遠隔実験システム管理: 呼吸器ウイルス診断

要約

急速に展開可能、オフグリッドの実験室を設計されており、リモートのリソースに制約のあるグローバル設定の構築します。機能とロジスティック強化、拡張可能な多機能の実験モジュールの重要な側面が検討されます。基本的な実験室のワークフローのためのチェックリストと呼吸器ウイルス診断テストのためのプロトコルを開発・発表します。

要約

最近の流行 (エボラ、ジカ、MERS、インフルエンザ等) 下線で上向い詳細 '軽快、' の必要性調整交通、アクセス、設備、機器、通信プロバイダーに至るまでの問題の多くに対処する応答トレーニング。これに対処するには、限られたリソースのグローバル設定で緊急事態と伝染病の革新的で拡張性の高い、物流強化、モバイル、研究室設備を開発しました。学術の医療センターとして臨床操作のバック グラウンドを活かし、我々 施設を設計、急速に配置可能なモジュール式 BSL-2 および BSL 3 薬および供給の追跡および管理のための使いやすいソフトウェアを遠隔地域の流行時に、発生。私たちインター モーダル、携帯電話、拡張の出荷コンテナー研究ユニットを紹介します。研究所のデザイン、消費電力を抑え、代替水源を許可してオフ グリッド使用が促進します。ユニットの情報通信技術 (ICT) プラットフォーム (i) 使いやすいタブレット ベースのドキュメントを提供します (ii) 患者および消耗品貨物追跡の向上、(iii) 組み込み遠隔機能を持つ通信オンサイトを統合します。リモート環境の品質を確保する、基本的な検査のワークフローのためのチェックリストと逆転写ポリメラーゼ連鎖反応 (RT-PCR) を使用してウイルスの呼吸器の診断のためのプロトコルを開発しました。前述のように、この革新的で包括的なアプローチは、グローバル環境でリソースの限られた研究所機能の提供のためことができます。

概要

迅速な診断はタイムリーなウイルス感染制御の重要な器械特に初期症状は様々 な感染症の区別がつかない。西アフリカ^1,2, アジア、ラテン アメリカの^3、4でジカのウイルス感染症 (2015-2016), 中東呼吸器症候群 (MERS) コロナ ウイルスの出現で最近のエボラ出血熱流行 (2014-2015)感染症^5,6、および米国^7、8に非常に致命的なインフルエンザ (インフルエンザ) 伝染病 (2017-2018) 明らかに対処する多数の急速に展開、研究所の施設・設備の必要性交通、アクセス、設備、機器、通信からの問題。

グリッドをオフ機能 (自律的な電力と水の供給、等) は地方の限られたリソースのグローバル設定^9,10,11重要です。臨床業務と薬の Baylor の大学グローバル プログラムでの経験は、設計、容易な導入、セットアップ、および多機能の使用 (BSL-2 および BSL 3) の機能を持つコンテナ ベースの携帯電話の研究を構築する使用されました。この汎用性の高い、ロジスティック強化研究所施設のイメージは図 1に示します。

この急速に展開、研究所施設は拡張可能な設計を前述のコンテナー クリニックと同様 (' 緊急スマート ポッド ')^12,13,14, 薬の Baylor の大学によって開発されたと米国国際開発庁が主催。(トランスポート モード) でパックされた単位が 9 フィート 9 インチ × 8 フィート × 8 のサイズ フィート (図 1 a, B)、170 平方フィート (15.75 m²) の領域を展開し、(図 1、D)。ユニットは、2 〜 4 人で 10 分以内で展開できます。

個別のモジュラー、アタッチ可能な BSL 3 ユニット (図 2 b) 向け仕事感染性病原体の吸入を介して深刻なまたは潜在的に致命的な病気を引き起こす可能性がありますリモート研究所 BSL 2 ラボ施設 (図 2 a) に最適します。¹⁵します。 2 つの実験モジュールの接続実験ワークフロー、リソースの共有、コスト削減 (図 2 C E) の最適化を有効にします。

モジュールは、気密と水密快適で、エネルギー効率の高いモバイル避難所を作成します。暖房、換気および空気調節 (HVAC) システムは、集中および温度制御ユニットに使用されます。一般的に、研究室単位の設計は、太陽電池パネルおよび独立した電気発電機など独自の代替電源の使用状況によって消費電力を最小化します。各ユニットには、シンクと洗眼、電力、水コネクタ (図 3 a C) が含まれています。ICT プラットフォームを実現するオプション、タブレット ベース (iPhone/iPad または Android 携帯電話/タブレット) 供給追跡と (図 3 D) 研究室結果ドキュメントにドキュメント アプリはベイラーの情報技術 (IT) との提携で開発限られた接続とリモート環境で働くことで経験豊富な研究グループ。システムは、携帯電話または無線信号を使用して機能することができます、即時バックアップまたはセキュリティで保護されたクラウド ベースのサーバー接続が再確立されたときにトランス ミッションと接続することがなくドキュメントをことができます。

研究室でを含むいくつかの重要な感染症-制御機能: (a) 負圧空気流、(b) のグローブ ボックスやバイオ セーフティ キャビネット、(c) 健康リスク管理システム: 実績のある防衛の 4 階層を使用した殺菌紫外線 (UV-C) 照明システム医療関連感染症を引き起こす病原体の 99.7% をなくす。施設は、効率的かつ効果的な除染用過酸化水素または次亜塩素酸ナトリウム (漂白剤) システムを使用して簡単に消毒です。¹⁶

品質検査結果の保証は、全体の診断テスト プロセスのあらゆる側面を評価するためのコミットメントに依存します。ここでは、BSL-2 および BSL 3 室のワークフローのためのチェックリストと急速な呼吸器ウイルス診断テストのためのプロトコルを提案します。ウイルス疾患の提案された診断は、リアルタイム逆転写ポリメラーゼ連鎖反応 (RT-PCR) を介して試験片 (鼻洗浄、血液、便、尿等) のウイルスの RNA または DNA の検出に依存します。急速に標本のウイルスの負荷を推定する機能は、ウイルス性疾患^17,18のスクリーニングのための効率的なツールを PCR になります。小説の実装では、分子診断アッセイ エボラ^19,20,21インフルエンザ^8,22, 結核などウイルスの診断機能の拡張が可能します。)²³。

この作業の目的は、新規にモジュール化され、急速に配置可能なラボを検証し、流行、自然災害やその他の救援中にリモート、低リソース環境研究所職員のトレーニング ガイドを提供状況。この革新的な携帯用の研究室で呼吸器系インフルエンザ診断プロトコルを紹介します。

