Chromatin Interaction Analysis with Paired-End Tag Sequencing (ChIA-PET) for Mapping Chromatin Interactions and Understanding Transcription Regulation

Genomes are organized into three-dimensional structures, adopting higher-order conformations inside the micron-sized nuclear spaces 7, 2, 12. Such ...

Agency for Science, Technology and Research, Singapore

&#x9AD8;&#x9636;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x6240;&#x77E5;&#x751A;&#x5728;&#x771F;&#x6838;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x3002;&#x5229;&#x7528;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5206;&#x6790;&#x4E0E;&#x914D;&#x5BF9;&#x7ED3;&#x675F;&#x6807;&#x8BB0;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6CD5; (&#x90C1;&#x90C1;&#x8471;&#x8471;) &#x6211;&#x4EEC;&#x6620;&#x5C04;&#x8FDC;&#x7A0B;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E0E; RNA &#x805A;&#x5408;&#x9176; II &#x5728;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7EC6;&#x80DE;&#x548C;&#x53D1;&#x73B0;&#x666E;&#x904D;&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x533A;&#x5C45;&#x4E2D;&#x57FA;&#x56E0;&#x5185;&#x6291;&#x5236;&#x3001; extragenic&#x3001; &#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x4EA4;&#x4E92;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x805A;&#x5408;&#x5230;&#x9AD8;&#x9636;&#x96C6;&#x7FA4;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x8FD1;&#x7AEF;&#x548C;&#x8FDC;&#x7AEF;&#x57FA;&#x56E0;&#x6B63;&#x5728;&#x901A;&#x8FC7;&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;-&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x533A;&#x7684;&#x4E92;&#x52A8;&#x3002;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x57FA;&#x56E0;&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;-&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x533A;&#x7684;&#x4E92;&#x52A8;&#x4E0E;&#x5408;&#x4F5C;&#xFF0C;&#x662F;&#x79EF;&#x6781;&#x548C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x548C;&#x4E00;&#x4E9B;&#x4E92;&#x52A8;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x8005;&#x53EF;&#x4EE5;&#x5F71;&#x54CD;&#x5BF9;&#x65B9;&#x6697;&#x793A;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x63A7;&#x4EF6;&#x7EC4;&#x5408;&#x7684;&#x590D;&#x6742;&#x6027;&#x3002;&#x4E0D;&#x540C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7CFB;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E;&#x7279;&#x5B9A;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4E3A;&#x7279;&#x5B9A;&#x7684;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#xFF0C;&#x63D0;&#x4F9B;&#x7ED3;&#x6784;&#x6846;&#x67B6;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x91CD;&#x5927;&#x6D53;&#x7F29;&#x4E3A;&#x7279;&#x5B9A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#x589E;&#x5F3A;&#x5B50;&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x57FA;&#x56E0;&#x786E;&#x5B9A;&#x75BE;&#x75C5;&#x5173;&#x8054;&#x7684;&#x975E;&#x7F16;&#x7801;&#x5143;&#x7D20;&#x88AB;&#x53D1;&#x73B0;&#x7A7A;&#x95F4;&#x4ECE;&#x4E8B;&#x4E0E;&#x76F8;&#x5E94;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x901A;&#x8FC7;&#x8FDC;&#x7A0B;&#x4EA4;&#x4E92;&#x3002;&#x603B;&#x4F53;&#x800C;&#x8A00;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x63D0;&#x4F9B;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x623F;&#x52A1;&#x548C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7279;&#x5F02;&#x6027;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x4E09;&#x7EF4;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x4EA4;&#x4E92;&#x3002;

&#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x4E3A;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x7684;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x4E3A;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8C03;&#x63A7;&#x63D0;&#x4F9B;&#x62D3;&#x6251;&#x7684;&#x57FA;&#x7840;&#x3002;

