系統とは、生物や生物のグループの進化的多様性を示すものです。生物のグループに名前を付けたものを分類群と呼びます。分類群は、進化の階層の異なるレベルにまたがることができます。例えば、すべての鳥類を含むグループは分類群（クラスAvesを構成する）であり、すべてのヒナギクの種のグループ（属Bellis）は分類群です。系統は、1つの属だけを含むことも(つまり、種の関係を描くことも)、界全体に及ぶこともあります。

典型的には、系統は木で表現されます。対象となる各分類群は枝の先端に描かれ、枝はこれらの分類群の関係を表しています。近縁種は、ゲノムの大部分を共有しているため、形態的にも似ています。縁の分類群は、ゲノムの大部分を共有しているため、形態的にも似ています。姉妹分類群は直系の祖先を共有しており、共有ノードで表されます。

木の中の節は、分類群を区別する形態的特徴や分子的変化を表しています。特定のノードに直接接続されているすべての分類群は、最近の共通の祖先を共有しています。したがって、木の根は、ツリー内のすべての分類群が共有する祖先となります。根がない木は、分類群の関係を表していますが、共有された共通の祖先に関する情報は得られません。

木の枝の長さには、意味がある場合とない場合があります。スケールツリーでは、枝の長さは時間を表すか、または分類群が共通の祖先から進化した後に発生した変化の数を表す場合があります。