プロトコル

1. インストール

注: 2-4 人だけは「レゴのような」研究室ユニットを配置する必要です。最適な 4 個人、展開に使用するが、2 つしか不可能です。

1. フォーク リフト (図 1 a,B) またはコンテナーを処理するその他の適切な搬送装置を活用します。吊り上げ能力の少なくとも 7 トンのフォーク リフトを使用して、コンテナー²⁴の 2 つのタイプを処理します。
2. 研究室単位をセットアップするには、障害物は適切なレイアウトを損なうように平らな地形で約 90 x 60 平方フィート (27.4 x 18.3 m²) のパッチを選択します。秋の雨の後の水の損失の潜在的な問題を起こすかもしれないので場所の排水を確保するため水はけがよくサイトであることを確認します。根拠を持っている以前平準化、10 kN/dm²の最小強度締固め土壌を使用します。周辺の地域は、その搬送装置からユニットをアンロードするために必要な機器へのアクセスを許可する必要があり、タスクを達成するために必要な支援機器を収容します。
3. ユニットまたはユニットの「転送モード」でを選択したサイト中央に配置し、、レベルを調整します。各ユニットに 4 つのレベリング ジャッキが装備されており、最大級 6.5% (~ 4 度) を持つサイトに展開できるようにします。コンテナーの最小の標高は 〜 6 インチの床排水、排出管が正しく動作することを確認します。ジャックを 12 インチ以上拡張されません。ジャックの腕にサポート ブラケットを取り付けます。バブル レベラー各下部レールの中心に配置することによって、コンテナーが水平であることを確認します。それは正しく配置されているまでは、ユニットを展開しない!
4. 完全な機能のパネルを開くことによって、ユニットを展開します。まず、ツーピース サポート ポールを探します。その高さはコンテナー単位ほど、サポート ポールを接続します。ポールでは、パネルを開き側のドアを開けると屋根パネルの重量を支えることができます。ロックされたパネルを保つためにピンとして機能する安全クリップがあります。まず、安全クリップを削除し、持ち上げて、穴からカムのロックピンを引きます。コンテナーの下部 (拡張可能な) 側面にあるロック レバーとレバーの後ろにピンを配置します。
5. このパネルは、ガスを考慮したパネル 1 struts 屋根を上げるし、パネルのドアがロックされている、支柱をリリースする予定します。これはツーピース サポート ポールを用いた屋根 (1 パネル) を高めるためにユーザーになります。一時的にサポートするよう (図 4 a) に屋根パネルの下のサポート ポールの先端を移動します。
   1. サポート突くと屋根のパネルを保持は、安全チェーンを見つける、コンテナーの左上側にあります。2-3 個人の助けを借りて、安全チェーンはまっすぐ、2 パネルの重量を保持で、従事しているまでは、慎重にパネル 2 をドラッグします。
   2. ガス支柱の外面のまわりにそれをラップすることによってラグ マウントにウィンチ ストラップ ベルトを手で接続します。手動で保持し、低下パネルの各側面に、少なくとも 2 人で前の手順を手動で完了できるウインチ ツールがない場合に注意してください。
      注意: パネルの重量は 260 lb です!
6. 人やパネル 2 とウインチを使用しての方法で項目がないことを確認し、ドリル、パネル (図 4 b) に進みます。パネル 2 を下げて完全にウインチ ・ ウインチにリールを外します。ウインチを取り外し、使用準備のためのコンテナーの反対側に置きます。ユニットの両側、同一ユニットの反対側の上記の同じ手順に従います。
7. 最初の側の完全な展開に (これは現在床) パネルまで到達を持ち上げて両側少なくとも 2 人は、手動でパネル 3 上方場所にドア側 (図 4) の正面の壁と。二人は今後もパネル 3 を押しながら 3 番目の人は、サポート ポールを削除します。
   注意: 誰がユニット内する必要がありますまたはパネル 3 まで屋根の下で壁の場所で!
8. パネル 3 の中から 2 つのラッチを探し、安全性のストラップを使用して所定の位置にそれらをロックします。確認黒い屋根パネルのゴムのガスケットではユニットの内側の顔を抜いています。これは、雨やユニットに他の水の浸透を防ぐために行う必要があります。
   1. コンテナーの内側からパネル 4 のロックを解除します。一度ロックは、ドアのように開く揺れるように、パネル 4 (図 4) をプッシュします。ロック 2 つの安全ラッチ壁の中。5 パネルのロックを解除し、パネル 4 に対して同じ手順を繰り返します。このパネル同じ内部安全ラッチで固定します。ユニット全体のインテリアをロックされている、一度、床と奥の壁を密封するまでのターン バックルを締め直してください。
9. コンテナーの両側が安全に展開されているジャックをチェックし、シフトから発生した必要な調整を加えます。毎週レベルをする避難所を確認してください。極端な天候 (雨、風) 後コンテナーのジャックを検査し、それに応じて調整。
10. 接続可能な実験モジュールが使用 (図 5) に計画されている場合は、2 番目のコンテナーを展開します。
11. 水ユニットと電源ユニットに接続します。²⁴に従って手動でディーゼル発電機ブレーカー ボックス ユニットに接続のインストール時に詳細な指示を見つけることができます。
    注: リモート研究室ユニットが展開されます。ユニットの内部非折り畳み式ボリュームは特定診断テストに必要な装置および実験室の供給の最小値を格納することができます。BSL 3 モジュールの加圧システムのインストール詳細²⁴に記載されている追加の品質管理を必要とします。²⁴

2. 個人保護および基本的な室のワークフローのためのチェックリスト

注: 一般的な安全と検査要件フェーズのいずれかでエラーが全体のテスト プロセスの結果を無効になります。

1. すべての BSL 2 または BSL-3 安全性要件が考慮できるようにインストールされている研究室単位を入力する準備をして、前に: ドレッシング適切な人員保護具 (PPE) は、手の洗浄、手袋を着用し、任意のワークスペースを除染使用されます。
2. テスト ラボ BSL 2 と BSL 3 モジュール (組み立てられたグローブ ボックス部屋 - 負圧と PCR ルーム - 肯定的な圧力) で実行中に個人的な保護のための安全要求事項が含まれている表 1のチェックリストに従ってください。
3. すべての作業スペースや実験室で電源を消毒します。漂白剤にさらされているすべての領域をきれいに 70% のエタノールを使用してワークスペースおよび消耗品を染するソリューション次亜塩素酸ナトリウム (0.5%)、として知られている液体の漂白剤を使用する計画も場合は、漂白剤として有毒ガスを作成するワークスペースの他の化学物質をミックスできます。自分の指定のゴミ箱に漂白剤製品がすべてを破棄します。
4. 研究室単位で作業する前に、その配置とレイアウトに慣れます。グローブ ボックス (GB) 部屋のサンプルを処理するために、厳格な規則が適用されます。GB 部屋が負圧!グローブ ボックスを動作するようにメーカーの説明書を確認してください。複数のソースは、グローブ ボックス操作²⁵の詳細なチュートリアルを提供します。
   注: この分析の目的は、標本から抽出し、場合は、デオキシリボ核酸 (DNA) やリボ核酸 (RNA) を浄化します。インフルエンザ (INF) - 目標とされたウイルスの病原体の存在有無を検出するリアルタイム RT-PCR 法により抽出した RNA ・ DNA がテストされます。

