Cadeias de DNA intactas podem ser encontradas em fósseis, enquanto que os cientistas às vezes lutam para manter o RNA intacto em condições laboratoriais. As variações estruturais entre RNA e DNA estão por trás das diferenças na sua estabilidade e longevidade. Como o DNA é duplo, é inerentemente mais estável. A estrutura de RNA de cadeia simples é menos estável, mas também mais flexível e pode formar ligações internas fracas. Além disso, a maioria dos RNAs na célula são relativamente curtos, enquanto que o DNA pode ter até 250 milhões de nucleótidos de comprimento. O RNA tem um grupo hidroxilo no segundo carbono do açúcar de ribose, aumentando a probabilidade de clivagem do esqueleto açúcar-fosfato.

A célula pode explorar a instabilidade do RNA, regulando a sua longevidade e disponibilidade. mRNAs mais estáveis estarão disponíveis para tradução por um período de tempo mais longo do que transcriptos de mRNAs menos estáveis. As proteínas de ligação de RNA (RBPs) nas células desempenham um papel fundamental na regulação da estabilidade do RNA. As RBPs podem ligar-se a uma sequência específica (AUUUA) na região não traduzida (UTR) de 3’ de mRNAs. Curiosamente, o número de repetições AUUUA parece recrutar RBPs de uma maneira específica: menos repetições recrutam RBPs estabilizadores. Várias repetições sobrepostas resultam na ligação de RBPs desestabilizadores. Todas as células têm enzimas chamadas RNases que quebram RNAs. Normalmente, a tampa em 5’ e a cauda poli-A protegem o mRNA eucariótico da degradação até que a célula não precise mais do transcripto.

Os estudos emergentes em epitranscriptómica visam definir modificações regulatórias de mRNA. Recentemente, os cientistas descobriram um papel importante para a metilação na estabilidade do mRNA. A metilação de resíduos de adenosina (m^₆A) parece aumentar a tradução e a degradação do mRNA. m^₆A também tem funções em respostas ao stress, exportação nuclear, e maturação de mRNA. A presença de um resíduo de uracilo modificado, pseudouridina, também parece desempenhar um papel importante na regulação do RNA.