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PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

RNA transcripts are subjected to post-transcriptional gene regulation by interacting with hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ...

Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)

&#x514D;&#x75AB;&#x6291;&#x5236;&#x5668;&#x5B98;&#x79FB;&#x690D;&#x7684;&#x9886;&#x53D6;&#x5904;&#x4E8E;&#x76F8;&#x6BD4;&#x4E00;&#x822C;&#x4EBA;&#x53E3;&#x7684; nonmelanoma &#x76AE;&#x80A4;&#x764C;&#x75C7;&#x7684;&#x98CE;&#x9669;&#x5927;&#x5927;&#x589E;&#x52A0;&#xFF0C;&#x4F46;&#x5176; appendageal &#x80BF;&#x7624;&#x7684;&#x98CE;&#x9669;&#x662F;&#x672A;&#x77E5;&#x3002;

&#x9AD8;&#x9891;&#x7387;&#x548C;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#x7684;&#x76AE;&#x80A4; appendageal &#x80BF;&#x7624;&#x7684;&#x5668;&#x5B98;&#x79FB;&#x690D;&#x53D7;&#x8005;&#x3002;

Recipients of organ transplant who are immunosuppressed are at greatly increased risk of nonmelanoma skin cancers compared with the general population, but their risk of appendageal tumors is unknown.

High frequency and diversity of cutaneous appendageal tumors in organ transplant recipients.

Receveurs de transplantation d&#39;organe qui sont immunod&eacute;prim&eacute;es courent un risque consid&eacute;rablement accru de cancers de la peau sans m&eacute;lanome par rapport &agrave; la population g&eacute;n&eacute;rale, mais leur risque de tumeurs appendageal est inconnue.

Haute fr&eacute;quence et la diversit&eacute; des tumeurs cutan&eacute;es appendageal organ transplant recipients.

Hohe H&#xE4;ufigkeit und Vielfalt von kutanen Tumoren in appendageal Organtransplantation.

I destinatari del trapianto di organi che sono immunodepressi sono notevolmente aumentato rischio di tumori della pelle di nonmelanoma rispetto alla popolazione generale, ma il rischio di tumori appendageal &egrave; sconosciuto.

Ad alta frequenza e diversit&agrave; dei tumori cutanei appendageal in organo trapianto dei destinatari.

&#x81D3;&#x5668;&#x79FB;&#x690D;&#x306E;&#x53D7;&#x53D6;&#x4EBA;&#x514D;&#x75AB;&#x6291;&#x5236;&#x4E00;&#x822C;&#x96C6;&#x56E3;&#x3068;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3057;&#x3066;&#x975E;&#x9ED2;&#x8272;&#x816B;&#x76AE;&#x819A;&#x304C;&#x3093;&#x306E;&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x304C;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x5897;&#x52A0;&#x304C;&#x3001;appendageal &#x306E;&#x816B;&#x760D;&#x306E;&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x304C;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x9AD8;&#x5468;&#x6CE2;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x81D3;&#x5668;&#x306E;&#x76AE;&#x819A; appendageal &#x816B;&#x760D;&#x306E;&#x79FB;&#x690D;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xC7A5;&#xAE30; &#xC774;&#xC2DD;&#xC758; &#xBC1B;&#xB294; &#xC0AC;&#xB78C; immunosuppressed &#xC77C;&#xBC18; &#xC778;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; nonmelanoma &#xD53C;&#xBD80; &#xC554;&#xC758; &#xC704;&#xD5D8;&#xC774; &#xD06C;&#xAC8C; &#xC99D;&#xAC00; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; appendageal &#xC885;&#xC591;&#xC758; &#xC704;&#xD5D8;&#xC744; &#xC54C; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4;.

&#xACE0;&#xC8FC;&#xD30C;&#xC640; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xAE30;&#xAD00;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD53C;&#xBD80; appendageal &#xC885;&#xC591; &#xC774;&#xC2DD; &#xBC1B;&#xB294; &#xC0AC;&#xB78C;.

Receptores de trasplante de &oacute;rganos inmunodeprimidos corren mayor riesgo de c&aacute;nceres de piel no melanoma en comparaci&oacute;n con la poblaci&oacute;n general, pero se desconoce su riesgo de tumores appendageal.

Los receptores de trasplante de alta frecuencia y diversidad de tumores cut&aacute;neos appendageal en &oacute;rgano.

RNA &#x8A8A;&#x672C;&#x662F;&#x8F6C;&#x5F55;&#x540E;&#x57FA;&#x56E0;&#x76D1;&#x7BA1;&#x6D89;&#x53CA;&#x6570;&#x4EE5;&#x767E;&#x8BA1;&#x7684; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; (&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;) &#x548C;&#x542B;&#x6709; microRNA &#x7684;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x590D;&#x5408;&#x7269; (miRNPs) &#x8868;&#x793A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684;&#x4F9D;&#x8D56;&#x65B9;&#x5F0F;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x7684;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x4EA4;&#x8054;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x786E;&#x5B9A;&#x5728;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x548C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x5168;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;&#x548C; miRNPs &#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x70B9;&#x3002;&#x4EA4;&#x8054;&#x7AD9;&#x70B9;&#x4E2D;&#x7F16;&#x5199;&#x4ECE; immunopurified RNPs 4 thiouridine &#x6CBB;&#x7597;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6269;&#x589E;&#x80DE;&#x82F7;&#x8FC7;&#x6E21;&#x5230;&#x80F8;&#x82F7;&#x6240;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x51E0;&#x4E2A;&#x7684;&#x5BC6;&#x96C6;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;&#x548C; miRNPs&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC; PUM2&#x3001; QKI&#x3001; IGF2BP1 3&#x3001; &#x6208;/EIF2C1-4 &#x548C; TNRC6A C.&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x548C;&#x89C4;&#x7BA1;&#x7684;&#x540E;&#x679C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x663E;&#x793A;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x56E0;&#x7D20;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x6210;&#x5343;&#x4E0A;&#x4E07;&#x7684;&#x7AD9;&#x70B9;&#x5305;&#x542B;&#x5B9A;&#x4E49;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x56FE;&#x6848;&#x4E3A; exonic &#x4E0E;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x6216;&#x7F16;&#x7801;&#x4E0E;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x6709;&#x4E0D;&#x540C;&#x559C;&#x597D;&#x8C08;&#x8BDD;&#x5185;&#x5BB9;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;&#x8DE8;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x7CBE;&#x786E;&#x6620;&#x5C04;&#x5C06;&#x8FC5;&#x901F;&#x65B0;&#x5174;&#x6570;&#x636E;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x548C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x53D8;&#x5316;&#x5982;&#x4F55;&#x8D21;&#x732E;&#x590D;&#x6742;&#x9057;&#x4F20;&#x75BE;&#x75C5;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x53D8;&#x5F02;&#x7684;&#x89E3;&#x91CA;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x3002;

&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5168;&#x7531; PAR &#x526A;&#x8F91; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x548C; microRNA &#x76EE;&#x6807;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x6807;&#x8BC6;&#x3002;

RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.

Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP.

Transcrits d&#x26;#39;ARN sont soumis &#xE0; la r&#xE9;gulation des g&#xE8;nes post-transcriptionnelle impliquant des centaines de prot&#xE9;ines liant l&#x26;#39;ARN (pratiques commerciales restrictives) et des complexes ribonucl&#xE9;oprot&#xE9;iques microARN contenant (miRNPs) exprim&#xE9;es de fa&#xE7;on d&#xE9;pendante du type cellulaire. Nous avons d&#xE9;velopp&#xE9; une approche de r&#xE9;ticulation &#xE0; base de cellules pour d&#xE9;terminer &#xE0; haute r&#xE9;solution et du transcriptome &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle des sites de liaison des pratiques commerciales restrictives cellulaires et miRNPs. Les sites r&#xE9;ticul&#xE9;s sont r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9;es par la thymidine &#xE0; des transitions cytidine dans les ADNc pr&#xE9;par&#xE9;s &#xE0; partir de immunopurifi&#xE9; RNP de la 4-thiouridine cellules trait&#xE9;es. Nous avons d&#xE9;termin&#xE9; les sites de liaison et les cons&#xE9;quences r&#xE9;glementaires de plusieurs pratiques commerciales restrictives intens&#xE9;ment &#xE9;tudi&#xE9;es et miRNPs, y compris PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 et TNRC6A-C. Notre &#xE9;tude a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; que ces facteurs se lient des milliers de sites contenant des motifs de s&#xE9;quence d&#xE9;finis et ont des pr&#xE9;f&#xE9;rences distinctes pour exonique contre intronique ou de codage par rapport &#xE0; des r&#xE9;gions non traduites transcription. La cartographie pr&#xE9;cise des sites de liaison &#xE0; travers le transcriptome sera cruciale pour l&#x26;#39;interpr&#xE9;tation des donn&#xE9;es se font jour rapidement sur la variation g&#xE9;n&#xE9;tique entre les individus et la fa&#xE7;on dont ces variations contribuent &#xE0; des maladies g&#xE9;n&#xE9;tiques complexes.