3. BSL 2 研究所施設で RT-PCR による迅速インフルエンザ ウイルス診断

1. 受信および登録
   1. PPE のチェックリストを申請 (セクション 2 を参照してください)。INF は、BSL 2 練習を必要とするクラス 2 剤です。BSL 2 練習のため適切な PPE が必要です。さらに、安全メガネおよび潜在的な肌の露出を最小限に抑えるかふ袖白衣を着用します。
   2. 世界保健機関 (WHO) の推奨事項²⁶, によるとプラスチック製のシャフトを気道からサンプリングの滅菌ダクロンまたはレーヨン綿棒を使用します。
      注: 木の棒で綿棒またはカルシウム アルギン酸綿棒、コットンがありますいくつかのウイルスを不活性化し、PCR 阻害化合物^26,27をテストします。
   3. 綿棒サンプルは患者から取られ、としてフィールドまたは診療所から研究所の施設に移送します。パススルー ウィンドウを介して転送サンプルこのウィンドウは、両側から開くことができません。
   4. パススルー ウィンドウで 1 分の漂白剤のサンプルを含むスプレー管 70% エタノールに続いて、研究室単位に入る前に十分な除染を提供するために乾燥拭いてください。水没、次ユニット内ラボ技術者がパススルー ウィンドウを開き、登録する漂白剤コンテナーからサンプルを収集します。通常、サンプルを渡す人とサンプルを抽出する人は同じです。
   5. パススルー ウィンドウを開き、登録するためのサンプル収集します。漂白剤やエタノールで消毒したサンプルを拭きます。70% エタノール溶液に続いてブリーチとパススルー ウィンドウの内部を拭きます。インタラクティブなタブレット ベースのシステムまたはラップトップ内でサンプルを登録します。次の情報とサンプルを識別します。
      コレクションの日付
      発症日
      -患者の年齢と性別
      ・検体の種類 (例:.、鼻綿棒)
      -一意の識別子
      -その他関連情報
   6. チューブをラベルにバーコードを使用します。各サンプル チューブと因数に示される 4 つの空のチューブにバーコードを追加します。排気フードにサンプルを移動します。各管にバーコードをスキャンし、タブレット ベースのシステムまたはラップトップ画面に適切なサンプルの識別情報が表示されることを確認します。バーコードに対応していない場合は、耐アルコール マーカーを使用します。これは処理中に切り替えることができますを取得、常にバイアル自体、決してキャップをマーク!登録プロセスを完了します。
2. サンプル因数
   1. 試験管が標識されていると後、に検体をサンプルの因数を見つけ認定クラス 2 安全キャビネットを使用します。1 つの因数は、すぐテストに使えます、他は参照目的または再テストの保持します。
   2. ウイルス輸送培地に鼻綿棒で検体が到着すると 30 s とスクイズの中で綿棒をかき立てるバイアルの側に対してそれ。中小企業処分バイオハザード廃棄物プロトコルから削除します (適切に破棄、オートクレーブまたは 1: 100 塩素溶液にハング)。
      注: を格納する媒体の最小量は 0.5 mL です。したがって、3 mL のサンプルは 6 の因数 (準標本) に分割できます。冷凍中の余分なボリュームを提供するために、0.5 mL の各サンプルの 1 mL クライオ蓄積管を使用します。
   3. 因数を取って、各サンプルの新鮮な滅菌またはディスポーザブルのピペットを使用、クロス汚染を避けるためにバイオハザード廃棄物容器に捨てます。すべてのチューブは密閉し、閉じていることを確認します。
   4. すぐ抽出標本あたり 1 つの因数を活用し、他の因数を冷凍庫に保存 (それは-80 ° C では呼吸器検体) 将来の使用のため。
   5. 作業ステーションに移動する前に 70% エタノール溶液に続いてブリーチを使ってすべてのワークスペースの表面と機器を拭き取ります。
3. 抽出・精製
   1. バーコード テスト、移動の質を保証するために PCR のサンプル検体の取り扱い作業駅 (BSL 2 安全キャビネット) 抽出用に指定された領域から因数。この安全キャビネットのサンプルの処理用ピペットの独立したセットがあります。
   2. RNA サンプルの抽出のためのウイルス RNA ミニ キットを使用します。スピン プロトコルによってウイルスの RNA の浄化について製造元の指示に従ってください。抽出に必要なサンプルの数に応じてマスター ミックスを準備します。室温でサンプルおよび換散バッファーのマスター ミックスを維持します。
   3. 抽出に必要なサンプルの数を準備します。マイクロ遠心チューブ 1.5 mL をラベル、バーコード番号と一意の識別子。
   4. セット 560 μ L をピペットは、きれいなピペット チップを適用されます。各ラベルのチューブに換散バッファーの 560 μ L を追加します。ヒントを破棄します。きれいなピペット チップを適用します。140 μ L のサンプルを追加します。古い破棄およびきれいなピペット チップを適用します。その他のサンプルを繰り返します。きれいなピペット チップを適用します。ネガティブ コントロール チューブ 140 μ L バッファーに追加します。各チューブをしっかりと閉じます。
   5. パルス渦のサンプル サンプル分注2 15, 繰り返しと制御管の換散バッファーの分注 1。遠心マイクロ - 5 s. 加温室温で 10 分間のサンプルをサンプルします。
   6. インキュベーションの 10 分後再各チューブのフタの内側から任意の滴を削除するチューブを遠心します。エタノール水溶液の 560 μ L をサンプルに追加します。ピペット チップを変更します。サンプルを任意残りや追加を繰り返します。各サンプル チューブをしっかりと閉じるし、渦パルス - 15 s. マイクロ遠心分離機サンプル 5 サンプル s。
   7. スピン列に混合物を適用します。クリーン 2 mL の採血管を取得します。スピン列を追加し、サンプルに合わせて、それらにラベルを付けます。それに応じて、630 μ L のサンプルを一致する列に転送します。
   8. キャップを固定し、遠心に移動します。遠心分離機のサンプルを均等に分散します。換散バッファーを削除する 1 分 6,000 × gで遠心分離機します。作業駅に戻ります。コレクション チューブを交換してください。換散バッファーの残りを追加し、遠心分離のステップを繰り返します。元のサンプル分注チューブを破棄します。
   9. 溶出液を破棄し、スピン 2 つのバッファーを洗い流します。バッファー AW1 の 500 μ L を適用します。すべてのサンプルを繰り返します。1 分毎のサンプルと 6,000 × gで遠心するキャップを固定します。2 番目のバッファー AW2 と繰り返し、3 分 20,000 × gで遠心分離します。
   10. 最後に溶出バッファーを追加することによって、RNA を溶出します。きれいな 1.5 mL チューブに列を配置、列、室温 1 分と 1 分の 6,000 × gで遠心分離でバッファー アベニュー インキュベートの 60 μ L を追加します。サンプルは、PCR 分析の準備が整いました。
4. PCR 増幅と検出
   1. PCR のための独立した区域で PCR 増幅を実行します。製造元の指示に従って 1 つのステップの手順の PCR のプロトコルを使用してウイルスのターゲットの PCR 増幅を行います。ウイルス特異的プライマー、プローブ、2 x RT-PCR バッファーと RT-PCR 酵素を使用してマスター ミックスをしたことに注意してください。マスター ミックスを加える板やチューブ追加し、個々 のサンプル (セクション 4.4 を参照) をミックスします。
   2. PCR マシンにプレートを転送し、ウイルス ターゲット増幅条件に従って実行します。サンプルは PCR 機器に読み込まれる実行を完了する約 90 分かかります。
5. 機器の使用後のメンテナンス
   1. 表 2によると機器使用後定期的に、定期的なメンテナンスを実行します。

