Method Article
이 프로토콜은 관심 항원에 결합하는 단백질 변이체를 풍부하게 하기 위해 효모 표면 디스플레이 선택 캠페인을 수행하기 위한 필수 단계를 설명합니다.
단백질 공학은 주어진 단백질의 기존 기능을 개선하거나 새로운 기능을 생성할 수 있도록 합니다. 단백질 공학 분야에서 가장 널리 사용되는 다재다능한 도구 중 하나는 효모 표면 디스플레이(yeast surface display)로, 무작위 단백질 풀이 효모 표면에서 발현됩니다. 표현형(예: 효모에 표시된 단백질과 관심 항원의 결합)과 유전자형(단백질 변이체에 대한 플라스미드 암호화)의 연결을 통해 원하는 특성과 농축된 변이체의 후속 염기서열분석을 위해 이 라이브러리를 선택할 수 있습니다. magnetic bead selection과 flow cytometric sorting을 결합하면 표적 항원에 대한 결합이 강화된 단백질 변이체를 선택하고 농축할 수 있습니다. 특히, 친화성 성숙(affinity maturation)에 더하여, 표적에 대한 결합은 어떠한 초기 결합 친화성(initial binding affinity)도 없이 달성될 수 있다. 여기에서는 효모 표면 디스플레이 선택 캠페인의 모든 필수 부분을 다루고 일반적인 효모 표면 디스플레이 결과의 예를 제공하는 단계별 프로토콜을 제공합니다. 당사는 효모 표면 디스플레이가 유세포 분석에 액세스할 수 있는 모든 분자 생물학 실험실에서 확립할 수 있는 광범위하게 적용 가능하고 강력한 방법임을 보여줍니다.
효모 표면 디스플레이는 단백질 공학 분야의 핵심 기술 중 하나입니다. 이를 통해 향상된 친화력 또는 안정성과 같은 원하는 특성을 가진 단백질 변형체를 선택할 수 있습니다. 19971 년에 처음 도입 된이 기술은 파지 디스플레이 2,3, 리보솜 디스플레이4 및 포유류 세포 디스플레이 5,6,7 외에 가장 일반적으로 사용되는 디스플레이 기술 중 하나입니다. 관심 단백질(POI)은 단백질을 고정하기 위해 융합하여 효모 세포 표면에 표시됩니다. 다양한 앵커 단백질을 사용할 수 있으며, 가장 일반적으로 POI는 효모 응집소 짝짓기 단백질 Aga2p 1,8의 C-말단에 융합됩니다. 또한 POI는 일반적으로 헤마글루티닌 태그(HA-tag) 및 c-myc 태그와 같은 두 개의 태그로 둘러싸여 있으며, 이를 통해 형광 표지된 항체 및 유세포 분석을 사용하여 디스플레이 수준을 검출할 수 있습니다(그림 1A). 일반적인 효모 선별 캠페인에는 magnetic bead selection과 flow cytometric sorting의 조합이 포함됩니다. 비드 선택은 큰 세포 수를 처리하고 표적 항원에 결합하는 단백질 변이체의 농축을 가능하게 하는데, 이는 항원이 로드된 비드와의 다가 상호 작용이 열성 효과를 유발하여 친화성이 낮은 변이체의 손실을 방지하기 때문입니다(그림 1B). 유세포 분석 및 선택은 표시된 POI 변이체와 표지된 항원의 결합을 시각화할 수 있는 이점을 제공합니다. 결과적으로, 결합 집단을 분류하고 배양할 수 있으며, 이는 여러 선별 라운드를 통해 원하는 특성을 가진 단백질 변이체를 농축할 수 있습니다. 또한, 무작위 돌연변이 유발의 추가 라운드를 수행하여 다양성을 더욱 증가시킬 수 있으며, 따라서 단백질의 친화성 및/또는 안정성에 기여하는 추가 돌연변이를 찾을 가능성을 높일 수 있습니다.