Higher-order chromosomal organization for transcription regulation is poorly understood in eukaryotes. Using genome-wide Chromatin Interaction Analysis with Paired-End-Tag sequencing (ChIA-PET), we mapped long-range chromatin interactions associated with RNA polymerase II in human cells and uncovered widespread promoter-centered intragenic, extragenic, and intergenic interactions. These interactions further aggregated into higher-order clusters, wherein proximal and distal genes were engaged through promoter-promoter interactions. Most genes with promoter-promoter interactions were active and transcribed cooperatively, and some interacting promoters could influence each other implying combinatorial complexity of transcriptional controls. Comparative analyses of different cell lines showed that cell-specific chromatin interactions could provide structural frameworks for cell-specific transcription, and suggested significant enrichment of enhancer-promoter interactions for cell-specific functions. Furthermore, genetically-identified disease-associated noncoding elements were found to be spatially engaged with corresponding genes through long-range interactions. Overall, our study provides insights into transcription regulation by three-dimensional chromatin interactions for both housekeeping and cell-specific genes in human cells.

Extensive promoter-centered chromatin interactions provide a topological basis for transcription regulation.

D&#x26;#39;ordre sup&#xE9;rieur pour l&#x26;#39;organisation chromosomique r&#xE9;gulation de la transcription est mal comprise chez les eucaryotes. En utilisant l&#x26;#39;&#xE9;chelle du g&#xE9;nome analyse de l&#x26;#39;interaction avec la chromatine appari&#xE9;s balise de fin de s&#xE9;quen&#xE7;age (Chia-PET), nous avons cartographi&#xE9; les interactions &#xE0; longue port&#xE9;e chromatine associ&#xE9;s &#xE0; l&#x26;#39;ARN polym&#xE9;rase II dans les cellules humaines et d&#xE9;couvert r&#xE9;pandues interactions promoteur-centr&#xE9;e intrag&#xE9;niques, extrag&#xE9;nique, et interg&#xE9;nique. Ces interactions en outre agr&#xE9;g&#xE9;s en un ordre sup&#xE9;rieur grappes, dans lequel les g&#xE8;nes proximale et distale ont &#xE9;t&#xE9; engag&#xE9;s &#xE0; travers promoteur-promoteur interactions. La plupart des g&#xE8;nes avec le promoteur-promoteur interactions ont &#xE9;t&#xE9; actifs et transcrite en collaboration, et certains promoteurs qui interagissent les uns des autres pourrait influer sur ce qui implique la complexit&#xE9; combinatoire des contr&#xF4;les transcriptionnels. Des analyses comparatives des diff&#xE9;rentes lign&#xE9;es cellulaires ont montr&#xE9; que les interactions chromatine cellulaire sp&#xE9;cifiques pourraient fournir des cadres structurels pour la cellule transcription sp&#xE9;cifique, et a sugg&#xE9;r&#xE9; l&#x26;#39;enrichissement significatif de enhancer-promoteur interactions cellule pour des fonctions sp&#xE9;cifiques. En outre, g&#xE9;n&#xE9;tiquement identifi&#xE9; les &#xE9;l&#xE9;ments non codants associ&#xE9;s &#xE0; la maladie ont &#xE9;t&#xE9; trouv&#xE9;s &#xE0; &#xEA;tre spatialement engag&#xE9; avec les g&#xE8;nes correspondants par le biais interactions &#xE0; longue port&#xE9;e. Dans l&#x26;#39;ensemble, notre &#xE9;tude fournit un aper&#xE7;u de r&#xE9;gulation de la transcription par la chromatine interactions en trois dimensions &#xE0; la fois pour l&#x26;#39;entretien m&#xE9;nager et la cellule des g&#xE8;nes sp&#xE9;cifiques dans les cellules humaines.

