con genoma segmentato, si sono evoluti come obbligare endosimbionti del parassitoide vespe. Particelle virali sono replica carenza e prodotta da vespe femmine da sequenze proviral integrati nel genoma della Vespa. Queste particelle sono utilizzano con uova in host caterpillar, dove facilita l&#39;espressione del gene virale parassitoide sopravvivenza e, quindi, la sopravvivenza del DNA proviral. Qui ci caratterizzano e confrontare le sequenze di genoma virale incapsidato di bracoviruses della famiglia Polydnaviridae associate con Glyptapanteles gypsy moth parassitoidi, lungo vicino sequenze proviral complete da cui entrambi genomi virali sono derivati.

Genomica comparativa di virus mutualistiche Glyptapanteles vespe parassite.

Polydnaviruses&#x3001;&#x4E8C;&#x672C;&#x9396; DNA &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x5206;&#x7BC0;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x5BC4;&#x751F;&#x8702;&#x306E;&#x5ACC;&#x6C17;&#x5171;&#x751F;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x9032;&#x5316;&#x3057;&#x3066;&#x304D;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x7C92;&#x5B50;&#x30EC;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x6B20;&#x4E4F;&#x3068;&#x30EF;&#x30B9;&#x30D7; &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x30D7;&#x30ED;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x5973;&#x6027;&#x306E;&#x30CF;&#x30C1;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7C92;&#x5B50;&#x306F;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x5BC4;&#x751F;&#x8702;&#x306E;&#x751F;&#x5B58;&#x3092;&#x5BB9;&#x6613;&#x306B;&#x5E7C;&#x866B;&#x306E;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x306B;&#x5375;&#x3092; co &#x6CE8;&#x5165;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x30D7;&#x30ED;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9; DNA &#x306E;&#x751F;&#x5B58;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x6211;&#x3005; &#x3092;&#x7279;&#x5FB4;&#x4ED8;&#x3051;&#x308B;&#x3057;&#x3001;&#x6BD4;&#x8F03;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x5BB6;&#x65CF; Polydnaviridae bracoviruses &#x306E; Glyptapanteles &#x30DE;&#x30A4;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AC;&#x306E;&#x5BC4;&#x751F;&#x8702;&#x3068;&#x306B;&#x6CBF;&#x3063;&#x3066;&#x8FD1;&#x304F;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x30D7;&#x30ED;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x304B;&#x3089;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x6D3E;&#x751F;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x6BD4;&#x8F03;&#x30B2;&#x30CE;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9;&#x76F8;&#x5229;&#x5171;&#x751F;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9; Glyptapanteles &#x306E;&#x5BC4;&#x751F;&#x6027;&#x306E;&#x30CF;&#x30C1;&#x306E;&#x3002;

Polydnaviruses&#xFF0C;&#x53CC;&#x94FE; DNA &#x75C5;&#x6BD2;&#x7684;&#x5206;&#x6BB5;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#xFF0C;&#x5DF2;&#x6F14;&#x53D8;&#x4E3A;&#x9884;&#x7559; endosymbionts &#x5BC4;&#x751F;&#x8702;&#x3002;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7C92;&#x5B50;&#x7684;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x548C;&#x7531;&#x5973;&#x8702;&#x4ECE;&#x96C6;&#x6210;&#x5230;&#x9EC4;&#x8702;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x5E8F;&#x5217;&#x751F;&#x6210;&#x7684;&#x590D;&#x5236;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7C92;&#x5B50;&#x662F; co-injected &#x4E0E;&#x9E21;&#x86CB;&#x5230;&#x5361;&#x7279;&#x5F7C;&#x52D2;&#x4E3B;&#x673A;&#xFF0C;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x65B9;&#x4FBF;&#x4E86;&#x5BC4;&#x751F;&#x7684;&#x751F;&#x5B58;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#xFF0C;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x7684;&#x751F;&#x5B58;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x63CF;&#x8FF0;&#x548C;&#x6D3E;&#x751F;&#x7684; Polydnaviridae &#x5BB6;&#x65CF;&#x4E2D;&#x7684; bracoviruses &#x7684; encapsidated &#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E0E;&#x76F8;&#x5173; Glyptapanteles &#x86FE;&#x5BC4;&#x751F;&#x8702;&#xFF0C;&#x6CBF;&#x9644;&#x8FD1;&#x4ECE;&#x54EA;&#x4E24;&#x4E2A;&#x75C5;&#x6BD2;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x5B8C;&#x6574;&#x7EC4;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x3002;

&#x6BD4;&#x8F83;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x7684;&#x4E92;&#x60E0;&#x75C5;&#x6BD2; Glyptapanteles &#x5BC4;&#x751F;&#x8702;&#x3002;

Polydnaviruses, double-stranded DNA viruses with segmented genomes, have evolved as obligate endosymbionts of parasitoid wasps. Virus particles are replication deficient and produced by female wasps from proviral sequences integrated into the wasp genome. These particles are co-injected with eggs into caterpillar hosts, where viral gene expression facilitates parasitoid survival and, thereby, survival of proviral DNA. Here we characterize and compare the encapsidated viral genome sequences of bracoviruses in the family Polydnaviridae associated with Glyptapanteles gypsy moth parasitoids, along with near complete proviral sequences from which both viral genomes are derived.

Comparative genomics of mutualistic viruses of Glyptapanteles parasitic wasps.

Polydnaviruses, virus &agrave; ADN double brin avec g&eacute;nome segment&eacute;, ont &eacute;volu&eacute; comme endosymbiotes obligatoires des gu&ecirc;pes parasito&iuml;des. Particules virales sont d&eacute;ficiente et produite par les gu&ecirc;pes femelles de s&eacute;quences proviral int&eacute;gr&eacute;s dans le g&eacute;nome de gu&ecirc;pe de la r&eacute;plication. Ces particules sont co-inject&eacute;es avec oeufs en h&ocirc;tes de caterpillar, o&ugrave; l&#39;expression des g&egrave;nes viraux facilite la survie parasito&iuml;de et, partant, la survie de l&#39;ADN proviral. Ici nous caract&eacute;riser et comparer les s&eacute;quences du g&eacute;nome viral encapsid&eacute;s de Bracovirus de la famille des Polydnaviridae associ&eacute;es Glyptapanteles spongieuse parasito&iuml;des, avec pr&egrave;s de s&eacute;quences proviral compl&egrave;tes &agrave; partir de laquelle les deux g&eacute;nomes viraux sont d&eacute;riv&eacute;es.

G&eacute;nomique comparative des virus mutualistes de gu&ecirc;pes parasites Glyptapanteles.

