bromodeoxyuridine-brdu-labeling-subsequent-fluorescence-activated

Bromodeoxyuridine (BrdU) Labeling and Subsequent Fluorescence Activated Cell Sorting for Culture-independent Identification of Dissolved Organic Carbon-degrading Bacterioplankton

Microbes are major agents mediating the degradation of numerous dissolved organic carbon (DOC) substrates in aquatic environments. However, identification ...

Kent State University

&#x6D77;&#x6D0B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x53D8;&#x6362;&#x4E8C;&#x7532;&#x57FA;&#x786B;&#x4E19;&#x9178; &#xFF08;DMSP&#xFF09; &#x5230;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x8F93;&#x8FD0;&#x548C;&#x6C14;&#x5019;&#x6D3B;&#x6027;&#x6C14;&#x4F53;&#x4E8C;&#x7532;&#x57FA;&#x786B;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x786E;&#x5B9A;&#x8C03;&#x89E3; DMSP &#x5728;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5929;&#x7136;&#x7684;&#x6D77;&#x6D0B;&#x751F;&#x6001;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x4E2D;&#x5904;&#x7406;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7C7B;&#x7FA4;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x4FEE;&#x8BA2;&#x4E0E; 20 microM DMSP &#x4E1C;&#x5357;&#x7F8E;&#x56FD;&#x76D0;&#x6CBC;&#x7684;&#x6C34;&#x6837;&#x548C;&#x8DDF;&#x8E2A;&#x4E0E;&#x6D41;&#x5F0F; (FCM) &#x8026;&#x5408;&#x5230; 16S rRNA &#x57FA;&#x56E0;&#x5206;&#x6790;&#x793E;&#x4F1A;&#x8F6C;&#x53D8;&#x3002;&#x5728;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x51FA;&#x7684;&#x56DB;&#x4E2A;&#x5B63;&#x8282;&#xFF0C;DMSP &#x4FEE;&#x8BA2;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x5F62;&#x6210;&#x7684;&#x72EC;&#x7279;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x79CD;&#x7FA4;&#x4E0E;&#x9AD8;&#x67B6;&#x6838;&#x9178; (NA) &#x65F6; 24 &#x5C0F;&#x65F6;&#xFF0C;&#x8868;&#x660E;&#x79EF;&#x6781;&#x5229;&#x7528; DMSP &#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x5185;&#x7684;&#x5185;&#x5BB9;&#x3002;&#x4E0E;&#x65E0;&#x9AD8;&#x67B6; NA &#x5185;&#x5BB9;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684; 16S rRNA &#x57FA;&#x56E0;&#x5206;&#x6790;&#x4EE5;&#x4E0B;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x8FDB;&#x884C;&#x6392;&#x5E8F;&#x548C; PCR &#x6269;&#x589E;&#x4E0E;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6CD5;&#x548C;&#x672B;&#x7AEF;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x7247;&#x6BB5;&#x957F;&#x5EA6;&#x591A;&#x6001;&#x6027;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x76F8;&#x6BD4;&#x63A7;&#x5236; FCM &#x6C11;&#x4F17;&#x4E2D;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#xFF0C;&#x76F8;&#x5BF9;&#x5728; Loktanella&#x3001; Oceanicola&#xFF0C;&#x548C; Sulfitobacter alpha Proteobacteria Roseobacter &#x6CBF;&#x88AD;&#xFF09; &#xFF1B; &#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x4E30;&#x5BCC;&#x9762;&#x524D; DMSP NA &#x542B;&#x91CF;&#x4E0E;&#x7EC6;&#x83CC;Caulobacter &#xFF08;&alpha;-Proteobacteria&#xFF09; &#xFF1B;Brachymonas &#x548C; Xenophilus (&beta;-Proteobacteria) &#x5728; 5 &#x6708;-02 &#x6837;&#x672C;&#x548C; Ketogulonicigenium alpha Proteobacteria Roseobacter &#x6CBF;&#x88AD;&#xFF09; &#x548C;&#x65B0;&#x578B;&#x4F3D;&#x739B;&#x5200; Proteobacteria-9 &#x6708;-02 &#x6837;&#x54C1;&#x4E2D;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x663E;&#x793A;&#x591A;&#x79CD;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x4EE3;&#x8C22;&#x7684; DMSP &#x53C2;&#x52A0;&#x6CBF;&#x6D77;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x548C;&#x5B83;&#x4EEC;&#x7684;&#x76F8;&#x5BF9;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x4E0D;&#x540C;&#x65F6;&#x7A7A;&#x3002;

&#x6D41;&#x6D41;&#x5F0F;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5206;&#x9009;&#x548C;&#x968F;&#x540E;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x5206;&#x6790;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x4E2D;&#x4E8C;&#x7532;&#x57FA;&#x786B;&#x4E19;&#x9178;&#x8F6C;&#x6362;&#x6D89;&#x53CA;&#x6587;&#x5316;&#x72EC;&#x7ACB;&#x9274;&#x5B9A;&#x3002;

Marine bacterioplankton transform dimethylsulfoniopropionate (DMSP) into the biogeochemically important and climatically active gas dimethylsulfide. In order to identify specific bacterial taxa mediating DMSP processing in a natural marine ecosystem, we amended water samples from a southeastern U.S. salt marsh with 20 microM DMSP and tracked community shifts with flow cytometry (FCM) coupled to 16S rRNA gene analyses. In two out of four seasons studied, DMSP amendments induced the formation of distinct bacterioplankton populations with elevated nucleic acid (NA) content within 24 h, indicative of cells actively utilizing DMSP. The 16S rRNA genes of the cells with and without elevated NA content were analyzed following cell sorting and PCR amplification with sequencing and terminal restriction fragment length polymorphism approaches. Compared to cells in the control FCM populations, bacteria with elevated NA content in the presence of DMSP were relatively enriched in taxa related to Loktanella, Oceanicola, and Sulfitobacter (Roseobacter lineage, alpha-Proteobacteria); Caulobacter (alpha-Proteobacteria); and Brachymonas and Xenophilus (beta-Proteobacteria) in the May-02 sample and to Ketogulonicigenium (Roseobacter lineage, alpha-Proteobacteria) and novel gamma-Proteobacteria in the Sept-02 sample. Our study suggests that diverse bacterioplankton participate in the metabolism of DMSP in coastal marine systems and that their relative importance varies temporally.

Flow-cytometric cell sorting and subsequent molecular analyses for culture-independent identification of bacterioplankton involved in dimethylsulfoniopropionate transformations.

Marine bact&#xE9;rioplancton transform&#xE9;e dim&#xE9;thylsulfoniopropionate (DMSP) dans le sulfure de dim&#xE9;thyle gaz biogeochemically important et climatiquement actifs. Afin d&#x26;#39;identifier les taxons sp&#xE9;cifique bact&#xE9;rienne m&#xE9;diation de traitement DMSP dans un &#xE9;cosyst&#xE8;me marin naturel, nous avons modifi&#xE9; les &#xE9;chantillons d&#x26;#39;eau d&#x26;#39;un marais du sud-est des &#xC9;tats-Unis sel avec 20 microM DMSP et changements de la communaut&#xE9; sur chenilles avec la cytom&#xE9;trie en flux (FCM) coupl&#xE9;e &#xE0; des analyses du g&#xE8;ne 16S ARNr. Dans deux des quatre saisons &#xE9;tudi&#xE9;es, les amendements DMSP induit la formation de populations distinctes bact&#xE9;rioplancton avec de l&#x26;#39;acide nucl&#xE9;ique &#xE9;lev&#xE9; (NA) contenu dans les 24 h, ce qui indique des cellules activement en utilisant DMSP. Les g&#xE8;nes codant les ARNr 16S des cellules avec et sans NA teneur &#xE9;lev&#xE9;e ont &#xE9;t&#xE9; analys&#xE9;s apr&#xE8;s le tri cellulaire et amplification par PCR avec le s&#xE9;quen&#xE7;age et de terminaux de restriction des approches RFLP. Compar&#xE9;es aux cellules dans les populations de la FCM de contr&#xF4;le, les bact&#xE9;ries avec la teneur en Na &#xE9;lev&#xE9;e, en pr&#xE9;sence du DMSP &#xE9;taient relativement enrichi en taxons li&#xE9;s &#xE0; Loktanella, Oceanicola, et Sulfitobacter (Roseobacter lign&#xE9;e, l&#x26;#39;alpha-prot&#xE9;obact&#xE9;ries); Caulobacter (alpha-prot&#xE9;obact&#xE9;ries), et Brachymonas et X&#xE9;nophile (b&#xEA;ta-prot&#xE9;obact&#xE9;ries) dans la mai-02 de l&#x26;#39;&#xE9;chantillon et &#xE0; Ketogulonicigenium (Roseobacter lign&#xE9;e, l&#x26;#39;alpha-prot&#xE9;obact&#xE9;ries) et roman gamma-prot&#xE9;obact&#xE9;ries dans la r&#xE9;gion de Sept-02 de l&#x26;#39;&#xE9;chantillon. Notre &#xE9;tude sugg&#xE8;re que bact&#xE9;rioplancton diverses participent au m&#xE9;tabolisme du DMSP dans les syst&#xE8;mes marins c&#xF4;tiers et que leur importance relative varie dans le temps.

Le tri cellulaire cytom&#xE9;trie de flux et ult&#xE9;rieures analyses mol&#xE9;culaires de la culture ind&#xE9;pendante d&#x26;#39;identification du bact&#xE9;rioplancton l&#x26;#39;objet de transformations dim&#xE9;thylsulfoniopropionate

Durchflusszytometrische Zellsortierung und nachfolgende molekulare Analysen f&#xFC;r Kultur-unabh&#xE4;ngige Identifizierung von Bakterioplankton in Dimethylsulfoniumpropionat Umsetzungen beteiligt.

Marino bacterioplankton trasformare dimethylsulfoniopropionate (DMSP) in biogeochemically importante e climaticamente active gas dimethylsulfide. Al fine di identificare specifici taxa batterici DMSP elaborazione in un ecosistema marino naturale di mediazione, abbiamo modificato i campioni d&#39;acqua da un sud-est degli Stati Uniti salt marsh con 20 microM DMSP e cingolati comunit&agrave; turni con citometria a flusso (FCM) accoppiato all&#39;analisi di gene 16S rRNA. In due dei quattro stagioni ha studiati, gli emendamenti DMSP indussero la formazione di bacterioplankton distinte popolazioni con elevati acidi nucleici (NA) contenuto entro 24 h, indicativo delle cellule attivamente utilizzando DMSP. I geni del rRNA 16S delle cellule con e senza elevati contenuti di NA sono stati analizzati in seguito ordinamento delle cellule e l&#39;amplificazione di PCR con sequenziamento e terminale restriction fragment length polymorphism approcci. Rispetto alle celle delle popolazioni di controllo FCM, batteri con elevato contenuto di NA in presenza DMSP erano relativamente arricchiti in taxa correlati a Loktanella, Oceanicola e Sulfitobacter (Roseobacter lignaggio, alfa-Proteobacteria); Caulobacter (alfa-Proteobacteria); e Brachymonas e Senofilo (beta-proteobatteri) nel campione 02 maggio e Ketogulonicigenium (Roseobacter lignaggio, alfa-Proteobacteria) e gamma-Proteobacteria romanzo nel campione Sept-02. Il nostro studio suggerisce che diversi bacterioplankton partecipare nel metabolismo del DMSP sistemi marini costieri e che la loro importanza relativa varia temporaneamente.

Flusso cytometric ordinamento delle cellule e successive analisi molecolare per l&#39;identificazione della coltura-indipendente di bacterioplankton coinvolti nelle trasformazioni dimethylsulfoniopropionate.

biogeochemically&#x91CD;&#x8981;&#x3068;&#x6C17;&#x5019;&#x6D3B;&#x6027;&#x30AC;&#x30B9;&#x306E;&#x786B;&#x5316;&#x30B8;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x306B;&#x6D77;&#x6D0B;bacterioplankton&#x5909;&#x63DB;&#x30B8;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x30B9;&#x30EB;&#x30DB;&#x30CB;&#x30AA;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D4;&#x30AA;&#x30F3;&#x9178;&#xFF08;DMSP&#xFF09;&#x3002;&#x5929;&#x7136;&#x306E;&#x6D77;&#x6D0B;&#x751F;&#x614B;&#x7CFB;&#x3067;DMSP&#x306E;&#x51E6;&#x7406;&#x3092;&#x4EF2;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;20&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;&#x30E2;&#x30EB;DMSP&#x304A;&#x3088;&#x3073;16S rRNA&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x89E3;&#x6790;&#x306B;&#x7D50;&#x5408;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30D5;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x30E1;&#x30C8;&#x30EA;&#x30FC;&#xFF08;FCM&#xFF09;&#x3067;&#x8FFD;&#x8DE1;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E;&#x30B7;&#x30D5;&#x30C8;&#x3068;&#x7C73;&#x56FD;&#x5357;&#x6771;&#x90E8;&#x306E;&#x5869;&#x6E7F;&#x5730;&#x304B;&#x3089;&#x6C34;&#x306E;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3092;&#x4FEE;&#x6B63;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x7814;&#x7A76;&#x56DB;&#x5B63;&#x306E;&#x3046;&#x3061;2&#x3064;&#x306F;&#x3001;DMSP&#x306E;&#x6539;&#x6B63;&#x306F;&#x3001;&#x7A4D;&#x6975;&#x7684;&#x306B;DMSP&#x3092;&#x5229;&#x7528;&#x3057;&#x305F;&#x7D30;&#x80DE;&#x3092;&#x793A;&#x3059;24&#x6642;&#x9593;&#x4EE5;&#x5185;&#x306B;&#x4E0A;&#x6607;&#x3057;&#x305F;&#x6838;&#x9178;&#xFF08;NA&#xFF09;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30F3;&#x30C4;&#x3068;&#x7570;&#x306A;&#x308B;bacterioplankton&#x96C6;&#x56E3;&#x306E;&#x5F62;&#x6210;&#x3092;&#x8A98;&#x5C0E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4E0A;&#x6607;&#x3057;&#x305F;NA&#x306E;&#x5185;&#x5BB9;&#x306E;&#x6709;&#x7121;&#x306B;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;16S rRNA&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x9078;&#x5225;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3068;&#x7AEF;&#x672B;&#x5236;&#x9650;&#x9175;&#x7D20;&#x65AD;&#x7247;&#x9577;&#x591A;&#x578B;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;PCR&#x5897;&#x5E45;&#x5F8C;&#x306B;&#x5206;&#x6790;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30AB;&#x30A6;&#x30ED;&#x30D0;&#x30AF;&#x30BF;&#x30FC;&#xFF08;&#x3B1;-&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#xFF09;; DMSP&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x4E0B;&#x3067;&#x4E0A;&#x6607;&#x3057;&#x305F;NA&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30F3;&#x30C4;&#x3092;&#x5236;&#x5FA1;FCM&#x96C6;&#x56E3;&#x3001;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x6BD4;&#x3079;&#x3066;&#x6BD4;&#x8F03;&#x7684;Loktanella&#x3001;Oceanicola&#x3001;&#x3068;Sulfitobacter&#xFF08;Roseobacter&#x7CFB;&#x7D71;&#x3001;&#x3B1;-&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#xFF09;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306B;&#x5BCC;&#x3093;&#x3067;&#x3044;&#x305F;&#x3068;Brachymonas&#x3068;5-02&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3068;Ketogulonicigenium&#xFF08;Roseobacter&#x7CFB;&#x7D71;&#x3001;&#x3B1;-&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#xFF09;&#x3068;9&#x6708;&#x3001;02&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x4E2D;&#x306E;&#x3B3;-&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;&#x5C0F;&#x8AAC;&#x306B;Xenophilus&#xFF08;&#x3B2;-&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#xFF09;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x306A;bacterioplankton&#x306F;&#x3001;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x6D77;&#x6D0B;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3067;DMSP&#x306E;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x3068;&#x305D;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x76F8;&#x5BFE;&#x7684;&#x306A;&#x91CD;&#x8981;&#x6027;&#x306F;&#x6642;&#x9593;&#x7684;&#x306B;&#x5909;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;