4 BSL 3 研究所施設で RT-PCR による迅速インフルエンザ ウイルス診断

注: BSL 3 条件の下で実験的なプロトコル、同じいては安全対策が何よりも優先されます。BSL 3 研究室に入る前に窓越しに見える透明な確かに負圧がグローブ ボックス単位で確立されていること。それは壁にピンクのボールが表示されてときに、否定的な圧力を確立されていることが明らかになります。

1. 受信および登録
   1. 負圧を確立すると、ドアを開き、単位を入力します。すぐに手を洗うし、PPE を続行します。PPE およびワークフロー BSL 3 申請チェックリスト (セクション 2 を参照してください)。
   2. 次の順序で PPE に置くに進む: 手袋、ガウン、靴カバー、マスク、フェイスシールド、手袋の 2 番目のペアの下。全身を保護する完全のガウンを着てすることをお勧めします。
   3. マシンをオンにし、安定させるためにグローブ ボックスの圧力を許可します。漂白剤スプレー ソリューションを使用すると、すべてのエリアおよびグローブ ボックス外に使用する用品を消毒します。漂白剤だけコンテナーに漂白剤の廃棄物の処分します。漂白剤の任意の領域をきれいにする使用 70% エタノール溶液が使用されています。
   4. パススルー ウィンドウを介してサンプルを転送します。
      注: パス ・ スルー ・ ウィンドウにドロップされる前に特に 1 ~ 2 分の次亜塩素酸浴の沈没によってサンプルを含むチューブを消毒、漂白剤溶液サンプルをスプレー、それらを受信する前に、少なくとも 1 分間だけで、パススルーを残すBSL 3 ユニットの内部。外受ける者からサンプルを渡す人、BSL 3 研究室内サンプルを抽出した同じしないでください。
   5. BSL 3 ユニット内部のサンプルを受け取り、登録に進むと手順をラベル付けする前にそれらをきれいに。
   6. 対話型のタブレット ベースのシステムや、ノート パソコンでサンプルを登録します。次の情報とサンプルを識別 (3.1.5 のセクションを参照してください)。
   7. チューブをラベルにバーコードを使用します。バーコードに対応していない場合は、耐アルコール マーカーを使用します。
      注: これは処理中に切り替えることができますを取得自体は、バイアル、キャップ決して常にマーク!
2. サンプル因数
   1. サンプルが登録されているし、チューブがラベル付けされて、一度グローブ ボックス内からサンプルを取得する空気のロックされた皿で認定のグローブ ボックスにサンプルを配置します。戸を閉めて下さい。次にサンプルを取得するためにグローブ ボックスを介して他のドアを開きます。一度に両方のドアを開けないでください。安全上の注意の 2 つの異なる手順の各ドアを開閉します。UV-C 照明をオンにします。
   2. サンプルは、グローブ ボックス内部に安全に移動されている、一度グローブ ボックスでサンプル因数を作成する前に説明した手順に従います。サンプルの 1 つの因数は、すぐテストに使えます、他は参照目的や再テストの保持します。標本はウイルス輸送培地に鼻綿棒の先端に到着します。標本を取るし、各バイアルに 1 つを置きます。30 s とスクイズの中に綿棒の先端をかき混ぜるそれ媒体から削除して、汚染廃棄物のプロトコルを利用したそれを廃棄する前に瓶の側面に (適切に破棄、オートクレーブまたは 1: 100 塩素溶液にハング)。
      注: を格納する媒体の最小のボリュームはこの目的のための使用 1 mL バイアル 0.5 mL です。したがって、3 mL のサンプルは 6 の因数 (準標本) に分割できます。
   3. 各サンプルの新鮮な滅菌や使い捨てピペットを使用し、汚染廃棄物として捨てます。サンプルは、検体が、密閉容器内のサンプルを移動します。保護と瓶を閉じて、グローブ ボックスから削除します。
   4. グローブ ボックス内でバイオハザード廃棄物のバッグを閉じて交差汚染を避けるために新しい廃棄物のバッグを準備します。その後 5 分および 70% エタノール溶液のため漂白剤を適用するグローブ ボックス ワークスペースを消毒します。
   5. 即時の分析のための試料につき 1 つの因数を利用し、呼吸器検体は-80 ° c のフリーザーで他を格納します。除染は、テストのため 1 つの因数を保持した後、-80 ° C のフリーザーでストレージ用グローブ ボックスからすべてのサンプルを移動します。
3. 抽出・精製
   1. 除染後グローブ ボックスにエリアを処理検体から PCR 解析に必要なバーコード サンプル因数を移動します。
   2. グローブ ボックスで抽出プロシージャの換散のすべての手順を実行します。製造元の指示に従って RNA サンプルの抽出のためのウイルス RNA ミニ キットを使用します。製造元の指示でスピン プロトコルによってウイルスの RNA の浄化のステップバイ ステップの指示に従います。
   3. 抽出に必要なサンプルの数を準備します。マイクロ遠心チューブ 1.5 mL をラベル、バーコード番号と一意の識別子。
   4. サンプルとパルス渦の 140 μ L に換散バッファーの 560 μ L を追加します。室温で 10 分間インキュベートします。
      注: 不活化手順は抽出されています BSL 3 病原体の種類によって異なることが、いくつかのケースでさらに不活性化が必要かもしれません。
   5. 散のステップ後しっかりと各サンプルのキャップ シールし、(遠心分離機はグローブ ボックス外に配置) する場合ロック加圧空気の通路に配置。バイオ セーフティ キャビネット プロシージャの残りの部分のために分離のサンプルを転送します。
      注: BSL-3 病原体や必要なプロトコルによって生物学的安全キャビネットに続いてグローブ ボックス、グローブ ボックスには、RNA の抽出そして浄化のための手順を完了できます。
   6. ワークスペースと、漂白剤を使用して再度グローブ ボックスの供給を染することを確認、すべての領域をきれいにする 70% エタノール溶液公開以前に漂白剤します。
   7. 3.3.6 - 3.3.10 洗濯そして RNA の浄化のためのセクションで手順に従います。
   8. 抽出、pcr のパススルー ウィンドウにサンプルを転送します。
   9. サンプルを削除して転送したら、セクション 2 によるとグローブ ボックス外検査ワークスペースを消毒します。
   10. PPE を削除する前に、ユニットの空気循環が安全に PPE を削除する開始する前にサイクルをフィルタ リングの適切な数に達するまでを待ちます。削除し、PPE にすべて PPE を処分した直後に無駄にコンテナー、セクション 2 によるとユニットを終了する前に、研究室では石鹸と水で手を洗うに進みます。
4. PCR 増幅と検出
   メモ: PCR の拡大は PCR の指定し、パススルー ウィンドウ経由でグローブ ボックスの領域に接続されている別の領域に実行されます。ワークスペースと供給テスト前に染する必要があります。
   1. パススルー ウィンドウから抽出した RNA サンプルを削除します。
   2. ワンステップ PCR のプロトコルを使用してウイルスのターゲットの PCR 増幅を実行します。ウイルス特異的プライマー、プローブ、2 x RT-PCR のバッファー、RT-PCR 酵素を使用してマスター ミックスを準備します。次のコンポーネントに 1.5 mL チューブを使用して、各ターゲットの試金のため: 水、プライマーおよびプローブ、2 x バッファーおよび RT-PCR 酵素です。渦とスピン マスター ミックス。
   3. 因数にストリップ管のそれぞれのマスターの組合せ。マスター ミックスを準備されている PCR キット推奨温ストレージに戻る。
   4. 各ストリップ管別チップを使用してストリップ管のそれぞれに個々 のサンプルを追加します。サンプル プレートまたは 1 分 1,500 rpm でチューブをスピンします。サンプルは、リアルタイム PCR 装置にロードする準備ができています。
   5. サンプル プレートを PCR 機器に転送し、ウイルス ターゲット増幅条件に応じてマシンを実行します。1 つの実行を完了する約 90 分かかります。
   6. 結果の収集と研究室を残して、前に PPE を削除し、セクション 2 によると各ワークステーションおよび次の診断テストのための準備を十分に消毒します。
5. 機器の使用後のメンテナンス
   1. 表 2によると機器使用後定期的に、定期的なメンテナンスを実行します。
      注: 全体的な診断の所要時間は約 4 時間です。抽出時間と時間を設定する PCR のサンプルの数によって異なります、診断テストで 4-5 時間以上がそれに応じて取ることができます。