Polydnaviruses, &#xC774;&#xC911; &#xAC00;&#xB2E5; DNA &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC138;&#xADF8;&#xBA3C;&#xD2B8; &#xAC8C;&#xB188; parasitoid &#xB9D0; &#xBC8C;&#xC758; &#xC758;&#xBB34; endosymbionts&#xB85C; &#xC9C4;&#xD654; &#xD588;&#xB2E4;. &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC785;&#xC790;&#xB294; &#xBCF5;&#xC81C; &#xACB0;&#xD54D; &#xBC0F; wasp &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xD1B5;&#xD569; proviral &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5EC;&#xC131; &#xB9D0; &#xBC8C;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC0DD;&#xC0B0;. &#xC774; &#xC785;&#xC790;&#xB294; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604; parasitoid &#xC0DD;&#xC874;&#xC744; &#xC6A9;&#xC774; &#xD558; &#xAC8C; &#xD558;&#xB294; &#xC560;&#xBC8C;&#xB808; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xACC4;&#xB780;&#xACFC; co-injected &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xADF8;&#xB85C; &#xC778;&#xD558;&#xC5EC;, proviral DNA&#xC758; &#xC0DD;&#xC874;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC5EC;&#xAE30; &#xD2B9;&#xC131;&#xD654; &#xBC0F; &#xBE44;&#xAD50; &#xC81C;&#xD488;&#xAD70; Polydnaviridae bracoviruses encapsidated &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xADFC;&#xCC98;&#xC5D0; &#xBAA8;&#xB450; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC804;&#xCCB4; proviral &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; Glyptapanteles &#xC9D1;&#xC2DC; &#xB098; &#xBC29; parasitoids&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xD30C;&#xC0DD; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Glyptapanteles &#xAE30;&#xC0DD; &#xB9D0; &#xBC8C;&#xC758; mutualistic &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC758; &#xBE44;&#xAD50; &#xC720;&#xC804;&#xCCB4;&#xD559;.

Polydnaviruses, virus de ADN de doble hebra con genomas segmentados, han evolucionado como endosimbiontes obligados de avispas parasitoides. Part&iacute;culas del virus son replicaci&oacute;n deficiente y producida por avispas hembras de secuencias proviral integradas en el genoma de la avispa. Estas part&iacute;culas son coinyectadas con huevos en anfitriones de caterpillar, donde la expresi&oacute;n g&eacute;nica viral facilita parasitoide supervivencia y, por tanto, la supervivencia del ADN proviral. Aqu&iacute; nos caracterizan y comparar las secuencias del genoma viral de genoma de bracoviruses en la familia Polydnaviridae asociadas con Glyptapanteles polilla gitana parasitoides, junto con cerca de secuencias completas proviral de que ambos genomas virales se derivan.

Gen&oacute;mica comparativa de virus mutualistas de avispas par&aacute;sitas Glyptapanteles.

&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x53EF;&#x4EE5;&#x7528;&#x4E8E;&#x786E;&#x5B9A;&#x5404;&#x79CD;&#x6838;&#x9178;&#x6210;&#x5206;&#x590D;&#x6742;&#x3001; &#x5F80;&#x5F80;&#x5C06;&#x3001; &#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x793E;&#x533A;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x7F9F;&#x57FA;&#x78F7;&#x7070;&#x77F3;&#x8272;&#x8C31;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x9AD8;&#x6548; fractionate &#x53CC;&#x94FE; DNA (&#x4F5C;&#x7528;)&#xFF0C;&#x5355;&#x94FE; DNA &#xFF08;ssDNA&#xFF09;&#xFF0C;dsRNA&#xFF0C;ssRNA &#x4ECE;&#x5DF2;&#x77E5;&#x566C;&#x83CC;&#x4F53;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x3002;&#x94FE;&#x63A5;&#x5668;&#x653E;&#x5927;&#x7684;&#x6563;&#x5F39;&#x67AA;&#x5E93;&#x800C;&#x5174;&#x5EFA;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x7F9F;&#x57FA;&#x78F7;&#x7070;&#x77F3;&#x5206;&#x6570;&#x751F;&#x6210;&#x987A;&#x5E8F;&#x8BFB;&#x53D6;&#x3002;&#x5927;&#x4E8E; 90%&#x7684;&#x8BFB;&#x53D6;&#x663E;&#x793A;&#x7ED9;&#x9884;&#x671F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x6C34;&#x5E73;&#x5728;&#x5F88;&#x5927;&#x7684;&#x76F8;&#x4F3C;&#x6027;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x9002;&#x7528;&#x4E8E;&#x4ECE;&#x5207;&#x8428;&#x76AE;&#x514B;&#x6E7E;&#x548C;&#x5E72;&#x6258;&#x5C14;&#x56FE;&#x52A0;&#x56FD;&#x5BB6;&#x516C;&#x56ED;&#x6536;&#x96C6;&#x6D77;&#x6D0B;&#x75C5;&#x6BD2;&#x3002;&#x5B64;&#x7ACB;&#x7684;&#x6838;&#x9178;&#x88AB;&#x5206;&#x5272;&#x4F7F;&#x7528;&#x7F9F;&#x57FA;&#x78F7;&#x7070;&#x77F3;&#x8272;&#x8C31;&#x6CD5;&#x8DDF;&#x94FE;&#x63A5;&#x5668;&#x653E;&#x5927;&#x730E;&#x67AA;&#x56FE;&#x4E66;&#x9986;&#x5EFA;&#x8BBE;&#x548C;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;&#x5206;&#x7C7B;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x73AF;&#x5883;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x800C;&#x4E0D;&#x8003;&#x8651;&#x5176;&#x6E90;&#x6838;&#x9178;&#x7814;&#x7A76;&#xFF0C;&#x6700;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x4E8E;&#x75C5;&#x6BD2;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x53CD;&#x6620;&#x75C5;&#x6BD2;&#x6027;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x7684;&#x504F;&#x89C1;&#x3002;

&#x7F9F;&#x57FA;&#x78F7;&#x7070;&#x77F3;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x5206;&#x79BB;&#x7684;&#x53CC;&#x94FE; DNA&#x3001; &#x5355;&#x7EDE; DNA &#x548C; RNA &#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4ECE;&#x5929;&#x7136;&#x75C5;&#x6BD2;&#x7EC4;&#x5408;&#x3002;

Metagenomics can be used to determine the diversity of complex, often unculturable, viral communities with various nucleic acid compositions. Here, we report the use of hydroxyapatite chromatography to efficiently fractionate double-stranded DNA (dsDNA), single-stranded DNA (ssDNA), dsRNA, and ssRNA genomes from known bacteriophages. Linker-amplified shotgun libraries were constructed to generate sequencing reads from each hydroxyapatite fraction. Greater than 90% of the reads displayed significant similarity to the expected genomes at the nucleotide level. These methods were applied to marine viruses collected from the Chesapeake Bay and the Dry Tortugas National Park. Isolated nucleic acids were fractionated using hydroxyapatite chromatography followed by linker-amplified shotgun library construction and sequencing. Taxonomic analysis demonstrated that the majority of environmental sequences, regardless of their source nucleic acid, were most similar to dsDNA viruses, reflecting the bias of viral metagenomic sequence databases.

Hydroxyapatite-mediated separation of double-stranded DNA, single-stranded DNA, and RNA genomes from natural viral assemblages.

La m&#xE9;tag&#xE9;nomique peut &#xEA;tre utilis&#xE9;e pour d&#xE9;terminer la diversit&#xE9; des complexes, souvent non cultivables, des communaut&#xE9;s virales avec diverses compositions d&#x26;#39;acides nucl&#xE9;iques. Nous rapportons ici l&#x26;#39;utilisation de la chromatographie d&#x26;#39;hydroxyapatite pour fractionner efficacement l&#x26;#39;ADN double brin (ADNdb), l&#x26;#39;ADN simple brin (ADNsb), ARNdb, et les g&#xE9;nomes ARN simple brin de bact&#xE9;riophages connus. Biblioth&#xE8;ques de fusil de chasse Linker-amplifi&#xE9;s ont &#xE9;t&#xE9; construits de mani&#xE8;re &#xE0; g&#xE9;n&#xE9;rer des s&#xE9;quen&#xE7;age lit de chaque fraction d&#x26;#39;hydroxyapatite. Plus de 90% de la similitude lit affich&#xE9;e de mani&#xE8;re significative aux g&#xE9;nomes escompt&#xE9;s au niveau des nucl&#xE9;otides. Ces m&#xE9;thodes ont &#xE9;t&#xE9; appliqu&#xE9;es &#xE0; des virus marins pr&#xE9;lev&#xE9;s dans la baie de Chesapeake et le Parc national de Dry Tortugas. Des acides nucl&#xE9;iques isol&#xE9;s ont &#xE9;t&#xE9; fractionn&#xE9;s par chromatographie en phase hydroxyapatite suivie par l&#x26;#39;&#xE9;diteur de liens-amplifi&#xE9; de la construction fusil biblioth&#xE8;que et le s&#xE9;quen&#xE7;age. L&#x26;#39;analyse taxonomique a d&#xE9;montr&#xE9; que la majorit&#xE9; des s&#xE9;quences de l&#x26;#39;environnement, ind&#xE9;pendamment de leur source d&#x26;#39;acide nucl&#xE9;ique, &#xE9;taient les plus semblables &#xE0; des virus dsDNA, refl&#xE9;tant le biais de bases de donn&#xE9;es virales de s&#xE9;quences m&#xE9;tag&#xE9;nomiques.