Transcriptome &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle d&#x26;#39;identification de l&#x26;#39;ARN-binding protein et sites cibles microARN par PAR-CLIP

RNA-Transkripte unterliegen Posttranscriptionale Genregulation bei denen hunderte von RNA-bindende Proteine (RBPs) und MicroRNA-haltigen-Gebiets-komplexe (MiRNPs) in einer Art von Zelle abh&auml;ngigen Weise ausgedr&uuml;ckt. Wir entwickelten einen zellbasierte vernetzender Ansatz um die Bindungsstellen der zellul&auml;ren RBPs und MiRNPs bei hoher Aufl&ouml;sung und Transkriptom-weite zu bestimmen. Die vernetzte Standorte sind durch Thymidin zu Cytidin &Uuml;berg&auml;nge in die cDNAs aus Immunopurified RNPs 4-Thiouridine-behandelte Zellen vorbereitet offenbart. Wir entschlossen die Bindungsstellen und regulatorische Konsequenzen f&uuml;r mehrere intensiv studierte RBPs und MiRNPs, einschlie&szlig;lich PUM2, QKI, IGF2BP1-3, her/EIF2C1-4 und TNRC6A-C. Unsere Studie ergab, dass diese Faktoren binden Tausende von Seiten mit definierten Sequenz Motive und unterschiedliche Vorlieben haben f&uuml;r exonic versus verband intronic oder Codierung gegen&uuml;ber nicht &uuml;bersetzte Abschrift Regionen. Die genaue Zuordnung der Bindung von Websites &uuml;ber das Transkriptom ist entscheidend, um die Interpretation der sich schnell verbreitende Daten auf genetische Variation zwischen Individuen und wie diese Variationen zu komplexen genetischen Erkrankungen beitragen.

Transkriptom-weite Identifikation von RNS-bindene Protein und MicroRNA Ziel-Sites von PAR-CLIP.

Trascrizioni di RNA sono soggetti a regolazione genica posttranscriptional coinvolgendo centinaia di RNA-binding proteins (RBPs) e microRNA contenenti complessi ribonucleoproteina (miRNPs) espressi in modo dipendente dal tipo di cellula. Abbiamo sviluppato un approccio basato sulle celle reticolazione per determinare a livello transcriptome e ad alta risoluzione i siti di legame di RBPs cellulare e miRNPs. I siti di reticolati sono rivelati da timidina a transizioni citidina in cDNAs preparato da immunopurified RNPs di cellule 4-thiouridine-trattati. Abbiamo determinato i siti di legame e conseguenze normative per diversi RBPs intensamente studiato e miRNPs, tra cui PUM2, QKI, IGF2BP1-3, 4-fa/EIF2C1 e TNRC6A-C. Il nostro studio &egrave; emerso che questi fattori legano migliaia di siti che contengono motivi di sequenza definita e hanno preferenze distinte per untranslated esonico versus intronic o codifica versus regioni di trascrizione. La precisa mappatura dei siti di legame attraverso il trascrittoma sar&agrave; fondamentale per l&#39;interpretazione dei dati rapidamente emergenti sulla variazione genetica tra individui e come tali variazioni contribuiscono a malattie genetiche complesse.

Transcriptome identificazione dei siti di RNA-binding protein e microRNA bersaglio da PAR-CLIP.

RNA&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306F;&#x3001;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#xFF08;RBP&#xFF09;&#x3068;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;RNA&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x7D30;&#x80DE;&#x578B;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x5F62;&#x3067;&#x8868;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30EA;&#x30DC;&#x6838;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#xFF08;miRNPs&#xFF09;&#x6570;&#x767E;&#x4EBA;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x5236;&#x5FA1;&#x306E;&#x5BFE;&#x8C61;&#x3068;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x9AD8;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x3084;&#x643A;&#x5E2F;RBPs&#x3068;miRNPs&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3067;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x30BB;&#x30EB;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x200B;&#x200B;&#x67B6;&#x6A4B;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x67B6;&#x6A4B;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306F;&#x3001;4  - &#x30C1;&#x30AA;&#x30A6;&#x30EA;&#x30B8;&#x30F3;&#x51E6;&#x7406;&#x3057;&#x305F;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;RNP&#x306F;&#x3092;&#x514D;&#x75AB;&#x7CBE;&#x88FD;&#x304B;&#x3089;&#x8ABF;&#x88FD;&#x3057;&#x305F;cDNA&#x3067;&#x30B7;&#x30C1;&#x30B8;&#x30F3;&#x9077;&#x79FB;&#x306B;&#x30C1;&#x30DF;&#x30B8;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;PUM2&#x3001;QKI&#x3001;IGF2BP1-3&#x3001;AGO/EIF2C1-4&#x3068;TNRC6A-C&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x71B1;&#x5FC3;&#x306B;&#x7814;&#x7A76;RBPs&#x3068;miRNPs&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8981;&#x56E0;&#x304C;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x914D;&#x5217;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x4F55;&#x5343;&#x3082;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306B;&#x7D50;&#x5408;&#x3057;&#x3001;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x5BFE;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x8EE2;&#x5199;&#x9818;&#x57DF;&#x5BFE;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x55DC;&#x597D;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x9593;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x6B63;&#x78BA;&#x306A;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x500B;&#x4EBA;&#x3068;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5909;&#x52D5;&#x306F;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x6027;&#x75BE;&#x60A3;&#x3078;&#x306E;&#x8CA2;&#x732E;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x5909;&#x7570;&#x306B;&#x6025;&#x901F;&#x306B;&#x65B0;&#x8208;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x89E3;&#x91C8;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;

PAR-CLIP&#x306B;&#x3088;&#x308B;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3068;microRNA&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x8B58;&#x5225;

RNA &#xC0AC;&#xBCF8;&#xC744; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (RBPs)&#xC640; microRNA &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xC218;&#xBC31; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; posttranscriptional &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC870;&#xC808; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; ribonucleoprotein &#xBCF5;&#xD569;&#xBB3C; (miRNPs) &#xC140; &#xD0C0;&#xC785; &#xC885;&#xC18D; &#xD328;&#xC158;&#xC5D0; &#xD45C;&#xD604; &#xB41C;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC140;&#xB8F0;&#xB7EC; RBPs &#xBC0F; Mirnps&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xB192;&#xC740; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; transcriptome &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACB0;&#xC815; &#xAC00;&#xAD50; &#xC140; &#xAE30;&#xBC18; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C;. Crosslinked &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xD2F0; &#xBBF8; &#xB518; immunopurified 4 thiouridine &#xCE58;&#xB8CC; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; Rnps&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC900;&#xBE44; &#xB41C; Cdnas&#xC5D0; cytidine &#xC804;&#xD658;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACF5;&#xAC1C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC2EC;&#xAC01; &#xD558; &#xAC8C; &#xACF5;&#xBD80;&#xC640; miRNPs, PUM2, QKI, IGF2BP1 3, &#xC804;/EIF2C1-4&#xC640; TNRC6A C&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xC5EC;&#xB7EC; RBPs &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC0F; &#xADDC;&#xC81C; &#xACB0;&#xACFC; &#xACB0;&#xC815; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xBC1D;&#xD600; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC694;&#xC18C; &#xC21C;&#xC11C; &#xB300;&#xB85C; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xC218;&#xCC9C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD558;&#xACE0;, intronic &#xB610;&#xB294; &#xCF54;&#xB529; &#xB300; &#xB300; exonic untranslated&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBA85;&#xBC31;&#xD55C; &#xD2B9;&#xD61C;&#xAC00; &#xC788;&#xB2E4; &#xB300; &#xBCF8; &#xC601;&#xC5ED;. Transcriptome &#xAC78;&#xCCD0; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xB9E4;&#xD551; &#xAC1C;&#xC778;&#xACFC;&#xC774; &#xBCC0;&#xC774; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC9C8;&#xD658;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xC720;&#xC804; &#xBCC0;&#xC774;&#xC5D0; &#xAE09;&#xC18D; &#xD558; &#xAC8C; &#xC2E0;&#xD765; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xD574;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Transcriptome &#xC218;&#xC900; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD30C; &#xD074;&#xB9BD;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xACFC; microRNA &#xB300;&#xC0C1; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758;.