De vastes interactions chromatine promoteur centr&#xE9;es Fournir une base topologique pour le r&#xE8;glement de transcription

H&ouml;herer Ordnung chromosomale Organisation f&uuml;r Transkription Verordnung ist bei Eukaryoten oft missverstanden. Mit genomweiten Chromatin Interaktionsanalyse mit Paired-End-Tag-Sequenzierung (ChIA-PET), wir zugeordnet Langstrecken Chromatin-Interaktionen, die RNS-Polymerase II in menschlichen Zellen und ungedeckten weit verbreitete Projekttr&auml;ger-zentrierte intragenic, extragenic und intergenetischer Interaktionen zugeordnet. Diese Interaktionen aggregiert weiter in h&ouml;herer Ordnung Cluster aufgeteilt, wobei proximalen und distalen Gene durch Projekttr&auml;ger-Projekttr&auml;ger Interaktionen involviert waren. Die meisten Gene mit Projekttr&auml;ger-Projekttr&auml;ger Interaktionen waren aktiv und transkribierte kooperativ, und einige interagierende F&ouml;rderer konnte beeinflussen sich gegenseitig was bedeutet kombinatorischen Komplexit&auml;t transkriptionelle Steuerelemente. Vergleichende Analysen der verschiedenen Zelllinien zeigte, dass zellspezifische Chromatin Interaktionen k&ouml;nnte die strukturelle Rahmenbedingungen f&uuml;r zellspezifische Transkription bieten erhebliche Bereicherung der Vergr&ouml;&szlig;erer-Projekttr&auml;ger Interaktionen f&uuml;r zellspezifische Funktionen vorgeschlagen. Dar&uuml;ber hinaus wurden genetisch identifiziert Krankheit-verbundenen nichtkodierende Elemente gefunden, r&auml;umlich mit entsprechenden Gene durch weitr&auml;umige Interaktionen eingebunden werden. Insgesamt bietet unsere Studie Einblicke in Transkription Verordnung von dreidimensionalen Chromatin Interaktionen f&uuml;r Hauswirtschaft sowohl zellspezifische Gene in menschliche Zellen.

Umfangreiche Projekttr&auml;ger-zentrierte Chromatin Interaktionen bieten eine topologische Basis f&uuml;r Transkription-Verordnung.

Ordine superiore organizzazione cromosomica per regolazione trascrizione mal inteso negli eucarioti. Utilizzando l&#39;analisi di interazione della cromatina genome-wide con sequenziamento associati-fine-Tag (ChIA-PET), abbiamo mappato le interazioni a lungo raggio della cromatina associate con la RNA polimerasi II in cellule umane e scoperte diffuse promotore-centrato intragenic, extragenic e intergenic interazioni. Queste interazioni ulteriormente aggregate in ammassi di ordine superiore, in cui geni prossimali e distali sono stati impegnati attraverso interazioni Promotore-Organizzatore. La maggior parte dei geni con interazioni promoter-promotore erano attivi e trascritto in modo cooperativo, e alcuni promotori interagenti potrebbero influenzare l&#39;altro implicando complessit&agrave; combinatoria di transcriptional controlli. Analisi comparative di diverse variet&agrave; di cellula ha mostrato interazioni cellula-specifico della cromatina potrebbero fornire quadri strutturali per la trascrizione delle cellule specifiche che ha suggerito significativo arricchimento delle interazioni enhancer-promotore per funzioni specifiche di cella. Inoltre, identificati geneticamente associata a malattia non codificante elementi sono stati trovati per essere spazialmente impegnati con i geni corrispondenti attraverso interazioni a lungo raggio. Nel complesso, il nostro studio fornisce intuizioni nella regolazione della trascrizione di interazioni di cromatina tridimensionale per pulizia e cella specifici geni nelle cellule umane.

Interazioni estese della cromatina promotore-centrato forniscono una base topologica per la regolazione della trascrizione.