結果

本研究の目的は BSL 2、BSL 3 の携帯電話の研究設備を提案ができるように呼吸器ウイルス代表的な結果を持つ診断テスト高品質の検査と同じ十分な環境を提供することを示すことです。静止した所。研究所の施設は、衛生と安全 (OHS) に関する推奨事項は、テストの要件に準拠する設計されています。すぐにリモートの研究施設は配置した (図 4)、すべての機器、装置がインストールされている (図 5)、実験室のテストを実行できます。

研究室に従い標準操作手順、PPE (白衣、安全靴、手袋、マスク、保護メガネ等を高度な) 適した BSL 2 練習が必要です。BSL 3 練習のため負圧の PCR 実験モジュールに認定されたグローブ ボックスが備わっています。研究ユニットは、サンプル受信の段階で人員を保護するために外部のパススルー windows でアップグレードされます。登録プロセスは、(図 3 D) 開発済みタブレット ベースのアプリケーションを簡略化できます。ラップトップ上で実行される他の受け入れ可能なアプリケーションにも使用できます。

別の影響を与えるかもしれない生化学的な試薬の汚染または潜在的な干渉を回避する目的で診断手順の接続実験室モジュールでこの特定の呼吸器ウイルスの診断テストを実行できます、テストの結果。診断の質を最大にするには、急速な診断テストの練習は (i) 両方の基礎実習 BSL 2 と接続トラバース PCR ルーム (セクション 3) またはパススルー ウィンドウ (セクション 4) によって接続されている (ii) の GB と PCR ルームを利用しています。本研究室のワークフローの図は図 6で示される、個人保護を強調します。図は、特に場合は、遠隔地の研究室のスタッフは訓練されて最小限人員を保護するため各示される手順の重要性を認識しています。

インフルエンザの迅速診断は、RT-PCR の技術を介して行われます。プロシージャには、4 つの主な手順が含まれています。個々 のワークスペースがプロトコルの各段階に割り当てられていることに注意してください。

最初のステップは、サンプルを取得し、いくつかの因数に分割することです。採取しデータ コントロールの有効性を改善するためにバーコードが付いて、さらに調査のため冷凍庫に保存されています。2 番目のステップは、換散バッファーのサンプルを遠心分離、加熱によって不活化することです。最初と 2 番目のステップは、バイオ セーフティ キャビネットで実施する必要があります。個々 のピペット セットおよび装置を利用します。PCR テストを提案するは、可能であれば PCR 部屋で実行することです。3 番目のステップは、結果のドキュメントです。ステップ 4 は、機器の使用方法、および実験の終わりに人体保護のアラームの後、メンテナンスです。

供試体は BSL として分類される予定としているかどうか-3 + (e.g.,Ebola、ジカ、MERS、TB) グローブ ボックス機能を使用する必要があります。GB ルームがあるリモート研究所標本とラップトップまたはサンプル登録のためのタブレットを受け取る独自のパススルー ウィンドウ。サンプル分注とウイルス不活化をグローブ ボックス室で実行する必要があります。UV-C 照明は手順時の汚染を避けるためにお勧めします。後サンプルの不活化、さらにプロトコルの手順に似ています基本的な研究所 BSL 2 BSL 3 テストおよび次のチェックリスト パート III (表 1、図 6).