Las transcripciones de ARN est&#xE1;n sujetos a la regulaci&#xF3;n de genes postranscripcional que participaron cientos de ARN-prote&#xED;nas de uni&#xF3;n a las pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas () y que contienen complejos de microARN-ribonucleoprote&#xED;na (miRNPs) expresados &#x200B;&#x200B;en forma de c&#xE9;lulas de tipo dependiente. Hemos desarrollado un enfoque reticulaci&#xF3;n a base de c&#xE9;lulas para determinar en alta resoluci&#xF3;n y en todo el transcriptoma de los sitios de uni&#xF3;n de las pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas y miRNPs celulares. Los sitios reticuladas son reveladas por timidina a las transiciones de citidina en los ADNc preparadas a partir de immunopurified RNPs de 4-tiouridina c&#xE9;lulas tratadas. Se determinaron los sitios de uni&#xF3;n y las consecuencias reglamentarias para varias pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas intensamente estudiados y miRNPs, incluyendo PUM2, QKI, IGF2BP1 3, AGO/EIF2C1-4 y TNRC6A-C. Nuestro estudio revel&#xF3; que estos factores se unen miles de sitios que contengan la secuencia de motivos definidos y tienen distintas preferencias de exonic contra intr&#xF3;nica o codificaci&#xF3;n en comparaci&#xF3;n con las regiones no traducidas de transcripci&#xF3;n. La asignaci&#xF3;n exacta de los sitios de uni&#xF3;n de todo el transcriptoma ser&#xE1; fundamental para la interpretaci&#xF3;n de los datos que emergen r&#xE1;pidamente sobre la variaci&#xF3;n gen&#xE9;tica entre los individuos y c&#xF3;mo estas variaciones contribuyen a enfermedades gen&#xE9;ticas complejas.

Transcriptoma en toda la identificaci&#xF3;n de la prote&#xED;na de uni&#xF3;n al ARN y los sitios de destino microARN por PAR-CLIP

MRNAs &#x7684;&#x7A33;&#x5B9A;&#x6027;&#x3001; &#x672C;&#x5730;&#x5316;&#x548C;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x7387;&#x53D7;&#x5927;&#x91CF;&#x67E5;&#x627E;&#x5176;&#x76EE;&#x6807;&#x76F4;&#x63A5;&#x6216;&#x6307;&#x5357;&#x7684;&#x5E2E;&#x52A9;&#x4E0B; RNAs &#x7684; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; (&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;)&#x3002;&#x7528;&#x4E8E;&#x6620;&#x5C04; RBP &#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x4EA4;&#x8054;&#x548C;&#x6C89;&#x6DC0; &#xFF08;&#x526A;&#x8F91;&#xFF09; &#x52A0;&#x4E0A;&#x6DF1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x63D0;&#x4F9B;&#x8986;&#x76D6;&#x5168;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x4EE5;&#x53CA;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x90E8;&#x5206;&#x539F;&#x56E0;&#x662F;&#x5176;&#x5E9E;&#x5927;&#x7684;&#x6570;&#x91CF;&#xFF0C;&#x5230;&#x76EE;&#x524D;&#x4E3A;&#x6B62;&#x5728;&#x526A;&#x8F91;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x4E2D;&#x751F;&#x6210;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x4E0D;&#x5DF2;&#x5728;&#x7A97;&#x4F53;&#x4E2D;&#x542F;&#x7528;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x5FEB;&#x901F;&#x548C;&#x4E92;&#x52A8;&#x63A2;&#x7D22;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x6EE1;&#x8DB3;&#x8FD9;&#x4E00;&#x9700;&#x8981;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5236;&#x8BA2;&#x4E86; CLIPZ &#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x548C;&#x5206;&#x6790;&#x73AF;&#x5883;&#x3002;&#x7AD9;&#x70B9;&#x6570;&#x636E;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;&#x5982;&#x963F;&#x8033;&#x6208;&#x82F1;&#x96C4; 1-4&#xFF0C;&#x80F0;&#x5C9B;&#x7D20;&#x6837;&#x751F;&#x957F;&#x56E0;&#x5B50;-II mRNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; 1-3&#xFF0C;TNRC6 &#x86CB;&#x767D; A &#x81F3; C&#xFF0C;&#x8FD9; 2 &#x5BC4;&#x751F;&#x548C; Polypyrimidine &#x9053;&#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5728;&#x4E00;&#x7EA7;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x548C;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x7684;&#x53EF;&#x89C6;&#x5316;&#x5904;&#x7406;&#x3002;&#x5355;&#x4E2A;&#x7528;&#x6237;&#x80FD;&#x591F;&#x9650;&#x5236;&#x8BBF;&#x95EE;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6570;&#x636E;&#x7ED9;&#x7279;&#x5B9A;&#x7684;&#x7528;&#x6237;&#xFF0C;&#x540C;&#x65F6;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x4F20;&#x81EA;&#x5DF1;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#xFF0C;&#x5E76;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4EE5;&#x4EA4;&#x4E92;&#x65B9;&#x5F0F;&#x6267;&#x884C;&#x7684;&#x516C;&#x5171;&#x548C;&#x79C1;&#x4EBA;&#x6570;&#x636E;&#x96C6;&#x5206;&#x6790;&#x3002;CLIPZ&#xFF0C;&#x53EF;&#x5728; http://www.clipz.unibas.ch&#xFF0C;&#x76EE;&#x7684;&#x662F;&#x4FE1;&#x606F;&#x7684;&#x63D0;&#x4F9B;&#x5F00;&#x653E;&#x5B58;&#x53D6;&#x5B58;&#x50A8;&#x5E93;&#x4E2D;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x5143;&#x4EF6;&#x3002;

CLIPZ&#xFF1A; &#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x548C;&#x5206;&#x6790;&#x73AF;&#x5883;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x3002;

The stability, localization and translation rate of mRNAs are regulated by a multitude of RNA-binding proteins (RBPs) that find their targets directly or with the help of guide RNAs. Among the experimental methods for mapping RBP binding sites, cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) coupled with deep sequencing provides transcriptome-wide coverage as well as high resolution. However, partly due to their vast volume, the data that were so far generated in CLIP experiments have not been put in a form that enables fast and interactive exploration of binding sites. To address this need, we have developed the CLIPZ database and analysis environment. Binding site data for RBPs such as Argonaute 1-4, Insulin-like growth factor II mRNA-binding protein 1-3, TNRC6 proteins A-C, Pumilio 2, Quaking and Polypyrimidine tract binding protein can be visualized at the level of the genome and of individual transcripts. Individual users can upload their own sequence data sets while being able to limit the access to these data to specific users, and analyses of the public and private data sets can be performed interactively. CLIPZ, available at http://www.clipz.unibas.ch, aims to provide an open access repository of information for post-transcriptional regulatory elements.

CLIPZ: a database and analysis environment for experimentally determined binding sites of RNA-binding proteins.

