단백질-단백질 복합체의 구조를 다운로드하는 것으로 시작합니다. 이를 위해 단백질 데이터 뱅크 홈페이지로 이동하여 기본 검색 상자에 PDB ID를 입력합니다. 구조의 기본 페이지에서 파일 다운로드를 클릭한 다음 biological assembly 1을 클릭하여 PDB-gz 형식의 파일을 다운로드합니다.
다운로드한 구조를 UCSF Chimera에서 엽니다. tools(도구)로 이동한 다음 structure/editing(구조화/편집)으로 이동하고 change chain IDs(체인 ID 변경)를 클릭합니다. 처음에 A에서 B로 표시된 두 번째 체인의 이름을 바꾼 다음 즐겨찾기를 클릭한 다음 모델 패널을 클릭합니다.
두 개의 체인이 있는 모델을 선택하고 그룹/그룹 해제 버튼을 클릭하여 각 체인을 다른 모델로 분리합니다. 그런 다음 두 모델을 선택하고 복사/결합 버튼을 클릭합니다. 결합된 모델의 새 이름을 입력하고, 원본 모델 닫기를 선택한 다음 확인을 클릭합니다.
선택을 클릭한 다음 체인을 클릭하고 이량체의 체인이 이제 A 및 B로 식별되는지 확인합니다. 파일을 클릭하고 PDB를 저장하여 편집된 구조를 새 PDB 파일로 저장합니다. 리간드 단백질의 표적 세그먼트를 식별하기 위해 BUDE 알라닌 스캔 서버로 이동합니다. 구조에서 파일 선택 버튼을 클릭하고 저장된 PDB 파일을 업로드하고 업로드합니다.
다음 페이지에서 구조가 올바르게 로드되었는지 확인하고 서버의 작업 이름을 입력합니다. 사슬 A를 수용체로, B를 리간드로 설정하고 스캔 시작 버튼을 클릭하여 작업을 제출합니다. 작업이 완료되면 결과 표시를 클릭하여 결과 페이지를 엽니다.
residdue 목록에서, 타겟 binding surface와 더 잘 상호 작용할 것으로 예측된 residues의 stretch를 선택합니다. 이 프로토콜을 사용하여 IRF5 결합 표면과 상호 작용하는 아미노산 세그먼트를 예측했습니다. 전산 알라닌 스캐닝 돌연변이 유발을 사용하여 PLXIS 모티프가 아르기닌 432에서 시작하여 위치 424에서 436까지 13개의 아미노산 세그먼트를 예측했습니다.