G&#xE9;nomes hydroxyapatite-m&#xE9;diation de s&#xE9;paration des ADN double brin, l&#x26;#39;ADN simple brin, et de l&#x26;#39;ARN &#xE0; partir assemblages naturels virales

Metagenomik kann verwendet werden, um zu bestimmen, die Vielfalt der komplexen, oft unculturable, virale Gemeinschaften mit verschiedenen Nukleins&auml;ure-Kompositionen. Hier berichten wir &uuml;ber die Verwendung von Hydroxyapatit-Chromatographie, doppelstr&auml;ngige DNA (DsDNA), einzeln-angeschwemmte DNA (SsDNA) und sequenzspezifischen SsRNA Genome von bekannten Bakteriophagen effizient zu fractionate. Linker-amp Schrotflinte Bibliotheken wurden errichtet, um Sequenzierung liest aus jeden Hydroxylapatit-Bruch zu generieren. Mehr als 90 % des lautet erhebliche &Auml;hnlichkeit, die erwarteten Genome auf der Nukleotid-Ebene angezeigt. Diese Methoden wurden f&uuml;r marine Viren von der Chesapeake Bay und der Dry-Tortugas-Nationalpark gesammelt angewendet. Isoliert Nukleins&auml;uren wurden mit Hydroxylapatit-Chromatographie, gefolgt von Linker-amp Schrotflinte Bibliotheksbau und Sequenzierung fraktioniert. Taxonomische Analyse zeigte, dass die Mehrheit der Umwelt-Sequenzen, unabh&auml;ngig von ihrer Quelle-Nukleins&auml;ure, DsDNA Viren, am &auml;hnlichsten waren reflektieren die Voreingenommenheit der viralen durchgef&uuml;hrte metagenomische Sequenzdatenbanken.

Hydroxylapatit-vermittelte Trennung von Double-Stranded DNA einzelstr&auml;ngige DNA und RNA Genome von nat&uuml;rlichen virale Assemblagen.

Metagenomica pu&ograve; essere utilizzato per determinare la diversit&agrave; delle Comunit&agrave; complesse, spesso unculturable, virale con varie composizioni dell&#39;acido nucleico. Qui, segnaliamo l&#39;uso della cromatografia di idrossiapatite efficientemente frazionare DNA double-stranded (dsDNA), DNA a singola elica (ssDNA), dsRNA e genomi ssRNA dal noti batteriofagi. Librerie linker-amplificato fucile sono state costruite per generare il sequenziamento letture da ogni frazione di idrossiapatite. Superiore al 90% della recita visualizzato somiglianza significativa per i genomi previsti a livello del nucleotide. Questi metodi sono stati applicati ai virus marini raccolti dalla baia di Chesapeake e il parco nazionale di Dry Tortugas. Acidi nucleici isolati erano frazionati mediante cromatografia di idrossiapatite seguita da sequenziamento e costruzione della libreria fucile amplificato dal linker. L&#39;analisi tassonomica ha dimostrato che la maggior parte delle sequenze ambientale, indipendentemente dalla loro origine dell&#39;acido nucleico, era pi&ugrave; simile ai virus dsDNA, riflettendo il bias di banche dati di sequenza virale metagenomica.

Separazione di idrossiapatite-mediata di double-stranded del DNA single-stranded del DNA e RNA genoma da assemblaggi virali naturali.

&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x69D8;&#x3005;&#x306A;&#x6838;&#x9178;&#x7D44;&#x6210;&#x7269;&#x3068;&#x306E;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306F;&#x3001;&#x3057;&#x3070;&#x3057;&#x3070;unculturable&#x3001;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x65E2;&#x77E5;&#x306E;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30AA;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x304B;&#x3089;&#x52B9;&#x7387;&#x7684;&#x306B;&#x5206;&#x5225;&#x4E8C;&#x672C;&#x9396;DNA&#xFF08;dsDNA&#xFF09;&#x3001;&#x5358;&#x672C;&#x9396;DNA&#xFF08;ssDNA&#xFF09;&#x306F;&#x3001;dsRNA&#x3001;&#x53CA;&#x3073;ssRNA&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x30CF;&#x30A4;&#x30C9;&#x30ED;&#x30AD;&#x30B7;&#x30A2;&#x30D1;&#x30BF;&#x30A4;&#x30C8;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C8;&#x30B0;&#x30E9;&#x30D5;&#x30A3;&#x30FC;&#x306E;&#x4F7F;&#x7528;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5404;&#x30CF;&#x30A4;&#x30C9;&#x30ED;&#x30AD;&#x30B7;&#x30A2;&#x30D1;&#x30BF;&#x30A4;&#x30C8;&#x753B;&#x5206;&#x304B;&#x3089;&#x8AAD;&#x307F;&#x53D6;&#x308B;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AB;&#x5897;&#x5E45;&#x30B7;&#x30E7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30AC;&#x30F3;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x69CB;&#x7BC9;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x671F;&#x5F85;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x8AAD;&#x307F;&#x8FBC;&#x307F;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x985E;&#x4F3C;&#x6027;&#x306E;90&#xFF05;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306F;&#x3001;&#x30C1;&#x30A7;&#x30B5;&#x30D4;&#x30FC;&#x30AF;&#x6E7E;&#x3068;&#x30C9;&#x30E9;&#x30A4;&#xB7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30C8;&#x30A5;&#x30AC;&#x30B9;&#x56FD;&#x7ACB;&#x516C;&#x5712;&#x304B;&#x3089;&#x63A1;&#x53D6;&#x3057;&#x305F;&#x6D77;&#x6D0B;&#x306E;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306B;&#x9069;&#x7528;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5358;&#x96E2;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6838;&#x9178;&#x306F;&#x3001;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AB;&#x5897;&#x5E45;&#x30B7;&#x30E7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30AC;&#x30F3;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x69CB;&#x7BC9;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x7D9A;&#x3044;&#x3066;&#x30CF;&#x30A4;&#x30C9;&#x30ED;&#x30AD;&#x30B7;&#x30A2;&#x30D1;&#x30BF;&#x30A4;&#x30C8;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C8;&#x30B0;&#x30E9;&#x30D5;&#x30A3;&#x30FC;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x3066;&#x5206;&#x753B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5206;&#x985E;&#x5B66;&#x4E0A;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x74B0;&#x5883;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x5927;&#x90E8;&#x5206;&#x306F;&#x95A2;&#x4FC2;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x5143;&#x306E;&#x6838;&#x9178;&#x306E;&#x3001;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306E;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x3092;&#x53CD;&#x6620;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x4E8C;&#x672C;&#x9396;DNA&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x306B;&#x6700;&#x3082;&#x985E;&#x4F3C;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x30CA;&#x30C1;&#x30E5;&#x30E9;&#x30EB;&#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9;&#x7FA4;&#x96C6;&#x304B;&#x3089;&#x4E8C;&#x672C;&#x9396;DNA&#x3001;&#x4E00;&#x672C;&#x9396;DNA&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;RNA&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30CF;&#x30A4;&#x30C9;&#x30ED;&#x30AD;&#x30B7;&#x30A2;&#x30D1;&#x30BF;&#x30A4;&#x30C8;&#x5A92;&#x4ECB;&#x5206;&#x96E2;