Le taux de stabilit&eacute;, de localisation et de traduction des ARNm sont r&eacute;gis par une multitude de prot&eacute;ines de liaison &agrave; l&#39;ARN (pratiques commerciales restrictives) que trouver leurs cibles directement ou avec l&#39;aide du guide RNAs. Parmi les m&eacute;thodes exp&eacute;rimentales pour la cartographie des sites de liaison des RBP, r&eacute;ticulation et immunopr&eacute;cipitation (CLIP), coupl&eacute; avec le s&eacute;quen&ccedil;age en profondeur fournit une couverture transcriptome ainsi que haute r&eacute;solution. Cependant, en partie en raison de leur vaste volume, les donn&eacute;es qui ont &eacute;t&eacute; jusqu&#39;&agrave; pr&eacute;sent g&eacute;n&eacute;r&eacute;es dans des exp&eacute;riences CLIP pas ont &eacute;t&eacute; mises sous une forme qui permet une exploration rapide et interactive des sites de liaison. Pour r&eacute;pondre &agrave; ce besoin, nous avons d&eacute;velopp&eacute; l&#39;environnement de base de donn&eacute;es et analyse CLIPZ. Donn&eacute;es de site pour les pratiques commerciales restrictives telles que l&#39;Argonaute 1-4, Insulin-like growth factor II liaison mRNA prot&eacute;ine 1-3, TNRC6 prot&eacute;ines de liaison A-C, Pumilio 2, peupliers et Polypyrimidine GRB2 tract peut &ecirc;tre visualis&eacute;e au niveau du g&eacute;nome et des relev&eacute;s de notes individuels. Tout en &eacute;tant capable de limiter l&#39;acc&egrave;s &agrave; ces donn&eacute;es &agrave; des utilisateurs sp&eacute;cifiques, les utilisateurs individuels peuvent t&eacute;l&eacute;charger leurs propres ensembles de donn&eacute;es de s&eacute;quence, et analyses des ensembles de donn&eacute;es publiques et priv&eacute;es peuvent &ecirc;tre effectu&eacute;es de mani&egrave;re interactive. CLIPZ, disponible &agrave; http://www.clipz.unibas.ch, vise &agrave; fournir un d&eacute;p&ocirc;t &agrave; acc&egrave;s libre de l&#39;information pour des &eacute;l&eacute;ments de r&eacute;gulation post-transcriptionnelle.

CLIPZ : une base de donn&eacute;es et d&#39;analyse environnement pour les sites de liaison d&eacute;termin&eacute;e exp&eacute;rimentalement des prot&eacute;ines de liaison &agrave; l&#39;ARN.

Die Stabilit&auml;t, Lokalisierung und &Uuml;bersetzung Rate mRNAs werden durch eine Vielzahl von RNA-bindende Proteine (RBPs), die ihre Ziele direkt oder mit Hilfe des Guide RNAs finden geregelt. Unter den experimentellen Methoden f&uuml;r die Zuordnung von RBP-Bindungsstellen bietet Vernetzung und Immunopr&auml;zipitation (CLIP) gepaart mit tiefen Sequenzierung Transkriptom-weite Abdeckung als auch in hoher Aufl&ouml;sung. Jedoch wurden teilweise aufgrund ihres enormen Volumens, die Daten, die bisher in CLIP-Experimenten generiert wurden nicht in einer Form gesetzt, die schnelle und interaktive Erforschung der Bindungsstellen erm&ouml;glicht. Um dieses Bed&uuml;rfnis zu begegnen, haben wir die CLIPZ-Datenbank und Analyse-Umgebung entwickelt. Binden von Websitedaten f&uuml;r RBPs wie Argonaute 1-4, Insulin-Like Growth Factor II mRNA-bindende Protein 1-3, TNRC6 Proteine A-C, Pumilio 2, kann bebenden und Polypyrimidine-Darm-Trakt verbindliches Protein auf der Ebene des Genoms und der einzelne Transkripte visualisiert werden. Einzelne Benutzer k&ouml;nnen ihre eigenen Sequenz-Datens&auml;tze hochladen, w&auml;hrend in der Lage, den Zugang zu diesen Daten auf bestimmte Benutzer beschr&auml;nken, und Analysen der &ouml;ffentlichen und privaten Datens&auml;tze k&ouml;nnen interaktiv durchgef&uuml;hrt werden. CLIPZ, abrufbar unter http://www.clipz.unibas.ch, zielt auf eine open-Access-Repository Informationen f&uuml;r Posttranskriptionale regulatorischen Elementen ab.

CLIPZ: eine Datenbank und Analyse Umgebung f&uuml;r experimentell bestimmte Bindungsstellen der RNA-bindende Proteine.

Il tasso di stabilit&agrave;, localizzazione e traduzione di mRNA sono regolati da una moltitudine di RNA-binding proteins (RBPs) che trovano il loro obiettivi direttamente o con l&#39;aiuto della guida RNAs. Tra i metodi sperimentali per la mappatura dei siti di legame RBP, cross-linking e immunoprecipitazione (CLIP) accoppiato con deep sequencing fornisce copertura transcriptome-wide, come pure ad alta risoluzione. Tuttavia, in parte a causa del loro vasto volume, i dati che finora sono stati generati in esperimenti di CLIP non hanno stato messo in una forma che consente l&#39;esplorazione interattiva e veloce di siti di legame. Per rispondere a questa esigenza, abbiamo sviluppato l&#39;ambiente di database e analisi CLIPZ. Associazione dati sito per RBPs come Argonaute 1-4, Insulin-like growth factor II mRNA-proteina 1-3, TNRC6 proteine leganti A-C, Pumilio 2, proteina Quaking e Polypyrimidine del tratto pu&ograve; essere visualizzata a livello del genoma e delle singole trascrizioni. Singoli utenti possono caricare i propri insiemi di dati di sequenza pur essendo in grado di limitare l&#39;accesso a questi dati a utenti specifici, e analisi dei set di dati pubblici e privati possono essere eseguite in modo interattivo. CLIPZ, disponibile presso http://www.clipz.unibas.ch, mira a fornire un repository open access di informazione per gli elementi normativi espresione.

CLIPZ: un database e analisi ambiente per i siti di legame sperimentalmente risoluto di RNA-binding proteins.

Mrna &#x306E;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x3001;&#x30ED;&#x30FC;&#x30AB;&#x30EA;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x7FFB;&#x8A33;&#x7387;&#x306F;&#x591A;&#x6570;&#x306E; Rna &#x306F;&#x76EE;&#x6A19;&#x3092;&#x76F4;&#x63A5;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x30AC;&#x30A4;&#x30C9;&#x306E;&#x52A9;&#x3051;&#x3092;&#x501F;&#x308A;&#x3066;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x308B; RNA &#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA; (Rbp) &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x898F;&#x5236;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;RBP &#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x95A2;&#x3059;&#x308B;&#x5B9F;&#x9A13;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306E;&#x4E2D;&#x3067;&#x30C7;&#x30A3;&#x30FC;&#x30D7; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3068;&#x3092;&#x7D50;&#x5408;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D; (&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;) &#x67B6;&#x6A4B;&#x3068;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0; &#x30AB;&#x30D0;&#x30EC;&#x30C3;&#x30B8;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x9AD8;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x306B;&#x5E83;&#x5927;&#x306A;&#x91CF;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x3068;&#x3053;&#x308D;&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#x5B9F;&#x9A13;&#x3067;&#x751F;&#x6210;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x9AD8;&#x901F;&#x304B;&#x3064;&#x30A4;&#x30F3;&#x30BF;&#x30E9;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6;&#x306A;&#x63A2;&#x67FB;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x306B;&#x914D;&#x7F6E;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x306A;&#x3044;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306B;&#x5BFE;&#x51E6;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;CLIPZ &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3068;&#x89E3;&#x6790;&#x74B0;&#x5883;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;1-4, &#x30A4;&#x30F3;&#x30B9;&#x30EA;&#x30F3;&#x69D8;&#x6210;&#x9577;&#x56E0;&#x5B50; II mRNA &#x7D50;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA; 1-3 TNRC6 &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA; A C &#x30D7;&#x30DF;&#x30EA;&#x30AA; 2 Rbp &#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30CE;&#x30FC;&#x30C8;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; Quaking &#x3068; Polypyrimidine &#x306E;&#x7BA1;&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3068;&#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3; &#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x8996;&#x899A;&#x5316;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30E6;&#x30FC;&#x30B6;&#x30FC;&#x3078;&#x306E;&#x30A2;&#x30AF;&#x30BB;&#x30B9;&#x3092;&#x5236;&#x9650;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x9593;&#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x30E6;&#x30FC;&#x30B6;&#x30FC;&#x72EC;&#x81EA;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; &#x30BB;&#x30C3;&#x30C8; &#x30A2;&#x30C3;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C9;&#x3057;&#x3001;&#x30D1;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C3;&#x30AF;&#x3068;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D9;&#x30FC;&#x30C8; &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3092;&#x5BFE;&#x8A71;&#x7684;&#x306B;&#x5B9F;&#x884C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;CLIPZ&#x3001;http://www.clipz.unibas.ch &#x3067;&#x5229;&#x7528;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x30AA;&#x30FC;&#x30D7;&#x30F3; &#x30A2;&#x30AF;&#x30BB;&#x30B9; &#x30EA;&#x30DD;&#x30B8;&#x30C8;&#x30EA;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x60C5;&#x5831;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3092;&#x76EE;&#x6307;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

CLIPZ: &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3068;&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x74B0;&#x5883;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E; RNA &#x7D50;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x3002;