효모 표면 디스플레이는 (a) 진핵생물 발현 기계, 산화 단백질 접힘 및 진핵생물 번역 후 변형(예: N-글리코실화), (b) 단백질 옆에 있는 두 개의 펩타이드 태그 검출로 인한 발현 정규화, (c) 유세포 분석을 통한 선택 진행 상황의 육안 검사(예: 결합 세포의 비율 및 결합 강도) 및 (d) 개별 단백질 돌연변이를 분석할 수 있는 가능성과 같은 특정 이점을 제공합니다. 효모(예: 열안정성 및 친화도 분석)는 힘든 단백질 발현 및 정제에 대한 시간 절약형 대안을 제시합니다9. 실제로, 효모 표면에 표시된 단백질의 친화도(KD값)와 안정성(T50 값)은 모두 생물물리학적 방법 및 용해성 단백질을 사용하여 얻은 데이터와 좋은 상관관계를 보여주었습니다 9,10,11,12. 효모 표면 표시는 다양한 단백질, 예를 들어 항체 단편 13,14,15,16, 10번째 유형 III 피브로넥틴 도메인 17,18, rcSso7d19,20 또는 매듭21의 엔지니어링에 사용되었습니다. 유사하게, 아미노산 코돈 사용뿐만 아니라 무작위 위치를 변경하여 효모 라이브러리 설계를 최적화하기 위한 광범위한 연구가 수행되었습니다 17,22,23. 효모 표면 디스플레이는 안정성 14,15,24,25, 친화도18,26,27, 효소 활성 28,29,30,31 및 단백질 발현32의 엔지니어링에 대해 성공적인 것으로 입증되었습니다. 또한, 작은 분자의 존재 또는 부재 시 조건부 결합과 같은 보다 정교한 응용은 효모 표면 디스플레이20을 사용하여 수행되었습니다.
이 프로토콜에서는 소분자 A112020의 존재 하에서 항원 인간 레티놀 결합 단백질 4(hRBP4)에 대해 선택된 G4 라이브러리(10번째 유형 III 피브로넥틴 도메인, Fn3 기반)의 예와 함께 효모 표면 표시를 사용한 선택 캠페인의 모든 필수 단계를 설명합니다. 이 선택은 분자 스위치로 사용될 수 있는 작은 분자에 의존하는 단백질-단백질 상호 작용을 생성하기 위해 수행되었습니다. 참고로, 효모 표면 표시를 통한 대체 접근법이 가능하지만, 일반적인 효모 선택은 일반적으로 이전의 결합 친화성 없이 표적 항원에 결합하는 것을 목표로 합니다. 당사는 효모 라이브러리 배양, 비드 선택, 유세포 분석 분류 및 오류가 발생하기 쉬운 PCR(epPCR)에 의한 친화성 성숙을 포함하는 효모 선별 캠페인의 모든 단계를 다룹니다. 따라서 이 프로토콜은 이전 효모 표면 표시 프로토콜33,34를 보완하며 주어진 효모 라이브러리 및 선택한 표적 항원과 함께 효모 표면 표시 선택(그림 1)의 기초로 사용할 수 있습니다.
