먼저, 염기서열 다양화를 위해 단백질 펩타이드 계면을 준비합니다. chimera에서 PDB 파일을 열고 대상 소단위체의 구조가 누락된 원자나 결합 없이 손상되지 않았는지 확인합니다. 구조에서 필수적이지 않은 모든 분자를 제거하려면 Select(선택), Residue(잔류물)를 차례로 클릭한 다음 표준 아미노산 이외의 모든 분자를 선택합니다.
그런 다음 Actions를 클릭한 다음 Atoms/Bonds를 클릭하고 삭제합니다. 그런 다음 Favorites 및 Sequence를 클릭한 다음 리간드로 간주되는 체인을 클릭합니다. 선택한 위치 사이의 잔기를 제외한 모든 잔기를 삭제하여 식별된 상호 작용 세그먼트로 리간드 사슬을 자릅니다.
파일 및 PDB 저장을 클릭하여 편집된 구조를 다른 PDB 파일에 저장합니다. 이 파일을 Rosetta 응용 프로그램에서 액세스할 수 있는 Linux 위치에 복사합니다. Rosetta의 fixed PDB 애플리케이션을 사용하여 이 명령을 실행하여 염기서열 다양화 전에 기본 구조의 모든 아미노산 곁사슬의 repack을 수행합니다.
그런 다음, 다음 명령을 사용하여 밑줄 repack 접미사를 사용하여 다시 압축된 PDB 파일의 이름을 바꿉니다. 다음으로, 디자인 모드에서 pepspec을 실행하여 이 명령을 사용하여 시퀀스 다양화를 수행합니다. 그런 다음 gen_pepspec_pwm를 사용하여 pwm을 생성합니다.
Rosetta Suite에 포함된 py 스크립트. 이 스크립트를 실행하려면 다음 명령을 사용합니다. 염기서열 로고를 만들려면 이전 단계에서 생성된 펩타이드 염기서열이 있는 파일을 선호하는 텍스트 편집기로 열고 모든 염기서열을 복사합니다.
웹 로고 서버로 이동하여 multiple sequence alignment(다중 시퀀스 정렬) 텍스트 상자에 시퀀스를 붙여넣습니다. 입력 길이에 따라 원하는 로고 형식과 크기를 선택하고 로고 생성을 클릭합니다. 이 프로토콜을 사용하여 IRF5 결합 표면에서 보존된 pLxIS 모티프에 대한 아미노산 선호도를 예측했습니다.
염기서열 다양화에 따라 생성된 위치, 중량 매트릭스 및 염기서열 로고는 위치 432에서 글루타메이트에 대한 선호도를, 위치 433 및 435에서 류신 및 이소류신에 대한 선호도를 보여주었습니다. 일반적으로 세린이 차지하는 위치 427, 429 및 436은 아스파르테이트와 글루타메이트에 대한 선호도가 더 높았으며, 이는 인산화 및 IRF5 이합체화의 역할을 강조합니다. 위치 425는 세린에 대한 높은 선호도를 보여주었으며, 이는 세린이 인산화되지 않은 형태로 단백질-단백질 상호 작용에 관여한다는 것을 시사합니다.