Metagenomics &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xD575; &#xC0B0; &#xC791;&#xACE1;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD558; &#xACE0; &#xC885;&#xC885; unculturable, &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC744; &#xD655;&#xC778; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xD6A8;&#xC728;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xCDA9;&#xBD84;&#xCE58; &#xC774;&#xC911; &#xAC00;&#xB2E5; DNA (dsDNA), &#xB2E8;&#xC77C; &#xAC00;&#xB2E5; DNA (ssDNA), dsRNA, &#xBC0F; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4;&#xB41C; bacteriophages&#xC5D0;&#xC11C; ssRNA &#xAC8C;&#xB188;&#xC744; hydroxyapatite &#xD06C;&#xB85C;&#xB9C8;&#xD1A0;&#xADF8;&#xB798;&#xD53C;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;&#xB97C; &#xBCF4;&#xACE0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC01; hydroxyapatite &#xBD84;&#xC218;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5F0;&#xC18D; &#xC77D;&#xAE30;&#xB97C; &#xC0DD;&#xC131; &#xD558;&#xB294; &#xB9C1;&#xCEE4; &#xC99D;&#xD3ED; &#xC0F7;&#xAC74; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xAC74;&#xC124; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC77D;&#xAE30;&#xC758; 90% &#xC774;&#xC0C1; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC608;&#xC0C1;&#xB41C; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xC720;&#xC0AC;&#xC131;&#xC744; &#xD45C;&#xC2DC;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xB294; &#xCCB4;&#xC0AC;&#xD53C;&#xD06C; &#xBCA0;&#xC774;&#xC640; &#xB4DC;&#xB77C;&#xC774; Tortugas &#xAD6D;&#xB9BD; &#xACF5;&#xC6D0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC218;&#xC9D1;&#xD55C; &#xD574;&#xC591; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC801;&#xC6A9; &#xD588;&#xB2E4;. &#xACA9;&#xB9AC; &#xB41C; &#xD575; &#xC0B0; &#xB2E4;&#xC74C; &#xB9C1;&#xCEE4; &#xC99D;&#xD3ED; &#xC0F7;&#xAC74; &#xB3C4;&#xC11C;&#xAD00; &#xAC74;&#xC124; &#xBC0F; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; hydroxyapatite &#xD06C;&#xB85C;&#xB9C8;&#xD1A0;&#xADF8;&#xB798;&#xD53C;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; fractionated &#xD588;&#xB2E4;. Taxonomic &#xBD84;&#xC11D; &#xC2DC;&#xC5F0; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC18C;&#xC2A4; &#xD575; &#xC0B0;&#xC5D0; &#xAD00;&#xACC4; &#xC5C6;&#xC774; &#xD658;&#xACBD; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC740; dsDNA &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xC640; &#xAC00;&#xC7A5; &#xC720;&#xC0AC;&#xD55C; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; metagenomic &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC758; &#xBC14;&#xC774;&#xC5B4;&#xC2A4;&#xB97C; &#xBC18;&#xC601; &#xD588;&#xB2E4;.

&#xC774;&#xC911; &#xAC00;&#xB2E5; DNA, &#xB2E8;&#xC77C; &#xAC00;&#xB2E5; DNA &#xBC0F; RNA&#xC758; &#xBD84;&#xB9AC; hydroxyapatite &#xC911;&#xC7AC; &#xC790;&#xC5F0; &#xBC14;&#xC774;&#xB7EC;&#xC2A4; &#xC131; assemblages&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;.

Metagen&#xF3;mica se puede utilizar para determinar la diversidad de complejos, a menudo no cultivables, comunidades virales con diversas composiciones de &#xE1;cidos nucleicos. Aqu&#xED;, nos informe el uso de la cromatograf&#xED;a de hidroxiapatita a la eficiencia fraccionar ADN de doble cadena (dsDNA), ADN de cadena simple (ssDNA), dsRNA, y de genomas de bacteri&#xF3;fagos ssRNA conocidos. Amplificados Enlazador-bibliotecas escopeta fueron construidos para generar lecturas de secuenciaci&#xF3;n de cada fracci&#xF3;n hidroxiapatita. M&#xE1;s del 90% de la similitud lee muestra significativa de los genomas esperadas en el nivel de nucle&#xF3;tidos. Estos m&#xE9;todos se aplicaron a los virus marinos recogidos en la bah&#xED;a de Chesapeake y el Parque Nacional Dry Tortugas. &#xC1;cidos nucleicos aislados se fraccionaron mediante cromatograf&#xED;a de hidroxiapatita seguida de enlazador-amplificado construcci&#xF3;n de la biblioteca de escopeta y la secuenciaci&#xF3;n. El an&#xE1;lisis taxon&#xF3;mico demostrado que la mayor&#xED;a de las secuencias ambientales, independientemente de su fuente de &#xE1;cido nucleico, eran m&#xE1;s similares a los virus dsDNA, reflejando el sesgo de bases de datos de secuencias virales metagenomic.

Genomas hidroxiapatita mediada por separaci&#xF3;n de la doble h&#xE9;lice del ADN, el ADN de cadena sencilla, y el ARN viral de Natural Conjuntos