&#x8EE2;&#x5199;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x9AD8;&#x6B21;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x306E;&#x7D44;&#x7E54;&#x304C;&#x4E0D;&#x5341;&#x5206;&#x306A;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306B;&#x7406;&#x89E3;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5BFE;&#x306E;&#x7D42;&#x4E86;&#x30BF;&#x30B0;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#xFF08;CHIA-PET&#xFF09;&#x3067;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x89E3;&#x6790;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x3068;&#x3057;&#x305F;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5185;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5916;&#x3068;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x9593;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x30D2;&#x30C8;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x3067;RNA&#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC;II&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x9577;&#x8DDD;&#x96E2;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x767A;&#x898B;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306F;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x8FD1;&#x4F4D;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x9060;&#x4F4D;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x5F93;&#x4E8B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x3001;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x3001;&#x9AD8;&#x6B21;&#x306E;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x306B;&#x96C6;&#x7D04;&#x3002;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306F;&#x3001;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6;&#x3068;&#x5354;&#x529B;&#x3057;&#x3066;&#x8EE2;&#x5199;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x5236;&#x5FA1;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x306E;&#x8907;&#x96D1;&#x3055;&#x3092;&#x610F;&#x5473;&#x304A;&#x4E92;&#x3044;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x7D30;&#x80DE;&#x682A;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x306A;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x304C;&#x7D30;&#x80DE;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x306A;&#x8EE2;&#x5199;&#x306E;&#x69CB;&#x9020;&#x7684;&#x67A0;&#x7D44;&#x307F;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x56FA;&#x6709;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC; - &#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x306B;&#x540C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x75BE;&#x60A3;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x3059;&#x308B;&#x975E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x8981;&#x7D20;&#x306F;&#x3001;&#x7A7A;&#x9593;&#x7684;&#x306B;&#x9577;&#x8DDD;&#x96E2;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3067;&#x5F93;&#x4E8B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x5224;&#x660E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5168;&#x4F53;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x30D2;&#x30C8;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x30CF;&#x30A6;&#x30B9;&#x30AD;&#x30FC;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;&#x7D30;&#x80DE;&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x4E21;&#x65B9;&#x306E;&#x4E09;&#x6B21;&#x5143;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x8EE2;&#x5199;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3078;&#x306E;&#x6D1E;&#x5BDF;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3092;&#x4E2D;&#x5FC3;&#x3068;&#x3057;&#x305F;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306F;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30C8;&#x30DD;&#x30ED;&#x30B8;&#x30FC;&#x306E;&#x57FA;&#x790E;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;

&#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB192;&#xC740; &#xC21C;&#xC11C; &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; &#xC870;&#xC9C1; &#xC800;&#xC870;&#xD55C; &#xC9C4;&#xD575;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC774;&#xD574; &#xB41C;&#xB2E4;. &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; Chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC30D; &#xB05D; &#xD0DC;&#xADF8; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; (ChIA &#xC560;&#xC644; &#xB3D9;&#xBB3C;), &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; RNA &#xC911; &#xD569; &#xD6A8;&#xC18C; II &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xACAC;&#xB41C; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778;&#xC744; &#xC911;&#xC2EC;&#xC73C;&#xB85C; intragenic, extragenic, &#xBC0F; intergenic &#xC0C1;&#xD638; &#xC5F0;&#xAD00; &#xB9E4;&#xD551;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xB354; &#xC778;&#xC811; &#xD558; &#xACE0; &#xC6D0;&#xC2EC; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC885;&#xC0AC; &#xD588;&#xB2E4;&#xB294; &#xC810;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB192;&#xC740; &#xC21C;&#xC11C; &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130;&#xB85C; &#xC9D1;&#xACC4; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC73C;&#xB85C; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB294; &#xD611;&#xB825;, &#xC801;&#xADF9;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xBCA0;&#xB080; &#xD588;&#xB2E4; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778; &#xC870;&#xD569; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; transcriptional &#xCEE8;&#xD2B8;&#xB864;&#xC744; &#xC554;&#xC2DC; &#xD558; &#xACE0; &#xC11C;&#xB85C; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBBF8;&#xCE60; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB2E4;&#xB978; &#xC140; &#xB77C;&#xC778;&#xC758; &#xBE44;&#xAD50; &#xBD84;&#xC11D; &#xC140; &#xD2B9;&#xC815; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xC138;&#xD3EC; &#xAD00;&#xB828; &#xC804;&#xC0AC;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAD6C;&#xC870;&#xC801; &#xD504;&#xB808;&#xC784; &#xC6CC;&#xD06C;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5;&#xD560; &#xC218; &#xC99D;&#xAC15; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778; &#xC140; &#xD2B9;&#xC815; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC758; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB18D;&#xCD95; &#xC81C;&#xC548; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, noncoding &#xC694;&#xC18C; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xAD00;&#xB828; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xACF5;&#xAC04;&#xC801; &#xC7A5;&#xAC70;&#xB9AC; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xD574;&#xB2F9; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC640; &#xC57D;&#xD63C;&#xC744; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC804;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C;, &#xC778;&#xAC04; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xAC00;&#xC0AC;&#xC640; &#xC138;&#xD3EC; &#xAD00;&#xB828; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; 3 &#xCC28;&#xC6D0; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xD544; &#xC0AC; &#xADDC;&#xC815;&#xC5D0; &#xD1B5;&#xCC30;&#xB825;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C;.