Mrnas&#xC758; &#xC548;&#xC815;&#xC131;, &#xD604;&#xC9C0;&#xD654; &#xBC0F; &#xBC88;&#xC5ED; &#xC18D;&#xB3C4; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (RBPs) &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xBAA9;&#xD45C;&#xBB3C;&#xC744; &#xCC3E;&#xC544; &#xC9C1;&#xC811; &#xB610;&#xB294; &#xAC00;&#xC774;&#xB4DC;&#xC758; &#xB3C4;&#xC6C0;&#xC73C;&#xB85C; Rnas&#xB294;&#xC758; &#xBB34;&#xB9AC;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD1B5;&#xC81C; &#xB41C;&#xB2E4;. RBP &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xB9E4;&#xD551;&#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD55C; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xBC29;&#xBC95; &#xC911; &#xC0C1;&#xD638;&#xC640; immunoprecipitation (&#xD074;&#xB9BD;) &#xAE4A;&#xC740; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xACFC; &#xD568;&#xAED8; &#xB192;&#xC740; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; transcriptome &#xC218;&#xC900; &#xBC94;&#xC704; &#xC81C;&#xACF5;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xBD80;&#xBD84;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xAD11;&#xB300; &#xD55C; &#xBCFC;&#xB968; &#xD074;&#xB9BD; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC9C0;&#xAE08;&#xAE4C;&#xC9C0; &#xC0DD;&#xC131; &#xB41C; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xC2E0;&#xC18D; &#xD558; &#xACE0; &#xB300;&#xD654;&#xD615; &#xD0D0;&#xD5D8; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xD615;&#xD0DC;&#xB85C; &#xB123;&#xC5B4; &#xC654;&#xB2E4; &#xC5C6;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xD544;&#xC694; &#xD574;&#xACB0; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; CLIPZ &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4; &#xBC0F; &#xBD84;&#xC11D; &#xD658;&#xACBD;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. 1-4, &#xC778;&#xC290;&#xB9B0; &#xAC19;&#xC740; &#xC131;&#xC7A5; &#xC778;&#xC790; II mRNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; 1-3, TNRC6 &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; A C Pumilio 2 RBPs Argonaute &#xB4F1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB5A8;&#xACE0;&#xC640; Polypyrimidine&#xB85C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC131;&#xC801;&#xD45C;&#xC640; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD6C;&#xC0C1; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4;. &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC790;&#xAC00; &#xD2B9;&#xC815; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xC790;&#xC5D0; &#xAC8C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC561;&#xC138;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC81C;&#xD55C;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC790;&#xC2E0;&#xC758; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC138;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC5C5;&#xB85C;&#xB4DC;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBC0F; &#xACF5;&#xC6A9; &#xBC0F; &#xAC1C;&#xC778; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xC9D1;&#xD569;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xB300;&#xD654;&#xD615;&#xC73C;&#xB85C; &#xC218;&#xD589;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. CLIPZ, http://www.clipz.unibas.ch&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; post-transcriptional &#xADDC;&#xC81C; &#xC694;&#xC18C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC815;&#xBCF4;&#xC758; &#xC624;&#xD508; &#xC561;&#xC138;&#xC2A4; &#xC800;&#xC7A5;&#xC18C;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC744; &#xBAA9;&#xD45C;&#xB85C;.

CLIPZ: &#xD55C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4; &#xBC0F; &#xBD84;&#xC11D; &#xD658;&#xACBD; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xACB0;&#xC815;&#xB41C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758;.

El &iacute;ndice de estabilidad, localizaci&oacute;n y traducci&oacute;n de mRNAs est&aacute;n regulados por una multitud de prote&iacute;nas de uni&oacute;n de ARN (restrictivas) que encontrar sus objetivos directamente o con la ayuda de la gu&iacute;a de RNAs. Entre los m&eacute;todos experimentales para el mapeo de sitios de uni&oacute;n de las pr&aacute;cticas comerciales restrictivas, Cross-linking e inmunoprecipitaci&oacute;n (CLIP) junto con la secuencia profunda proporciona cobertura transcriptoma as&iacute; como alta resoluci&oacute;n. Sin embargo, en parte debido a su gran volumen, los datos que hasta ahora se generaron en experimentos CLIP no se han puesto en una forma que permite la exploraci&oacute;n r&aacute;pida e interactiva de sitios de Uni&oacute;n. Para responder a esta necesidad, hemos desarrollado el entorno de base de datos y an&aacute;lisis CLIPZ. Datos del sitio de pr&aacute;cticas comerciales restrictivas como Argonaute 1-4, Insulin-like growth factor II mRNA vinculante prote&iacute;na 1-3, TNRC6 prote&iacute;nas de Uni&oacute;n A C, Pumilio 2, prote&iacute;na de uni&oacute;n de tracto Quaking y Polypyrimidine puede ser visualizada a nivel del genoma y de transcripciones individuales. Los usuarios individuales pueden subir sus propios conjuntos de datos de secuencia siendo capaces de limitar el acceso a estos datos a usuarios espec&iacute;ficos, y an&aacute;lisis de los conjuntos de datos p&uacute;blicos y privados pueden realizarse de forma interactiva. CLIPZ, disponible en http://www.clipz.unibas.ch, tiene como objetivo proporcionar un repositorio de acceso abierto de informaci&oacute;n para los elementos de regulaci&oacute;n postranscripcional.

CLIPZ: una base de datos y an&aacute;lisis de entorno por sitios de Uni&oacute;n determinado experimentalmente de prote&iacute;nas de uni&oacute;n de ARN.

PiRNA &#x901A;&#x8DEF;&#x7684;&#x8FD0;&#x4F5C;&#x52A8;&#x7269;&#x751F;&#x6B96;&#x7EC6;&#x80DE;&#x884C;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x786E;&#x4FDD;&#x901A;&#x8FC7;&#x53CD;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8F6C;&#x5EA7;&#x5B50;&#x6C89;&#x9ED8;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x5B8C;&#x6574;&#x6027;&#x3002;Piwi &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x76F8;&#x5173;&#x5C0F; RNAs (piRNAs) &#x53CD;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8F6C;&#x5EA7;&#x5B50;&#x7684;&#x8A8A;&#x672C;&#xFF0C;&#x9000;&#x5316;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C; post-transcriptionally &#x538B;&#x5236;&#x901A;&#x8FC7;&#x4E52;&#x4E53;&#x7403;&#x653E;&#x5927;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x6307;&#x5357; Piwi &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;&#x5288;&#x88C2;&#x7684;&#x53CD;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8F6C;&#x5EA7;&#x5B50;&#x8C08;&#x8BDD;&#x5185;&#x5BB9;&#x540C;&#x65F6;&#x5B9A;&#x4E49;&#x5C06;&#x53CD;&#x8FC7;&#x6765;&#x6307;&#x5BFC;&#x521D;&#x7EA7; piRNA &#x524D;&#x4F53;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x653E;&#x5927;&#x4E3B; piRNAs Piwi &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x4E8C;&#x7EA7; piRNA 5&#39; &#x7AEF;&#x3002;&#x51E0;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x8BC1;&#x636E;&#x8FD9;&#x79CD;&#x673A;&#x5236;&#x5B88;&#x6052;&#x540E;&#x751F;&#x52A8;&#x7269;&#x4E4B;&#x95F4;&#xFF0C;&#x5982;&#x4F55;&#x542F;&#x52A8;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4EE5;&#x53CA;&#x4F55;&#x79CD;&#x9176;&#x7684;&#x6D3B;&#x6027;&#x662F;&#x8D1F;&#x8D23;&#x751F;&#x6210;&#x5C0F;&#x5B66;&#x548C;&#x4E2D;&#x5B66; piRNAs &#x867D;&#x4E0D;&#x5B8C;&#x5168;&#x6E05;&#x695A;&#x3002;

&#x5B88;&#x6052;&#x7684;&#x4EE3;&#x77ED;&#x4EA7;&#x54C1; piRNA &#x4F4D;&#x70B9;&#x3002;

The piRNA pathway operates in animal germ lines to ensure genome integrity through retrotransposon silencing. The Piwi protein-associated small RNAs (piRNAs) guide Piwi proteins to retrotransposon transcripts, which are degraded and thereby post-transcriptionally silenced through a ping-pong amplification process. Cleavage of the retrotransposon transcript defines at the same time the 5' end of a secondary piRNA that will in turn guide a Piwi protein to a primary piRNA precursor, thereby amplifying primary piRNAs. Although several studies provided evidence that this mechanism is conserved among metazoa, how the process is initiated and what enzymatic activities are responsible for generating the primary and secondary piRNAs are not entirely clear.

