DNA Extraction from 0.22 &mu;M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

This method is used to extract high molecular weight genomic DNA from planktonic biomass concentrated on 0.22 &mu;M Sterivex filters that have been ...

University of British Columbia - UBC

&#x4F4E;&#x6C27;&#x533A;&#xFF0C;&#x4E5F;&#x79F0;&#x4E3A;&#x6D77;&#x6D0B;&quot;&#x6B7B;&#x4EA1;&#x533A;&#xFF0C;&quot;&#x662F;&#x56E0;&#x4E3A;&#x5168;&#x7403;&#x53D8;&#x6696;&#x76EE;&#x524D;&#x6B63;&#x5728;&#x6269;&#x5927;&#x7684;&#x666E;&#x904D;&#x6D77;&#x6D0B;&#x5B66;&#x7279;&#x5F81;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x540E;&#x751F;&#x751F;&#x547D;&#x7684;&#x8352;&#x51C9;&#xFF0C;&#x4ED6;&#x4EEC;&#x652F;&#x6301;&#x5176;&#x4EE3;&#x8C22;&#x6D3B;&#x52A8;&#x5F71;&#x54CD;&#x517B;&#x5206;&#x548C;&#x75D5;&#x91CF;&#x6C14;&#x4F53;&#x5FAA;&#x73AF;&#x5185;&#x5168;&#x7403;&#x6D77;&#x6D0B;&#x795E;&#x79D8;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x62A5;&#x544A;&#x6700;&#x4F4E;&#x533A;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269; (SUP05) &#x4E0E;&#x6709;&#x5173;&#x7684;&#x81EA;&#x517B;&#x9CC3;&#x5171;&#x751F;&#x7684;&#x6DF1;&#x6D77;&#x86E4;&#x3001; &#x8D3B;&#x8D1D;&#x7684;&#x65E0;&#x5904;&#x4E0D;&#x5728;&#x548C;&#x4E30;&#x5BCC;&#x4F46;&#x672A;&#x5F00;&#x57A6;&#x7684;&#x6C27;&#x83CC;&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x3002;SUP05 &#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6E2F;&#x53E3;&#x591A;&#x529F;&#x80FD;&#x6C47;&#x8F91; &#x300B; &#x8C03;&#x89E3;&#x81EA;&#x517B;&#x78B3;&#x540C;&#x5316;&#x3001; &#x786B;&#x6C27;&#x5316;&#x548C;&#x785D;&#x9178;&#x76D0;&#x547C;&#x5438;&#x9002;&#x5E94;&#x8303;&#x56F4;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x6C34;&#x5217;&#x6C27;&#x5316;&#x8FD8;&#x539F;&#x72B6;&#x6001;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x7406;&#x89E3;&#x5728;&#x6C27;&#x6C14;&#x4E0D;&#x8DB3;&#x7684;&#x5927;&#x6D0B;&#x6C34;&#x57DF;&#x7684;&#x4E2D;&#x4E0A;&#x5C42; SUP05 &#x7684;&#x751F;&#x6001;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x4F5C;&#x7528;&#x548C;&#x53CA;&#x5176;&#x5BF9;&#x73AF;&#x5883;&#x53D8;&#x5316;&#x7684;&#x6F5C;&#x5728;&#x654F;&#x611F;&#x6027;&#x63D0;&#x4F9B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x57FA;&#x7840;&#x3002;

&#x5B8F;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x901A;&#x7528; chemolithoautotroph &#x4ECE;&#x6269;&#x5927;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6B7B;&#x533A;&#x3002;

Oxygen minimum zones, also known as oceanic "dead zones," are widespread oceanographic features currently expanding because of global warming. Although inhospitable to metazoan life, they support a cryptic microbiota whose metabolic activities affect nutrient and trace gas cycling within the global ocean. Here, we report metagenomic analyses of a ubiquitous and abundant but uncultivated oxygen minimum zone microbe (SUP05) related to chemoautotrophic gill symbionts of deep-sea clams and mussels. The SUP05 metagenome harbors a versatile repertoire of genes mediating autotrophic carbon assimilation, sulfur oxidation, and nitrate respiration responsive to a wide range of water-column redox states. Our analysis provides a genomic foundation for understanding the ecological and biogeochemical role of pelagic SUP05 in oxygen-deficient oceanic waters and its potential sensitivity to environmental changes.

Metagenome of a versatile chemolithoautotroph from expanding oceanic dead zones.

