분자 역학 시뮬레이션을 위한 시스템 좌표를 작성한 후 작성된 좌표계를 최소화하고 완화하는 제출 스크립트를 작성합니다. CHARMM-GUI에서 제출 스크립트로 출력에 제공된 README 파일의 해시태그 생성 주석까지 나열된 명령을 사용합니다. 완화 스크립트를 제출하고 프로덕션 실행을 진행하기 전에 해당 단계의 모든 출력 파일이 생성되었는지 확인합니다.
완료되면 6단계 완화 실행 중에 GROMACS에서 생성된 다른 확장자를 가진 출력 파일이 있는지 확인합니다. 벤치마킹을 수행하려면 1-2나노초 길이의 짧은 궤적을 생성하고 다양한 수의 컴퓨팅 노드를 사용하여 계산 비용을 추정합니다. 서로 다른 수의 컴퓨팅 노드에 대한 성능을 하루에 나노초 단위로 비교하여 실행에 가장 적합한 리소스를 결정합니다.
최대 성능의 75%에서 80% 사이의 성능 수준이 되는 노드 수를 선택합니다. 파일 형식을 xtc 파일로 변경하거나 프레임 크기를 줄여 GROMACS에서 trr 파일로 표시된 원시 궤적 파일을 압축하여 시각화 및 분석을 위해 로컬 스테이션으로 효율적으로 전송할 수 있습니다. 분석을 실행하기 전에 전체 궤적을 시각화하여 관심 분자 또는 원자를 식별하고 특성 분석을 위한 궤적 부분을 결정합니다.
그런 다음 멤브레인 전용 시뮬레이션을 위한 지질 시계열당 면적을 결정하고 궤적의 일부를 식별합니다. 막 구조를 분석한 결과, 소포체에 대한 두 모델 간에 두께에 상당한 차이가 있는 것으로 나타났으며, 이는 지질당 면적과 막 두께 사이의 반비례 관계를 나타냅니다. 각 지질 종의 중수소 순서 매개변수는 PI 모델에서 SN1 꼬리에 대해 약간의 증가를 보여주는 DPPE를 제외하고 모델 간의 지질 꼬리 순서 간에 차이가 거의 또는 전혀 없음을 보여주었습니다.
지질 조성 및 막 모델은 다른 분자와의 상호 작용을 조절합니다. 예를 들어, PC와 PS 지질의 서로 다른 비율을 사용한 시뮬레이션은 정전기 상호 작용이 음이온 지질에 대한 비국소화된 친유성 양이온인 D112의 초기 결합을 유도하고 소수성 상호 작용이 분자를 막 코어로 끌어당긴다는 것을 보여주었습니다.
