시작하려면 웹 브라우저를 열고 링크로 이동하여 MetaboAnalyst 웹 사이트의 공동 경로 분석 기능에 액세스하십시오. DeepOmicsAE 구현의 출력 파일이 저장된 폴더에 액세스하고 생성된 각 신호 모듈에 대해 module_n. txt라는 텍스트 파일을 엽니다.
텍스트 파일에서 단백질 목록을 찾아 복사합니다. MetaboAnalyst 웹페이지에서 복사된 단백질 목록을 선택적 접힘 변경 창이 있는 유전자의 단백질에 붙여넣습니다. 대사 산물에 대해 반복하여 동일한 웹 페이지의 선택적 접기 변경 창을 사용하여 화합물 목록에 붙여넣습니다.
관련 유기체 및 ID 유형을 선택합니다. 그런 다음 페이지 하단의 제출을 클릭하여 정보를 제출합니다. 다음 페이지에서 ID 매핑을 확인하여 식별자가 올바르게 인식되는지 확인한 다음 계속을 클릭합니다.
파라미터 설정 페이지에서 Metabolic pathways integrated(대사 경로 통합) 또는 All pathways integrated(모든 경로 통합)를 선택하여 대사 또는 모든 신호 경로에 대한 입력의 기여도를 시각화합니다. [알고리즘 선택] 패널에서 [Enrichment analysis], [Hypergeometric Test]를 선택합니다. 토폴로지 측정, Degree Centrality; 및 적분 방법, p 값 경로 수준 결합. 페이지 하단의 Submit(제출)을 클릭합니다.
마지막 페이지인 결과 보기에는 보강 분석의 결과가 표시됩니다. 여기에는 영향과 중요성에 따라 강화된 경로의 플롯과 표 형식의 경로 목록이 포함됩니다. 건강한 환자 또는 알츠하이머 환자의 뇌 샘플에서 얻은 데이터 세트에서 DeepOmicsAE에서 얻은 신호 전달 모듈에 대한 MetaboAnalyst의 해석은 각 신호 전달 모듈에 대해 고유한 대사 및 신호 전달 경로가 풍부하다는 것을 보여주었습니다.
또한, 임상적 특징과 신호 전달 모듈 사이에서 발생하는 상호 작용의 특성화는 알츠하이머 환자의 변화된 글리세로지피드 대사가 사망 시 성별 및 연령과 관련이 있음을 보여주었습니다. 반대로, 시냅스와 축삭돌기 기능의 변화는 성별, 교육 수준, 수명에 관계없이 알츠하이머병 환자에서 발생하는 경향이 있습니다.