図 1。研究所施設プロトタイプ。(A, B)トランスポート モード;(C) 配置モード: 外で;(D) 配置モード: インテリア。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。

図 2.回路図。(A) 基礎実験 BSL-2;(B)「BSL 3 モジュールにには、グローブ ボックスと保護された試料移送のパススルー ウィンドウが共通 PCR 所が含まれています(C) 接続実験施設 (A) と (B) 共有ユーティリティを使用します。(D,E)反対側から接続されているユニットの写真。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。 

図 3。BSL 3 施設 (A) インテリアは、(1) パススルー ウィンドウ、シンク、(2) 入口; 洗眼ステーション(B) 電気電源コネクタ、コネクタ (C) 水(D) 供給追跡および実験室の結果タブレット ベースのソフトウェア ドキュメンテーション。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。

図 4.研究所施設の展開。パネルのようにユニットの片側に展開 (A ~ D) のための命令。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。 

図 5.接続可能な実験室の模式図:(A) BSL 2 モジュール 1;(B) グローブ ボックスおよび PCR モジュール 2。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。 

図 6.リモートの研究施設の呼吸器ウイルス診断 RT-PCR テストのためのフロー チャート。この図の拡大版を表示するのにはここをクリックしてください。

遠隔実験システム BSL-2	遠隔実験システム BSL-3
パート I	パート I
i. 研究室のドアを通って入力する技術の入り口と入り口のドアの横にあるラックに掛かっている実験用の上着を着た。開いている靴は禁止されて、高度なマスクと保護メガネを奨励します。	i. 負圧を保証するために単位の外からグローブ ボックス ウィンドウに見て研究室の技術はアクティブになります。(ピンクのボールは負圧の作業を表示する単位で表示する必要があります)。
流しで手を洗うし、使い捨て手袋を入れてサンプルの摂取で始まる ii 研究室の技術。	ii. 否定的な圧力は、唯一のドアを通って入力して入り口のドアの横にあるラックに掛かっている白衣を着た研究室の技術を動作している場合 開いている靴は禁止されて、高度なマスクと保護メガネが望ましい。
iii. パススルー ウィンドウにドロップされる前に次亜塩素酸お風呂に浸漬した試料は、実験室の技術の通過点に座っています。	流しで手を洗う iii 研究室の技術は使い捨て手袋、PPE を入れて、サンプルの摂取量から始まります。
iv. 検体受付で受け取った。	iv. 以前パス ・ スルー ・ ウィンドウにドロップされる前に次亜塩素酸お風呂に浸漬されたサンプルは実験室の技術の通過点に座っています。
パート II	v. 検体受付でを受け取った。
v. 診断の手順にによって標本バイオ セーフティ キャビネットに移動し、不活化します。	パート II
vi. 標本は顕微鏡、遠心分離機、腐敗を準備中。	vi. グローブ ボックスの中に不活性の標本。
vii. 適切な診断テストを実行します。	vii. 標本核酸分離の実行します。
viii. 4 ° C の冷却装置または適切な冷凍庫に標本を格納します。	viii. 抽出後の標本はパススルー ウィンドウに移動。
パート III	ix. 研究室の技術は、ユニット (正圧) の PCR 側の入口から入ります。
ix. 染色アイテムの洗浄用シンクを使用します。	研究室の入り口の横にラックから白衣にかける技術、x. 手袋を入れて流しで手を洗います。
x. ドキュメントや分析するためノート パソコン & counterpace を使用します。	xi. パススルー ウィンドウでグローブ ボックス ルームからの受信サンプル。
xi. オートクレーブを実行することにより機器を滅菌します。	xii. 場合必要な試料は、層流キャビネットで準備中。
xii. バイオハザード廃棄物コンテナーに任意の汚染廃棄物の処分します。	xiii。 適切な診断テストを実行します。
xiii。 流しで手を洗います。	(14) 4 ° C の冷却装置または適切な冷凍庫に標本を格納します。
xiv。 バックアップ白衣をラックに掛けます。	パート III
第 xv 章同じドアを通って終了します。	xv 染色アイテムの洗浄用シンクを使用します。
	xvi のドキュメントや分析するためノート パソコン & counterpace を使用します。
	十七 PCR の部屋にバイアルをパススルー ウィンドウに転送し、機器を滅菌するオートクレーブを実行することによって。
	xviii. バイオハザード廃棄物コンテナーに任意の汚染廃棄物の処分します。
	xix。 流しで手を洗います。
	xx を同じ入り口ドアを通って終了します。

表 1。PCR 診断ワークフローのためのチェックリスト。

メンテナンスと校正
リアルタイム PCR システム	毎月	毎月背景校正を実行します。
	18 ヶ月	背景、空間を行い、染料の校正 18回ヶ月ごと
遠心分離	1 年間	分と外部または内部校正サービスを通じて温度あたりの回転数の調整します。
グローブ ボックス	毎日	特に HEPA フィルター、手袋、o リング、ホースの表面への損傷のための要素を目視で確認します。管クランプはしっかりと場所を確認します。リーク圧テストを実行します。圧アラームをテストします。
	6 ヶ月	HEPA フィルターを変更します。
	1 年間	システムを校正します。
オートクレーブ	毎週	きれいな水槽や軽度の研磨剤を使用してラック
	3 ヶ月	タイマーとゲージを調整します。
	1 年またはすべての 50 サイクル	検査、徹底的に掃除、テストおよびキャリブレーション
冷蔵庫、Freeezer	6 ヶ月	ファン、モーター蒸化器コイル、凝縮コイルおよびコンデンサーのフィルターを掃除機をチェックし、必要に応じて電池を置き換える
	1 年間	内部または外部の校正サービスを冷凍庫を調整します。

表 2。リアルタイム PCR 機器のメンテナンス。

必須	お勧めします
白衣、安全靴、手袋	白衣、安全靴、手袋、マスク、メガネ
冷蔵庫冷凍庫-20 ° C、4 ° C	冷蔵庫 4 ° C、-20 ° C、冷凍庫冷凍庫-80 ° C
自動ピペットの 1 セット	自動ピペットの 3 つのセット
遠心分離機、シェーカー、たち	ロボット システム
RT-PCR マシン、氷浴	RT-PCR 温度制御、凍らないクーラー
バイオハザード廃棄物バッグ	バイオハザード廃棄物を処分するオートクレーブ

表 3。RT-PCR の呼吸器ウイルス診断の最小要件は、BSL 2 をテストします。

ディスカッション

上記で説明したリモートの研究施設はロジスティック指向、拡張、急速に配置可能な多機能、実験室の人員およびワークスペースの効率を保護するために連動になった人間中心設計概念に基づいて。迅速検査の設定と安全な呼吸器ウイルス分離と診断の詳細なプロトコルを開発、発表します。

最適な装置が機能するため次の条件は、研究室単位で維持されなければならない: 21 ± 2 ° C ・許容温度 5 ~ 40 ° C の許容最大相対湿度 80 %rh (結露しないこと)、相対湿度 14 ± 5% の湿度・温度0 と海抜 2,000 m の高度。