그림 1: 효모 표면 표시의 원리 및 효모 표면 표시 선택을 위한 일반적인 작업 흐름. (A) POI는 효모 표면 디스플레이 벡터로 복제되며 일반적으로 N-말단 HA- 및 C-말단 c-myc-tag가 측면에 있습니다. 이 구조체는 효모 짝짓기 단백질 Aga2p에 융합되어 표면에 표시됩니다. 묘사된 단백질은 PDB ID: 6QBA20의 엔지니어링된 바인더 "RS3"입니다. (B) 효모 표면 디스플레이 선택 캠페인의 일반적인 워크플로우를 보여주는 순서도로, 비드 선택 및 유세포 분석 분류를 통해 원하는 특성을 가진 단백질 변이체의 농축과 친화성 성숙을 위한 epPCR을 결합합니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
1. 효모 라이브러리의 해동 및 배양
중간/버퍼 | 구성 요소 | 농도 [g/L] | 코멘트/설명 | |||
SD-CAA | D-포도당 | 20 | 모든 매체 성분을 1000mL ddH2O에 용해시키고 일회용 0.22μm 멸균 필터로 멸균 여과액을 용해합니다. | |||
효모 질소 염기 | 6.7 | |||||
카스미노산 | 5 | |||||
구연산 일수화물 | 7.4 | |||||
Tri-sodium citrate 이수화물 | 10.83 | |||||
SG-CAA | D-갈락토오스 | 20 | 모든 매체 성분을 1000mL ddH2O에 용해시키고 일회용 0.22μm 멸균 필터로 멸균 여과액을 용해합니다. | |||
D-포도당 | 2 | |||||
효모 질소 염기 | 6.7 | |||||
카사미노산 | 5 | |||||
디소듐 수소 인산염 헵타하이드레이트 | 10.2 | |||||
나트륨 이수소 인산염 일 수화물 | 8.56 | |||||
SD-CAA 플레이트 | 소르비톨 | 182 | 소르비톨, 인산이수소나트륨 헵타하이드레이트, 인산이수소나트륨 일수화물 및 한천을 900mL ddH2O 및 오토클레이브에 용해시킵니다. 나머지 성분을 100mLddH2O에 용해 및 멸균 여과하고 오토클레이브 매체가 미지근할 때 첨가합니다. | |||
디소듐 수소 인산염 헵타하이드레이트 | 10.2 | |||||
나트륨 이수소 인산염 일 수화물 | 7.44 | |||||
한천 | 15 | |||||
D-포도당 | 20 | |||||
효모 질소 염기 | 6.7 | |||||
카사미노산 | 5 | |||||
YPD | 펩톤 | 20 | 일회용 0.22μm 멸균 필터로 10x D-포도당 스톡(200g/L)과 멸균 여과액을 준비합니다. 펩톤과 효모 추출물을 900mL ddH2O에 용해시키고 오토클레이브를 사용합니다. 미지근하면 100mL 10x D-포도당을 첨가합니다. | |||
효모 추출물 | 10 | |||||
D-포도당 | 20 | |||||
YPD 플레이트 | 펩톤 | 20 | 일회용 0.22μm 멸균 필터로 10x D-포도당 스톡(200g/L)과 멸균 여과액을 준비합니다. 펩톤, 효모 추출물 및 한천을 900mL ddH2O 및 오토클레이브에 용해시킵니다. 미지근하면 100mL 10x D-포도당을 첨가합니다. | |||
효모 추출물 | 10 | |||||
D-포도당 | 20 | |||||
한천 | 15 | |||||
PBSA (증권 시세 표시기) | 증권 시세 표시기 | 1 | PBS에 BSA를 용해시키고 일회용 0.22μm 멸균 필터로 멸균 여과액을 제거합니다. |
표 1: 매체 및 버퍼 조성.
2. 효모 표면에서 단백질 발현 유도
3. 효모 라이브러리의 첫 번째 bead selection round (positive selection)
참고: 표준 비드 선택 절차에는 6단계가 포함됩니다(표 2).
하루 | 걸음 | |
0 | 하룻밤 문화 | |
1 | 효모 세포 표면의 단백질 발현 유도 | |
2 | 1개의 positive selection이 있는 첫 번째 bead selection | |
3 | beads의 제거, passaging, 효모 세포 표면의 단백질 발현 유도 및 라이브러리의 동결 | |
4 | 3개의 음성 선택과 1개의 양성 선택을 가진 두 번째 비드 선택 | |
5 | 구슬 제거 및 라이브러리 동결 |
표 2: 효모 라이브러리의 bead selection 전도를 위한 일반적인 타임라인.
4. 구슬 제거 및 다음 구슬 선택 라운드 전에 배양
5. 3개의 부정 및 1개의 긍정 선택이 있는 두 번째 비드 선택 라운드
6. 유세포 분류를 통한 라이브러리 선택
7. 무작위 돌연변이를 도입하기 위한 epPCR을 사용한 친화력 성숙
참고: epPCR을 사용한 친화도 성숙은 첫 번째 유세포 분석 분류 라운드 전에 또는 유세포 분석 분류 라운드 사이에 수행할 수 있습니다. A1120이 있는 상태에서 hRBP4가 있는 G4 라이브러리를 선택하기 위해 1차 유세포 분류 전에 친화성 성숙을 수행했습니다. 이는 또한 bead selection 후 library 크기와 유세포 분석으로 검출할 수 있는 결합 신호에 따라 달라집니다. 특히, bead selection 후의 친화도가 유세포 분석 실험에서 신호를 얻기에 충분하지 않은 경우(세척 단계에서 항원이 빠르게 해리되기 때문에) epPCR은 유세포 분석을 통해 나중에 검출 및 선택할 수 있는 개선된 변형체를 생성할 수 있습니다.