&#x30B8;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x30B9;&#x30EB;&#x30DB;&#x30CB;&#x30AA;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D4;&#x30AA;&#x30F3;&#x9178;&#x306E;&#x5909;&#x63DB;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;Bacterioplankton&#x306E;&#x6587;&#x5316;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x8B58;&#x5225;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x30D5;&#x30ED;&#x30FC;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x30E1;&#x30C8;&#x30EA;&#x30FC;&#x30BB;&#x30EB;&#x30BD;&#x30FC;&#x30C6;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x5F8C;&#x306E;&#x5206;&#x5B50;&#x89E3;&#x6790;

&#xD574;&#xC591; bacterioplankton&#xC73C;&#xB85C; biogeochemically &#xC911;&#xC694; dimethylsulfoniopropionate (DMSP) &#xBC0F; &#xAE30;&#xD6C4; &#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xD65C;&#xC131; &#xAC00;&#xC2A4; dimethylsulfide &#xBCC0;&#xD658;. DMSP &#xC790;&#xC5F0; &#xD574;&#xC591; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xACC4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB97C; &#xC911;&#xC7AC; &#xD558;&#xB294; &#xD2B9;&#xC815; &#xC138;&#xADE0; taxa &#xC2DD;&#xBCC4; 20 microM DMSP&#xC640; &#xB0A8;&#xB3D9;&#xBD80; &#xBBF8;&#xAD6D; &#xC18C;&#xAE08; &#xC2B5;&#xC9C0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBB3C; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC744; &#xC218;&#xC815; &#xD558; &#xACE0; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xAD50;&#xB300; cytometry (FCM) 16S rRNA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xACB0;&#xD569; &#xB41C;&#xC640; &#xCD94;&#xC801;. &#xACF5;&#xBD80; &#xD558;&#xB294; 2 4 &#xC2DC;&#xC98C;&#xC5D0;&#xC11C; DMSP &#xAC1C;&#xC815; &#xBCC4;&#xAC1C; bacterioplankton &#xC778;&#xAD6C; &#xC0C1;&#xC2B9; &#xB41C; &#xD575; &#xC0B0; (NA) 24 h, DMSP&#xB97C; &#xC801;&#xADF9;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD65C;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC140;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0B4;&#xB294; &#xB0B4; &#xCF58;&#xD150;&#xCE20; &#xD615;&#xC131; &#xC720;&#xB3C4;. &#xC140; &#xC815;&#xB82C; &#xBC0F; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xACFC; PCR &#xC99D;&#xD3ED;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xB192;&#xC740; NA &#xCF58;&#xD150;&#xCE20; &#xC5C6;&#xC774; &#xC140;&#xC758; 16S rRNA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBD84;&#xC11D; &#xBC0F; &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xC81C;&#xD55C; &#xAE38;&#xC774; &#xB2E4;&#xD615;&#xC131; &#xC811;&#xADFC; &#xC870;&#xAC01;. &#xC140; &#xCEE8;&#xD2B8;&#xB864; FCM &#xC778;&#xAD6C;&#xC5D0; &#xBE44;&#xD574; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544; DMSP &#xC874;&#xC7AC; &#xB192;&#xC740; NA &#xCF58;&#xD150;&#xCE20;&#xB85C; Loktanella, Oceanicola, &#xBC0F; Sulfitobacter (Roseobacter &#xD608;&#xD1B5;, &#xC54C;&#xD30C;-Proteobacteria); taxa&#xC5D0; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xB18D;&#xCD95; &#xD588;&#xB2E4; Caulobacter (&#xC54C;&#xD30C;-Proteobacteria); Brachymonas &#xBC0F; Xenophilus (&#xBCA0;&#xD0C0;-Proteobacteria) 5 &#xC6D4;-02 &#xC0D8;&#xD50C; &#xBC0F; Ketogulonicigenium (Roseobacter &#xD608;&#xD1B5;, &#xC54C;&#xD30C;-Proteobacteria) &#xBC0F; 9 &#xC6D4;-02 &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC18C;&#xC124; &#xAC10;&#xB9C8;-Proteobacteria &#xD558;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; bacterioplankton &#xD574;&#xC548; &#xD574;&#xC591; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC5D0;&#xC11C; DMSP &#xB300;&#xC0AC;&#xC5D0; &#xCC38;&#xC5EC; &#xD558; &#xACE0; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801; &#xC911;&#xC694;&#xB3C4; &#xC77C;&#xC2DC;&#xC801; &#xBCC0;&#xD654;&#xB294; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC81C;&#xC548; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xD750;&#xB984; cytometric &#xC140; &#xC815;&#xB82C; &#xBC0F; dimethylsulfoniopropionate &#xBCC0;&#xD658;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; bacterioplankton&#xC758; &#xBB38;&#xD654; &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC778; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD6C4;&#xC18D; &#xBD84;&#xC790; &#xBD84;&#xC11D;.

Marina bacterioplancton transformaci&#xF3;n dimethylsulfoniopropionate (DMSP) en el sulfuro de dimetilo de gas biogeochemically importante y activa el clima. Con el fin de identificar los taxones bacteriana espec&#xED;fica de procesamiento de la mediaci&#xF3;n de DMSP, en un ecosistema marino natural, que modifica las muestras de agua de un pantano de sal sudeste de EE.UU. con 20 microM DMSP y los cambios realizados de la comunidad con la citometr&#xED;a de flujo (FCM), junto a los an&#xE1;lisis del gen 16S rRNA. En dos de las cuatro estaciones estudiadas, las enmiendas DMSP indujo la formaci&#xF3;n de las poblaciones de distintas bacterioplancton con el &#xE1;cido nucleico elevada (NA) contenido dentro de 24 horas, indicativo de las c&#xE9;lulas que utilizan activamente la DMSP. Los genes rRNA 16S de las c&#xE9;lulas con y sin elevado contenido de NA se analizaron despu&#xE9;s de la selecci&#xF3;n celular y amplificaci&#xF3;n por PCR con la secuencia y de restricci&#xF3;n terminales enfoques polimorfismo de longitud de fragmentos. En comparaci&#xF3;n con las c&#xE9;lulas en las poblaciones de control FCM, las bacterias con niveles elevados de contenido de NA en la presencia de DMSP fueron relativamente enriquecido en taxones relacionados con Loktanella, Oceanicola y Sulfitobacter (Roseobacter linaje, alfa-proteobacterias); Caulobacter (alfa-proteobacterias), y Brachymonas y Xenophilus (beta-Proteobacteria) en el per&#xED;odo mayo-02 de la muestra y Ketogulonicigenium (Roseobacter linaje, alfa-proteobacterias) y la novela de gamma-proteobacterias en septiembre-02 de la muestra. Nuestro estudio sugiere que bacterioplancton diversa participar en el metabolismo de la DMSP en los sistemas marinos costeros, y que su importancia relativa var&#xED;a temporalmente.

Citometr&#xED;a de flujo y separaci&#xF3;n celular posteriores an&#xE1;lisis moleculares para la Cultura independiente de la identificaci&#xF3;n del bacterioplancton implicadas en las transformaciones Dimethylsulfoniopropionate

&#x5B9A;&#x6027;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x529F;&#x80FD;&#x7EC4;&#x5408;&#x53D8;&#x6362;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x4EE5;&#x53CA;&#x6CBF;&#x6D77;&#x6D77;&#x6C34;&#x6EB6;&#x89E3;&#x6709;&#x673A;&#x78B3; (DOC) &#x6C60;&#xFF0C;&#x6EB4;&#x8131;&#x6C27;&#x5C3F;&#x7519; &#xFF08;BrdU&#xFF09; &#x7528;&#x4E8E;&#x6807;&#x8BB0;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6D3B;&#x8DC3;&#x4E4B;&#x540E;&#x589E;&#x52A0;&#x4E86;&#x5355; DOC &#x6A21;&#x578B;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#xFF1A; &#x4E24;&#x4E2A;&#x6709;&#x673A;&#x6E17;&#x900F;&#x8C03;&#x8282;&#x7269;&#x8D28; [&#x4E8C;&#x7532;&#x57FA;&#x786B;&#x4E19;&#x9178; &#xFF08;DMSP&#xFF09; &#x548C;&#x7518;&#x6C28;&#x9178;&#x751C;&#x83DC;&#x78B1; (GlyB)] &#x548C;&#x4E24;&#x4E2A;&#x82B3;&#x9999;&#x5355;&#x4F53; [&#x6BB5;&#x7F9F;&#x57FA;&#x82EF;&#x7532;&#x9178; (&#x5BF9;&#x7F9F;&#x57FA;&#x82EF;&#x7532;&#x9178;) &#x548C;&#x9999;&#x8349;&#x9178; (&#x6CDB;&#x97F3;)]&#x3002;&#x57FA;&#x4E8E;&#x539F;&#x4F4D;&#x8367;&#x5149;&#x514D;&#x75AB;&#x68C0;&#x6D4B; BrdU &#x7EB3;&#x5165;&#x8DDF;&#x8367;&#x5149;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5206;&#x9009; (FACS) &#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x79CD;&#x7FA4;&#x8FDB;&#x884C;&#x4E86;&#x5206;&#x6790;&#x3002;&#x7136;&#x540E; 16S rDNA &#x57FA;&#x4E8E;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#x662F;&#x5DF2;&#x6392;&#x5E8F;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x3002;&#x9AD8; BrdU &#x7EB3;&#x5165;&#x4E00;&#x7EA7; (HI) &#x4E0E;&#x4EBA;&#x53E3;&#x53D1;&#x5C55;&#x5F15;&#x8FDB; 100 nM &#x6A21;&#x578B;&#x590D;&#x5408;&#x7684; 8 &#x5C0F;&#x65F6;&#x5185;&#x3002;&#x672B;&#x7AEF;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x7247;&#x6BB5;&#x7684;&#x957F;&#x5EA6;&#x591A;&#x6001;&#x6027; (T-RFLP) &#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E;&#x5728;&#x6240;&#x6709;&#x56DB;&#x4E2A;&#x4FEE;&#x6B63;&#x6848;&#x559C;&#x4EBA;&#x53E3;&#x7EC4;&#x6210;&#x7EC6;&#x83CC;&#x4ECE;&#x76F8;&#x540C;&#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x7C7B;&#x7FA4; &#xFF08;&#x52A8;&#x7269;&#x95E8;&#x548C; subphylum &#x7EA7;&#x522B;&#xFF09;&#xFF0C;&#x4F46;&#x76F8;&#x5BF9;&#x4E30;&#x5BCC;&#x7684;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x4E0D;&#x540C;&#x3002;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x514B;&#x9686;&#x5E93; &#xFF08;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x5305;&#x542B;&#x5927;&#x7EA6; 200 &#x514B;&#x9686;&#xFF09; &#x8868;&#x660E;&#x4EE3;&#x8C22;&#x901A;&#x624D;&#x548C; alpha Proteobacteria (&#x4E3B;&#x8981;&#x6210;&#x5458; Roseobacter &#x514B;&#x62C9;&#x5FB7;) &#x5185;, &#x4E13;&#x5BB6;&#x5305;&#x542B;&#x7684;&#x559C;&#x4EBA;&#x53E3;&#x5728; GlyB &#x548C;&#x6CDB;&#x97F3;&#x4FEE;&#x6B63; beta Proteobacteria &#x548C; &gamma;-Proteobacteria &#xFF08;&#x4E3B;&#x8981;&#x662F; Altermonadaceae&#x3001; Chromatiaceae&#x3001; Oceanospirillaceae &#x548C; Pseudomonadaceae &#x7684;&#x6210;&#x5458;&#xFF09;&#x3002;OM60/241&#x3001; OM185&#x3001; SAR11&#x3001; SAR86 &#x548C; SAR116 &#x559C;&#x7FA4;&#x4F53;&#x6210;&#x5458;&#x7684;&#x5B58;&#x5728;&#x8868;&#x793A;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7FA4;&#x4F53;&#x7684;&#x6210;&#x5458;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5438;&#x6536;&#x6A21;&#x578B; DOC &#x5316;&#x5408;&#x7269;&#xFF0C;&#x63D0;&#x4F9B;&#x5230;&#x5F02;&#x7684;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6210;&#x5458;&#x7684;&#x9996;&#x6B21;&#x4EAE;&#x76F8;&#x7684;&#x4E00;&#x4E9B;&#x4E0D;&#x5F53;&#x7406;&#x89E3;&#x73AF;&#x5883;&#x96C6;&#x7FA4;&#x3002;

&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7FA4;&#x843D;&#x8F6C;&#x5316;&#x6EB6;&#x89E3;&#x5728;&#x8FD1;&#x5CB8;&#x6D77;&#x57DF;&#x6D77;&#x6C34;&#x4E2D;&#x7684;&#x6709;&#x673A;&#x7269;&#x3002;

L&#x26;#39;assimilation et la min&#xE9;ralisation du carbone organique dissous (DOC) par bact&#xE9;rioplancton marin est un processus majeur dans le cycle du carbone oc&#xE9;anique. Cependant, peu d&#x26;#39;informations existent sur les fonctions m&#xE9;taboliques sp&#xE9;cifiques de bact&#xE9;ries qui participent et si taxons individuels se sp&#xE9;cialisent sur des &#xE9;l&#xE9;ments particuliers de la piscine marine DOC. Ici, nous utilisons la m&#xE9;tag&#xE9;nomique exp&#xE9;rimentales pour montrer que les communaut&#xE9;s c&#xF4;ti&#xE8;res sont peupl&#xE9;es par des taxons capable de m&#xE9;taboliser une grande vari&#xE9;t&#xE9; de compos&#xE9;s organiques du carbone. L&#x26;#39;ADN g&#xE9;nomique captur&#xE9; de sous-ensembles communautaires bact&#xE9;riennes m&#xE9;tabolisant un composant de mod&#xE8;le unique de la piscine DOC (soit dimethylsulphoniopropionate ou vanillate) a montr&#xE9; beaucoup de chevauchements dans la composition g&#xE9;n&#xE9;tique ainsi que la diversit&#xE9; des capacit&#xE9;s de traitement du carbone au-del&#xE0; des ph&#xE9;notypes s&#xE9;lectionn&#xE9;s. Notre mesure directe de la largeur de niche pour bact&#xE9;riennes assemblages fonctionnels indique que, conform&#xE9;ment &#xE0; la th&#xE9;orie &#xE9;cologique, l&#x26;#39;h&#xE9;t&#xE9;rog&#xE9;n&#xE9;it&#xE9; dans la composition et la fourniture de carbone organique dans les oc&#xE9;ans c&#xF4;tiers peuvent favoriser les bact&#xE9;ries g&#xE9;n&#xE9;ralistes. Dans l&#x26;#39;interaction importante entre la structure des communaut&#xE9;s microbiennes et des cycles biog&#xE9;ochimiques, les communaut&#xE9;s c&#xF4;ti&#xE8;res h&#xE9;t&#xE9;rotrophes peut &#xEA;tre command&#xE9; moins par des changements transitoires dans le r&#xE9;servoir de carbone qu&#x26;#39;ils traitent et plus par des facteurs tels que les interactions trophiques et les conditions physiques.