エネルギー消費は、オフグリッド研究室管理の最も重要なパラメーターの 1 つです。コア実験装置、電力効率が異なる 15-40%。しかし、平均エネルギー消費量は、適切なサービスを提供するここで推定されます。力率 (1,500-2,000 W) はエアコン、グローブ ボックス システム、PCR 機、オートクレーブ滅菌装置に関する。プロトコルと 16 時間研究室環境制御の実施集中的な仕事の 8 時間を考慮した研究室単位の毎日のエネルギー消費は約 36 kWh/日 BSL 2、BSL - 3、約 43 kWh/日、接続の 73 kWh/日BSL-2/BSL-3 + 設備。単一ユニットの実行/連続電力 ≥8 の容量を持つ電力のソースを提供することをお勧めします kW、≥10 kW の電源サージ/開始。接続されている設備、ランニング/連続電力の電力 ≥14 kW の ≥12 kW とサージ/開始。注意: BSL 3 研究所施設のバックアップ エネルギー源は偶発的な停電を避けるために、診断テスト中にグローブ ボックスと負圧システムの安定した作業を保証する強くお勧めします。

電気のガソリン発電機は、緊急エネルギー供給のためのコスト効率の高いソリューションです。ガソリン発電機の燃料効率が 100% の負荷で 1 時間あたり約 1.5 ガロンであると仮定します。平均毎日のエネルギー消費量は、する場合 40% の 8 時間し 16 時間の負荷が 10%、ラボユニット BSL 2 または BSL 3 7 9 日あたりの燃料のガロンが必要です同様に、し、接続施設 〜 15 ガロン/日を必要とします。

リモート研究ユニットは、オフグリッド ソーラー パネル システムの機能に合うように設計されています。ソーラー パネルは、付加的な燃料を必要としないし、高い太陽光照射によるアフリカ、アジアおよびラテン アメリカの熱帯および亜熱帯地域で生産性の高い操作ことができます。現在、市販の太陽電池パネル システムの 1 つのユニットは、最大 44 kWh/日の毎日の電力使用量をことができます。

電気の代替エネルギー源の選択した種類に関係なくダーティ電気フィルターが強く推奨し、電源の品質を改善するために実験装置を保護するために、研究所の施設にプリインストールされています。強い電磁波がデバイスの適切な動作を妨げる可能性がありますので、PCR システムを強くてシールド電磁波源から離して保管します。また、強い振動に近い PCR システム源、遠心分離機やポンプなど過度の振動が計測器の性能に影響を与えるので使用しないでくださいが重要です。実験装置は、ダスト粒子や木材チップなどの非導べ電性の汚染物質を含む環境でのみインストール可能性があります。機器部品の上に粒子状物質を追い払うことができる任意の通気孔から部屋を確認します。

研究所の水使用量は、毎日実行する診断テストの数と技工士施設での作業の数に依存します。ヌクレアーゼ フリー水抽出、PCR 検査など診断のプロシージャの間にミキサーの準備のため必要で、事前に、他の消耗品や化学物質に配信する必要があります。ヌクレアーゼ フリー水の少なくとも 50 mL は; 1 つの診断テストを実行するために必要なヌクレアーゼ フリー水の必要量は、(すなわち、上のサンプルの数) の作業負荷によって異なります。蒸留水は、オートクレーブ滅菌装置を実行する必要です。1 つのサイクルでオートクレーブ水消費量は 160-180 mL;毎日の使用には、オートクレーブをお勧めします。プラスチック (管、ピペット チップ、等) のほとんどは使い捨てが、いくつかは再利用可能な (大型コンテナー、ラック等) を洗浄する必要があります。プロシージャの間に手を洗浄するため定期的に実行している水が使用され、その最小限のボリュームが毎日 15-20 L と推定されています。水は圧力のために励起される必要があります。堆積物の有害な効果から水機器を保護するために、水道水の質を改善するためには、底質の前処理フィルター システムをお勧めします。

冷蔵、冷凍庫 4.9 立方フィート (-30 ° C に-20 ° C) 1 つと、少なくとも 1 つ 5.1 立方フィート冷蔵庫 (+4 ° C) する必要が各研究室単位でサンプルを格納/RNA。

除染研究室に複数のレベルが含まれています: クリーニング > 消毒 > 消毒 > 滅菌。簡単なクリーニングは、手袋をはめた手やブラシでスクラブしながら石鹸と水を使用して実行できます。消毒には、成長と細菌の増殖を抑制するために液体抗菌化学洗浄が含まれています。アルコール溶液 (70%)消毒液として使用できます。消毒は、作業面・機器 (細菌の胞子) を除くほぼすべての病原微生物を排除するために液体化学品のアプリケーションです。消毒薬の濃度、温度、化学物質の暴露時間は、重要です。次亜塩素酸ナトリウム溶液 (0.5%)、または漂白剤は、大規模表面の浄化と水の浄化のために有効な殺菌剤です。紫外線殺菌は、消毒の別方法です。殺菌ランプは、UV-C の光を生成し、細菌やウイルスの不活性化に 。滅菌耐性細菌胞子を含む - すべての微生物生命を破壊する物理的または化学的手順を採用しています。オートクレーブ滅菌器で滅菌できます。

すべての実験廃棄物は、世代の時点で分離する必要があります。場所の固体、非シャープ、感染性の廃棄物防漏こみ袋では、バイオハザードとしてマークされます。発生した廃棄物がシャープの場合は、耐穿刺性容器に配置する必要があります。液体用コンテナーを正しくラベル付けされたバイオハザードの感染の危険性の液体廃棄物を収集します。容器や袋は埋めてはならない 2/3 以上のボリューム。漂白剤製品がすべての処分は、自分の指定されたゴミ箱に並べ替える必要があります。実験廃棄物は生成エアロゾルや袋や容器の破損を避けるために優しく扱われなければなりません。バイオハザード廃棄物のコレクション袋/箱は、0.5% 次亜塩素酸ナトリウム溶液で使用後染シールおよび外部の表面をする必要があります。すべての研究室の廃棄物を滅菌 30 分焼却前の 121 ° c のオートクレーブで。オートクレーブの適切な使用のための機能のマニュアルを参照してください。可能であれば、適切な滅菌を確実にオートクレーブに化学的または生物学的インジケーターを追加します。設定、日付、時刻、および演算子の滅菌、すべてオートクレーブ固体および液体廃棄物を明確に表示する必要があります。ラベルの廃棄物を焼却する前にセキュリティで保護された、独立したエリアに配置されますする必要があります。

予想通り、診断テストのワークフローは、病気と試料によって異なります。ウイルス同定血液サンプル (エボラ¹⁹など) を収集するためにお勧めのサンプル因数が-80 ° C (呼吸器ウイルスに必要) ではなく-20 ° C で保存できます。常に、後で標本を分割するよりも患者からサンプリングを行う 1 つ以上の標本を取ることをお勧めします。可能であれば、試料の種類ごとに、少なくとも 2 つの標本は、個別検体チューブで取られなければなりません。追加サンプリングが可能でない場合、標本は分割ある必要があります。