&#x4ECE;&#x8FDC;&#x6D0B;&#x6DF1;&#x6D77;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7EC4;&#x5408;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x4E25;&#x91CD;&#x9650;&#x5236;&#x5206;&#x5B50;&#x63A2;&#x7D22;&#x5730;&#x7403;&#x4E0A;&#x6700;&#x5927;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#xFF0C;&#x5206;&#x6790;&#x88AB;&#x63D0;&#x4EA4;&#x4ECE; 6 000 &#x7C73;&#x6DF1;&#x5EA6;&#x5185;&#x6CE2;&#x591A;&#x9ECE;&#x5404;&#x6D77;&#x6C9F; (PRT) hadopelagic &#x73AF;&#x5883;&#x7684;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; 454-&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x5927;&#x578B;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x3002;&#x603B;&#x5171;&#x6709; 145 Mbp &#x7684;&#x7EC4;&#x5408;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x751F;&#x6210;&#x548C;&#x4ECE;&#x9A6C;&#x5C3E;&#x85FB;&#x6D77;&#x4E24;&#x4E2A;&#x4E2D;&#x4E0A;&#x5C42;&#x6DF1;&#x6D77; metagenomes &#x548C;&#x4E24;&#x4E2A;&#x4EE3;&#x8868;&#x8868;&#x9762;&#x6D77;&#x6C34;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x76F8;&#x6BD4;&#x3002;&#x5728;&#x4E00;&#x4E9B;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x6240;&#x6709;&#x4E09;&#x4E2A;&#x6DF1; metagenomes &#x663E;&#x793A;&#x7C7B;&#x4F3C;&#x7684;&#x8D8B;&#x52BF;&#xFF0C;&#x4F46;&#x6700;&#x88AB;&#x653E;&#x5927;&#x7684;&#x767D;&#x9886;&#x3001; &#x5305;&#x62EC;&#x6D53;&#x7F29;&#x4E3A;&#x4E24;&#x4E2A;&#x5206;&#x91CF;&#x4FE1;&#x53F7;&#x8F6C;&#x5BFC;&#x673A;&#x5236;&#x548C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x804C;&#x80FD;&#x3002;&#x4EFB;&#x804C;&#x8F6C;&#x8FD0;&#x4F53;&#x5728;&#x7231;&#x4E50;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x7684;&#x5305;&#x62EC;&#x5916;&#x819C;&#x5B54;&#x3001; &#x591A;&#x6837;&#x7684;&#x9633;&#x79BB;&#x5B50;&#x8F6C;&#x8FD0;&#x548C;&#x666E;&#x904D;&#x7684;&#x5206;&#x89E3;&#x4EE3;&#x8C22;&#x8FC7;&#x7A0B;&#xFF0C;&#x5982; butanoate&#x3001; &#x4E59;&#x919B;&#x9178;&#x548C;&#x4E8C;&#x7FA7;&#x9178;&#x4EE3;&#x8C22;&#x5F88;&#x76F8;&#x914D;&#x7684; di &#x548C;&#x4E09;&#x7FA7;&#x9178;&#x8F6C;&#x8FD0;&#x86CB;&#x767D;&#x3002;Sulfatases &#x786B;&#x9178;&#x591A;&#x7CD6;&#x964D;&#x89E3;&#x51FA;&#x5947;&#x9AD8;&#x4E30;&#x5EA6;&#x5728;&#x7231;&#x4E50;&#x4E5F;&#x5728;&#x573A;&#x3002;&#x7231;&#x4E50;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x6700;&#x620F;&#x5267;&#x5316;&#x987A;&#x5E94;&#x6027;&#x7279;&#x70B9;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x662F;&#x8010;&#x91CD;&#x91D1;&#x5C5E;&#x3001; &#x8F6C;&#x8FD0;&#x4F53;&#x672C;&#x4E3A;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x642C;&#x8FC1;&#x5927;&#x6279;&#x6240;&#x793A;&#x3002;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x8865;&#x5145;&#xFF0C;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x5355;&#x4E00;&#x7EC6;&#x80DE;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6280;&#x672F;&#x88AB;&#x7528;&#x4E8E;&#x4ECE;&#x4E3B;&#x5BFC;&#x95E8;&#x5185;&#x7231;&#x4E50;&#x3001; Alphaproteobacteria&#x3001; Gammaproteobacteria&#x3001; Bacteroidetes &#x548C; Planctomycetes &#x7684;&#x6210;&#x5458;&#x4ECE;&#x56DB;&#x8352;&#x5730;&#x7EC6;&#x80DE;&#x751F;&#x6210;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x3002;&#x5355;&#x4E2A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x4E3A;&#x8BB8;&#x591A;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x5C5E;&#x6027;&#x786E;&#x5B9A;&#x4ECE;&#x7231;&#x4E50;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x5927;&#x91CF;&#x62DB;&#x8058;&#x76F8;&#x6BD4; 172 &#x53EF;&#x7528;&#x5F15;&#x7528;&#x6D77;&#x6D0B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684; PRT metagenomic &#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x63D0;&#x4F9B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x8303;&#x56F4;&#x3002;&#x901A;&#x8FC7;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x591A;&#x65B9;&#x9762;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x65B0;&#x7684;&#x89C1;&#x89E3;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x5230;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x4E2D;&#x7684;&#x72EC;&#x7279;&#x529F;&#x80FD;&#x5C5E;&#x6027;&#x4ECE;&#x4E0A;&#x9762;&#x66F4;&#x6709;&#x6210;&#x6548;&#x9633;&#x5149;&#x666E;&#x7167;&#x533A;&#x57DF;&#x5C45;&#x4F4F;&#x5728;&#x8FDC;&#x8FDC;&#x7684;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6DF1;&#x5C42;&#x5C42;&#x5220;&#x9664;&#x3002;

&#x6DF1;&#x5165;&#xFF1A; &#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684; hadopelagic &#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x3002;

The paucity of sequence data from pelagic deep-ocean microbial assemblages has severely restricted molecular exploration of the largest biome on Earth. In this study, an analysis is presented of a large-scale 454-pyrosequencing metagenomic dataset from a hadopelagic environment from 6,000 m depth within the Puerto Rico Trench (PRT). A total of 145 Mbp of assembled sequence data was generated and compared to two pelagic deep ocean metagenomes and two representative surface seawater datasets from the Sargasso Sea. In a number of instances, all three deep metagenomes displayed similar trends, but were most magnified in the PRT, including enrichment in functions for two-component signal transduction mechanisms and transcriptional regulation. Overrepresented transporters in the PRT metagenome included outer membrane porins, diverse cation transporters, and di- and tri-carboxylate transporters that matched well with the prevailing catabolic processes such as butanoate, glyoxylate and dicarboxylate metabolism. A surprisingly high abundance of sulfatases for the degradation of sulfated polysaccharides were also present in the PRT. The most dramatic adaptational feature of the PRT microbes appears to be heavy metal resistance, as reflected in the large numbers of transporters present for their removal. As a complement to the metagenome approach, single-cell genomic techniques were utilized to generate partial whole-genome sequence data from four uncultivated cells from members of the dominant phyla within the PRT, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes and Planctomycetes. The single-cell sequence data provided genomic context for many of the highly abundant functional attributes identified from the PRT metagenome, as well as recruiting heavily the PRT metagenomic sequence data compared to 172 available reference marine genomes. Through these multifaceted sequence approaches, new insights have been provided into the unique functional attributes present in microbes residing in a deeper layer of the ocean far removed from the more productive sun-drenched zones above.

Going deeper: metagenome of a hadopelagic microbial community.