부피 [μL] | 최종 집중 | |
5x Q5 인핸서 | 10 | 1배 |
Q5 버퍼 5개 | 10 | 1배 |
프라이머 fwd 10 μM | 2.5 | 0.5 μM의 |
프라이머 회전 10μM | 2.5 | 0.5 μM의 |
dNTP 10mM | 1 | 200 마이크로미터 |
Q5 폴리메라이제 | 0.5 | 20U/mL |
효모 miniprep의 DNA | 10 | |
뉴클레아제가 없는 H2O | 13.5 |
표 3: 분리된 효모 miniprep에서 POI 유전자를 증폭하기 위한 1단계 PCR의 조건.
걸음 | 온도 | 시간 |
초기 변성 | 98 기음 | 30 초 |
25 사이클 | 98 기음 | 10 초 |
72 기음 | 30 초 | |
72 기음 | 30 초 | |
최종 확장 | 72 기음 | 2 분 |
들다 | 4 기음 |
표 4: 분리된 효모 miniprep에서 POI 유전자를 증폭하기 위한 1ststep PCR의 사이클링 조건.
부피 [μL] | 최종 집중 | |
뉴클레아제가 없는 H2O | 최대 50 | |
10x Thermopol 버퍼 | 5 | 1배 |
Primer_fwd(10μM) | 2.5 | 0.5 μM의 |
Primer_rev(10μM) | 2.5 | 0.5 μM의 |
dNTP(10mM) | 1 | 200 마이크로미터 |
8-옥소-dGTP(100μM) | 1 | 2 μM |
dPTP(100μM) | 1 | 2 μM |
1st PCR로부터의 PCR 산물 | XX | 50 ng |
Taq DNA 중합효소 | 0.5 | 0.05U/μL |
표 5: 1단계 PCR로 POI DNA를 증폭한 후 수행되는 epPCR의 조건.
걸음 | 온도 | 시간 |
초기 변성 | 94 기음 | 30 초 |
15 사이클 | 94 기음 | 45 초 |
60 기음 | 30 초 | |
72 기음 | 1분 | |
최종 확장 | 72 기음 | 10분 |
들다 | 4 기음 |
표 6: epPCR의 사이클링 조건.
부피 [μL] | 최종 집중 | |
5x Q5 인핸서 | 20 | 1배 |
Q5 버퍼 5개 | 20 | 1배 |
프라이머 fwd 10 μM | 5 | 0.5 μM의 |
프라이머 회전 10μM | 5 | 0.5 μM의 |
dNTP 10mM | 1 | 200 마이크로미터 |
Q5 폴리메라이제 | 1 | 20U/mL |
DNA 50ng | XX | |
DDH20 | 최대 100 |
표 7: EBY100 세포의 전기천공 전 epPCR 산물의 증폭을 위한 2단계 PCR의 조건.
걸음 | 온도 | 시간 |
초기 변성 | 98 기음 | 30 초 |
25 사이클 | 98 기음 | 10 초 |
72 기음 | 30 초 | |
72 기음 | 30 초 | |
최종 확장 | 72 기음 | 2 분 |
들다 | 4 기음 |
표 8: epPCR 산물의 증폭을 위한 2단계 PCR의 사이클링 조건.