適切な温度で代替の標本を格納できない場合 (例えば、冷凍庫が利用できない) 綿棒は、純粋な (100%) に格納されている必要がありますエタノールまたは 99% メチル化された精神 (メタノール添加物のみ)。この場合、エタノールの 1-2 ml バイアルに綿棒の先端を置く必要があります。そのような標本が PCR にのみ適していることに注意してください。また、メモ、老舗アッセイは各特定のウイルス診断^8、23に必要な未知のウイルスのサンプルは、さらに調査^{19,20、割り当てられた所に送られなければなりません。 21}。

呼吸器ウイルス診断 PCR テストのための実験装置のリストに必須および推奨要件を認識する必要があります。表 3は、基本的な最小限度 (推奨) 機器と RT-PCR 診断テストの要件を強調します。BSL 3 練習のため人員の余分な負圧保護 (グローブ ボックスなど) が重要かつ必要です。

接続された実験室モジュールは、ラボにおけるテストおよび 1 つのテストに必要な時間を高速化に関与する人員の数を増やすことが望ましい。時間のかかる手動の RNA の抽出を交換自動 qPCR (例えば、QiaCube) で可能です。この楽器は面倒 (幅 65 cm、長さ 62 cm、高さ 86 cm)、BSL 2 または BSL 3 単位で家具の転位後モバイル研究所ワークスペースを合うことができます。

今後の作業は、拡張現実感 (AR) の開発に焦点を当てたが、バーチャルリアリティ (VR) のトレーニング。AR/VR メガネは、よく訓練された実験室労働者になるための必要な技能を教えるためのインタラクティブなプラットフォームを提供するために使用されます。検査診断の困難、マルチ ステップの手順の一部を実行するヒントは、ソフトウェア ガイドに含まれます。人材育成へのこのアプローチは、診断テストのパフォーマンスとリモートの研究施設、特にリモートのリソースも制約領域管理の質を改善すべき。

資料

Name	Company	Catalog Number	Comments
Autoclave Sterilizer 'BioClave'	Benchmark Scientific, Edison, NJ, USA	B4000-16	16 liter, Benchtop, Dims: 22x17.5x15.7 in, Fully automatic, Extremely Compact
Barcode Scanner	Zebra Technologies ZIH Corp., Lincolnshire, IL, USA	Symbol LS2208	Handheld, lightweight
Breaker Box Panelboard Enclosure	Square D (Schneider Electric), France	MH62WP	NEMA 3R/5/12, Dims: 20 W x 62 H x 6-1/2 in. D, Electrical distribution board
Centrifuge - Microcentrifuge 17,000 x g	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	75002440	Holds 24 x1.5 or 2 ml tubes, Dims: 8.9x9.6x13.8 in
Class II Biological Safety Cabinet	NuAire, Inc., Plymouth, MN, USA	NU-602-400	4 Ft. Class II Type A2 Cage Changing Biological Safety Cabinet, 12" Access Opening, HEPEX Pressure Duct
Class III Biological Safety Cabinet (Glove box)	Germfree Laboratories, Ormond Beach, FL, USA	Model #PGB-36, Serial #C-2937	Glove box, Portable, 36", Class III BSC. Dims: 36x20x23.75 in, Includes 2 interior outlets
Cryo Coolers	VWR, Radnor, PA, USA	414004-286	0.5 or 1.5 ml tube benchtop coolers
Freezer (30°C freezer)	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	Model ULT430A	To occupy 4.9 Cubic feet
Laminar Flow Cabinet	NuAire, Inc., Plymouth, MN, USA	NU-126-300	3 Ft. Vertical Laminar Airflow Cabinet, 8" Access Opening, HEPA filter supply, 99.99%
Mini Centrifuge	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	75004061	Dims: 4.1x5.0x6.0 in
Pipettes automated	VWR, Radnor, PA, USA	05-403-151	Pipet 4-pack (2.5,10, 100 and 1,000μL volume)
Pipettes automated 'Finnpipette'	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	4700880	Pipet 4-pack (2, 20, 200 and 1,000μL volume), Advanced Volume Gearing(AVG), Ultra durable
Power Generator	Cummins Power Generation, Minneapolis, MN, USA	C60 D6	60 kW, 60 Hz, 1 Phase, 120/240V, Diesel
Refrigerator	BioMedical Solutions, Inc., Stafford, TX, USA	BSI-HC-UCFS-0504W	Standard Undercounter Refrigerators & Freezers
Refrigerator	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	05LRAETSA	To occupy  5.1 Cubic feet
RT-PCR machine 'Step-one plus'	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	4376598	Holds 96 samples, Dims: 9.7x16.8x20.2 in
Vortex Mix	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	88880017TS	Dims: 6.1x8.3x3.3 in
Chemicals
AgPath-ID One-Step RT-PCR Reagents	Applied Biosystems, Foster City, CA, USA	4387391
Ethanol Koptec Pure 200 Proof	Decon Labs, Inc., King of Prussia, PA, USA	V1001
Nuclease-free Water	Ambion, Inc., Carlsbad, CA, USA	AM9906
QIAamp Viral RNA Mini Kit	Qiagen, Hilden, Germany	52906
SuperScript III Platinum One-Step qRT- PCR Kit	Invitrogen, Carlsbad, CA, USA	11732-088
Disposable
1 mL cryogenic tubes	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	03-337-7X
1.5 mL tubes	VWR, Radnor, PA, USA	10025-726
10 µL Filter Tips	Neptune, VWR, Radnor, PA, USA	Neptune, BT10XLS3
20 µL Filter Tips	Multimax, BioExpress, VWR, Radnor, PA, USA	MultiMax, P-3243-30X
200 µL Filter Tips	ART, Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	ART, 2770
1000 µL Filter Tips	Phenix Research Products, Candler, NC, USA	TS-059BR
AB custom probes	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	N/A	Custom probes
Combitips	Eppendorf, Hauppauge, NY, USA	89232-972
Integrated DNA Technology (IDT) custom probes and primer	IDT	N/A	Custom probes
MicroAmp Fast Optical 96-Well Reaction Plate	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	490003-978 CS
MicroAmp Fast Reaction Tubes (8 tubes/strip)	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	4358293
MicroAmp Optical 8-Cap Strip	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	4323032
MicroAmp Optical Adhesive Film	Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA, USA	4311971
Supplies
Biohazard waste bags	VWR, Radnor, PA, USA	14220-046	20.3 x 30.5 cm Biohazard bags
Gloves	Denville Scientific, Holliston, MA, USA	G4162-250	Small, meduim or large Nitrile or latex gloves
Lab coat	N/A	N/A	Customizable
Masks	VWR, Radnor, PA, USA	414004-663	Advanced protection mask
Protective shoes	N/A	N/A	Customizable