La raret&#xE9; des donn&#xE9;es sur les s&#xE9;quences de p&#xE9;lagiques assemblages microbiens profonde de l&#x26;#39;oc&#xE9;an a s&#xE9;v&#xE8;rement restreint l&#x26;#39;exploration mol&#xE9;culaire de la plus vaste biome sur la Terre. Dans cette &#xE9;tude, une analyse est pr&#xE9;sent&#xE9;e d&#x26;#39;une grande &#xE9;chelle 454-pyros&#xE9;quen&#xE7;age donn&#xE9;es m&#xE9;tag&#xE9;nomique d&#x26;#39;un environnement hadopelagic de 6.000 m de profondeur dans la fosse de Porto Rico (PRT). Un total de 145 Mbp de donn&#xE9;es de s&#xE9;quences assembl&#xE9;es a &#xE9;t&#xE9; g&#xE9;n&#xE9;r&#xE9; et par rapport &#xE0; deux p&#xE9;lagiques oc&#xE9;aniques profonds et m&#xE9;tag&#xE9;nomes deux ensembles de donn&#xE9;es repr&#xE9;sentatives de surface d&#x26;#39;eau de mer de la mer des Sargasses. Dans un certain nombre de cas, tous les trois m&#xE9;tag&#xE9;nomes profondes affich&#xE9; des tendances similaires, mais ont &#xE9;t&#xE9; les plus amplifi&#xE9;s dans l&#x26;#39;EPR, y compris l&#x26;#39;enrichissement des fonctions de deux composants m&#xE9;canismes de transduction du signal et r&#xE9;gulation de la transcription. Transporteurs surrepr&#xE9;sent&#xE9;s dans le m&#xE9;tag&#xE9;nome EPR inclus porines la membrane externe, les transporteurs de cations divers, et di-et tri-carboxylates transporteurs qui correspondent bien avec les processus en vigueur cataboliques comme un m&#xE9;tabolisme butanoate, glyoxylate et dicarboxylate. Une abondance &#xE9;tonnamment &#xE9;lev&#xE9; de sulfatases de la d&#xE9;gradation des polysaccharides sulfat&#xE9;s &#xE9;taient &#xE9;galement pr&#xE9;sents dans l&#x26;#39;EPR. La caract&#xE9;ristique la plus spectaculaire d&#x26;#39;adaptation de l&#x26;#39;EPR aux microbes semble r&#xE9;sistance aux m&#xE9;taux lourds, comme en t&#xE9;moigne le grand nombre de transporteurs pr&#xE9;sents pour leur suppression. En compl&#xE9;ment &#xE0; l&#x26;#39;approche m&#xE9;tag&#xE9;nome, des techniques de g&#xE9;nomique unicellulaires ont &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9;s pour g&#xE9;n&#xE9;rer des donn&#xE9;es partielles de s&#xE9;quence du g&#xE9;nome entier de quatre cellules non cultiv&#xE9;es par les membres du phylums dominante au sein de l&#x26;#39;EPR, Alphaproteobacteria, les Gammaproteobacteria, les Bacteroidetes et Planctomyc&#xE8;tes. Les donn&#xE9;es de s&#xE9;quence unique de cellules fourni un contexte g&#xE9;nomique pour la plupart des attributs tr&#xE8;s abondants fonctionnels identifi&#xE9;s &#xE0; partir du m&#xE9;tag&#xE9;nome EPR, ainsi que le recrutement largement les donn&#xE9;es de s&#xE9;quence PRT m&#xE9;tag&#xE9;nomiques par rapport &#xE0; 172 disponibles g&#xE9;nomes marins de r&#xE9;f&#xE9;rence. Gr&#xE2;ce &#xE0; ces approches multiples de s&#xE9;quences, de nouvelles id&#xE9;es ont &#xE9;t&#xE9; fournis dans les attributs uniques fonctionnels pr&#xE9;sents dans les microbes vivant dans une couche plus profonde de l&#x26;#39;oc&#xE9;an loin des plus productives ensoleill&#xE9;es zones ci-dessus.

Approfondir: M&#xE9;tag&#xE9;nome d&#x26;#39;une communaut&#xE9; microbienne Hadopelagic

Der Mangel an Sequenzdaten aus pelagische Deep Ocean mikrobielle Assemblagen hat Molekulare Erforschung der gr&ouml;&szlig;ten BioM auf der Erde stark eingeschr&auml;nkt. In dieser Studie ist eine Analyse eines gro&szlig; angelegten 454-Pyrosequencing durchgef&uuml;hrte metagenomische DataSet aus einer Hadopelagic Umgebung aus 6.000 m Tiefe innerhalb der Puerto-Rico-Graben (PRT) dargestellt. Insgesamt 145 Mbp montierten Sequenz Daten wurde generiert und im Vergleich zu zwei pelagische tiefen Ozean Metagenomes und zwei repr&auml;sentative Oberfl&auml;che Meerwasser-Datens&auml;tze aus der Sargassosee. In einigen F&auml;llen alle drei tiefe Metagenomes angezeigt &auml;hnliche Tendenzen, aber waren am meisten in der PRT, einschlie&szlig;lich der Anreicherung in Funktionen f&uuml;r zwei-Komponenten-Signaltransduktion Mechanismen und transkriptionelle Regulation vergr&ouml;&szlig;ert. &Uuml;berrepr&auml;sentiert Transporteure in der PRT-Metagenome enthalten Au&szlig;enmembran Porins, diverse kation Transporter und di - und Tri-carboxylat-Transporter, die gut mit den vorherrschenden katabolischen Prozessen wie Butanoate, Glyoxylat und Dicarboxylate Stoffwechsel abgestimmt. Eine &uuml;berraschend hohe F&uuml;lle von Sulfatasen beim Abbau des sulfatierten Polysaccharide waren auch in der PRT. Das dramatischste passungslehrg&auml;nge an die PRT-Mikroben scheint Heavy-Metal-Widerstand, wie Sie sich in die gro&szlig;e Zahl der Transporter f&uuml;r ihren Umzug. Als Erg&auml;nzung zu den Metagenome Ansatz wurden einzelne Zelle genomische Techniken genutzt, um ganze-Genom Teilsequenz Daten aus vier Wildpflanze Zellen von Mitgliedern der dominanten St&auml;mme im PRT, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroides und Planctomyceten zu generieren. Die einzelne Zelle Sequenzdaten vorgesehenen viele sehr reichlich funktionelle Attribute aus der PRT-Metagenome identifiziert, sowie die Rekrutierung stark metagenomic PRT-Sequenzdaten, die im Vergleich zu 172 verf&uuml;gbaren Referenz marine Genome genomische Kontext. Durch diese vielf&auml;ltigen Sequenz-Ans&auml;tze wurden neue Erkenntnisse vorausgesetzt in die einzigartige funktionelle Attribute im Mikroben wohnten in einer tieferen Schicht des Ozeans weit produktiveren sonnenreichen Zonen oben entfernt.

Tiefer: Metagenome einer mikrobiellen Gemeinschaft von Hadopelagic.

La scarsit&agrave; di dati di sequenza da pelagici deep ocean microbial assemblages ha gravemente limitata esplorazione molecolare del bioma pi&ugrave; grande sulla terra. In questo studio, viene presentata un&#39;analisi di un dataset metagenomica pyrosequencing 454 su larga scala da un ambiente hadopelagic da 6.000 m di profondit&agrave; all&#39;interno della trincea Puerto Rico (PRT). Un totale di 145 Mbp di dati di sequenza montata &egrave; stato generato e rispetto a due metagenomica pelagici profondo oceano e due set di dati rappresentativi dell&#39;acqua di mare superficiale dal Mar dei Sargassi. In un numero di istanze, tutte tre profonde metagenomica visualizzato un andamento simile, ma era pi&ugrave; ingrandita in PRT, tra cui arricchimento nelle funzioni per meccanismi di trasduzione del segnale del due-componente e regolazione trascrizionale. Trasportatori sovrarappresentati nel PRT metagenome includono porine della membrana esterna, i trasportatori diversi cationi e trasportatori di - e tri-carbossilato che ha trovato bene con i processi catabolici prevalenti come butanoato, gliossilato e carbossilato del metabolismo. Erano presenti in PRT anche una sorprendentemente elevata abbondanza di sulfatasi per la degradazione dei polisaccaridi. La funzione di adattamento pi&ugrave; drammatica dei microbi PRT sembra essere resistenza di heavy metal, che si riflette nel gran numero di trasportatori presenti per la loro rimozione. Come complemento all&#39;approccio metagenome, sono state utilizzate tecniche genomiche a cella singola per generare dati di sequenza del genoma intero parziale da quattro celle incolte da membri del phyla dominante all&#39;interno del PRT, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes e Planctomycetes. I dati di cella singola sequenza fornito contesto genomico per molti degli attributi funzionali altamente abbondanti identificato da metagenome il PRT, cos&igrave; come reclutamento pesantemente i dati di sequenza metagenomici PRT rispetto ai 172 genomi marino di riferimento disponibili. Attraverso questi approcci multiforme sequenza, nuove intuizioni sono state fornite in attributi funzionali unici presenti in microbi che risiedono in uno strato pi&ugrave; profondo dell&#39;oceano lontano rimossi dalle zone assolate pi&ugrave; produttive sopra.