Conserved generation of short products at piRNA loci.

La voie de piRNA fonctionne en lignes germinales animales afin d&#39;assurer l&#39;int&eacute;grit&eacute; du g&eacute;nome par faire taire les r&eacute;trotransposons. Le Piwi prot&eacute;ines associ&eacute;es aux petits ARN (piRNAs) guide de prot&eacute;ines Piwi r&eacute;trotransposon transcriptions, qui sont d&eacute;grad&eacute;es et ainsi post-traductionnelle r&eacute;duits au silence par un processus d&#39;amplification de ping-pong. Le clivage de la transcription de r&eacute;trotransposons d&eacute;finit en m&ecirc;me temps l&#39;extr&eacute;mit&eacute; 5&#39; d&#39;un piRNA secondaire qui vous guideront &agrave; son tour une prot&eacute;ine Piwi pour un pr&eacute;curseur primaire piRNA, amplifiant ainsi les piRNAs primaires. Bien que plusieurs &eacute;tudes ont prouv&eacute; que ce m&eacute;canisme est conserv&eacute; chez les m&eacute;tazoaires, comment le processus est lanc&eacute; et quelles activit&eacute;s enzymatiques sont charg&eacute;es de g&eacute;n&eacute;rer les piRNAs primaires et secondaires ne sont pas tout &agrave; fait claire.

Conserv&eacute;e de g&eacute;n&eacute;ration de quelques produits &agrave; piRNA loci.

Der PiRNA-Stoffwechselweg ist in tierischen Keim Genom Integrit&auml;t durch Retrotransposon Unterdr&uuml;ckender sicherzustellen. Piwi Protein-assoziierte kleine RNAs (PiRNAs) f&uuml;hren Piwi Proteine zum Retrotransposon Abschriften, die abgebaut und damit post-transcriptionally zum Schweigen gebracht durch einen Ping-Pong-Verst&auml;rkung-Prozess. Spaltung der Niederschrift Retrotransposon definiert gleichzeitig das 5&#39;-Ende eine sekund&auml;re Pirna, die wiederum eine Piwi-Protein, ein Vorl&auml;ufer der prim&auml;ren PiRNA, dadurch Verst&auml;rkung prim&auml;re PiRNAs f&uuml;hrt. Obwohl mehrere Studien bereitgestellt Beweise daf&uuml;r, dass dieser Mechanismus unter Metazoa konserviert wird, sind wie der Prozess initiiert wird und welche enzymatischen T&auml;tigkeiten sind zust&auml;ndig f&uuml;r die Generierung der prim&auml;ren und sekund&auml;ren PiRNAs nicht ganz klar.

Konservierte Produktgeneration kurze bei PiRNA Loci.

Il percorso di piRNA opera nelle linee germinali degli animali per garantire l&#39;integrit&agrave; del genoma attraverso Retrotrasposone silenziamento. Il Piwi proteine associate piccolo RNAs (piRNAs) guida le proteine Piwi per retrotrasposone trascrizioni, che sono degradate e quindi post-transcriptionally a tacere attraverso un processo di amplificazione di ping-pong. Scissione della trascrizione retrotrasposone definisce allo stesso tempo l&#39;estremit&agrave; 5&#39; di un piRNA secondario che a sua volta guider&agrave; una proteina Piwi ad un precursore primario piRNA, amplificando quindi piRNAs primario. Anche se diversi studi ha fornito prove che questo meccanismo &egrave; conservato tra metazoa, come il processo &egrave; iniziato e quali attivit&agrave; enzimatica sono responsabile per la generazione i piRNAs primario e secondario non sono interamente chiare.

Conservato generazione di prodotti brevi a piRNA loci.

&#x30D4;&#x30EB;&#x30CA;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3092;&#x901A;&#x3058;&#x3066;&#x30EC;&#x30C8;&#x30ED;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30BE;&#x30F3; &#x30B5;&#x30A4;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0; &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x6574;&#x5408;&#x6027;&#x3092;&#x78BA;&#x4FDD;&#x3059;&#x308B;&#x52D5;&#x7269;&#x80DA;&#x7DDA;&#x3067;&#x52D5;&#x4F5C;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4F4E;&#x4E0B;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066; post-transcriptionally &#x5353;&#x7403;&#x5897;&#x5E45;&#x904E;&#x7A0B;&#x3092;&#x901A;&#x3057;&#x3066;&#x6C88;&#x9ED9;&#x30EC;&#x30C8;&#x30ED;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30BE;&#x30F3;&#x6210;&#x7E3E;&#x8A3C;&#x660E;&#x66F8; Piwi &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA; Piwi &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3092;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x305F;&#x5C0F;&#x3055;&#x3044; RNAs &#x306F; &#xFF08;piRNAs&#xFF09; &#x30AC;&#x30A4;&#x30C9;&#x3092;&#x3002;&#x30EC;&#x30C8;&#x30ED;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30BE;&#x30F3;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3; &#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x306E;&#x958B;&#x88C2;&#x3068;&#x540C;&#x6642;&#x306B;&#x9806;&#x756A; Piwi &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30EA; piRNAs &#x5897;&#x5E45;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30EA; &#x30D4;&#x30EB;&#x30CA;&#x524D;&#x99C6;&#x4F53;&#x306B;&#x3001;&#x6307;&#x91DD;&#x3068;&#x306A;&#x308B;&#x30BB;&#x30AB;&#x30F3;&#x30C0;&#x30EA; &#x30D4;&#x30EB;&#x30CA;&#x306E; 5&#39; &#x672B;&#x7AEF;&#x3092;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x304C;&#x5F8C;&#x751F;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x7BC0;&#x7D04;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3001;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x304C;&#x958B;&#x59CB;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x9175;&#x7D20;&#x6D3B;&#x52D5;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30EA;&#x3068;&#x30BB;&#x30AB;&#x30F3;&#x30C0;&#x30EA;&#x306E; piRNAs &#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8CAC;&#x4EFB;&#x306F;&#x5B8C;&#x5168;&#x306B;&#x306F;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;

&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x4E16;&#x4EE3;&#x30D4;&#x30EB;&#x30CA;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5EA7;&#x3067;&#x306E;&#x77ED;&#x3044;&#x88FD;&#x54C1;&#x306E;&#x3002;

&#xD53C; &#xB974; &#xB098; &#xD1B5;&#xB85C; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xC138;&#xADE0; &#xB77C;&#xC778; retrotransposon &#xC785;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xAC8C;&#xB188; &#xBB34;&#xACB0;&#xC131;&#xC744; &#xBCF4;&#xC7A5; &#xD55C;&#xB2E4;. Piwi &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC791;&#xC740; RNAs (piRNAs) retrotransposon &#xC131;&#xC801; &#xC800;&#xD558;&#xC640; &#xADF8;&#xB85C; &#xC778;&#xD558;&#xC5EC; post-transcriptionally &#xD0C1;&#xAD6C; &#xC99D;&#xD3ED; &#xACFC;&#xC815;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC785; &#xB9C9; &#xC74C; &#xD558;&#xB294; Piwi &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC548;&#xB0B4;. Retrotransposon &#xB300; &#xBCF8;&#xC758; &#xCABC;&#xAC1C; &#xC9D0; &#xB3D9;&#xC2DC;&#xC5D0; &#xD568;&#xC73C;&#xB85C;&#xC368; &#xAE30;&#xBCF8; Pirnas&#xB97C; &#xC99D;&#xD3ED; &#xD558;&#xB294; &#xC8FC; &#xD53C; &#xB974; &#xB098; &#xC804;&#xC870;&#xB97C; &#xCC28;&#xB840;&#xB85C; Piwi &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xC548;&#xB0B4;&#xD560; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBCF4;&#xC870; piRNA 5&#39; &#xB05D;&#xC744; &#xC815;&#xC758; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998; metazoa &#xC911;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCF4;&#xC874; &#xD558;&#xB294; &#xC99D;&#xAC70;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC;, &#xBE44;&#xB85D; &#xC5B4;&#xB5BB;&#xAC8C; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xAC00; &#xC2DC;&#xC791; &#xB418; &#xACE0; &#xD6A8;&#xC18C; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC740; 1 &#xCC28; &#xBC0F; 2 &#xCC28; piRNAs &#xC0DD;&#xC131; &#xC644;&#xC804;&#xD788; &#xBA85;&#xD655; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