Traitement de carbone bact&#xE9;rienne par des esp&#xE8;ces g&#xE9;n&#xE9;ralistes dans l&#x26;#39;oc&#xE9;an c&#xF4;tier

&#x540C;&#x5316;&#x548C;&#x6210;&#x77FF;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x7531;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684;&#x6EB6;&#x89E3;&#x6709;&#x673A;&#x78B3; (DOC) &#x662F;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5728;&#x6D77;&#x6D0B;&#x78B3;&#x5FAA;&#x73AF;&#x4E2D;&#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x4FE1;&#x606F;&#x5F88;&#x5C11;&#x5B58;&#x5728;&#x5173;&#x4E8E;&#x53C2;&#x4E0E;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x4EE3;&#x8C22;&#x529F;&#x80FD;&#x548C;&#x5355;&#x4E2A;&#x5206;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x662F;&#x5426;&#x4E13;&#x95E8;&#x5173;&#x4E8E;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7684; DOC &#x6C60;&#x7684;&#x7279;&#x5B9A;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5B66;&#x663E;&#x793A;&#x6CBF;&#x6D77;&#x793E;&#x533A;&#x6765;&#x586B;&#x5145;&#x7684;&#x5206;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x80FD;&#x591F;&#x4EE3;&#x8C22;&#x5404;&#x79CD;&#x5404;&#x6837;&#x7684;&#x6709;&#x673A;&#x78B3;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x3002;&#x4ECE;&#x7EC6;&#x83CC;&#x793E;&#x4F1A;&#x5B50;&#x96C6;&#x4EE3;&#x8C22; DOC &#x6C60;&#x5355;&#x4E2A;&#x6A21;&#x578B;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x6355;&#x83B7;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4; DNA (&#x6216; dimethylsulphoniopropionate &#x6216;&#x9999;&#x8349;&#x9178;&#xFF09; &#x8868;&#x660E;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6210;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x53CA;&#x78B3;&#x5904;&#x7406;&#x80FD;&#x529B;&#x8D85;&#x51FA;&#x9009;&#x5B9A;&#x8868;&#x578B;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x6027;&#xFF0C;&#x5F88;&#x5927;&#x7684;&#x91CD;&#x53E0;&#x3002;&#x751F;&#x6001;&#x4F4D;&#x5BBD;&#x5EA6;&#x4E3A;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x7EC4;&#x5408;&#x6211;&#x4EEC;&#x76F4;&#x63A5;&#x6D4B;&#x91CF;&#x8868;&#x660E;&#xFF0C;&#x6839;&#x636E;&#x751F;&#x6001;&#x7406;&#x8BBA;&#x3001; &#x975E;&#x5747;&#x8D28;&#x6027;&#x7684;&#x7EC4;&#x6210;&#x548C;&#x6709;&#x673A;&#x78B3;&#x5BF9;&#x6CBF;&#x6D77;&#x6D77;&#x6D0B;&#x4F9B;&#x5E94;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x6709;&#x5229;&#x4E8E;&#x901A;&#x624D;&#x7EC6;&#x83CC;&#x3002;&#x5728;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x5FAA;&#x73AF;&#x4E4B;&#x95F4;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#xFF0C;&#x53EF;&#x80FD;&#x662F;&#x5F02;&#x517B;&#x7684;&#x6CBF;&#x6D77;&#x793E;&#x533A;&#x63A7;&#x5236;&#x8F83;&#x5C11;&#x7684;&#x77AC;&#x6001;&#x53D8;&#x5316;&#xFF0C;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x5904;&#x7406;&#x7684;&#x78B3;&#x6C34;&#x5E93;&#x548C;&#x66F4;&#x591A;&#x7684;&#x5BCC;&#x8425;&#x517B;&#x5316;&#x7684;&#x4EA4;&#x4E92;&#x548C;&#x8EAB;&#x4F53;&#x72B6;&#x51B5;&#x7B49;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;

&#x5904;&#x7406;&#x7531;&#x901A;&#x624D;&#x7269;&#x79CD;&#x6CBF;&#x6D77;&#x6D77;&#x6D0B;&#x4E2D;&#x7684;&#x7EC6;&#x83CC;&#x78B3;&#x3002;

The assimilation and mineralization of dissolved organic carbon (DOC) by marine bacterioplankton is a major process in the ocean carbon cycle. However, little information exists on the specific metabolic functions of participating bacteria and on whether individual taxa specialize on particular components of the marine DOC pool. Here we use experimental metagenomics to show that coastal communities are populated by taxa capable of metabolizing a wide variety of organic carbon compounds. Genomic DNA captured from bacterial community subsets metabolizing a single model component of the DOC pool (either dimethylsulphoniopropionate or vanillate) showed substantial overlap in gene composition as well as a diversity of carbon-processing capabilities beyond the selected phenotypes. Our direct measure of niche breadth for bacterial functional assemblages indicates that, in accordance with ecological theory, heterogeneity in the composition and supply of organic carbon to coastal oceans may favour generalist bacteria. In the important interplay between microbial community structure and biogeochemical cycling, coastal heterotrophic communities may be controlled less by transient changes in the carbon reservoir that they process and more by factors such as trophic interactions and physical conditions.

Bacterial carbon processing by generalist species in the coastal ocean.

Die Assimilation und die Mineralisierung der gel&ouml;ste organische Kohlenstoff (DOC) von marine Bacterioplankton ist ein wichtiger Prozess im Ozean Kohlenstoffkreislauf. Es besteht jedoch wenig Informationen auf die spezifischen Stoffwechselfunktionen des beteiligten Bakterien und ob einzelne Taxa auf bestimmte Komponenten der marine DOC Pool zu spezialisieren. Hier verwenden wir experimentelle Metagenomik zu zeigen, dass die K&uuml;stengemeinden durch Taxa in der Lage sind, eine Vielzahl von organischen Kohlenstoffverbindungen metabolisierenden aufgef&uuml;llt werden. Genomische DNA aus bakteriellen Gemeinschaft Untergruppen eine Modell-Komponente des Pools DOC metabolisierenden erfasst (entweder Dimethylsulphoniopropionate oder vanillate) erhebliche &Uuml;berschneidungen in gen Komposition sowie eine Vielfalt an Kohlenstoff-Verarbeitungsfunktionen jenseits der ausgew&auml;hlten Ph&auml;notypen zeigte. Unser direkte Ma&szlig; der Breite Nische f&uuml;r bakterielle funktionale Assemblagen zufolge nach &ouml;kologischen Theorie, Heterogenit&auml;t in der Zusammensetzung und Lieferung von organischem Kohlenstoff auf k&uuml;stennahen Meere Generalist Bakterien beg&uuml;nstigen kann. In das wichtige Zusammenspiel von mikrobiellen Gemeinschaftsstruktur und biogeochemische Radfahren, heterotrophe K&uuml;stengemeinden m&ouml;glicherweise weniger durch vor&uuml;bergehende Ver&auml;nderungen in der Kohlenstoff-Reservoir, die sie verarbeiten und mehr von Faktoren wie trophische Interaktionen und physikalischen Bedingungen gesteuert.

Bakterielle Kohlenstoff Verarbeitung durch Generalist Arten in den k&uuml;stennahen Ozean.

L&#39;assimilazione e mineralizzazione del carbonio organico disciolto (DOC) di bacterioplankton marine &egrave; un processo importante nel ciclo del carbonio sull&#39;oceano. Tuttavia, poche informazioni esistono le funzioni metaboliche specifiche di batteri partecipanti e se singoli taxa si specializzata su particolari componenti della piscina DOC Marina. Qui usiamo la metagenomica sperimentale per mostrare che le comunit&agrave; costiere sono popolate da taxa capaci di metabolizzare un&#39;ampia variet&agrave; di composti di carbonio organico. DNA genomico catturato da sottoinsiemi di comunit&agrave; batteriche metabolizzare un componente singolo modello della piscina DOC (o dimethylsulphoniopropionate o Vanillato) ha mostrato notevole sovrapposizione nel gene composizione, nonch&eacute; una diversit&agrave; di capacit&agrave; di elaborazione del carbonio di l&agrave; dei fenotipi selezionati. La nostra misura diretta dell&#39;ampiezza di nicchia per assemblaggi funzionali batterici indica che, in conformit&agrave; con la teoria ecologica, eterogeneit&agrave; nella composizione e fornitura di carbonio organico a costiere degli oceani possono favorire batteri generalista. Nell&#39;importante interazione tra struttura della comunit&agrave; microbica e biogeochimici in bicicletta, le comunit&agrave; costiere eterotrofi possono essere controllati meno dai cambiamenti transitori nel serbatoio carbonio che elaborano e pi&ugrave; da fattori quali le interazioni trofiche e condizioni fisiche.

Carbonio batterica trattamento da parte di specie generalista nell&#39;oceano costiera.

&#x6D77;&#x6D0B;bacterioplankton&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x6EB6;&#x5B58;&#x6709;&#x6A5F;&#x70AD;&#x7D20;&#xFF08;DOC&#xFF09;&#x306E;&#x540C;&#x5316;&#x3068;&#x9271;&#x5316;&#x4F5C;&#x7528;&#x306F;&#x3001;&#x6D77;&#x6D0B;&#x70AD;&#x7D20;&#x5FAA;&#x74B0;&#x306E;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x60C5;&#x5831;&#x306F;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x53C2;&#x52A0;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306B;&#x3001;&#x500B;&#x3005;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306F;&#x3001;&#x6D77;&#x6D0B;DOC&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x306B;&#x7279;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x304B;&#x3069;&#x3046;&#x304B;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x5730;&#x57DF;&#x306F;&#x3001;&#x6709;&#x6A5F;&#x70AD;&#x7D20;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x306E;&#x3055;&#x307E;&#x3056;&#x307E;&#x306A;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x306E;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x79FB;&#x5165;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5B9F;&#x9A13;&#x7684;&#x306A;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; DOC&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#xFF08;dimethylsulphoniopropionate&#x307E;&#x305F;&#x306F;vanillate&#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B;&#xFF09;&#x306E;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30E2;&#x30C7;&#x30EB;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x3059;&#x308B;&#x7D30;&#x83CC;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x304B;&#x3089;&#x30AD;&#x30E3;&#x30D7;&#x30C1;&#x30E3;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;DNA&#x306F;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x7D44;&#x6210;&#x7269;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3060;&#x3051;&#x3067;&#x306A;&#x304F;&#x3001;&#x9078;&#x629E;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x8868;&#x73FE;&#x578B;&#x3092;&#x8D85;&#x3048;&#x305F;&#x70AD;&#x7D20;&#x51E6;&#x7406;&#x80FD;&#x529B;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x6027;&#x304C;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x91CD;&#x8907;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3002;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306A;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30CB;&#x30C3;&#x30C1;&#x5E45;&#x306E;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x76F4;&#x63A5;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x306F;&#x3001;&#x751F;&#x614B;&#x7CFB;&#x306E;&#x7406;&#x8AD6;&#x306B;&#x5F93;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x306E;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6709;&#x6A5F;&#x70AD;&#x7D20;&#x306E;&#x7D44;&#x6210;&#x3068;&#x4F9B;&#x7D66;&#x306E;&#x4E0D;&#x5747;&#x4E00;&#x6027;&#x304C;&#x30B8;&#x30A7;&#x30CD;&#x30E9;&#x30EA;&#x30B9;&#x30C8;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x3092;&#x597D;&#x3080;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x69CB;&#x9020;&#x3068;&#x7269;&#x8CEA;&#x5FAA;&#x74B0;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x306E;&#x5F93;&#x5C5E;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306F;&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x6804;&#x990A;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3068;&#x7269;&#x7406;&#x7684;&#x6761;&#x4EF6;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x8981;&#x56E0;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x5F7C;&#x3089;&#x306F;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x70AD;&#x7D20;&#x30EA;&#x30B6;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC;&#x306E;&#x4E00;&#x6642;&#x7684;&#x306A;&#x5909;&#x5316;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x4EE5;&#x4E0B;&#x306B;&#x5236;&#x5FA1;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3002;

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&#xB3D9;&#xD654;&#xC640; &#xD574;&#xC591; bacterioplankton&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC6A9; &#xC874;&#xB41C; &#xC720;&#xAE30; &#xD0C4;&#xC18C; (DOC)&#xC758; &#xAC15;&#xD654; &#xB300;&#xC591; &#xD0C4;&#xC18C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD074;&#xC758; &#xC8FC;&#xC694; &#xACFC;&#xC815;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xC791;&#xC740; &#xC815;&#xBCF4; &#xBC0F; &#xC5EC;&#xBD80; &#xAC1C;&#xBCC4; taxa &#xD574;&#xC591; &#xB2E5; &#xD480;&#xC758; &#xD2B9;&#xC815; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xC5D0; &#xC804;&#xBB38; &#xCC38;&#xC5EC; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xC758; &#xD2B9;&#xC815; &#xB300;&#xC0AC; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xC874;&#xC7AC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC2E4;&#xD5D8; metagenomics &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xD574;&#xC548; &#xC9C0;&#xC5ED; &#xC0AC;&#xD68C; taxa metabolizing &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xC720;&#xAE30; &#xD0C4;&#xC18C; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C;&#xC758; &#xB2A5;&#xB825;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xCC44;&#xC6CC;&#xC9D1;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC138;&#xADE0; &#xACF5;&#xB3D9;&#xCCB4; &#xD558;&#xC704; &#xC9D1;&#xD569; DOC &#xD480;&#xC758; &#xB2E8;&#xC77C; &#xBAA8;&#xB378; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; metabolizing&#xC5D0;&#xC11C; &#xCEA1;&#xCC98;&#xD55C; genomic DNA (&#xC5B4;&#xB290; dimethylsulphoniopropionate &#xB610;&#xB294; vanillate) &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAD6C;&#xC131;&#xC740; &#xC120;&#xD0DD;&#xD55C; &#xACE0;&#xAE30; &#xB118;&#xC5B4; &#xD0C4;&#xC18C; &#xCC98;&#xB9AC; &#xB2A5;&#xB825;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591;&#xC131;&#xC5D0; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xC911;&#xBCF5;&#xC744; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. &#xC138;&#xADE0; &#xAE30;&#xB2A5; assemblages&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD2C8;&#xC0C8; &#xD3ED;&#xC758; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC9C1;&#xC811; &#xCE21;&#xC815;, &#xC0DD;&#xD0DC; &#xC774;&#xB860;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xAD6C;&#xC131;&#xACFC; &#xD574;&#xC548; &#xBC14;&#xB2E4; &#xC720;&#xAE30; &#xD0C4;&#xC18C;&#xC758; &#xACF5;&#xAE09;&#xC774; &#xC77C;&#xBC18; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544;&#xB97C; &#xBD80;&#xD0C1; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xD654;&#xD559;&#xC801; &#xC0AC;&#xC774;&#xD074;&#xB9C1; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;, &#xD574;&#xC548; heterotrophic &#xACF5;&#xB3D9;&#xCCB4; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xACFC;&#xB3C4; &#xBCC0;&#xD654;&#xB97C; &#xCC98;&#xB9AC; &#xD558;&#xB294; &#xD0C4;&#xC18C; &#xC800;&#xC218;&#xC9C0;&#xC640; trophic &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xBC0F; &#xC2E0;&#xCCB4; &#xC870;&#xAC74; &#xB4F1;&#xC758; &#xC694;&#xC778;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xB354;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xB35C; &#xC81C;&#xC5B4;.