Andando pi&ugrave; in profondit&agrave;: metagenome di una comunit&agrave; microbica hadopelagic.

&#x9060;&#x6D0B;&#x6DF1;&#x6D77;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x306F;&#x3001;&#x6DF1;&#x523B;&#x306A;&#x5730;&#x7403;&#x4E0A;&#x6700;&#x5927;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x7CFB;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x63A2;&#x67FB;&#x3092;&#x5236;&#x9650;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x672C;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x30D7;&#x30A8;&#x30EB;&#x30C8;&#x30EA;&#x30B3;&#x6D77;&#x6E9D;&#xFF08;PRT&#xFF09;&#x5185;&#x306E;6000&#x30E1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EB;&#x306E;&#x6DF1;&#x3055;&#x304B;&#x3089;hadopelagic&#x74B0;&#x5883;&#x304B;&#x3089;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;454-&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x63D0;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7D44;&#x307F;&#x7ACB;&#x3066;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;145 MBP&#x306E;&#x5408;&#x8A08;&#x304C;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x3001;2&#x9060;&#x6D0B;&#x6DF1;&#x6D77;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x30B5;&#x30EB;&#x30AC;&#x30C3;&#x30BD;&#x30FC;&#x6D77;&#x304B;&#x3089;2&#x4EE3;&#x8868;&#x7684;&#x306A;&#x8868;&#x5C64;&#x6D77;&#x6C34;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30BF;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x6570;&#x3067;&#x306F;&#x3001;3&#x3064;&#x306E;&#x6DF1;&#x3044;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x540C;&#x69D8;&#x306E;&#x50BE;&#x5411;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x4E8C;&#x6210;&#x5206;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x4F1D;&#x9054;&#x6A5F;&#x69CB;&#x3068;&#x8EE2;&#x5199;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x5145;&#x5B9F;&#x3092;&#x542B;&#x3081;&#x3001;PRT&#x306B;&#x62E1;&#x5927;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002; PRT&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x4EE3;&#x8868;&#x8005;&#x306E;&#x591A;&#x904E;&#x304E;&#x308B;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x5916;&#x819C;&#x30DD;&#x30EA;&#x30F3;&#x3001;&#x591A;&#x69D8;&#x306A;&#x30AB;&#x30C1;&#x30AA;&#x30F3;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B8;&#x306A;&#x3069;&#x3001;&#x30D6;&#x30BF;&#x30F3;&#x30B0;&#x30EA;&#x30AA;&#x30AD;&#x30B7;&#x30EB;&#x9178;&#x3068;&#x30B8;&#x30AB;&#x30EB;&#x30DC;&#x30F3;&#x9178;&#x306E;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6709;&#x529B;&#x306A;&#x7570;&#x5316;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x3068;&#x3088;&#x304F;&#x4E00;&#x81F4;&#x3057;&#x3001;&#x30C8;&#x30EA; - &#x30AB;&#x30EB;&#x30DC;&#x30F3;&#x9178;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x786B;&#x9178;&#x5316;&#x591A;&#x7CD6;&#x985E;&#x306E;&#x5206;&#x89E3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30B9;&#x30EB;&#x30D5;&#x30A1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30BC;&#x306E;&#x9A5A;&#x304F;&#x307B;&#x3069;&#x9AD8;&#x3044;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;PRT&#x306B;&#x3082;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002; PRT&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x6700;&#x3082;&#x5287;&#x7684;&#x306A;adaptational&#x7279;&#x5FB4;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x3092;&#x9664;&#x53BB;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x5927;&#x91CF;&#x306B;&#x53CD;&#x6620;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x3001;&#x91CD;&#x91D1;&#x5C5E;&#x8010;&#x6027;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x898B;&#x3048;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x7684;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x88DC;&#x5B8C;&#x3059;&#x308B;&#x3082;&#x306E;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x5358;&#x4E00;&#x7D30;&#x80DE;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x6280;&#x8853;&#x306F;&#x3001;PRT&#x3001;Alphaproteobacteria&#x3001;&#x30AC;&#x30F3;&#x30DE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#x3001;Bacteroidetes&#x3068;Planctomycetes&#x5185;&#x3067;&#x652F;&#x914D;&#x7684;&#x306A;&#x9580;&#x306E;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x304B;&#x3089;&#x306E;4&#x3064;&#x306E;&#x672A;&#x958B;&#x7D30;&#x80DE;&#x304B;&#x3089;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x306A;&#x5168;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5229;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3002;&#x5358;&#x4E00;&#x30BB;&#x30EB;&#x306E;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;PRT&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x304B;&#x3089;&#x8B58;&#x5225;&#x6027;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x5C5E;&#x6027;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x3001;&#x91CD;&#x304F;172&#x5229;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x53C2;&#x7167;&#x30DE;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306B;&#x6BD4;&#x3079;PRT&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x52DF;&#x96C6;&#x3092;&#x884C;&#x3044;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x591A;&#x9762;&#x7684;&#x306A;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x901A;&#x3058;&#x3066;&#x3001;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x304C;&#x306F;&#x308B;&#x304B;&#x306B;&#x4E0A;&#x3067;&#x3088;&#x308A;&#x751F;&#x7523;&#x6027;&#x306E;&#x5F37;&#x3044;&#x65E5;&#x5DEE;&#x3057;&#x3092;&#x6D74;&#x3073;&#x305F;&#x30BE;&#x30FC;&#x30F3;&#x304B;&#x3089;&#x524A;&#x9664;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x6D77;&#x306E;&#x6DF1;&#x3044;&#x5C64;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x30E6;&#x30CB;&#x30FC;&#x30AF;&#x306A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x5C5E;&#x6027;&#x306B;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;Hadopelagic&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#xFF1A;&#x3088;&#x308A;&#x6DF1;&#x3044;&#x884C;&#x304F;