8. electroporation을 위한 효모 디스플레이 벡터의 선형화
디에이지 | 200 μg의 |
CutSmartBuffer 10개 | 50 마이크로L |
살 I-HF (NEB) | 30 μL (60 유) |
H2O | 최대 500 μL |
표 9: 효모 표면 디스플레이 벡터 pCTCON2의 대규모 분해의 첫 번째 단계에 대한 조건.
pCTCON2 (Sal I 소화) | 500 마이크로L |
CutSmartBuffer 10개 | 37.5 μL |
NHE-HF (네브) | 15 μL (30 유) |
밤하이-HF(NEB) | 15 μL (30 유) |
H2O | 최대 875 μL |
표 10: 효모 표면 디스플레이 벡터 pCTCON2의 대규모 분해의 두 번째 단계에 대한 조건.
9. 무작위 DNA 및 선형화된 벡터를 사용한 EBY100의 전기천공법
10. 여러 선택 라운드 후 효모 라이브러리의 염기서열분석
G4 라이브러리는 소분자 약물 A1120에 결합된 항원 hRBP4에 대해 선택되었습니다. 유세포 분석을 위한 라이브러리의 염색은 Method 6에 설명된 대로 수행되었으며 적용된 게이팅 전략은 그림 2A에 나와 있습니다. 첫 번째 게이트에는 세포 형태에 따른 모든 세포가 포함되었고, 두 번째 게이트(FSC-Width의 히스토그램)는 단일 세포를 선택하고 세포 응집체를 제거하기 위해 적용된 엄격한 게이팅 전략을 보여주었습니다. 세 번째이자 마지막 게이트는 단백질 변이체(x축) 대 항원 결합(y축)의 표시를 보여주었습니다. 디스플레이 신호와 결합 신호를 모두 보여주는 효모 세포를 분류했습니다. 중요한 것은 sorting gate가 높은 결합 신호로 결합 도메인을 풍부하게 하여 높은 친화력을 갖도록 엄격한 방식으로 설정되었다는 것입니다. 이 엄격한 선택은 선택 캠페인 전반에 걸쳐 표적 항원에 특이적으로 결합하는 효모 세포를 표시하는 농축을 산출했습니다(그림 2B). 이후의 유세포 분석 분류 라운드에서 항원 농도는 10배 감소했습니다(100nM에서 10nM으로). 따라서 전체 결합 신호가 감소하고 친화도가 높은 바인더만 여전히 검출 및 분류되었습니다(그림 2C).
그림 2: 항원(A1120이 있는 경우 hRBP4)에 결합하기 위한 Fn3 기반 G4 라이브러리의 효모 표면 디스플레이 선택의 대표적인 결과. (A) 효모 라이브러리의 분류를 위한 일반적인 게이팅 전략. 첫 번째 게이트(FSC 대 SSC)는 모든 효모 세포를 선택하고 산란 이벤트를 제외하는 것입니다. 두 번째 게이트(FSC-W의 히스토그램)는 세포 응집체를 제거하고 단일 효모 세포만 선택하는 것을 목표로 합니다. 세 번째 게이트는 표면 표시 수준(HA- 또는 c-myc-태그의 검출) 대 항원에 대한 결합(여기서는 항-His 항체에 의해 검출된 5μM A1120의 존재 하에서 hRBP4)을 플롯합니다. 라이브러리는 항원 결합이 예상되지 않는 2차 항체(항원 없음)로만 추가로 염색되었습니다. 정렬된 셀은 파란색으로 강조 표시됩니다. (B) 3 라운드의 유세포 분석 분류를 통한 G4 라이브러리의 진화. 결합 개체군의 농축은 각 선택 라운드에서 관찰할 수 있습니다. (C) 더 낮은 항원 농도를 사용하면 표적 항원에 대한 친화도가 더 높은 단백질 변이체를 선택할 수 있습니다. 항원 농도(여기서는 hRBP4)가 10배 감소하면 서로 다른 대각선이 나타나며, 이는 친화도가 높거나(정렬된 세포, 파란색) 친화도가 낮은(분류된 세포, 파란색) 클론의 존재를 나타냅니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.