Zones de minimum d&#x26;#39;oxyg&#xE8;ne, aussi connu comme &#x26;quot;zones mortes oc&#xE9;aniques&#xBB;, sont r&#xE9;pandues caract&#xE9;ristiques oc&#xE9;anographiques actuellement en expansion en raison du r&#xE9;chauffement climatique. Bien que inhospitali&#xE8;res &#xE0; la vie m&#xE9;tazoaire, ils soutiennent un microbiote cryptique dont les activit&#xE9;s affectent le cyclisme m&#xE9;tabolique des nutriments et de gaz de trace dans l&#x26;#39;oc&#xE9;an mondial. Ici, nous pr&#xE9;sentons une analyse m&#xE9;tag&#xE9;nomique d&#x26;#39;un microbe zone d&#x26;#39;oxyg&#xE8;ne minimum omnipr&#xE9;sente et abondante, mais inculte (SUP05) li&#xE9;e &#xE0; chimiotrophes symbiotes maillants de haute mer palourdes et les moules. Le m&#xE9;tag&#xE9;nome SUP05 abrite un r&#xE9;pertoire vari&#xE9; de g&#xE8;nes de m&#xE9;diation assimilation du carbone autotrophe, l&#x26;#39;oxydation du soufre, et la respiration nitrate en r&#xE9;ponse &#xE0; un large &#xE9;ventail de la colonne d&#x26;#39;eau &#xE9;tats redox. Notre analyse fournit une base g&#xE9;nomique pour comprendre le r&#xF4;le &#xE9;cologique et biog&#xE9;ochimique de SUP05 p&#xE9;lagiques dans les eaux oc&#xE9;aniques pauvres en oxyg&#xE8;ne et sa sensibilit&#xE9; potentielle aux changements environnementaux.

M&#xE9;tag&#xE9;nome d&#x26;#39;un Chemolithoautotroph polyvalent de l&#x26;#39;expansion zones oc&#xE9;aniques mortes

Sauerstoff minimale Zonen, auch bekannt als ozeanische &quot;toten Zonen&quot; sind weit verbreitete ozeanographische Features, die derzeit wegen der globalen Erw&auml;rmung erweitern. Obwohl indem Leben unwirtlich, unterst&uuml;tzen sie eine kryptische Microbiota, deren metabolischen Aktivit&auml;ten N&auml;hrstoff und Trace Gas Radfahren innerhalb des globalen Ozeans auswirken. Hier berichten wir &uuml;ber durchgef&uuml;hrte metagenomische Analysen von einem allgegenw&auml;rtigen und reichlich aber Wildpflanze Sauerstoff gramnegativer Gill Symbionten von Tiefsee-Muscheln und Muscheln minimale Zone Mikrobe (SUP05) verwandt. Die SUP05 Metagenome birgt ein vielseitiges Repertoire von Genen, die Vermittlung von autotrophen CO2-Assimilation, Schwefel-Oxidation und Nitrat-Atmung, die auf eine Vielzahl von Wasser-Spalte Redox Staaten reagieren. Unsere Analyse bietet eine genomische Grundlage f&uuml;r das Verst&auml;ndnis der &ouml;kologischen und biogeochemische Rolle der pelagische SUP05 in Sauerstoff-Mangel ozeanischen Gew&auml;ssern und seine m&ouml;gliche Empfindlichkeit gegen&uuml;ber Umweltver&auml;nderungen.

Metagenome von einer vielseitigen Chemolithoautotroph ozeanische Tote Zonen erweitern.

Ossigeno minimi zone, noto anche come oceaniche &quot;dead zone,&quot; sono caratteristiche oceanografiche diffuse attualmente in espansione a causa del riscaldamento globale. Sebbene inospitale alla vita metazoi, sostengono un criptico microbiota cui attivit&agrave; metaboliche influenzano gas nutrienti e traccia in bicicletta dentro l&#39;oceano globale. Riportiamo qui, analisi metagenomica di un onnipresente e abbondante ma incolto ossigeno microbo area minimo (SUP05) relativi a simbionti chemioautotrofi gill d&#39;altura vongole e cozze. Il metagenome SUP05 porti un repertorio versatile dei geni mediando assimilazione del carbonio autotrofi, ossidazione dello zolfo e nitrato respirazione sensible a reagire a una vasta gamma di stati di redox di colonna d&#39;acqua. La nostra analisi fornisce una base genomica per comprendere il ruolo ecologico e biogeochimico del SUP05 pelagica in acque oceaniche deficit di ossigeno e la potenziale sensibilit&agrave; ai cambiamenti ambientali.

Metagenome di un versatile chemolithoautotroph dall&#39;espansione oceaniche zone morte.