&#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xD0C4;&#xC18C; &#xD574;&#xC548; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC77C;&#xBC18; &#xC885;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xCC98;&#xB9AC; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

La asimilaci&#xF3;n y la mineralizaci&#xF3;n del carbono org&#xE1;nico disuelto (COD) por el bacterioplancton marino es un proceso importante en el ciclo del carbono oce&#xE1;nico. Sin embargo, existe poca informaci&#xF3;n sobre las funciones espec&#xED;ficas del metabolismo de las bacterias que participan y sobre si los distintos taxones se especializan en determinados componentes de la marina Piscina Departamento de Comercio. Aqu&#xED; se utiliza la metagen&#xF3;mica experimentales para demostrar que las comunidades costeras est&#xE1;n pobladas por grupos taxon&#xF3;micos capaz de metabolizar una gran variedad de compuestos de carbono org&#xE1;nico. El ADN gen&#xF3;mico capturado de subconjuntos comunidad bacteriana metabolizantes un modelo &#xFA;nico componente de la piscina DOC (ya sea dimethylsulphoniopropionate o vanillato) mostraron solapamiento sustancial en la composici&#xF3;n de genes, as&#xED; como una diversidad de capacidades de procesamiento de carbono m&#xE1;s all&#xE1; de los fenotipos seleccionados. La medida directa de la amplitud del nicho de bacterias conjuntos funcionales indica que, de acuerdo con la teor&#xED;a ecol&#xF3;gica, la heterogeneidad en la composici&#xF3;n y el suministro de carbono org&#xE1;nico en los oc&#xE9;anos costeros pueden favorecer las bacterias generalistas. En la importante interacci&#xF3;n entre la estructura de la comunidad microbiana y los ciclos biogeoqu&#xED;micos, las comunidades costeras heter&#xF3;trofos pueden ser controladas menos por cambios transitorios en el dep&#xF3;sito de carbono que el proceso y m&#xE1;s por factores tales como las interacciones tr&#xF3;ficas y condiciones f&#xED;sicas.

Procesamiento de carbono bacteriana por especies generalistas en el oc&#xE9;ano costero

&#x4E0D;&#x65AD;&#x4E0A;&#x5347;&#x7684;&#x6D77;&#x5E73;&#x9762;&#x548C;&#x8FC7;&#x5EA6;&#x6C34;&#x63D0;&#x6B3E;&#x4E0A;&#x6E38;&#x6B63;&#x5728;&#x4EE5;&#x524D;&#x6DE1;&#x6C34;&#x7684;&#x6CBF;&#x6D77;&#x751F;&#x6001;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x76D0;&#x6E0D;&#x3002;&#x6DE1;&#x6C34;&#x76D0;&#x6C34;&#x754C;&#x9762;&#x4E2D;&#x7684;&#x53D8;&#x5F02;&#x7684;&#x690D;&#x7269;&#x548C;&#x52A8;&#x7269;&#x56DE;&#x5E94;&#x6709;&#x5145;&#x5206;&#x7814;&#x7A76;&#x8FC7;&#x5728;&#x6CBF;&#x6D77;&#x5730;&#x533A; &#xFF1B;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7ED3;&#x6784;&#x548C;&#x529F;&#x80FD;&#x5BF9;&#x6D77;&#x6C34;&#x5165;&#x4FB5;&#x7684;&#x53CD;&#x5E94;&#x4ECD;&#x7136;&#x76F8;&#x5BF9;&#x86EE;&#x8352;&#x4E4B;&#x5730;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x53EF;&#x4EE5;&#x7528;&#x5206;&#x5B50;&#x7684;&#x529E;&#x6CD5;&#x6765;&#x8BC4;&#x4EF7;&#x5230;&#x6DE1;&#x6C34;&#x6C89;&#x79EF;&#x7269;&#x5B54;&#x9699;&#x6C34;&#x76D0;&#x5EA6;&#x6C34;&#x5E73;&#x63A7;&#x5236;&#x53D8;&#x5316;&#x4ECE;&#x5965;&#x5C14;&#x5854;&#x9A6C;&#x970D;&#x6CB3;&#x3001; &#x683C;&#x9C81;&#x5409;&#x4E9A;&#x3001; &#x7F8E;&#x56FD;&#x539F;&#x6838;&#x793E;&#x4F1A;&#x7684;&#x53CD;&#x5E94;&#x3002;&#x8FD9;&#x9879;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x662F;&#x4EE5;&#x524D;&#x53D1;&#x8868;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x62A5;&#x544A;&#xFF0C;&#x63CF;&#x8FF0;&#x4ECE;&#x5B54;&#x9699;&#x6C34;&#x76D0;&#x5EA6;&#x589E;&#x52A0;&#x4ECE; 0 &#x5230; 10&#xFF0C;&#x4F7F;&#x7528;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x5BA4;&#x6D41;&#x901A;&#x8FC7;&#x6C99;&#x6838;&#x5FC3;&#x751F;&#x7269;&#x53CD;&#x5E94;&#x5668;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x6587;&#x6863;&#x66F4;&#x6539;&#x5230;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x7ED3;&#x679C;&#x7684;&#x4F34;&#x4FA3;&#x8D85;&#x8FC7; 35 &#x5929;&#x3002;&#x6B63;&#x5982;&#x62A5;&#x544A;&#x4E2D;&#x5357;&#x5DE5;&#x4E1A;&#x5927;&#x5B66;&#x5728;&#x97E6;&#x65AF;&#x987F; &#xFF08;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#xFF0C;77:375-408&#x3001; 62&#xFF09;&#x3001; &#x5B54;&#x9699;&#x6C34;&#x5316;&#x5B66;&#x76D1;&#x6D4B;&#xFF0C;&#x548C;&#x82AF;&#x88AB;&#x727A;&#x7272;&#x5728; 0&#x3001; 9&#x3001; 15&#x3001; &#x548C; 35 &#x5929;&#xFF0C;&#x5728;&#x8FD9;&#x6BB5;&#x65F6;&#x95F4;&#x6211;&#x4EEC;&#x5B8C;&#x6210;&#x672B;&#x7AEF;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x7247;&#x6BB5;&#x957F;&#x5EA6;&#x591A;&#x6001;&#x6027;&#x548C; 16S rRNA &#x514B;&#x9686;&#x5E93;&#x5206;&#x6790;&#x6C89;&#x79EF;&#x7269;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x3002;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x7814;&#x7A76;&#x8BB0;&#x5F55;&#x4E86;&#x4EBA;&#x5DE5;&#x6D77;&#x6C34;&#x6DFB;&#x52A0;&#x54CD;&#x5E94;&#x4E0B;&#x964D;&#x4EA7;&#x7532;&#x70F7;&#x3001; &#x94C1;&#x51CF;&#x5C11;&#xFF0C;&#x589E;&#x52A0;&#x4E86;&#x77AC;&#x6001;&#x548C;&#x6700;&#x540E;&#x5360;&#x4E3B;&#x5BFC;&#x5730;&#x4F4D;&#x7684;&#x786B;&#x9178;&#x76D0;&#x8FD8;&#x539F;&#x6210;&#x77FF;&#x4F5C;&#x7528;&#x901A;&#x8DEF;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A;&#x8BF4;&#xFF0C;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x620F;&#x5267;&#x6027;&#x548C;&#x91CD;&#x5927;&#x7684;&#x66F4;&#x6539;&#xFF0C;&#x5728;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x6D3B;&#x6027;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x4E00;&#x7EA7;&#xFF0C;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x63A7;&#x5236;&#x4E0E;&#x6D77;&#x6C34;&#x4FEE;&#x6B63;&#x6CBB;&#x7597;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6216;&#x53E4;&#x6210;&#x5458;&#x4E4B;&#x95F4;&#x88AB;&#x53D1;&#x73B0;&#x6CA1;&#x6709;&#x663E;&#x8457;&#x5DEE;&#x5F02;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6D77;&#x6C34;&#x4FEE;&#x6B63;&#x6CBB;&#x7597;&#x793E;&#x533A;&#x7684;&#x5206;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x5E76;&#x6CA1;&#x6709;&#x6210;&#x4E3A;&#x66F4;&quot;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6837;&quot;&#x901A;&#x8FC7;&#x7684;&#x65F6;&#x95F4;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x8868;&#x660E;&#x968F;&#x7740;&#x6D77;&#x6C34;&#x4FB5;&#x5165;&#x5230;&#x6DE1;&#x6C34;&#x6C89;&#x79EF;&#x7269;&#xFF0C;&#x5728;&#x51E0;&#x4E2A;&#x661F;&#x671F;&#x7684;&#x65F6;&#x95F4;&#x523B;&#x5EA6;&#x4EE3;&#x8C22;&#x6D3B;&#x52A8;&#x548C;&#x78B3;&#x77FF;&#x5316;&#x4E2D;&#x89C2;&#x5BDF;&#x5230;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x7531;&#x66F4;&#x8F6E;&#x73ED;&#x5728;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x4E0E;&#x8C03;&#x63A7;&#x6BD4;&#x6240;&#x7EC4;&#x6210;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x3002;

&#x6D77;&#x6C34;&#x4FEE;&#x8BA2;&#x4F4E;&#x76D0;&#x5EA6;&#x6F6E;&#x6C50;&#x6C89;&#x79EF;&#x7269;&#x4E2D;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x54CD;&#x5E94;&#x3002;

Rising sea levels and excessive water withdrawals upstream are making previously freshwater coastal ecosystems saline. Plant and animal responses to variation in the freshwater-saline interface have been well studied in the coastal zone; however, microbial community structure and functional response to seawater intrusion remains relatively unexplored. Here, we used molecular approaches to evaluate the response of the prokaryotic community to controlled changes in porewater salinity levels in freshwater sediments from the Altamaha River, Georgia, USA. This work is a companion to a previously published study describing results from an experiment using laboratory flow-through sediment core bioreactors to document biogeochemical changes as porewater salinity was increased from 0 to 10 over 35 days. As reported in Weston et al. (Biogeochemistry, 77:375-408, 62), porewater chemistry was monitored, and cores were sacrificed at 0, 9, 15, and 35 days, at which time we completed terminal restriction fragment length polymorphism and 16S rRNA clone library analyses of sediment microbial communities. The biogeochemical study documented changes in mineralization pathways in response to artificial seawater additions, with a decline in methanogenesis, a transient increase in iron reduction, and finally a dominance of sulfate reduction. Here, we report that, despite these dramatic and significant changes in microbial activity at the biogeochemical level, no significant differences were found between microbial community composition of control vs. seawater-amended treatments for either Bacterial or Archaeal members. Further, taxa in the seawater-amended treatment community did not become more "marine-like" through time. Our experiment suggests that, as seawater intrudes into freshwater sediments, observed changes in metabolic activity and carbon mineralization on the time scale of weeks are driven more by shifts in gene expression and regulation than by changes in the composition of the microbial community.

Microbial community response to seawater amendment in low-salinity tidal sediments.

