1 시작하려면 2 중국 전통 의학 시스템 3 약리학 데이터베이스를 엽니다. 4 화학명 검색 상자를 사용하여 5 선택한 성분 이름6을 검색하여 해당 3D 구조 파일7을 Mol2 형식으로 다운로드합니다. 8 주요 표적의 결정 구조를 다운로드하려면 9 RCSB 단백질 데이터베이스를 엽니다.
10 검색 상자에서, 11은 대상 이름 12를 검색하고 해당 13개의 결정 구조 파일을 PDB 형식으로 다운로드합니다. 14 분석 소프트웨어에서 성분 및 표적 구조 파일 15을 가져옵니다. 16 Edit(편집)를 클릭한 다음 Delete Water(물 삭제)를 클릭하여 물 분자를 삭제합니다.
17 수소를 추가하려면 Edit(편집), Hydrogens(수소) 및 Add(추가)를 클릭합니다. 18 성분을 리간드로 설정합니다. 19 전체 타겟을 receptor 20으로 선택하고 blind docking을 수행합니다.
21 분자 도킹의 범위를 결정하기 위해, 22 수용체와 리간드를 순서대로 선택한다. 23 그리드(Grid)를 클릭한 다음 그리드 박스(Grid Box)를 클릭하여 전체 모델을 포함하도록 그리드 박스 24를 조정합니다. 25 File and Close(파일 및 닫기)를 클릭하여 현재 그리드 상자 상태 26을 저장하고 파일을 GPF 형식으로 저장합니다.
27 이제 실행 및 자동 그리드 4 실행을 클릭하고 28 매개 변수 파일 이름을 클릭하고 찾아보기, 29 GFP 파일을 선택합니다. 30 그런 다음 시작 버튼을 클릭합니다. 31 분자 도킹의 경우, 32 자동 문서 4를 열고 도킹, 고분자, 33을 클릭하고 단단한 파일 이름을 설정하여 수용체를 선택합니다.
34 그런 다음 Docking, Ligand를 클릭하고 35를 열거나 리간드를 선택하십시오. 36 이제 도킹 37을 클릭하고 매개변수 검색을 클릭하여 작동 알고리즘을 설정합니다. 38 그런 다음 도킹 및 도킹 매개변수 39를 클릭하여 도킹 매개변수를 설정합니다.
40 DPF 파일을 선택하고 실행 버튼을 클릭합니다. 41 DPF 형식으로 파일을 저장합니다. 42 Analyze, Docking, 43을 클릭하고 열어 DLG 파일을 선택합니다.
44 그런 다음 Analyze 및 Macromolecule 45를 클릭하여 수용체를 엽니다. 46 이제 Analyze, Confirmations, and Play, 47 ranked by energy를 클릭하여 결과를 분석합니다. 48 마지막으로 Set Play, 49를 클릭하고 complex를 작성하여 결과를 PDBQT 형식으로 저장합니다.
50 도킹 파일을 PyMOLE로 가져오고, 51 그런 다음 리간드를 선택하고 Action, Find, 52 Polar Contracts 및 다른 원자 및 개체(53)를 클릭하여 리간드(54)와 외부 환경 사이의 수소 결합을 표시합니다. 55 단일 문자 C를 클릭하여 색상을 변경합니다. 56 Action and Extract Object(작업 및 개체 추출)를 클릭합니다.
57 Show를 클릭한 다음 Sticks를 클릭하고, 58을 클릭하여 수용체의 스틱 구조를 보여주고, 59는 리간드(60)에 연결된 잔차를 식별하고 스틱 구조를 보여줍니다. 61 그런 다음 Wizard 및 Measurement 62를 클릭하고 두 개의 원자를 순서대로 클릭합니다. 63 Label(레이블)을 클릭한 다음 Residue(잔류물)를 클릭하여 잔류물의 레이블을 표시합니다.
64 필요한 경우 배경색과 투명도를 조정합니다. 65 마지막으로 파일을 클릭한 다음 이미지를 66으로 내보내기를 클릭하여 사진을 저장합니다. 67 아토피 피부염 그룹에서, 68 GEO 데이터베이스 분석은 P-P-A-R-G, E-G-F-R, T-N-F 70 및 P-T-P-R-C MMP Nine, MAPK 14, 71 및 CASP Three의 상향 조절 69가 하향 조절되었음을 밝혔다.
72 도킹 분석은 활성 SDG 구성 요소(74)와 잠재적 표적 단백질(75) 사이의 상호 작용(73)을 확인했으며, 이는 항문 습진 치료에서 이들이 중요한 역할을 함을 나타냅니다. 76 인디고(Indigo)와 베르베루빈(Berberrubine)은 강력한 결합 활성을 보였으며 77 에너지는 MOL당 마이너스 5kg 미만이었으며, 78 이는 이들의 치료 잠재력을 강조했다.