&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x6D77;&#x6D0B;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x9178;&#x7D20;&#x6975;&#x5C0F;&#x30BE;&#x30FC;&#x30F3;&#x3001; &#x26;quot;&#x30C7;&#x30C3;&#x30C9;&#x30BE;&#x30FC;&#x30F3;&#x26;quot;&#x306F;&#x3001;&#x73FE;&#x5728;&#x3001;&#x5730;&#x7403;&#x6E29;&#x6696;&#x5316;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x62E1;&#x5927;&#x3057;&#x3066;&#x5E83;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306E;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x5F8C;&#x751F;&#x52D5;&#x7269;&#x306E;&#x751F;&#x6D3B;&#x306B;&#x7121;&#x611B;&#x60F3;&#x3067;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x5F7C;&#x3089;&#x306F;&#x305D;&#x306E;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x6D3B;&#x52D5;&#x306E;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#x6D77;&#x306E;&#x4E2D;&#x306B;&#x6804;&#x990A;&#x7D20;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x5FAE;&#x91CF;&#x30AC;&#x30B9;&#x306E;&#x5FAA;&#x74B0;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x8B0E;&#x3081;&#x3044;&#x305F;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#x3092;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6DF1;&#x6D77;&#x306E;&#x8C9D;&#x3001;&#x30E0;&#x30FC;&#x30EB;&#x8C9D;&#x306A;&#x3069;&#x306E;&#x5316;&#x5B66;&#x5408;&#x6210;&#x72EC;&#x7ACB;&#x6804;&#x990A;&#x9C13;&#x5171;&#x751F;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3057;&#x305F;&#x30E6;&#x30D3;&#x30AD;&#x30BF;&#x30B9;&#x3068;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x8015;&#x4F5C;&#x9178;&#x7D20;&#x6975;&#x5C0F;&#x5E2F;&#x306E;&#x5FAE;&#x751F;&#x7269;&#xFF08;SUP05&#xFF09;&#x306E;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002; SUP05&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x6804;&#x990A;&#x306E;&#x70AD;&#x7D20;&#x540C;&#x5316;&#x3001;&#x786B;&#x9EC4;&#x9178;&#x5316;&#x3001;&#x6C34;&#x30AB;&#x30E9;&#x30E0;&#x9178;&#x5316;&#x9084;&#x5143;&#x72B6;&#x614B;&#x306E;&#x5E83;&#x3044;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306B;&#x5FDC;&#x3058;&#x305F;&#x785D;&#x9178;&#x547C;&#x5438;&#x3092;&#x5A92;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x591A;&#x5F69;&#x306A;&#x30EC;&#x30D1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EA;&#x30FC;&#x3092;&#x62B1;&#x3044;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3067;&#x306F;&#x9178;&#x7D20;&#x6B20;&#x640D;&#x6D77;&#x6D0B;&#x6C34;&#x3068;&#x74B0;&#x5883;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x3078;&#x306E;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x611F;&#x53D7;&#x6027;&#x306E;&#x9060;&#x6D0B;SUP05&#x306E;&#x751F;&#x614B;&#x7CFB;&#x3068;&#x751F;&#x7269;&#x5730;&#x7403;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x7406;&#x89E3;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x57FA;&#x76E4;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x6D77;&#x6D0B;&#x30C7;&#x30C3;&#x30C9;&#x30BE;&#x30FC;&#x30F3;&#x306E;&#x62E1;&#x5927;&#x304B;&#x3089;&#x591A;&#x5F69;&#x306A;Chemolithoautotroph&#x306E;&#x30E1;&#x30BF;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;

