細胞は、環境刺激やその他の代謝または発生の変化など、細胞の状態の変化に応じて、細胞内タンパク質のレベルを調節する必要があります。

この細胞内のタンパク質濃度の調節または制御は、その合成速度と分解に依存します。

真核生物では、細胞内タンパク質の分解は主にユビキチン-プロテアソーム系によって媒介されます。このシステムは、細胞内で2つの主要な機能、つまり誤って折りたたまれたタンパク質や損傷したタンパク質の品質管理と、重要な細胞タンパク質のレベル制御を果たします。

細胞内のプロテアソーム分解の特異性は、さまざまなメカニズムによって調節されます。

真核細胞には、ユビキチンリガーゼの主要な触媒単位であるE3リガーゼと呼ばれるタンパク質のクラスがあります。これらのユニークなE3分子は、活性化時に特定の標的タンパク質のみをユビキチン化することができます。

また、各E3タンパク質リガーゼは、リン酸化、リガンド結合によるアロステリック転移、タンパク質サブユニットの付加など、特定のシグナルを介してのみ活性化することができます。これにより、標的タンパク質のユビキチン化が制御され、プロテアソームによる分解につながります。

例えば、APC(後期促進複合体)は、重要な細胞周期調節因子の分解に関与するマルチサブユニットE3リガーゼです。ただし、細胞周期の特定の時点でのみ、共活性化サブユニットの添加によって活性化されます。これらのサブユニットは、APCの標的タンパク質への選択的結合に重要な役割を果たします。

あるいは、特定の部位のリン酸化、タンパク質サブユニットの解離、またはペプチド結合の切断による標的タンパク質自体の立体構造変化により、通常は隠れている分解シグナルが明らかになることがあります。このシグナルはユビキチンリガーゼによって認識され、タンパク質のユビキチン化がもたらされます。

例えば、サイクリンタンパク質は、APCによってのみ認識できる内部分解シグナルを含んでいます。しかし、このシグナルは、サイクリンキナーゼがサイクリンタンパク質の特定の部位をリン酸化する場合にのみ露出します。これにより、タンパク質のコンフォメーション変化がもたらされ、その分解シグナルが明らかになり、ポリユビキチン化とプロテアソームの分解につながります。