La mont&#xE9;e des eaux et les pr&#xE9;l&#xE8;vements d&#x26;#39;eau excessifs en amont font &#xE9;cosyst&#xE8;mes d&#x26;#39;eau douce auparavant c&#xF4;ti&#xE8;res salines. R&#xE9;ponses v&#xE9;g&#xE9;tales et animales &#xE0; la variation de l&#x26;#39;interface eau douce-sal&#xE9;e ont &#xE9;t&#xE9; bien &#xE9;tudi&#xE9;s dans la zone c&#xF4;ti&#xE8;re, mais la structure des communaut&#xE9;s microbiennes et la r&#xE9;ponse fonctionnelle &#xE0; l&#x26;#39;intrusion d&#x26;#39;eau de mer demeure relativement inexplor&#xE9;. Ici, nous avons utilis&#xE9; des approches mol&#xE9;culaires pour &#xE9;valuer la r&#xE9;ponse de la communaut&#xE9; procaryote aux changements contr&#xF4;l&#xE9;s dans les niveaux de salinit&#xE9; dans l&#x26;#39;eau interstitielle des s&#xE9;diments d&#x26;#39;eau douce de la rivi&#xE8;re Altamaha, G&#xE9;orgie, USA. Ce travail est un compagnon &#xE0; une &#xE9;tude pr&#xE9;c&#xE9;demment publi&#xE9;e d&#xE9;crivant les r&#xE9;sultats d&#x26;#39;une exp&#xE9;rience &#xE0; l&#x26;#39;aide de flux par le biais de laboratoire bior&#xE9;acteurs de carottes de s&#xE9;diments pour documenter les changements biog&#xE9;ochimiques comme la salinit&#xE9; eau interstitielle a &#xE9;t&#xE9; augment&#xE9;e de 0 &#xE0; 10 plus de 35 jours. Comme indiqu&#xE9; dans Weston et al. (Biog&#xE9;ochimie, 77:375-408, 62), la chimie interstitielle a &#xE9;t&#xE9; suivie, et les noyaux ont &#xE9;t&#xE9; sacrifi&#xE9;s &#xE0; 0, 9, 15, et 35 jours, au moment o&#xF9; nous avons termin&#xE9; la borne polymorphisme de longueur des fragments de restriction et des analyses 16S ARNr banque de clones de s&#xE9;diments communaut&#xE9;s microbiennes. L&#x26;#39;&#xE9;tude biog&#xE9;ochimique sur les changements de voies de min&#xE9;ralisation en r&#xE9;ponse &#xE0; des ajouts d&#x26;#39;eau de mer artificielle, avec une baisse de la m&#xE9;thanog&#xE9;n&#xE8;se, une augmentation transitoire de la r&#xE9;duction du fer, et enfin une dominance de la r&#xE9;duction du sulfate. Ici, nous d&#xE9;clarons que, malgr&#xE9; ces changements dramatiques et importants dans l&#x26;#39;activit&#xE9; microbienne au niveau biog&#xE9;ochimique, aucune diff&#xE9;rence significative n&#x26;#39;a &#xE9;t&#xE9; trouv&#xE9;e entre la composition de la communaut&#xE9; microbienne de contr&#xF4;le vs l&#x26;#39;eau de mer modifi&#xE9;e traitements ni pour les membres bact&#xE9;riennes ou Archaea. En outre, les taxons &#xE0; l&#x26;#39;eau de mer-modifi&#xE9;e traitement en milieu communautaire ne sont pas devenus plus &#xAB;marin-like&#x26;quot; &#xE0; travers le temps. Notre exp&#xE9;rience sugg&#xE8;re que, comme l&#x26;#39;eau de mer intrusion dans les s&#xE9;diments d&#x26;#39;eau douce, les changements observ&#xE9;s dans l&#x26;#39;activit&#xE9; m&#xE9;tabolique et de la min&#xE9;ralisation du carbone sur l&#x26;#39;&#xE9;chelle de temps des semaines sont davantage motiv&#xE9;e par des changements dans l&#x26;#39;expression des g&#xE8;nes et de la r&#xE9;glementation que par les changements dans la composition de la communaut&#xE9; microbienne.

R&#xE9;ponse de la communaut&#xE9; microbienne &#xE0; l&#x26;#39;amendement d&#x26;#39;eau de mer dans le Bas-salinit&#xE9; des s&#xE9;diments des mar&#xE9;es

Steigende Meeresspiegel und &uuml;berm&auml;&szlig;ige Wasser machen Abhebungen stromaufw&auml;rts zuvor S&uuml;&szlig;wasser K&uuml;sten&ouml;kosysteme saline. Pflanzlichen und tierischen Antworten zu Variation in der S&uuml;&szlig;wasser-Kochsalzl&ouml;sung-Schnittstelle wurden auch in der K&uuml;stenzone untersucht; mikrobielle Gemeinschaftsstruktur und funktionelle Reaktion auf Meerwasser Eindringen bleibt jedoch relativ unerforscht. Hier verwendet wir Molekulare Ans&auml;tze zur Bewertung der Antwort der prokaryotischen Gemeinschaft kontrollierten &Auml;nderungen im Porenwasser Salzigkeit Niveaus in S&uuml;&szlig;wasser Sedimenten aus dem Altamaha River, Georgia, USA. Diese Arbeit ist eine Erg&auml;nzung zu einer zuvor ver&ouml;ffentlichten Studie, die Ergebnisse aus einem Experiment mit Labor Passagen-Sediment Kern-Bioreaktoren zu biogeochemischen Dokument&auml;nderungen Porenwasser Salzgehalt von 0 bis 10 stiegen &uuml;ber 35 Tage. Wie berichtet in Weston Et Al. (Biogeochemie, 77:375-408, 62), Porenwasser Chemie wurde &uuml;berwacht und Kerne wurden geopfert, um 0, 9, 15 und 35 Tagen, zu welcher Zeit wir terminal Beschr&auml;nkung Fragment L&auml;nge Polymorphie und 16S rRNA Klon Bibliothek Analysen von Sediment mikrobielle Gemeinschaften abgeschlossen. Biogeochemische Studie dokumentiert &Auml;nderungen in Mineralisierung Wege als Reaktion auf k&uuml;nstliche Meerwasser Erg&auml;nzungen, mit einem R&uuml;ckgang der Methanbildung, einen vor&uuml;bergehenden Anstieg der Eisenreduktion und schlie&szlig;lich eine Dominanz der Sulfat-Reduktion. Hier wurden berichten wir, dass trotz dieser dramatischen und signifikanten Ver&auml;nderungen in mikrobielle Aktivit&auml;t auf biogeochemische Ebene, keine signifikanten Unterschiede zwischen mikrobiellen Gemeinschaft Zusammensetzung des Steuerelements vs. Meerwasser-ge&auml;ndert von Behandlungen f&uuml;r bakterielle oder Archaea Mitglieder gefunden. Dar&uuml;ber hinaus sind Taxa in der Meerwasser-ge&auml;ndert Behandlung-Gemeinschaft nicht mehr &quot;Marine-Like&quot; durch die Zeit geworden. Unser Experiment vermuten als Salzwasser in S&uuml;&szlig;wasser Sedimente eingreift, beobachtete Ver&auml;nderungen in metabolische Aktivit&auml;t und Kohlenstoff-Mineralisierung auf der Zeitskala Wochen st&auml;rker durch Ver&auml;nderungen in der Genexpression und Verordnung als durch &Auml;nderungen in der Zusammensetzung der mikrobiellen Gemeinschaft gelenkt.

Mikrobielle Gemeinschaftsreaktion auf Meerwasser &Auml;nderungsantrag in niedrigen Salzgehalt Gezeiten Sedimenten.

Aumento del livello del mare e d&#39;acqua eccessivo prelievi a Monte stanno facendo ecosistemi costieri in precedenza acqua dolci salina. Animale e vegetale le risposte alla variazione nell&#39;interfaccia acqua dolce-saline sono state studiate bene nelle zone costiere; Tuttavia, struttura della comunit&agrave; microbica e risposta funzionale alle intrusioni di acqua di mare rimane relativamente inesplorato. Qui, abbiamo utilizzato approcci molecolari per valutare la risposta della Comunit&agrave; procariote controllata cambiamenti nei livelli di salinit&agrave; insaturo nei sedimenti d&#39;acqua dolce dal fiume Altamaha, Georgia, USA. Questo lavoro &egrave; un compagno per un studio precedentemente pubblicato che descrive i risultati da un esperimento utilizzando il laboratorio flow-through sediment core bioreattori biogeochimici modifiche documento come salinit&agrave; insaturo &egrave; stato aumentato da 0 a 10 per 35 giorni. Come segnalato in Weston et al (biogeochimica, 77:375-408, 62), insaturo chimica &egrave; stato monitorato e nuclei venivano sacrificati a 0, 9, 15 e 35 giorni, momento in cui abbiamo completato la restrizione terminale frammento lunghezza polimorfismo e 16S rRNA clone libreria analisi della comunit&agrave; microbica dei sedimenti. Lo studio biogeochimico documentati cambiamenti nei percorsi di mineralizzazione in risposta ad aggiunte di acqua di mare artificiale, con un declino della metanogenesi, un aumento transitorio nella riduzione del ferro e infine una dominanza di riduzione del solfato. Qui, segnaliamo che, nonostante questi drammatici e significativi cambiamenti nell&#39;attivit&agrave; microbica a livello biogeochimico, differenze significative sono state riscontrate tra composizione della comunit&agrave; microbica del controllo vs trattamenti modificata da acqua di mare per i membri o batteriche o Archaeal. Ulteriormente, taxa appartenenti alla comunit&agrave; di trattamento dell&#39;acqua di mare-modificato non &egrave; diventato pi&ugrave; &quot;marine-like&quot; attraverso il tempo. Il nostro esperimento suggerisce che, come acqua di mare si intromette nei sedimenti d&#39;acqua dolce, cambiamenti osservati nella mineralizzazione di carbonio e attivit&agrave; metabolica sulla scala di tempo di settimane sono spinti pi&ugrave; da cambiamenti nell&#39;espressione genica e regolamento rispetto dai cambiamenti nella composizione della comunit&agrave; microbica.

Risposta di comunit&agrave; microbica all&#39;emendamento di acqua di mare nei sedimenti mareale bassa salinit&agrave;.

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&#xD574; &#xC218; &#xBA74; &#xC0C1;&#xC2B9;&#xACFC; &#xACFC;&#xB3C4; &#xD55C; &#xBB3C; &#xC778;&#xCD9C; &#xC0C1;&#xB958; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xB2F4; &#xC218; &#xD574;&#xC548; &#xC0DD;&#xD0DC;&#xACC4;&#xB97C; &#xC2DD; &#xC5FC; &#xC218; &#xB9CC;&#xB4E4;&#xACE0; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC2DD; &#xC5FC; &#xC218; &#xB2F4; &#xC218; &#xC778;&#xD130;&#xD398;&#xC774;&#xC2A4;&#xC758; &#xD3B8;&#xCC28;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBB3C;&#xACFC; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xC751;&#xB2F5; &#xC798; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xD574;&#xC548; &#xC601;&#xC5ED;; &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xAD6C;&#xC870;&#xC640; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC751;&#xB2F5; &#xD574; &#xC218; &#xCE68;&#xC785;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0C1;&#xB300;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBBF8;&#xAC1C;&#xCC99; &#xB0A8;&#xC544; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xBD84;&#xC790; &#xC811;&#xADFC; &#xC788;&#xC5C8;&#xAE30;&#xC5D0; &#xAC15;, &#xC870;&#xC9C0;&#xC544;, &#xBBF8;&#xAD6D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2F4; &#xC218; &#xD1F4;&#xC801; &#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C; porewater &#xC5FC; &#xBD84; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC81C;&#xC5B4; &#xBCC0;&#xD654; prokaryotic &#xC0AC;&#xD68C;&#xC758; &#xBC18;&#xC751; &#xD3C9;&#xAC00;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9;. &#xC774; &#xC791;&#xD488;&#xC740; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xAC8C;&#xC2DC; &#xB41C; &#xC5F0;&#xAD6C; porewater &#xC5FC; &#xBD84; &#xC99D;&#xAC00; 0&#xC5D0;&#xC11C; 10&#xC73C;&#xB85C; &#xC2E4;&#xD5D8;&#xC2E4; &#xCE68;&#xC804; &#xBB3C; &#xD750;&#xB984;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xCF54;&#xC5B4; bioreactors &#xBB38;&#xC11C; &#xD654;&#xD559;&#xC801; &#xBCC0;&#xD654;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xACB0;&#xACFC; &#xC124;&#xBA85; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xBC18;&#xC790; 35 &#xC77C; &#xB3D9;&#xC548;. &#xB9C8;&#xCC2C;&#xAC00;&#xC9C0;&#xB85C; &#xC6E8;&#xC2A4;&#xD134; &#xC678;. (Biogeochemistry, 77:375-408, 62), porewater &#xD654;&#xD559;&#xC744; &#xBAA8;&#xB2C8;&#xD130;&#xB9C1; &#xD558; &#xACE0; &#xCF54;&#xC5B4; 0, 9, 15, &#xBC0F; 35 &#xC77C;, &#xC5B4;&#xB290; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC5D0; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xC81C;&#xD55C; &#xC870;&#xAC01;&#xC758; &#xAE38;&#xC774; &#xB2E4;&#xD615;&#xC131; &#xBC0F; 16S rRNA &#xBCF5;&#xC81C; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xBD84;&#xC11D; &#xD1F4;&#xC801; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xC644;&#xB8CC;&#xC5D0; &#xD76C;&#xC0DD; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xD654;&#xD559;&#xC801; &#xC5F0;&#xAD6C; methanogenesis, &#xCCA0; &#xBD84; &#xAC10;&#xC18C;&#xC5D0; &#xC77C;&#xC2DC;&#xC801;&#xC778; &#xC99D;&#xAC00; &#xB9C8;&#xC9C0;&#xB9C9;&#xC73C;&#xB85C; &#xD669;&#xC0B0; &#xAC10;&#xC18C;&#xC758; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xAC10;&#xC18C;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xC778;&#xACF5; &#xD574; &#xC218; &#xCD94;&#xAC00;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5; &#xAC15;&#xD654; &#xACBD;&#xB85C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCC0;&#xACBD; &#xB0B4;&#xC6A9;&#xC744; &#xBB38;&#xC11C;&#xD654;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xADF9;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xBCC0;&#xD654; &#xD654;&#xD559;&#xC801; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0;, &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C;, &#xC0C1;&#xB2F9;&#xD55C; &#xCC28;&#xC774;&#xAC00; &#xC138;&#xADE0; &#xB610;&#xB294; Archaeal &#xD68C;&#xC6D0;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCE58;&#xB8CC; &#xD574; &#xC218; &#xAC1C;&#xC815; &#xB300; &#xCEE8;&#xD2B8;&#xB864;&#xC758; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xAD6C;&#xC131; &#xC0AC;&#xC774; &#xBC1C;&#xACAC; &#xB410;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, &#xD574; &#xC218; &#xC218;&#xC815; &#xCE58;&#xB8CC; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC5D0;&#xC11C; taxa &#xB354; &quot;&#xB9C8;&#xB9B0; &#xAC19;&#xC740;&quot; &#xC2DC;&#xAC04;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574;&#xAC00; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC558;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC2E4;&#xD5D8;, &#xD574; &#xC218; &#xB2F4; &#xC218; &#xD1F4;&#xC801; &#xBB3C;&#xC5D0;&#xB294; &#xCE68;&#xC785;&#xC790;&#xB85C; &#xC8FC; &#xC2DC;&#xAC04; &#xADDC;&#xBAA8;&#xB85C; &#xB300;&#xC0AC; &#xD65C;&#xB3D9;&#xACFC; &#xD0C4;&#xC18C; &#xAC15;&#xD654;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAD00;&#xCC30; &#xB41C; &#xBCC0;&#xD654;&#xB294; &#xAD6C;&#xB3D9; &#xB354; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xAD6C;&#xC131;&#xC758; &#xBCC0;&#xD654;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBCC0;&#xD654; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xACFC; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xADDC;&#xC815;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC81C;&#xC548;.

