Preparation of FFPE DNA and RNA Samples for Sequencing Using an Automated Purification Instrument (API)

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September 8th, 2023

DOI :

10.3791/200724-v

September 8th, 2023

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Christophe Bontoux¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Virginie Lespinet-Fabre¹^,²^,³^,⁴, Olivier Bordone¹^,²^,³^,⁴, Virginie Tanga¹^,²^,³^,⁴, Maryline Allegra¹^,²^,³^,⁴, Myriam Salah¹^,²^,³^,⁴, Salomé Lalvée¹^,²^,³^,⁴, Samantha Goffinet¹^,²^,³^,⁴, Jonathan Benzaquen³^,⁴^,⁵^,⁶, Charles-Hugo Marquette³^,⁴^,⁵^,⁶, Marius Ilié¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Véronique Hofman¹^,²^,³^,⁴^,⁵, Paul Hofman¹^,²^,³^,⁴^,⁵

¹Laboratory of Clinical and Experimental Pathology, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Université Côte d’Azur, CHU de Nice, ²Hospital-Integrated Biobank (BB-0033-00025), Université Côte d'Azur, Hôpital Pasteur, CHU de Nice, ³Institut Hospitalo-Universitaire (IHU), RespirERA, Université Côte d'Azur, Hôpital Pasteur, CHU de Nice, ⁴FHU OncoAge, Université Côte d'Azur, ⁵Team 4, Institute of Research on Cancer and Aging (IRCAN), CNRS INSERM, Centre Antoine-Lacassagne, Université Côte d'Azur, ⁶Department of Pulmonary Medicine and Thoracic Oncology, Centre Hospitalier Universitaire de Nice, Université Côte d'Azur

필기록

시작하려면 포르말린 고정 파라핀 포매 또는 FFPE DNA 및 RNA 샘플을 절단합니다. 자동 정제 또는 API 기기를 켜고 사용자 이름과 비밀번호로 로그인합니다. 그런 다음 통합 게놈 뷰어 소프트웨어의 샘플에서 샘플 생성"샘플 이름을 입력하고 응용 프로그램 범주를 선택합니다.

샘플 세부 정보를 입력한 후 저장"그런 다음 실행 선택"Sample to Result를 클릭하고 다음을 클릭하기 전에 실행 이름을 입력합니다."분석 후 관심 샘플을 선택하고 다음"을 클릭합니다.각 샘플을 선택한 후 할당"을 클릭한 다음 용리 파라미터를 확인하고 실행을 저장합니다. FFPE 조직 샘플과 샘플 처리 튜브를 배치합니다. 2, 000 G에 1 분 동안 관을 분리하십시오.

핵산 정제 키트에서 준비한 Protease Digest 마스터 믹스를 튜브에 추가합니다. 샘플을 섭씨 60도에서 1시간 동안 배양한 다음 섭씨 90도에서 1시간 동안 배양합니다. 샘플을 식힌 후 샘플 처리 튜브의 내부 튜브를 들어 올리고 왼쪽으로 돌려 잠급니다.

2, 10 분 동안 000 G에 내부 관을 분리하십시오. 그런 다음 우회전하여 다른 튜브에서 분리하여 튜브의 잠금을 해제합니다. 내부 튜브를 버리고 API에 적재될 때까지 외부 튜브를 얼음 위에 놓습니다.

DNA 분해 마스터 믹스를 준비하고 미리 채워진 FFPE DNA 및 RNA 정제 플레이트 2에 로드합니다. 준비된 샘플을 FFPE DNA 및 RNA 정제 플레이트 1에 로드합니다. API 화면에서 실행"을 클릭한 다음 실행 계획을 선택하고 다음"화면의 지시에 따라 정제 실행에 필요한 소모품과 시약을 로드합니다.

모든 시약이 로드되면 다음을 클릭합니다."API 도어를 닫고 시작"을 클릭하고 실행이 끝나면 언로드를 클릭하고 정제된 DNA와 RNA가 포함된 48웰 핵산 아카이브 플레이트를 즉시 제거합니다. 샘플 정제가 끝나면 플레이트를 밀봉하고 섭씨 영하 80도에서 보관합니다.

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