Os transposões constituem uma parte significativa dos genomas de vários organismos. Portanto, acredita-se que a transposição tenha desempenhado um papel evolutivo importante na especiação, alterando o tamanho do genoma e modificando os padrões de expressão genética. Por exemplo, em bactérias, a transposição pode levar a conferir resistência a antibióticos. O movimento de elementos transponíveis dentro do conjunto genético de bactérias patogénicas pode auxiliar na transferência de elementos genéticos resistentes a antibióticos. Em eucariotas, os transposões podem desempenhar funções de regulação controlando a expressão do gene alvo sob certas condições fisiológicas, como o stress. De facto, a regulação de genes por transposões em resposta ao stress tem sido amplamente estudada em plantas.
Os genomas vegetais fornecem um excelente modelo para o estudo da transposição. A descoberta de transposões foi feita por Barbara McClintock enquanto olhava para células de milho com cromossomas quebrados. Ela descobriu que a transposição de elementos genéticos de cromossomas quebrados causa a diversidade de cores no milho.
Devido aos efeitos deletérios da transposição, os transposões raramente se movem. A frequência de transposição foi correlacionada com as especificações de sequência e motivos estruturais nos locais de origem e destino. Esta baixa frequência de transposição implica a necessidade de uma seleção genética para detectar os resultados da transposição. Um desses resultados, diretamente dependente da frequência de transposição, é a presença de manchas brancas nas flores das plantas Antirrhinum.
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