&#xC0B0;&#xC18C; &#xCD5C;&#xC18C; &#xC601;&#xC5ED; &#xC774;&#xB77C;&#xACE0; &#xD574;&#xC591; &quot;&#xC8FD;&#xC740; &#xC601;&#xC5ED;&quot;&#xC740; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xD574;&#xC591; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD604;&#xC7AC; &#xC9C0;&#xAD6C; &#xC628;&#xB09C;&#xD654; &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0; &#xD655;&#xB300;. Metazoan &#xC778;&#xC0DD;&#xC5D0; &#xD5D8;&#xD55C; &#xC77C; &#xC218; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC740; &#xB204;&#xAD6C;&#xC758; &#xC2E0;&#xC9C4; &#xB300;&#xC0AC; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE60; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xC624;&#xC158; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD074;&#xB9C1; &#xD558;&#xB294; &#xC601;&#xC591;&#xC18C;&#xC640; &#xCD94;&#xC801; &#xAC00;&#xC2A4; &#xC774;&#xC0C1;&#xD55C; microbiota &#xC9C0;&#xC6D0;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0;&#xC11C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xCD5C;&#xC18C; &#xC601;&#xC5ED; &#xBBF8;&#xC0DD;&#xBB3C; (SUP05)&#xC640; &#xAD00;&#xB828;&#xC774; &#xAE4A;&#xC740; &#xBC14;&#xB2E4; &#xC870;&#xAC1C;&#xC640; &#xD64D;&#xD569;&#xC758; chemoautotrophic &#xAE38; symbionts &#xC720;&#xBE44; &#xCFFC;&#xD130; &#xC2A4;&#xC640; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xBBF8; &#xAC1C; &#xC0B0;&#xC18C;&#xC758; metagenomic &#xBD84;&#xC11D; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C;. &#xC911;&#xC7AC; autotrophic &#xD0C4;&#xC18C; &#xB3D9;&#xD654; &#xC791;&#xC6A9;, &#xC720;&#xD669; &#xC0B0;&#xD654; &#xBC0F; &#xC9C8;&#xC0B0;&#xC5FC; &#xD638;&#xD761; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xBB3C; &#xC5F4; &#xC0B0;&#xD654; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xC5D0; &#xBBFC;&#xAC10;&#xD558;&#xAC8C; &#xBC18;&#xC751; &#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xB808; &#xD37C; &#xD1A0;&#xB9AC;&#xB97C; &#xBE44;&#xD638; &#xD558;&#xB294; SUP05 metagenome. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D; &#xC0B0;&#xC18C; &#xBD88;&#xCDA9;&#xBD84; &#xD55C; &#xD574;&#xC591; &#xBC14;&#xB2E4;&#xC5D0; &#xC6D0;&#xC591; sup05&#xC758; &#xC0DD;&#xD0DC; &#xBC0F; &#xD654;&#xD559;&#xC801; &#xC5ED;&#xD560; &#xBC0F; &#xADF8;&#xAC83;&#xC758; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xAC10;&#xB3C4; &#xD658;&#xACBD; &#xBCC0;&#xD654;&#xB97C; &#xC774;&#xD574; &#xD558;&#xB294; &#xAC8C;&#xB188; &#xC7AC;&#xB2E8;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xD574;&#xC591; &#xC8FD;&#xC740; &#xC601;&#xC5ED; &#xD655;&#xB300;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E4;&#xC7AC; &#xB2E4;&#xB2A5; &#xD55C; chemolithoautotroph&#xC758; Metagenome.

Zonas de m&#xED;nimo ox&#xED;geno, tambi&#xE9;n conocidas como &#x26;quot;zonas muertas oce&#xE1;nicas&#x26;quot;, son generalizadas las caracter&#xED;sticas oceanogr&#xE1;ficas en la actualidad en expansi&#xF3;n debido al calentamiento global. Aunque inh&#xF3;spito para la vida de los metazoos, apoyan una microbiota cr&#xED;ptica, cuyas actividades metab&#xF3;licas afectan ciclo de nutrientes y gases traza en el oc&#xE9;ano mundial. Aqu&#xED;, se presenta el an&#xE1;lisis de metagen&#xF3;mica un microbio zona de ox&#xED;geno en todas partes y abundante, pero sin cultivar m&#xED;nimo (SUP05) en relaci&#xF3;n con quimioautotr&#xF3;ficas simbiontes de enmalle de aguas profundas almejas y mejillones. El metagenoma SUP05 alberga un repertorio vers&#xE1;til de los genes que median la asimilaci&#xF3;n autotr&#xF3;fico de carbono, la oxidaci&#xF3;n de azufre, y la respiraci&#xF3;n nitrato sensible a una amplia gama de estados de columna de agua redox. Nuestro an&#xE1;lisis proporciona una base gen&#xF3;mica para la comprensi&#xF3;n del papel ecol&#xF3;gico y biogeoqu&#xED;mico de pel&#xE1;gicos SUP05 en la deficiencia de ox&#xED;geno en aguas oce&#xE1;nicas y su sensibilidad potencial de los cambios ambientales.

Jody J. Wright

Department of Microbiology and Immunology

University of British Columbia - UBC

DNA Extraction from 0.22 μM Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

Jody J. Wright

.css-o250i3{font-size:18px;font-family:Open Sans,sans-serif;line-height:21.6px;}Department of Microbiology and Immunology

University of British Columbia - UBC

DNA Extraction from 0.22 μM Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

Department of Microbiology and Immunology