효모 표면 디스플레이는 단백질 엔지니어링에 사용되는 핵심 방법 중 하나로 발전해 왔습니다. 친화력 1,18,40,41, 발현/안정성 24,27,42,43 및 활성28,44의 엔지니어링에 일반적으로 사용되지만, 항원결정기 매핑 45,46 또는 효모 세포 표면의 개별 돌연변이 특성화와 같은 추가 용도9 도 가능합니다. 이 프로토콜에서는 마그네틱 비드를 사용한 선택 및 유세포 분석적 분류를 통한 선택뿐만 아니라 친화성 성숙을 위한 epPCR에 의한 효모 라이브러리의 다양화를 포함하여 효모 표면 디스플레이 선택 캠페인을 시작하기 위한 기본 단계를 제공합니다.
기존 효모 표면 디스플레이 선택에 대한 한 가지 필수 요구 사항은 충분한 품질의 용해성 단백질을 사용할 수 있어야 한다는 것입니다. 순도가 높고 올리고머화 상태가 정의된 잘 접힌 표적 단백질(즉, 단량체 단백질은 단량체로만 존재해야 함)으로 시작하면 친화도가 높은 표적 항원에 결합하는 단백질 변이체를 선택할 수 있는 가장 높은 성공률을 제공합니다. 발현이 어려운 표적 단백질에 대한 대안은 세포 기반 선택이며, 이는 이러한 제한을 우회할 수 있는 합리적인 전략을 제시합니다47. 그러나 효모 표면 디스플레이는 힘들고 시간이 많이 소요되는 클로닝, 용해성 형식으로 발현 및 단백질 정제를 수행할 필요 없이 효모 표면에서 생성된 단백질 변형체를 직접 특성화할 수 있는 가능성과 같은 많은 이점을 제공합니다. 변이체의 친화력과 안정성은 모두 효모 표면9에서 직접 분석할 수 있습니다.
이 프로토콜에서는 단백질 변이체의 G4 라이브러리, 보다 구체적으로 인간 피브로넥틴의 10번째 유형 III 도메인의 G4 라이브러리가 소분자 A1120의 존재 하에서 항원 hRBP4에 결합하기 위해 어떻게 선택되었는지 보여줍니다. bead selection과 유세포 분석적 분류의 조합은 변형체의 농축을 산출했으며, 이는 selection round 전반에 걸쳐 표적 항원에 대한 결합이 증가한 것을 보여주었습니다(그림 2B). 더 낮은 농도의 항원을 사용하면 친화성이 높은 단백질 변이체를 선택할 수 있음을 보여주었습니다(그림 2C). 전형적으로, 효모 표시 선택으로 달성할 수 있는 친화도는 나노몰 또는 심지어 피코몰 범위(18)에 있다. 최종 친화도는 표적 항원, 선택 라운드 수 및 친화성 성숙, 사용된 결합 골격 및 적용된 게이팅 전략에 따라 달라집니다. 개별 단백질 변이체의 특성화는 이 프로토콜에서 다루지 않지만 이전 연구에서 자세히 설명했습니다9. 효모 디스플레이는 원래 scFvs 1,40과 같은 항체 단편의 엔지니어링에 사용되었지만, 이 방법은 비항체 기반 단백질에도 널리 사용되었습니다10.
요약하자면, 효모 표면 디스플레이는 거의 모든 표적 단백질에 대한 결합 및/또는 안정성 향상과 같은 새롭거나 향상된 특성을 가진 단백질 변형체를 생성할 수 있는 강력한 단백질 엔지니어링 도구입니다.
M.W.T.는 Miltenyi Biotec으로부터 자금을 지원받습니다. 모든 저자는 효모 표면 디스플레이를 사용하여 개발된 기술 및 엔지니어링 단백질에 대한 특허 출원의 발명자입니다.