&#xC6D0;&#xC591; &#xAE4A;&#xC740; &#xBC14;&#xB2E4; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; assemblages&#xC5D0;&#xC11C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xC18C;&#xC218;&#xB294; &#xC9C0;&#xAD6C;&#xC0C1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC00;&#xC7A5; &#xD070; biome &#xBD84;&#xC790; &#xD0D0;&#xC0AC;&#xB97C; &#xC81C;&#xD55C; &#xC2EC;&#xAC01; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC5F0;&#xAD6C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBD84;&#xC11D; 6000 m &#xAE4A;&#xC774; &#xD478;&#xC5D0;&#xB974;&#xD1A0;&#xB9AC;&#xCF54; &#xD2B8;&#xB80C;&#xCE58; (PRT) &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; hadopelagic &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; 454 pyrosequencing metagenomic &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC758; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCD1D; 145 Mbp &#xC870;&#xB9BD;&#xB41C; &#xC21C;&#xC11C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xC0DD;&#xC131; &#xB418;&#xC5C8;&#xACE0; &#xC0AC;&#xB974;&#xAC00;&#xC18C; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB450; &#xC6D0;&#xC591; &#xC2EC;&#xD574; metagenomes&#xC640; &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569; &#xB300;&#xD45C;&#xC801;&#xC778; &#xD45C;&#xBA74; &#xD574; &#xC218;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574;. &#xC778;&#xC2A4;&#xD134;&#xC2A4; &#xC218;&#xC5D0; &#xBAA8;&#xB4E0; 3 &#xAC1C;&#xC758; &#xAE4A;&#xC740; metagenomes &#xBE44;&#xC2B7;&#xD55C; &#xCD94;&#xC138;&#xB97C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xAC00;&#xC7A5; 2 &#xCEF4;&#xD3EC;&#xB10C;&#xD2B8; &#xC2E0;&#xD638; &#xC804;&#xB2EC; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xACFC; transcriptional &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD568;&#xC218;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB77C;&#xB284; &#xB18D;&#xCD95;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD55C; PRT&#xC5D0; &#xD655;&#xB300; &#xD588;&#xB2E4;. PRT metagenome overrepresented &#xC804;&#xC1A1;&#xAE30; &#xC678;&#xBD80; &#xB9C9; porins, &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC591;&#xC774;&#xC628; &#xC804;&#xC1A1;&#xAE30;&#xC640; &#xB514; &#xBC0F; &#xD2B8;&#xB77C;&#xC774; &#xCE74;&#xBCF5;&#xC2E4;&#xC0B0; &#xC804;&#xC1A1;&#xAE30; butanoate, glyoxylate &#xBC0F; dicarboxylate &#xC2E0;&#xC9C4; &#xB300;&#xC0AC; &#xB4F1; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801; catabolic &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xC640; &#xC798; &#xC77C;&#xCE58; &#xD558;&#xB294; &#xD3EC;&#xD568;. Sulfated &#xB2E4; &#xB2F9; &#xB958; &#xC800;&#xD558;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; sulfatases&#xC758; &#xB180;&#xB77C;&#xC6B8; &#xC815;&#xB3C4;&#xB85C; &#xB192;&#xC740; &#xD48D;&#xBD80;&#xB3C4;&#xB294; PRT&#xC5D0; &#xC874;&#xC7AC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC81C;&#xAC70;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xC804;&#xC1A1;&#xAE30;&#xC758; &#xD070; &#xC22B;&#xC790;&#xC5D0; &#xBC18;&#xC601; PRT &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC758; &#xAC00;&#xC7A5; &#xADF9;&#xC801;&#xC778; adaptational &#xAE30;&#xB2A5; &#xC911; &#xAE08;&#xC18D; &#xC800;&#xD56D; &#xB420; &#xB4EF;&#xD558;&#xB2E4;. Metagenome &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xBCF4;&#xC644;, &#xB2E8;&#xC77C; &#xC140; &#xAC8C;&#xB188; &#xAE30;&#xBC95; PRT, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes &#xBC0F; Planctomycetes &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801;&#xC778; phyla &#xD68C;&#xC6D0;&#xC758; &#xBBF8; &#xAC1C; &#xC140;&#xC5D0; 4 &#xAC1C;&#xC758; &#xBD80;&#xBD84; &#xC804;&#xCCB4; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC0DD;&#xC131;&#xC744; &#xD65C;&#xC6A9; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB2E8;&#xC77C; &#xC140; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD2B9;&#xC131; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xC2EC;&#xD558;&#xAC8C; PRT metagenomic &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; 172 &#xC0AC;&#xC6A9; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xCC38;&#xC870; &#xD574;&#xC591; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xBAA8;&#xC9D1;&#xC73C;&#xB85C; PRT metagenome&#xC5D0;&#xC11C; &#xD655;&#xC778; &#xB41C; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xAC8C;&#xB188; &#xCEE8;&#xD14D;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB2E4;&#xAC01;&#xC801;&#xC778; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xC811;&#xADFC;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825; &#xC704;&#xC758; &#xC0DD;&#xC0B0;&#xC131; &#xD587;&#xC0B4;&#xC774; &#xC601;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC81C;&#xAC70;&#xAE4C;&#xC9C0; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC758; &#xAE4A;&#xC740; &#xCE35;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0; &#xB3C5;&#xD2B9;&#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD2B9;&#xC131;&#xC73C;&#xB85C; &#xC81C;&#xACF5; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xAE4A;&#xC774; &#xAC04;&#xB2E4;: hadopelagic &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; metagenome.

La escasez de datos de la secuencia de asociaciones microbianas pel&#xE1;gicas del oc&#xE9;ano profundo ha restringido severamente la exploraci&#xF3;n molecular del bioma m&#xE1;s grande en la Tierra. En este estudio, se presenta un an&#xE1;lisis de una gran escala de 454-pirosecuenciaci&#xF3;n conjunto de datos de metagen&#xF3;mica de un ambiente hadopelagic de 6.000 m de profundidad dentro de la fosa de Puerto Rico (PRT). Un total de 145 Mbps de datos de secuencias ensambladas se gener&#xF3; y se compar&#xF3; con dos metagenomes pel&#xE1;gicas del oc&#xE9;ano profundo y dos conjuntos de datos representativos de la superficie del agua de mar del Mar de los Sargazos. En varios casos, los tres metagenomes profundas muestran tendencias similares, pero fueron m&#xE1;s ampliada en la PRT, incluyendo el enriquecimiento de las funciones de dos componentes de mecanismos de transducci&#xF3;n de se&#xF1;ales y la regulaci&#xF3;n de la transcripci&#xF3;n. Transportadores excesivamente en el metagenoma PRT incluye porinas de membrana externa, transportistas diversos cationes, y di-y tri-carboxilato transportadores que coinciden bien con los procesos predominantes catab&#xF3;licos tales como el metabolismo butanoato, glioxilato y dicarboxilato. Una abundancia sorprendentemente alto de sulfatasas para la degradaci&#xF3;n de los polisac&#xE1;ridos sulfatados tambi&#xE9;n estaban presentes en el PRT. La funci&#xF3;n adaptativa m&#xE1;s dram&#xE1;tico de los microbios PRT parece ser la resistencia a metales pesados, como se refleja en el gran n&#xFA;mero de transportadores de presentar para su eliminaci&#xF3;n. Como complemento al enfoque metagenoma, una sola c&#xE9;lula de t&#xE9;cnicas gen&#xF3;micas se utilizaron para generar parciales de todo el genoma secuencia de datos de cuatro c&#xE9;lulas cultivadas de los miembros de los filos dominante dentro de los PRT, Alphaproteobacteria, los Bacteroidetes Gammaproteobacteria y Planctomycetes. Los datos de la secuencia de una sola c&#xE9;lula proporcionado contexto gen&#xF3;mico para muchos de los atributos funcionales muy abundantes identificados a partir de la metagenoma PRT, as&#xED; como el reclutamiento fuertemente los datos metagenomic PRT secuencia en comparaci&#xF3;n con 172 genomas de referencia disponibles marinos. A trav&#xE9;s de estos enfoques multifac&#xE9;ticos de la secuencia, nuevos puntos de vista han sido proporcionados a los atributos &#xFA;nicos funcionales presentes en los microbios que residen en una capa m&#xE1;s profunda del oc&#xE9;ano lejos de las m&#xE1;s productivas zonas ba&#xF1;adas por el sol de arriba.

Douglas W. Fadrosh

Department of Microbial and Environmental Genomics

The J. Craig Venter Institute

Separation of Single-stranded DNA, Double-stranded DNA and RNA from an Environmental Viral Community Using Hydroxyapatite Chromatography

Douglas W. Fadrosh

.css-o250i3{font-size:18px;font-family:Open Sans,sans-serif;line-height:21.6px;}Department of Microbial and Environmental Genomics

The J. Craig Venter Institute

Separation of Single-stranded DNA, Double-stranded DNA and RNA from an Environmental Viral Community Using Hydroxyapatite Chromatography

Department of Microbial and Environmental Genomics