시작하려면 웹 브라우저를 사용하여 charmm-gui를 방문하십시오. org 웹 사이트. 첫 번째 파일 세트를 만들기 전에 무료 계정을 만들고 활성화하십시오.
상단 메뉴로 이동하여 입력 생성기로 이동하고 화면 왼쪽의 사용 가능한 옵션에서 멤브레인 빌더를 선택합니다. 이중층 빌더를 선택하여 지질 이중층을 구축한 다음 멤브레인 전용 시스템을 선택하고 나중에 액세스할 수 있도록 생성된 작업 ID를 저장합니다. 건물 프로세스의 모든 단계에서 페이지 상단에 있는 구조 보기를 클릭하여 시스템을 시각화합니다.
누락된 구성 요소 또는 패치 크기 오류를 지속적으로 검사합니다. 단일 성분 이중층을 구축할지 여부에 관계없이 이종 지질 옵션을 선택한 다음 직사각형 상자 유형을 선택합니다. 수분 공급을 위해 지질당 45개의 물 분자를 선택하며, 이는 완전히 수화된 이중층에 충분합니다.
이제 지질 성분의 수를 기준으로 XY의 길이를 설정합니다. 사전 계획된 모델을 기반으로 각 지질 종에 필요한 지질 수를 결정합니다. 소포체와 진핵세포를 나타내기 위해 PI 모델에는 336개의 DOPC, 132개의 DPPE, 60개의 콜레스테롤 및 72개의 POPI 지질의 조합이 사용되었으며, PIPS 모델에는 330개의 DOPC, 126개의 DPPE, 54개의 콜레스테롤, 66개의 POPI 및 24개의 DOPS 지질이 사용되었습니다.
지질 이름 옆에 있는 두 개의 상자에 상부 및 하부 전단에 대해 원하는 수의 분자를 입력하여 대칭적인 막 조성을 만듭니다. 그런 다음 지질 종 목록의 맨 위로 이동하고 시스템 정보 표시 버튼을 클릭하여 작업을 시작합니다. CHARMM-GUI를 사용하여 대칭 이중층의 각 전단지에 있는 총 지질 수를 검증합니다.
다음 화면을 계속 클릭하여 시뮬레이션을 위한 온도 및 압력에 대해 원하는 값을 설정하고 선택한 분자 역학 엔진에 따라 시뮬레이션 파일에 대한 구문을 설정합니다. 예를 들어, GROMACS. 결과 파일을 다운로드하여 컴퓨터 클러스터로 전송하십시오.
예를 들어 시각 분자 역학 또는 PyMOL과 같은 선택한 소프트웨어를 사용하여 최종 시스템을 시각화합니다.