PiRNA loci&#xC5D0; &#xC9E7;&#xC740; &#xC81C;&#xD488;&#xC758; &#xC138;&#xB300;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

La v&iacute;a de piRNA opera en l&iacute;neas de germen animal para asegurar la integridad del genoma a trav&eacute;s de retrotransposon silenciamiento. Los P&iacute;o prote&iacute;na asociada peque&ntilde;os RNAs (piRNAs) gu&iacute;an de prote&iacute;nas Piwi retrotransposon transcripciones, que son degradadas y as&iacute; post-transcriptionally silenciadas a trav&eacute;s de un proceso de amplificaci&oacute;n de ping-pong. Escote de la transcripci&oacute;n de retrotransposon define al mismo tiempo el extremo 5&#39; de una secundaria piRNA que guiar&aacute; a su vez una prote&iacute;na Piwi a un precursor primario piRNA, amplificando as&iacute; piRNAs primaria. Aunque varios estudios proporcionan evidencia que este mecanismo se conserva entre los metazoa, c&oacute;mo se inicia el proceso y qu&eacute; actividades enzim&aacute;ticas son responsables de generar las piRNAs primaria y secundaria no son totalmente claros.

Conservado generaci&oacute;n de productos cortos en piRNA lugares geom&eacute;tricos.

&#x4EA4;&#x8054;&#x548C;&#x6C89;&#x6DC0; &#xFF08;&#x526A;&#x8F91;&#xFF09; &#x662F;&#x8D8A;&#x6765;&#x8D8A;&#x591A;&#x5730;&#x7528;&#x4E8E;&#x6620;&#x5C04;&#x7684; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5168;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5236;&#x8BA2;&#x4E86;&#x526A;&#x8F91;&#x6570;&#x636E;&#x5206;&#x6790;&#x3001; &#x65B9;&#x6CD5;&#x53CA;&#x5E94;&#x7528;&#x5B83;&#x6765;&#x6BD4;&#x8F83;&#x526A;&#x8F91;&#x4E0E; photoactivatable &#x78F7;&#x9178;&#x589E;&#x5F3A;&#x526A;&#x8F91; &#xFF08;PAR &#x526A;&#x8F91;&#xFF09;&#xFF0C;&#x5E76;&#x6316;&#x51FA;&#x4EA4;&#x8054;&#x548C;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x9178;&#x9176;&#x6D88;&#x5316;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x5982;&#x4F55;&#x5F71;&#x54CD;&#x786E;&#x8BA4;&#x7684;&#x5730;&#x70B9;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x7684;&#x51C6;&#x786E;&#x5EA6;&#x53EA;&#x6709;&#x5FAE;&#x5C0F;&#x5DEE;&#x5F02;&#x786E;&#x5B9A;&#x73E5;&#x6709;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x4F4E;&#x590D;&#x6742;&#x5EA6;&#x5E8F;&#x5217;&#x548C;&#x963F;&#x8033;&#x6208;&#x82F1;&#x96C4; 2&#xFF0C;&#x5177;&#x6709;&#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x8DE8; link &#x8BF1;&#x5BFC;&#x7A81;&#x53D8;&#x5BFC;&#x81F4;&#x5355;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x51B3;&#x8BAE; PAR &#x526A;&#x8D34;&#x753B;&#x548C;&#x526A;&#x8F91;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x786E;&#x8BA4;&#x539F;&#x59CB;&#x526A;&#x8F91;&#x51FA;&#x7248;&#x7269; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x5E76;&#x4E0D;&#x80FD;&#x4FDD;&#x62A4;&#x5176;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x5728;&#x526A;&#x8F91;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528;&#x53D8;&#x6027;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E0B;&#x5145;&#x5206;&#x548C;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x4E0E;&#x7279;&#x5B9A;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x9178;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x6D88;&#x5316;&#x5F3A;&#x70C8;&#x504F;&#x89C1;&#x6062;&#x590D;&#x7684;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x671F;&#x671B;&#x3002;&#x6E29;&#x548C;&#x7684;&#x6838;&#x9178;&#x9176;&#x6D88;&#x5316;&#x6761;&#x4EF6;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5927;&#x5927;&#x51CF;&#x5C11;&#x8FD9;&#x79CD;&#x504F;&#x89C1;&#x3002;

&#x526A;&#x8F91;&#x65B9;&#x6CD5;&#x8BC6;&#x522B; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.

A quantitative analysis of CLIP methods for identifying binding sites of RNA-binding proteins.

La r&eacute;ticulation et immunopr&eacute;cipitation (CLIP) est de plus en plus utilis&eacute;s pour mapper des sites de fixation de l&#39;&eacute;chelle du transcriptome de prot&eacute;ines de liaison &agrave; l&#39;ARN. Nous avons mis au point une m&eacute;thode d&#39;analyse de donn&eacute;es CLIP et appliqu&eacute;e pour comparer le CLIP avec photoactivatable CLIP ribonucl&eacute;osides am&eacute;lior&eacute;e (PAR-CLIP) et de d&eacute;couvrir comment les diff&eacute;rences dans la digestion de r&eacute;ticulation et ribonucl&eacute;ase affectent les sites identifi&eacute;s. Nous avons ne trouv&eacute; que de petites diff&eacute;rences dans la pr&eacute;cision de ces m&eacute;thodes dans l&#39;identification des sites de fixation de HuR, qui se lie &agrave; des s&eacute;quences de faible complexit&eacute;, et Argonaute 2, qui a une sp&eacute;cificit&eacute; de liaison complexe. Nous avons trouv&eacute; que link-induced mutations conduit &agrave; mononucl&eacute;otidiques r&eacute;solution nominale-CLIP et CLIP. Nos r&eacute;sultats confirment l&#39;attente en mati&egrave;re de publications originales de CLIP que les prot&eacute;ines de liaison &agrave; l&#39;ARN ne prot&egrave;gent pas leurs sites de fixation suffisamment dans les conditions de d&eacute;naturation appliqu&eacute;es pendant la proc&eacute;dure CLIP et nous montrons que vaste digestion avec des s&eacute;quences sp&eacute;cifiques RNases biaise fortement les sites de liaison r&eacute;cup&eacute;r&eacute;s. Ce biais peut &ecirc;tre r&eacute;duit consid&eacute;rablement par des conditions plus cl&eacute;mentes de digestion nucl&eacute;asique.

Une analyse quantitative des m&eacute;thodes CLIP pour identifier les sites de liaison des prot&eacute;ines de liaison &agrave; l&#39;ARN.

Vernetzung und Immunopr&auml;zipitation (CLIP) wird zunehmend zum Transkriptom-weite Bindungsstellen von RNA-bindende Proteine zuordnen. Wir entwickelte eine Methode zur CLIP-Datenanalyse und wendete sie CLIP einen Vergleich mit Photoactivatable Ribonucleoside erh&ouml;hter CLIP (PAR-CLIP) und aufzudecken, wie Unterschiede in der Vernetzung und Ribonuclease Verdauung der identifizierten Websites betreffen. Wir fanden nur kleine Unterschiede in der Genauigkeit dieser Methoden bei der Ermittlung von Bindungsstellen von HuR, die Low-Complexity-Sequenzen bindet, und Argonaute 2, die eine komplexe Bindung-Spezifit&auml;t hat. Wir fanden, dass Kreuz-Nullmodem-induzierte Mutationen zu Einzel-Nukleotid-Aufl&ouml;sung f&uuml;r PAR-CLIP und CLIP gef&uuml;hrt. Unsere Ergebnisse best&auml;tigen die Erwartung von Originalarbeiten CLIP, dass RNA-bindende Proteine nicht ihren Bindungsstellen ausreichend unter Denaturierung Bedingungen w&auml;hrend der CLIP-Verfahren verwendet sch&uuml;tzen, und wir zeigen, dass umfangreiche Verdauung mit Sequenz-spezifische RNases stark die wiederhergestellten Bindungsstellen Vorurteile. Diese Tendenz kann durch mildere Nuklease Verdauung Bedingungen erheblich reduziert werden.

Eine Quantitative Analyse der CLIP Methoden zur Identifizierung von Bindungsstellen von RNA-bindende Proteine.