&#xB0AE;&#xC740; &#xC5FC; &#xBD84; &#xAC2F;&#xBC8C; &#xD1F4;&#xC801; &#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD574; &#xC218; &#xC218;&#xC815;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xC751;&#xB2F5;

El aumento del nivel del mar y los retiros excesivos de agua aguas arriba est&#xE1;n haciendo previamente los ecosistemas costeros de agua dulce de soluci&#xF3;n salina. Respuestas de las plantas y animales a la variaci&#xF3;n en la interfaz agua dulce-salada han sido bien estudiados en la zona costera, sin embargo, la estructura de la comunidad microbiana y la respuesta funcional a la intrusi&#xF3;n de agua de mar se mantiene relativamente sin explorar. En este caso, hemos utilizado m&#xE9;todos moleculares para evaluar la respuesta de la comunidad procariota a los cambios controlados en los niveles de salinidad intersticial en sedimentos de agua dulce del r&#xED;o Altamaha, Georgia, EE.UU.. Este trabajo es un complemento de un estudio publicado anteriormente que describe los resultados de un experimento utilizando el flujo a trav&#xE9;s de biorreactores de laboratorio b&#xE1;sicos de sedimentos para documentar los cambios biogeoqu&#xED;micos como la salinidad intersticial se aument&#xF3; de 0 a 10 durante 35 d&#xED;as. Como se inform&#xF3; en Weston et al. (Biogeoqu&#xED;mica, 77:375-408, 62), la qu&#xED;mica de agua intersticial se control&#xF3;, y los n&#xFA;cleos fueron sacrificados a los 0, 9, 15, y 35 d&#xED;as, momento en el que hemos completado terminal del fragmento de restricci&#xF3;n polimorfismo de la longitud y el 16S rRNA an&#xE1;lisis de la biblioteca de clones de los sedimentos las comunidades microbianas. El estudio biogeoqu&#xED;mico documentado cambios en las v&#xED;as de mineralizaci&#xF3;n en respuesta a las adiciones de agua de mar artificial, con una disminuci&#xF3;n de la producci&#xF3;n de metano, un aumento transitorio en la reducci&#xF3;n de hierro, y, finalmente, un predominio de la reducci&#xF3;n del sulfato. En este caso, nos informan de que, a pesar de estos cambios dram&#xE1;ticos y significativos en la actividad microbiana en el nivel de biogeoqu&#xED;mica, no se encontraron diferencias significativas entre la composici&#xF3;n de la comunidad microbiana de control de agua de mar frente a los tratamientos modificados, ya sea para los miembros o bacterianas Archaea. Adem&#xE1;s, los taxones en el agua de mar modificada de tratamiento comunitario no lleg&#xF3; a ser m&#xE1;s &#x26;quot;marino como&#x26;quot; a trav&#xE9;s del tiempo. Nuestro experimento sugiere que, como se inmiscuye en los sedimentos del agua de mar de agua dulce, los cambios observados en la actividad metab&#xF3;lica y la mineralizaci&#xF3;n de carbono en la escala de tiempo de semanas est&#xE1;n m&#xE1;s motivados por los cambios en la expresi&#xF3;n g&#xE9;nica y la regulaci&#xF3;n que por los cambios en la composici&#xF3;n de la comunidad microbiana.

Respuesta de la comunidad microbiana del agua de mar a la enmienda en los sedimentos de baja salinidad de las mareas

&#x6CBF;&#x6D77;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x4ECE;&#x9646;&#x5730;&#x548C;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6765;&#x6E90;&#x63A7;&#x5236;&#x6EB6;&#x89E3;&#x6709;&#x673A;&#x78B3; (DOC) &#x7684;&#x6D41;&#x52A8;&#xFF0C;&#x5230;&#x6D77;&#x6D0B;&#x98DF;&#x7269;&#x7F51;&#xFF0C;&#x548C;&#x7BA1;&#x5236;&#x65E0;&#x673A;&#x78B3;&#x91CA;&#x653E;&#x5230;&#x5927;&#x6C14;&#x548C;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7684;&#x6C34;&#x5E93;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x5316;&#x5B66;&#x590D;&#x6742;&#x6CBF;&#x6D77; DOC &#x6C34;&#x5E93;&#x7684;&#x547D;&#x8FD0;&#x65E9;&#x5DF2;&#x516C;&#x8BA4;&#x7684;&#x5168;&#x7403;&#x78B3;&#x9884;&#x7B97;&#x7684;&#x4E00;&#x9879;&#x91CD;&#x8981;&#x529F;&#x80FD;&#xFF0C;&#x5B83;&#x4E00;&#x76F4;&#x6709;&#x95EE;&#x9898;&#xFF0C;&#x627E;&#x51FA;&#x8FD9;&#x4E24;&#x79CD;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x78B3;&#x901A;&#x91CF;&#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x6E20;&#x9053;&#x548C;&#x4E2A;&#x522B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x4E2D;&#x8FDB;&#x884C;&#x8C03;&#x89E3;&#x7684;&#x901A;&#x91CF;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x5206;&#x6790;&#x968F;&#x673A;&#x4ECE;&#x6CBF;&#x6D77;&#x7EC6;&#x83CC;&#x793E;&#x4F1A;&#x786E;&#x5B9A;&#x5E8F;&#x5217;&#x4EE3;&#x8868; DOC &#x8F6C;&#x8FD0;&#x86CB;&#x767D;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5E93;&#x3002;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x5E95;&#x7269;&#x8868;&#x8FBE;&#x8F6C;&#x8FD0;&#x86CB;&#x767D;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x793A;&#x7FA7;&#x9178;&#x3001; &#x76F8;&#x5BB9;&#x3001; &#x591A;&#x80FA;&#x53CA;&#x8840;&#x8102;&#x53EF;&#x80FD;&#x5728;&#x6CBF;&#x6D77;&#x6C34;&#x57DF;&#xFF0C;&#x9664;&#x4E86;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x3001; &#x80BD;&#x548C;&#x78B3;&#x6C34;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x7B49;&#x89C4;&#x8303;&#x7EC6;&#x83CC;&#x57FA;&#x8D28;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x6D3B;&#x6027; DOC &#x6C60;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x7EC4;&#x6210;&#x90E8;&#x5206;&#x3002;&#x4E00;&#x534A;&#x5728;&#x6B64;&#x6CBF;&#x6D77;&#x6D77;&#x6D0B;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE; DOC &#x8F6C;&#x8FD0;&#x86CB;&#x767D;&#x5E8F;&#x5217;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x6E90;&#x81EA;&#x53EA;&#x6709; 8 &#x4E2A;&#x7C7B;&#x7FA4;&#xFF1A; Roseobacter&#x3001; SAR11&#x3001; Flavobacteriales &#x548C; &gamma;-Proteobacteria &#x4E94;&#x4E2A;&#x547D;&#x4EE4;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x6240;&#x6709;&#x4E3B;&#x8981;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x8868;&#x793A;&#x67D0;&#x4E9B; DOC &#x7EC4;&#x4EF6; &#xFF08;&#x4F8B;&#x5982;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;) &#x8F6C;&#x8FD0;&#x86CB;&#x767D;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x4F46;&#x6709;&#x8FF9;&#x8C61;&#x7684;&#x5176;&#x4ED6;&#x4EBA; &#xFF08;&#x4F8B;&#x5982;&#x78B3;&#x6C34;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x3001; &#x7FA7;&#x9178;&#x548C;&#x591A;&#x80FA;&#xFF09; &#x5728;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x793E;&#x533A;&#x5185;&#x7684;&#x4E13;&#x4E1A;&#x5316;&#x3002;&#x589E;&#x52A0;&#x7684;&#x6D6E;&#x6E38;&#x690D;&#x7269;&#x6216;&#x7EF4;&#x7BA1;&#x690D;&#x7269;&#x6E90;&#x6027;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x6D53;&#x5EA6;&#x7684;&#x5929;&#x7136; DOC &#x6C60;&#x5B9E;&#x9A8C;&#x64CD;&#x4F5C;&#x8C03;&#x7528;&#x7EC6;&#x83CC;&#x8F6C;&#x8FD0;&#x86CB;&#x767D;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x968F;&#x65F6;&#x6D4B;&#x91CF;&#x7684;&#x54CD;&#x5E94;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x89E3;&#x51B3;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x78B3;&#x901A;&#x91CF;&#x4E3A;&#x5F02;&#x517B;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7EC6;&#x80DE;&#x89C6;&#x56FE;&#x6807;&#x8BC6;&#x7684;&#x6CBF;&#x6D77; DOC &#x6C60;&#x53EF;&#x80FD;&#x4E73;&#x6E90;&#x7EC4;&#x4EF6;&#xFF0C;&#x5E76;&#x7A81;&#x51FA;&#x663E;&#x793A;&#x78B3;&#x8425;&#x4E1A;&#x989D;&#x4E3A;&#x9A7B;&#x5730;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7C7B;&#x7FA4;&#x7684;&#x751F;&#x6001;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E0D;&#x540C;&#x3002;

&#x6CBF;&#x6D77;&#x6D6E;&#x6E38;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6EB6;&#x89E3;&#x6709;&#x673A;&#x78B3;&#x7684;&#x56DE;&#x5E94;&#x4E2D;&#x6240;&#x8868;&#x793A;&#x7684;&#x8F6C;&#x8FD0;&#x86CB;&#x767D;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;

Coastal ocean bacterioplankton control the flow of dissolved organic carbon (DOC) from terrestrial and oceanic sources into the marine food web, and regulate the release of inorganic carbon to atmospheric and offshore reservoirs. While the fate of the chemically complex coastal DOC reservoir has long been recognized as a critical feature of the global carbon budget, it has been problematic to identify both the compounds that serve as major conduits for carbon flux and the roles of individual bacterioplankton taxa in mediating that flux. Here we analyse random libraries of expressed genes from a coastal bacterial community to identify sequences representing DOC-transporting proteins. Predicted substrates of expressed transporter genes indicated that carboxylic acids, compatible solutes, polyamines and lipids may be key components of the biologically labile DOC pool in coastal waters, in addition to canonical bacterial substrates such as amino acids, oligopeptides and carbohydrates. Half of the expressed DOC transporter sequences in this coastal ocean appeared to originate from just eight taxa: Roseobacter, SAR11, Flavobacteriales and five orders of gamma-Proteobacteria. While all major taxa expressed transporter genes for some DOC components (e.g. amino acids), there were indications of specialization within the bacterioplankton community for others (e.g. carbohydrates, carboxylic acids and polyamines). Experimental manipulations of the natural DOC pool that increased the concentration of phytoplankton- or vascular plant-derived compounds invoked a readily measured response in bacterial transporter gene expression. This highly resolved view of the potential for carbon flux into heterotrophic bacterioplankton cells identifies possible bioreactive components of the coastal DOC pool and highlights differing ecological roles in carbon turnover for the resident bacterial taxa.

Transporter genes expressed by coastal bacterioplankton in response to dissolved organic carbon.

Coastal contr&#xF4;le bact&#xE9;rioplancton marin le flux de carbone organique dissous (DOC) &#xE0; partir de sources terrestres et oc&#xE9;aniques dans la cha&#xEE;ne alimentaire marine, et de r&#xE9;glementer la lib&#xE9;ration du carbone inorganique aux r&#xE9;servoirs atmosph&#xE9;riques et offshore. Alors que le sort du r&#xE9;servoir DOC chimiquement complexe c&#xF4;tier a longtemps &#xE9;t&#xE9; reconnu comme une caract&#xE9;ristique essentielle du budget global du carbone, il a &#xE9;t&#xE9; difficile d&#x26;#39;identifier &#xE0; la fois les compos&#xE9;s qui servent de conduits majeurs pour le flux de carbone et les r&#xF4;les des taxons individuels bact&#xE9;rioplancton dans la m&#xE9;diation que le flux. Ici, nous analysons les biblioth&#xE8;ques al&#xE9;atoires de g&#xE8;nes exprim&#xE9;s &#xE0; partir d&#x26;#39;une communaut&#xE9; c&#xF4;ti&#xE8;re bact&#xE9;rienne &#xE0; identifier des s&#xE9;quences repr&#xE9;sentant DOC-le transport des prot&#xE9;ines. Substrats Pr&#xE9;dictions de g&#xE8;nes de transporteurs exprim&#xE9;s ont indiqu&#xE9; que les acides carboxyliques, des solut&#xE9;s compatibles, les polyamines et les lipides peuvent &#xEA;tre des composants cl&#xE9;s de la piscine biologique labile DOC dans les eaux c&#xF4;ti&#xE8;res, en plus de canoniques substrats bact&#xE9;riens tels que les acides amin&#xE9;s, les oligopeptides et les glucides. La moiti&#xE9; des transporteurs s&#xE9;quences exprim&#xE9;es DOC dans cette oc&#xE9;an c&#xF4;tier semblaient provenir de seulement huit taxons: Roseobacter, SAR11, Flavobacteriales et cinq commandes de gamma-prot&#xE9;obact&#xE9;ries. Bien que tous les principaux taxons exprim&#xE9; g&#xE8;nes de transporteurs pour certains composants DOC (par exemple, les acides amin&#xE9;s), il y avait des indications de sp&#xE9;cialisation au sein de la communaut&#xE9; bact&#xE9;rioplancton pour d&#x26;#39;autres (par exemple des hydrates de carbone, des acides carboxyliques et des polyamines). Les manipulations exp&#xE9;rimentales de la piscine naturelle DOC que l&#x26;#39;augmentation de la concentration de phytoplancton ou vasculaires d&#x26;#39;origine v&#xE9;g&#xE9;tale compos&#xE9;s invoqu&#xE9; une r&#xE9;ponse facilement mesur&#xE9;s dans l&#x26;#39;expression du transporteur du g&#xE8;ne bact&#xE9;rien. Ce point de vue &#xE0; haute r&#xE9;solution du potentiel de flux de carbone dans les cellules bact&#xE9;rioplancton h&#xE9;t&#xE9;rotrophe identifie possibles composants bior&#xE9;actifs de la piscine c&#xF4;ti&#xE8;re DOC et met en &#xE9;vidence diff&#xE9;rents r&#xF4;les &#xE9;cologiques de chiffre d&#x26;#39;affaires de carbone pour les taxons r&#xE9;sident bact&#xE9;rienne.