&#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778;&#xC744; &#xC911;&#xC2EC;&#xC73C;&#xB85C; chromatin &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xB179;&#xC74C; &#xBC29;&#xC1A1; &#xADDC;&#xC81C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD1A0;&#xD3F4;&#xB85C;&#xC9C0; &#xAE30;&#xBC18;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

De orden superior la organizaci&#xF3;n cromos&#xF3;mica de regulaci&#xF3;n de la transcripci&#xF3;n es poco conocida en eucariotas. Uso de todo el genoma An&#xE1;lisis de Interacci&#xF3;n de la cromatina con la secuenciaci&#xF3;n pareadas etiqueta final (Chia-PET), que asigna a largo plazo las interacciones asociadas a la cromatina con la RNA polimerasa II en las c&#xE9;lulas humanas y descubrieron amplias interacciones promotor centrado en intrag&#xE9;nicos, extrag&#xE9;nicas y interg&#xE9;nica. Estas interacciones m&#xE1;s agregados en un grupo de orden superior, en el que los genes proximal y distal se dedicaban a trav&#xE9;s de la interacci&#xF3;n del promotor promotor. La mayor&#xED;a de los genes con las interacciones promotor promotor-se mantuvieron activos y transcrita en forma cooperativa, y algunos promotores que interact&#xFA;an entre s&#xED; puede influir en lo que implica la complejidad combinatoria de los controles de la transcripci&#xF3;n. An&#xE1;lisis comparativos de diferentes l&#xED;neas celulares mostraron que las c&#xE9;lulas espec&#xED;ficas de la cromatina interacciones podr&#xED;an proporcionar marcos estructurales de c&#xE9;lulas espec&#xED;ficas de la transcripci&#xF3;n, y sugiri&#xF3; un importante enriquecimiento de las interacciones potenciador-promotor de c&#xE9;lulas espec&#xED;ficas de las funciones. Por otra parte, gen&#xE9;ticamente determinadas enfermedades asociadas a los elementos no codificantes se comprob&#xF3; que estaban espacialmente comprometida con los genes correspondientes a trav&#xE9;s de interacciones de largo alcance. En general, nuestro estudio proporciona informaci&#xF3;n detallada sobre regulaci&#xF3;n de la transcripci&#xF3;n de la cromatina por las interacciones en tres dimensiones tanto para la limpieza y los genes espec&#xED;ficos de la c&#xE9;lula en las c&#xE9;lulas humanas.

Yufen Goh

Genome Institute of Singapore

Agency for Science, Technology and Research, Singapore

Chromatin Interaction Analysis with Paired-End Tag Sequencing (ChIA-PET) for Mapping Chromatin Interactions and Understanding Transcription Regulation

Yufen Goh

.css-o250i3{font-size:18px;font-family:Open Sans,sans-serif;line-height:21.6px;}Genome Institute of Singapore

Agency for Science, Technology and Research, Singapore

Chromatin Interaction Analysis with Paired-End Tag Sequencing (ChIA-PET) for Mapping Chromatin Interactions and Understanding Transcription Regulation

Genome Institute of Singapore