Cross-linking e immunoprecipitazione (CLIP) &egrave; sempre pi&ugrave; utilizzato per mappare i siti di legame transcriptome a livello di RNA-binding proteins. Abbiamo sviluppato un metodo per l&#39;analisi dei dati CLIP e lo ha applicato per confrontare CLIP con photoactivatable CLIP ribonucleoside-enhanced (PAR-CLIP) e di scoprire come le differenze nel cross-linking e ribonucleasi digestione influenzano i siti individuati. Abbiamo trovato solo piccole differenze nell&#39;accuratezza di questi metodi nell&#39;individuare i siti di legame di HuR, che lega sequenze di bassa complessit&agrave;, e 2 Argonaute, che ha una specificit&agrave; di associazione complessa. Abbiamo trovato che mutazioni cross-link-indotta ha portato alla risoluzione del singolo-nucleotide per PAR-CLIP e CLIP. I nostri risultati confermano l&#39;aspettativa da pubblicazioni originali CLIP RNA-binding proteins non proteggere i loro siti di legame sufficientemente le condizioni denaturanti utilizzati durante la procedura CLIP, che vi mostriamo che vasto digestione con RNasi sequenza-specifici pregiudizi fortemente i siti di legame recuperati. Questo pregiudizio pu&ograve; essere sostanzialmente ridotta da condizioni di digestione della nucleasi pi&ugrave; mite.

Un&#39;analisi quantitativa dei metodi CLIP per identificare i siti di legame della RNA-binding proteins.

&#x67B6;&#x6A4B;&#x3068;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D; (&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;) &#x306F;&#x307E;&#x3059;&#x307E;&#x3059;&#x4F7F;&#x7528; RNA &#x7D50;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D7;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7; &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x89E3;&#x6790;&#x624B;&#x6CD5;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#x6D3B;&#x6027;&#x578B;&#x3068;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306B;&#x9069;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30EA;&#x30DC;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30B7;&#x30C9;&#x5F37;&#x5316;&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7; &#xFF08;&#x30D1;&#x30FC;-&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#xFF09; &#x3068;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x67B6;&#x6A4B;&#x3068;&#x30EA;&#x30DC;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30A2;&#x30FC;&#x30BC; a &#x306E;&#x6D88;&#x5316;&#x529B;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x4F4E;&#x8907;&#x96D1;&#x3055;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3092;&#x7D50;&#x5408;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x30D9;&#x30F3;&#x30CF;&#x30FC;&#x3068;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x7D50;&#x5408;&#x7279;&#x7570;&#x6027;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30CE;&#x30FC;&#x30C8; 2 &#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9;&#x306E;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x306E;&#x552F;&#x4E00;&#x306E;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A;&#x9055;&#x3044;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x76F8;&#x4E92;&#x30EA;&#x30F3;&#x30AF;&#x8A98;&#x767A;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x5358;&#x4E00;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x306B;&#x30D1;&#x30FC; &#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#x3068;&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x308F;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x306F; RNA &#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#x624B;&#x9806;&#x4E2D;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x5341;&#x5206;&#x306B;&#x5909;&#x5316;&#x306E;&#x6761;&#x4EF6;&#x306E;&#x4E0B;&#x3067;&#x4FDD;&#x8B77;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x3057;&#x3001;&#x79C1;&#x9054;&#x306F; rna &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x56FA;&#x6709;&#x5206;&#x89E3;&#x3068;&#x306E;&#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x6D88;&#x5316;&#x529B;&#x304C;&#x5F37;&#x304F;&#x56DE;&#x5FA9;&#x3057;&#x305F;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x5143;&#x306E;&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#x306E;&#x51FA;&#x7248;&#x7269;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x671F;&#x5F85;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30A2;&#x30B9;&#x306F;&#x8EFD;&#x5EA6;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30A2;&#x30FC;&#x30BC;&#x6D88;&#x5316;&#x6761;&#x4EF6;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x524A;&#x6E1B;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

RNA &#x7D50;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30AF;&#x30EA;&#x30C3;&#x30D7;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306E;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5206;&#x6790;

&#xAD50;&#xAC00; &#xBC0F; immunoprecipitation (&#xD074;&#xB9BD;)&#xB294; &#xC810;&#xC810; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC804;&#xCCB4; transcriptome &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xB9E4;&#xD551;&#xD560; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD074;&#xB9BD; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xBD84;&#xC11D; &#xBC29;&#xBC95;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD558; &#xACE0; &#xC801;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; photoactivatable&#xC640; &#xD074;&#xB9BD; &#xBE44;&#xAD50; ribonucleoside &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xD074;&#xB9BD; (&#xD30C;-&#xD074;&#xB9BD;) &#xACE0; &#xAD50;&#xAC00; &#xBC0F; ribonuclease &#xC18C;&#xD654;&#xC758; &#xCC28;&#xC774; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xB41C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xBBF8;&#xCE58;&#xB294; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1D;&#xD788;&#xAE30; &#xC704;&#xD574;&#xC11C;. &#xD5C8;, &#xB0AE;&#xC740; &#xBCF5;&#xC7A1;&#xC131; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBC0F; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xD2B9;&#xC774;&#xC131;&#xC740; Argonaute 2 &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xBC29;&#xBC95;&#xC758; &#xC815;&#xBC00;&#xB3C4;&#xC5D0; &#xC791;&#xC740; &#xCC28;&#xC774; &#xCC3E;&#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAD50;&#xCC28; link &#xC720;&#xBC1C; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xD30C; &#xD074;&#xB9BD; &#xBC0F; &#xD074;&#xB9BD;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB2E8;&#xC77C; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; &#xC8FC;&#xB3C4; &#xCC3E;&#xC558;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xACB0;&#xACFC; &#xC6D0;&#xB798;&#xC758; &#xD074;&#xB9BD; &#xAC8C;&#xC2DC; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD074;&#xB9BD; &#xC808;&#xCC28; &#xB3D9;&#xC548; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xB294; &#xBCC0;&#xC131; &#xC870;&#xAC74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCDA9;&#xBD84;&#xD788; &#xC790;&#xC2E0;&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xBCF4;&#xD638; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xC18C;&#xD654; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD2B9;&#xC815; Rnases&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xAC15;&#xB825; &#xD558; &#xAC8C; &#xBCF5;&#xAD6C; &#xB41C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xD3B8;&#xACAC; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xAE30;&#xB300;&#xB97C; &#xD655;&#xC778; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBC14;&#xC774;&#xC5B4;&#xC2A4; &#xC628;&#xD654;&#xD55C; nuclease &#xC18C;&#xD654; &#xC870;&#xAC74;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC2E4;&#xC9C8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC904;&#xC5B4;&#xB4E4; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4;.

RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD55C; &#xD074;&#xB9BD; &#xBC29;&#xBC95;&#xC758; &#xC815;&#xB7C9; &#xBD84;&#xC11D;.

Cross-linking e inmunoprecipitaci&oacute;n (CLIP) se utiliza cada vez m&aacute;s a mapa de sitios de uni&oacute;n de todo el transcriptoma de prote&iacute;nas de uni&oacute;n de ARN. Hemos desarrollado un m&eacute;todo para el an&aacute;lisis de datos CLIP y aplicado para comparar el CLIP con photoactivatable mejorada ribonucle&oacute;sido CLIP (CLIP PAR) y para descubrir c&oacute;mo las diferencias en la digesti&oacute;n de cross-linking y ribonucleasa afectan los sitios identificados. Encontramos s&oacute;lo peque&ntilde;as diferencias en la precisi&oacute;n de estos m&eacute;todos en la identificaci&oacute;n de sitios de uni&oacute;n de HuR, que se une a secuencias de baja complejidad, y 2 Argonaute, que tiene una especificidad de Uni&oacute;n compleja. Encontramos que las mutaciones inducidas por Cruz-link llevaron a la resoluci&oacute;n de nucle&oacute;tido para PAR-CLIP y CLIP. Nuestros resultados confirman la expectativa de las publicaciones originales de CLIP que prote&iacute;nas de uni&oacute;n de ARN no protegen a sus sitios de Uni&oacute;n suficientemente en las condiciones de desnaturalizaci&oacute;n utilizadas durante el procedimiento CLIP, y mostramos que extensa digesti&oacute;n con secuencia espec&iacute;fica RNasas predispone fuertemente los sitios de Uni&oacute;n recuperados. Este sesgo se puede reducir sustancialmente por condiciones m&aacute;s suaves de digesti&oacute;n de Nucleasa.

Mohsen Khorshid

Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)

PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins