Os retrovírus e os retrotransposões ambos inserem cópias dos seus elementos genéticos no genoma da célula hospedeira. Assim, os genes virais são passados quando o genoma hospedeiro é replicado ou traduzido. Uma sequência típica de DNA retroviral contém 3-4 genes que codificam as diferentes proteínas necessárias para a sua montagem estrutural e funciona como um parasita molecular. Este DNA é transcrito em um único mRNA, que é muito semelhante em estrutura aos mRNAs convencionais, ou seja, tem um 5’ cap e um terminal 3’ poliadenilado. Assim, o ribossoma da célula hospedeira traduz o mRNA retroviral em uma única cadeia de poliproteínas. Alguns retrovírus usam proteases codificadas por vírus para processar essa cadeia única nas proteínas necessárias para a montagem do virião. O mRNA retroviral é então empacotado em um núcleo com proteínas gag, encapsulado por proteínas do capsídeo. Para a libertação do vírus da célula, uma parte da bicamada lipídica da membrana celular do hospedeiro é comprimida para formar a camada externa do vírus. A partícula de vírus montada é então libertada para continuar o ciclo de infeção.

Os eventos semelhantes à transposição no ciclo de vida dos retrovírus não são coincidência. É proposto que os retrovírus de hoje em dia tenham evoluído do vírus espumoso, uma antiga linha de retrovírus que vivia no oceano. Vertebrados como peixes continham retrotransposões de genes que codificavam proteínas de envelope que capturavam os vírus espumosos.

A estreita relação entre retrotransposões e retrovírus existe ainda hoje. O principal factor de distinção entre os dois é que, embora os retrotransposões possam formar proteínas de capsídeo, eles não podem sintetizar envelopes virais. Portanto, não se formam partículas de vírus maduras, e os retrotransposões não podem ser transferidos horizontalmente de uma célula para outra.

O sequenciamento do genoma humano revelou que 8% do genoma humano contém elementos retrovirais, embora estejam em um estado latente. Estes elementos são considerados “fósseis” de antigos retrovírus e são imensamente úteis na compreensão não só da evolução viral, mas também vertebral.