G&#xE8;nes de transporteurs exprim&#xE9;es par bact&#xE9;rioplancton c&#xF4;ti&#xE8;re en r&#xE9;ponse &#xE0; carbone organique dissous

K&uuml;ste Ozean Bacterioplankton den Fluss der gel&ouml;ste organische Kohlenstoff (DOC) aus terrestrischen und ozeanischen Quellen in marinen Nahrungsnetzes kontrollieren und regulieren die Freisetzung von anorganischen Kohlenstoff, atmosph&auml;rische und offshore-Stauseen. W&auml;hrend das Schicksal des chemisch komplexen K&uuml;sten DOC Stausees seit langem als eine kritische Funktion von den globalen CO2-Haushalt anerkannt hat, war es problematisch, die beide die Verbindungen zu identifizieren, die als gro&szlig;en Wegbereitern des Kohlenstoff-Fluss und die Rollen der einzelnen Bacterioplankton Taxa in der Vermittlung dieses Flussmittel dienen. Hier analysieren wir zuf&auml;llige Bibliotheken der exprimierten Genen von einem bakteriellen K&uuml;stengemeinde Sequenzen, die DOC-transportierende Proteine zu identifizieren. Vorhergesagte Substrate exprimierten Transporter Gene darauf hingewiesen, dass m&ouml;glicherweise Carbons&auml;uren, kompatible Analyten, Polyamine und Lipide Schl&uuml;sselkomponenten des biologisch zersetzliche DOC Pools in K&uuml;stengew&auml;ssern, neben der kanonischen bakterielle Substrate wie Aminos&auml;uren, Oligopeptide und Kohlenhydrate. Die H&auml;lfte der zum Ausdruck gebrachten DOC Transporter Sequenzen in diesem Ozean K&uuml;sten von nur acht Taxa stammen schien: Roseobacter, SAR11, Flavobacteriales und f&uuml;nf Auftr&auml;ge der Gamma-Proteobakterien. W&auml;hrend alle gro&szlig;en Taxa Transporter Gene f&uuml;r einige DOC-Komponenten (z.B. Aminos&auml;uren) exprimiert, gab es Hinweise auf Spezialisierung innerhalb der Gemeinschaft Bacterioplankton f&uuml;r andere (z.B. Kohlenhydrate, Carbons&auml;uren und Polyaminen). Experimentelle Manipulationen des nat&uuml;rlichen DOC Pools, der die Konzentration von Phytoplankton oder Gef&auml;&szlig;pflanzen-abgeleiteten Verbindungen gestiegen aufgerufen, eine leicht gemessene Reaktion in bakterielle Transporter-Genexpression. Dieses Problem gel&ouml;st hoch, Blick auf das Potential f&uuml;r CO2-Fluss in heterotrophe Bacterioplankton Zellen identifiziert m&ouml;gliche Bioreactive Komponenten des K&uuml;sten-DOC Pools und highlights unterschiedliche &ouml;kologische Rollen in CO2-Umsatz der resident bakterielle Taxa.

Transporter-Genen von K&uuml;sten Bacterioplankton Reaktion auf ge&auml;u&szlig;erte gel&ouml;ster organischer Kohlenstoff.

Coastal ocean bacterioplankton controllano il flusso di carbonio organico disciolto (DOC) da fonti terrestri e oceaniche in marine food web e regolano il rilascio di carbonio inorganico a serbatoi atmosferici e offshore. Mentre il destino del serbatoio chimicamente complesso DOC costiero lunga &egrave; stato riconosciuto come una caratteristica fondamentale del bilancio globale del carbonio, &egrave; stato problematico per identificare entrambi i composti che servono come conduttori principali per il flusso di carbonio e i ruoli di bacterioplankton singoli taxa in quel flusso di mediazione. Qui analizziamo le librerie casuale di geni espressi da una comunit&agrave; batterica costiera per identificare sequenze che rappresentano le proteine di trasporto di DOC. Predetti substrati di geni espressi trasportatore indicato che gli acidi carbossilici, soluti compatibili, poliammine e lipidi possono essere componenti chiave della piscina DOC biologicamente labile in acque costiere, oltre alle canoniche batterici substrati come amminoacidi, oligopeptidi e carboidrati. Met&agrave; delle sequenze transporter DOC espresse in questo oceano costiera apparve a provengono da appena otto taxa: Roseobacter, SAR11, Flavobacteriales e cinque ordini di gamma-Proteobacteria. Mentre tutti i taxa principali espressi geni del trasportatore per alcuni componenti DOC (ad esempio gli aminoacidi), c&#39;erano indicazioni di specializzazione all&#39;interno della Comunit&agrave; di bacterioplankton per altri (ad esempio carboidrati, acidi carbossilici e poliammine). Manipolazioni sperimentali della piscina naturale DOC che aumenta la concentrazione di fitoplancton Tracheobionta-derivati o composti richiamato una risposta facilmente misurata nell&#39;espressione del gene trasportatore batterica. Questo altamente risolto vista del potenziale per il flusso di carbonio nelle cellule di bacterioplankton eterotrofi identifica possibili bioreactive componenti della piscina costiera DOC e mette in evidenza diversi ruoli ecologici nel fatturato di carbonio per i taxa batterici residenti.

Geni del trasportatore espressi dalla costiera bacterioplankton in risposta a carbonio organico disciolto.

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Roseobacter&#x3001;SAR11&#x3001;Flavobacteriales&#x3068;&#x3B3;-&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30D0;&#x30AF;&#x30C6;&#x30EA;&#x30A2;&#x306E;5&#x6841;&#xFF1A;&#x3053;&#x306E;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x6D77;&#x6D0B;&#x3067;&#x767A;&#x73FE;DOC&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x7CFB;&#x5217;&#x306E;&#x534A;&#x5206;&#x306F;&#x3001;&#x308F;&#x305A;&#x304B;8&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306B;&#x7531;&#x6765;&#x3059;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x898B;&#x3048;&#x305F;&#x3002;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x5206;&#x985E;&#x7FA4;&#x306F;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;DOC&#x6210;&#x5206;&#xFF08;&#x4F8B;&#x3048;&#x3070;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#xFF09;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x767A;&#x73FE;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x9593;&#x3001;&#x4ED6;&#x306E;&#x4EBA;bacterioplankton&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x5185;&#x306E;&#x5C02;&#x9580;&#x306E;&#x5146;&#x5019;&#xFF08;&#x4F8B;&#x3048;&#x3070;&#x3001;&#x70AD;&#x6C34;&#x5316;&#x7269;&#x3001;&#x30AB;&#x30EB;&#x30DC;&#x30F3;&#x9178;&#x3068;&#x30DD;&#x30EA;&#x30A2;&#x30DF;&#x30F3;&#xFF09;&#x3067;&#x3042;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x690D;&#x7269;&#x30D7;&#x30E9;&#x30F3;&#x30AF;&#x30C8;&#x30F3;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x7DAD;&#x7BA1;&#x675F;&#x690D;&#x7269;&#x7531;&#x6765;&#x306E;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x306E;&#x6FC3;&#x5EA6;&#x3092;&#x5897;&#x52A0;&#x3055;&#x305B;&#x3001;&#x81EA;&#x7136;DOC&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x306E;&#x5B9F;&#x9A13;&#x64CD;&#x4F5C;&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x83CC;&#x6027;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x306B;&#x304A;&#x3044;&#x3066;&#x5BB9;&#x6613;&#x306B;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3092;&#x547C;&#x3073;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5F93;&#x5C5E;bacterioplankton&#x7D30;&#x80DE;&#x3078;&#x306E;&#x70AD;&#x7D20;&#x30D5;&#x30E9;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x306B;&#x89E3;&#x6C7A;&#x30D3;&#x30E5;&#x30FC;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x5E38;&#x99D0;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x70AD;&#x7D20;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x30AA;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC;&#x306E;&#x751F;&#x614B;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x6CBF;&#x5CB8;DOC&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x3068;&#x30CF;&#x30A4;&#x30E9;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;bioreactive&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x6EB6;&#x5B58;&#x6709;&#x6A5F;&#x70AD;&#x7D20;&#x3078;&#x306E;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3067;&#x6CBF;&#x5CB8;Bacterioplankton&#x3067;&#x8868;&#x3057;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;

&#xD574;&#xC548; &#xBC14;&#xB2E4; bacterioplankton &#xD574;&#xC591; &#xC2DD;&#xD488; &#xC6F9;&#xC73C;&#xB85C; &#xC9C0;&#xC0C1;&#xD30C; &#xBC0F; &#xD574;&#xC591; &#xC18C;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6A9; &#xC874;&#xB41C; &#xC720;&#xAE30; &#xD0C4;&#xC18C; (DOC)&#xC758; &#xD750;&#xB984;&#xC744; &#xC81C;&#xC5B4; &#xD558; &#xACE0; &#xB300;&#xAE30; &#xD558; &#xACE0; &#xD574;&#xC678; &#xC800;&#xC218;&#xC9C0;&#xB85C; &#xBB34;&#xAE30; &#xD0C4;&#xC18C; &#xCD9C;&#xC2DC; &#xADDC;&#xC81C;. &#xD654;&#xD559;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xD574;&#xC548; DOC &#xC800;&#xC218;&#xC9C0;&#xC758; &#xC6B4;&#xBA85;&#xC744; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xD0C4;&#xC18C; &#xC608;&#xC0B0;&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xC2DD; &#xC624;&#xB798; &#xB3D9;&#xC548; &#xD0C4;&#xC18C; &#xC720;&#xB7C9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC8FC;&#xC694; &#xB3C4;&#xAD00; &#xBC0F; &#xC911;&#xC7AC; &#xADF8; &#xC18D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC1C;&#xBCC4; bacterioplankton taxa&#xC758; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xB450; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C;&#xC744; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xB294; &#xBB38;&#xC81C;&#xAC00; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC784;&#xC758;&#xC758; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; DOC &#xC218;&#xC1A1; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xB300;&#xD45C; &#xD558;&#xB294; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xB294; &#xD574;&#xC548; &#xC138;&#xADE0; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD45C;&#xD604;&#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;. &#xD45C;&#xD604;&#xB41C; &#xC804;&#xC1A1; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC608;&#xCE21;&#xB41C; &#xAE30;&#xD310; &#xD45C;&#xC2DC; carboxylic &#xC0B0;, &#xD638;&#xD658; solutes, polyamines &#xBC0F; &#xC9C0;&#xC9C8; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0;, &#xD3A9;&#xD0C0;&#xC774;&#xB4DC;, &#xD0C4;&#xC218;&#xD654;&#xBB3C; &#xB4F1;&#xACFC; &#xC815;&#xC2DD; &#xC138;&#xADE0; &#xAE30;&#xD310; &#xC774;&#xC678;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xC548; &#xD574; &#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC815;&#xD55C; &#xB2E5; &#xD480;&#xC758; &#xC8FC;&#xC694; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xD574;&#xC548; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0; &#xD45C;&#xD604;&#xB41C; &#xBB38;&#xC11C; &#xC804;&#xC1A1; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xC808;&#xBC18; &#xB2E8;&#xC9C0; 8 &#xAC1C;&#xC758; taxa&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD55C; &#xAC83;&#xC73C;&#xB85C; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0AC;&#xB2E4;: Roseobacter, SAR11, Flavobacteriales &#xBC0F; &#xAC10;&#xB9C8;-Proteobacteria&#xC758; 5 &#xAC1C; &#xC8FC;&#xBB38; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBAA8;&#xB4E0; &#xC8FC;&#xC694; taxa &#xC77C;&#xBD80; &#xBB38;&#xC11C; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C; (&#xC608;: &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0;)&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC804;&#xC1A1; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD45C;&#xD604;, &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; (&#xC608;&#xB97C; &#xB4E4;&#xC5B4; &#xD0C4;&#xC218;&#xD654;&#xBB3C;, carboxylic &#xC0B0; &#xBC0F; polyamines) &#xB2E4;&#xB978; &#xC0AC;&#xB78C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; bacterioplankton &#xC9C0;&#xC5ED; &#xC0AC;&#xD68C; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC804;&#xBB38;&#xC131;&#xC758; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC2E4;&#xD5D8; &#xC870;&#xC791; &#xC2DD;&#xBB3C;&#xC131; &#xD50C;&#xB791;&#xD06C;&#xD1A4; &#xC774;&#xB098; &#xD608;&#xAD00; &#xC2DD;&#xBB3C; &#xC720;&#xB798; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C;&#xC758; &#xB18D;&#xB3C4;&#xAC00; &#xC99D;&#xAC00; &#xD558;&#xB294; &#xC790;&#xC5F0; &#xB2E5; &#xD480;&#xC758; &#xC138;&#xADE0;&#xC131; &#xC804;&#xC1A1; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC27D;&#xAC8C; &#xCE21;&#xC815;&#xB41C; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5; &#xD638;&#xCD9C;. &#xC774; &#xB9E4;&#xC6B0; heterotrophic bacterioplankton &#xC140;&#xC73C;&#xB85C; &#xD0C4;&#xC18C; &#xC720;&#xB7C9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xB825;&#xC758; &#xBCF4;&#xAE30; &#xD574;&#xC548; &#xB2E5; &#xD480;&#xC758; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; bioreactive &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; &#xC0C1;&#xC8FC; &#xC138;&#xADE0; taxa&#xC758; &#xD0C4;&#xC18C; &#xD68C;&#xC804;&#xC728;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xC0DD;&#xD0DC; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xAC15;&#xC870; &#xD574;&#xACB0;.

&#xC6B4;&#xC1A1;&#xC5C5; &#xC790; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD574;&#xC548; bacterioplankton &#xC6A9; &#xC874;&#xB41C; &#xC720;&#xAE30; &#xD0C4;&#xC18C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC751;&#xB2F5;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC73C;&#xB85C; &#xD45C;&#xD604;.

El control costero bacterioplancton marino el flujo de carbono org&#xE1;nico disuelto (COD) a partir de fuentes terrestres y oce&#xE1;nicas en la red alimentaria marina, y regular la liberaci&#xF3;n de carbono inorg&#xE1;nico en dep&#xF3;sitos atmosf&#xE9;ricos y en el mar. Mientras el destino de la reserva costera qu&#xED;micamente complejos Departamento de Comercio ha sido reconocida como una caracter&#xED;stica fundamental del presupuesto mundial de carbono, que ha sido problem&#xE1;tico para identificar tanto los compuestos que sirven como conductos principales para el flujo de carbono y las funciones de los taxones bacterioplancton persona en la mediaci&#xF3;n que el flujo. Aqu&#xED; se analizan las bibliotecas al azar de genes que se expresan de una comunidad bacteriana costera para identificar las secuencias que representan a DOC-el transporte de prote&#xED;nas. Sustratos previstos de transportador de genes expresados &#x200B;&#x200B;indican que los &#xE1;cidos carbox&#xED;licos, solutos compatibles y poliaminas y los l&#xED;pidos pueden ser componentes clave de la piscina DOC biol&#xF3;gicamente l&#xE1;bil en las aguas costeras, adem&#xE1;s de los can&#xF3;nicos sustratos bacterianos, tales como amino&#xE1;cidos, oligop&#xE9;ptidos y los carbohidratos. La mitad de las secuencias expresadas transportador de DOC en este oc&#xE9;ano costero parec&#xED;a proceder de tan s&#xF3;lo ocho taxones: Roseobacter, SAR11, Flavobacteriales y cinco &#xF3;rdenes de gamma-proteobacterias. Si bien todos los principales taxones expres&#xF3; transportador de genes para algunos componentes del DOC (por ejemplo, amino&#xE1;cidos), hab&#xED;a indicios de especializaci&#xF3;n dentro de la comunidad bacterioplancton para otros (por ejemplo, los hidratos de carbono, &#xE1;cidos carbox&#xED;licos y poliaminas). Las manipulaciones experimentales de la piscina DOC natural que aument&#xF3; la concentraci&#xF3;n de fitoplancton, o compuestos derivados de plantas vasculares, invocada una respuesta medir con facilidad en la expresi&#xF3;n bacteriana gen del transportador. Este punto de vista muy resuelto del potencial de flujo de carbono en las c&#xE9;lulas bacterioplancton heterotr&#xF3;fico identifica posibles componentes biorreactivos de la costa piscina DOC y pone de relieve diferentes papeles ecol&#xF3;gicos en el volumen de negocios de carbono para los taxones de bacterias residentes.