이 연구는 오스트리아 과학기금 (FWF Project W1224 - Doctoral Program on Biomolecular Technology of Proteins - BioToP and FWF Project ESP 465-B), 오스트리아 연방 디지털 경제부, 오스트리아 국립 연구, 기술 및 개발 재단, 크리스티안 도플러 연구 협회 (Christian Doppler Laboratory for Next Generation CAR T Cells)의 지원을 받았습니다. St. Anna Children's Cancer Research Institute(오스트리아 비엔나)에 대한 개인 기부금으로. E.S.는 St. Anna Children's Cancer Research Institute에서 Austrian Academy of Sciences의 DOC Fellowship을 수상했습니다. 피규어는 BioRender.com 으로 만들어졌습니다.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
10-beta electrocompetent E. coli | NEB | C3020K | |
Agar-Agar, Kobe I | Carl Roth | 5210.5 | |
Ampicillin sodium salt | Carl Roth | K029.2 | |
Anti-c-myc antibody, clone 9E10, AF488 | Invitrogen | MA1-980-A488 (Thermo Fisher) | |
Anti-c-myc antibody, clone 9E10, AF647 | Invitrogen | MA1-980-A647 (Thermo Fisher) | |
Anti-HA antibody, clone 16B12, AF488 | BioLegend | 901509 (Biozym) | |
Anti-HA antibody, clone 16B12, AF647 | BioLegend | 682404 (Biozym) | |
BamHI-HF | NEB | R3136S | |
Bovine serum albumin, cold ethanol fraction | Sigma-Aldrich | A4503 | |
Citric acid monohydrate | Sigma-Aldrich | C1909 | |
D-Galactose | Carl Roth | 4987.2 | |
D-Glucose | Sigma-Aldrich | G8270 | |
Difco yeast nitrogen base | Becton Dickinson (BD) | 291940 | |
Di-Sodium hydrogen phosphate heptahydrate | Carl Roth | X987.3 | |
DL-Dithiothreitol | Sigma-Aldrich | D0632 | |
D-Sorbitol | Carl Roth | 6213.1 | |
Dulbecco’s phosphate buffered saline (10x) | Thermo Scientific | 14190169 | |
Dynabeads Biotin Binder | Invitrogen | 11047 (Fisher Scientific) | |
DynaMag-2 Magnet | Thermo Fisher | 12321D | |
EBY100 | ATCC | MYA-4941 | |
Electroporation cuvette 1 mm (for E.coli) | VWR | 732-1135 | |
Electroporation cuvette 2 mm (for yeast) | VWR | 732-1136 | |
Ethanol absolute | MERCK | 1070172511 | |
GeneMorph II Random Mutagenesis Kit | Agilent Technologies | 200550 | |
Gibco Bacto Casamino Acids | Becton Dickinson (BD) | 223120 | |
Glycerol | AppliChem | 131339.1211 | |
LE agarose | Biozym | 840004 | |
Lithium acetate dihydrate | Sigma-Aldrich | L4158 | |
Monarch DNA Gel Extraction Kit | NEB | T1020S | |
Monarch PCR & DNA Cleanup Kit | NEB | T1030S | |
Multifuge 1S-R | Heraeus | ||
NheI-HF | NEB | R3131S | |
Outgrowth medium | NEB | B9035S | |
pCTCON2 | Addgene | #41843 | |
Penicillin G sodium salt | Sigma-Aldrich | P3032 | |
Penta-His antibody, AF488 | Qiagen | 35310 | |
Penta-His antibody, AF647 | Qiagen | 35370 | |
Peptone ex casein tryptically digested | Carl Roth | 8986.3 | |
Q5 High-Fidelity DNA Polymerase | NEB | M0491S | |
SaII-HF | NEB | R3138S | |
Sodium acetate | Sigma-Aldrich | S8750-1KG | |
Sodium chloride | Carl Roth | 3957.2 | |
Sodium dihydrogen phosphate monohydrate | Carl Roth | K300.2 | |
Steritop threaded bottle top filter | MERCK | S2GPT01RE | |
Streptavidin, AF488 | Invitrogen | S32354 (Thermo Fisher) | |
Streptavidin, AF647 | Invitrogen | S32357 (Thermo Fisher) | |
Streptomycin sulfate | Sigma-Aldrich | S6501 | |
Tri-Sodium citrate dihydrate | Carl Roth | 4088.1 | |
UV-Vis spectrophotometer | Agilent | 8453 | |
Yeast extract, micro-granulated | Carl Roth | 2904.4 | |
Zymoprep Yeast Plasmid Miniprep II | Zymo Research | D2004 |
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