Transportador de genes expresados &#x200B;&#x200B;por bacterioplancton costera en respuesta a carbono org&#xE1;nico disuelto

Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism (T-RFLP) est une technique utilis&#xE9;e pour analyser des communaut&#xE9;s microbiennes complexes. Il permet la quantification des phylotypes uniques ou num&#xE9;riquement dominante dans les piscines amplicons et il a &#xE9;t&#xE9; utilis&#xE9; principalement pour les comparaisons entre les diff&#xE9;rentes communaut&#xE9;s. T-RFPred, pr&#xE9;vision Fragment Terminal-Restriction, a &#xE9;t&#xE9; d&#xE9;velopp&#xE9; pour identifier et affecter les informations taxonomiques &#xE0; des pics de chromatogramme d&#x26;#39;une empreinte digitale T-RFLP pour une description plus compl&#xE8;te des communaut&#xE9;s microbiennes. Le programme estime la taille des fragments de s&#xE9;quences pr&#xE9;vue 16S repr&#xE9;sentatives de g&#xE8;nes d&#x26;#39;ARNr (soit &#xE0; partir d&#x26;#39;un clone de biblioth&#xE8;que compl&#xE9;mentaire ou de bases de donn&#xE9;es publiques) pour une amorce donn&#xE9;e et l&#x26;#39;enzyme de restriction (s) et fournit affectations taxonomiques candidats.

T-RFPred: un outil de s&#xE9;quence nucl&#xE9;otidique Taille de pr&#xE9;diction pour Description de la communaut&#xE9; microbienne Bas&#xE9; sur chromatogrammes fragment terminal-par polymorphisme de restriction

Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism (T-RFLP) ist eine Technik, um komplexe mikrobielle Gemeinschaften zu analysieren. Es erm&ouml;glicht die Quantifizierung der eindeutigen oder numerisch dominierende Phylotypen in Amplikons-Pools und er wurde in erster Linie f&uuml;r Vergleiche zwischen unterschiedlichen Gemeinschaften eingesetzt. T-RFPred, Terminal-Beschr&auml;nkung Fragment Vorhersage, wurde entwickelt, um zu identifizieren und taxonomische Informationen Chromatogramm Gipfel eines T-RFLP-Fingerabdrucks eine umfassendere Beschreibung der mikrobiellen Gemeinschaften zuweisen. Das Programm sch&auml;tzt die erwarteten Fragmentgr&ouml;&szlig;e repr&auml;sentativen 16S rRNA Gensequenzen (entweder aus einer erg&auml;nzenden Klon-Bibliothek oder aus &ouml;ffentlichen Datenbanken) f&uuml;r eine gegebene Grundierung und Restriction enzyme(s) und bietet Kandidat taxonomische Zuordnungen.

T-RFPred: ein Nukleotid-Sequenz Gr&ouml;&szlig;e Vorhersage Tool f&uuml;r mikrobiellen Gemeinschaft Beschreibung basierend auf Terminal-Beschr&auml;nkung Fragment-L&auml;nge Polymorphie Chromatogramme.

Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism (T-RFLP) is a technique used to analyze complex microbial communities. It allows for the quantification of unique or numerically dominant phylotypes in amplicon pools and it has been used primarily for comparisons between different communities. T-RFPred, Terminal-Restriction Fragment Prediction, was developed to identify and assign taxonomic information to chromatogram peaks of a T-RFLP fingerprint for a more comprehensive description of microbial communities. The program estimates the expected fragment size of representative 16S rRNA gene sequences (either from a complementary clone library or from public databases) for a given primer and restriction enzyme(s) and provides candidate taxonomic assignments.

T-RFPred: a nucleotide sequence size prediction tool for microbial community description based on terminal-restriction fragment length polymorphism chromatograms.

Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism (T-RFLP) &egrave; una tecnica utilizzata per analizzare le comunit&agrave; microbiche complesse. Permette la quantificazione di phylotypes unico o numericamente dominante nell&#39;amplicon piscine ed &egrave; stato usato principalmente per i confronti tra diverse comunit&agrave;. T-RFPred, Terminal-Restriction Fragment previsione, &egrave; stato sviluppato per identificare e assegnare informazioni tassonomiche a picchi del cromatogramma di un&#39;impronta digitale T-RFLP per una descrizione pi&ugrave; completa delle comunit&agrave; microbiche. Il programma stima la dimensione del frammento previsto di sequenze di geni rRNA 16S rappresentante (o da una libreria di clone complementari o da banche dati pubbliche) per un dato primer e restriction enzyme(s) e fornisce candidato assegnazioni tassonomiche.

T-RFPred: un nucleotide sequenza Dimensioni attrezzo di previsione per descrizione comunit&agrave; microbica basato su cromatogrammi di terminal-restriction fragment length polymorphism.

&#x7EC8;&#x7AEF;-&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x7247;&#x6BB5;&#x957F;&#x5EA6;&#x591A;&#x6001;&#x6027; (T-RFLP) &#x662F;&#x4E00;&#x79CD;&#x6280;&#x672F;&#xFF0C;&#x7528;&#x4E8E;&#x5206;&#x6790;&#x590D;&#x6742;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x3002;&#x5B83;&#x5141;&#x8BB8;&#x5728;&#x6269;&#x589E;&#x5B50;&#x6C60;&#x72EC;&#x7279;&#x6216;&#x6570;&#x503C;&#x4E3B;&#x8981;&#x7259;&#x5468;&#x75C5;&#x7684;&#x91CF;&#x5316;&#x548C;&#x5B83;&#x5DF2;&#x88AB;&#x4E3B;&#x8981;&#x7528;&#x4E8E;&#x4E0D;&#x540C;&#x793E;&#x533A;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x3002;T-RFPred&#xFF0C;&#x7EC8;&#x7AEF;&#x9650;&#x5236;&#x7247;&#x6BB5;&#x9884;&#x6D4B;&#xFF0C;&#x88AB;&#x4E3A;&#x4E86;&#x8BC6;&#x522B;&#x548C;&#x5206;&#x7C7B;&#x4FE1;&#x606F;&#x5206;&#x914D;&#x8272;&#x8C31;&#x5CF0;&#x7684; T-RFLP &#x6307;&#x7EB9;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x7684;&#x8F83;&#x4E3A;&#x5168;&#x9762;&#x7684;&#x63CF;&#x8FF0;&#x3002;&#x8BE5;&#x65B9;&#x6848;&#x4F30;&#x8BA1;&#x4EE3;&#x8868; 16S rRNA &#x57FA;&#x56E0;&#x5E8F;&#x5217; &#xFF08;&#x4ECE;&#x4E92;&#x8865;&#x514B;&#x9686;&#x5E93;&#xFF0C;&#x6216;&#x4ECE;&#x516C;&#x5171;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#xFF09; &#x7684;&#x9884;&#x671F;&#x7684;&#x7247;&#x6BB5;&#x5927;&#x5C0F;&#x4E3A;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7ED9;&#x5B9A;&#x7684;&#x5E95;&#x6F06;&#x548C; restriction enzyme(s)&#xFF0C;&#x5E76;&#x63D0;&#x4F9B;&#x5019;&#x9009;&#x4EBA;&#x5206;&#x7C7B;&#x5B66;&#x7684;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x5206;&#x914D;&#x3002;

T-RFPred&#xFF1A; &#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x5E8F;&#x5217;&#x5927;&#x5C0F;&#x9884;&#x6D4B;&#x5DE5;&#x5177;&#x7684;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x843D;&#x63CF;&#x8FF0;&#x57FA;&#x4E8E;&#x7EC8;&#x7AEF;-&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x7247;&#x6BB5;&#x957F;&#x5EA6;&#x591A;&#x6001;&#x6027;&#x56FE;&#x8C31;&#x3002;

&#x7AEF;&#x672B;&#x5236;&#x9650;&#x65AD;&#x7247;&#x9577;&#x591A;&#x578B;&#xFF08;T-RFLP&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x3092;&#x89E3;&#x6790;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30C6;&#x30AF;&#x30CB;&#x30C3;&#x30AF;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EA;&#x30B3;&#x30F3;&#x30D7;&#x30FC;&#x30EB;&#x5185;&#x306E;&#x4E00;&#x610F;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x6570;&#x5024;&#x7684;&#x306B;&#x652F;&#x914D;&#x7684;&#x306A;phylotypes&#x306E;&#x5B9A;&#x91CF;&#x5316;&#x3092;&#x53EF;&#x80FD;&#x306B;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x304C;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x9593;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4E3B;&#x306B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; T-RFPred&#x3001;&#x30BF;&#x30FC;&#x30DF;&#x30CA;&#x30EB;&#x306E;&#x5236;&#x9650;&#x9175;&#x7D20;&#x65AD;&#x7247;&#x4E88;&#x6E2C;&#x306F;&#x3001;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x3001;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x3088;&#x308A;&#x5305;&#x62EC;&#x7684;&#x306A;&#x8AAC;&#x660E;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x306F;&#x3001;T-RFLP&#x6307;&#x7D0B;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C8;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x30D4;&#x30FC;&#x30AF;&#x306B;&#x5206;&#x985E;&#x60C5;&#x5831;&#x3092;&#x5272;&#x308A;&#x5F53;&#x3066;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x958B;&#x767A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30FC;&#x3068;&#x5236;&#x9650;&#x9175;&#x7D20;&#xFF08;s&#xFF09;&#x306E;&#x4EE3;&#x8868;&#x7684;&#x306A;16S rRNA&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x914D;&#x5217;&#xFF08;&#x3069;&#x3061;&#x3089;&#x304B;&#x306E;&#x88DC;&#x5B8C;&#x7684;&#x306A;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x304B;&#x3089;&#x3001;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x516C;&#x5171;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#xFF09;&#x4E88;&#x60F3;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x65AD;&#x7247;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x3092;&#x63A8;&#x5B9A;&#x3057;&#x3001;&#x5019;&#x88DC;&#x306E;&#x5206;&#x985E;&#x306E;&#x5272;&#x308A;&#x5F53;&#x3066;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

T-RFPred&#xFF1A;&#x30BF;&#x30FC;&#x30DF;&#x30CA;&#x30EB;&#x5236;&#x9650;&#x65AD;&#x7247;&#x9577;&#x591A;&#x578B;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C8;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x3001;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x7FA4;&#x96C6;&#x306E;&#x8AAC;&#x660E;&#x5869;&#x57FA;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30BA;&#x4E88;&#x6E2C;&#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;

&#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xC81C;&#xD55C; &#xC870;&#xAC01;&#xC758; &#xAE38;&#xC774; &#xB2E4;&#xD615;&#xC131; (RFLP T) &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xB97C; &#xBD84;&#xC11D; &#xD558;&#xB294; &#xB370; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xC220;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. Amplicon &#xD480;&#xC5D0; &#xACE0;&#xC720; &#xD558;&#xAC70;&#xB098; &#xC22B;&#xC790;&#xB85C; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801;&#xC778; phylotypes&#xC758; &#xC815;&#xB7C9;&#xD654;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xBC0F; &#xB2E4;&#xB978; &#xC9C0;&#xC5ED; &#xC0AC;&#xD68C; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xBE44;&#xAD50;&#xC5D0; &#xC8FC;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC2DD;&#xBCC4; T RFLP &#xC9C0;&#xBB38;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xD3EC;&#xAD04;&#xC801;&#xC778; &#xC124;&#xBA85;&#xC740; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0;&#xC758; &#xD06C;&#xB85C;&#xB9C8; &#xBD09;&#xC6B0;&#xB9AC; taxonomic &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xD560;&#xB2F9; &#xD558;&#xB294; T-RFPred, &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xC81C;&#xD55C; &#xC870;&#xAC01; &#xC608;&#xCE21; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8;&#xACFC; &#xD2B9;&#xC815;&#xB41C; &#xB1CC;&#xAD00; &#xBC0F; restriction enzyme(s)&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; (&#xBCF4;&#xC644;&#xC801;&#xC778; &#xBCF5;&#xC81C; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xB098; &#xACF5;&#xC6A9; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC911;) &#xB300;&#xD45C; 16S rRNA &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xC608;&#xC0C1;&#xB41C; &#xC870;&#xAC01; &#xD06C;&#xAE30; &#xC608;&#xC0C1; &#xD6C4;&#xBCF4; taxonomic &#xD560;&#xB2F9;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

T-RFPred: &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xD06C;&#xAE30; &#xC608;&#xCE21; &#xB3C4;&#xAD6C;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xAE30;&#xBC18; &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xC81C;&#xD55C; &#xC870;&#xAC01;&#xC758; &#xAE38;&#xC774; &#xB2E4;&#xD615;&#xC131; chromatograms&#xB85C; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xC124;&#xBA85;.

Terminal de restricci&#xF3;n polimorfismo de longitud de fragmentos (T-RFLP) es una t&#xE9;cnica utilizada para analizar las comunidades microbianas complejas. Se permite la cuantificaci&#xF3;n de filotipos &#xFA;nicos o dominantes num&#xE9;ricamente en piscinas de amplificaci&#xF3;n y se ha utilizado principalmente para las comparaciones entre las diferentes comunidades. T-RFPred, Terminal-Restricci&#xF3;n de Predicci&#xF3;n de fragmentos, fue desarrollado para identificar y asignar la informaci&#xF3;n taxon&#xF3;mica a los picos del cromatograma de una huella digital T-RFLP para obtener una descripci&#xF3;n m&#xE1;s completa de las comunidades microbianas. El programa calcula el tama&#xF1;o del fragmento esperado de secuencias de genes rRNA 16S representativos (ya sea desde una biblioteca clon complementaria o de bases de datos p&#xFA;blicas) para un cebador dado y la enzima de restricci&#xF3;n (s) y proporciona asignaciones de candidatos taxon&#xF3;micos.

T-RFPred: Secuencia de nucle&#xF3;tidos de un tama&#xF1;o de herramienta de predicci&#xF3;n para la descripci&#xF3;n de la comunidad microbiana, teniendo en cromatogramas de restricci&#xF3;n terminal-polimorfismo de longitud de fragmentos

Xiaozhen Mou

Biological Sciences

Kent State University

Bromodeoxyuridine (BrdU) Labeling and Subsequent Fluorescence Activated Cell Sorting for Culture-independent Identification of Dissolved Organic Carbon-degrading Bacterioplankton