Uma vez que a transcrição é iniciada na célula, os fatores iniciais da transcrição são liberados do complexo do pre-início. A RNA polimerase deve então adicionar novos nucleotídeos à extremidade de três primes da cadeia de RNA em crescimento, numa fase chamada de alongamento de transcrição. O alongamento em eucariotas é desafiador como o DNA em uma célula não divisória existe como uma rede condensada chamada de cromatina.

Na cromatina, o DNA é enrolado firmemente em torno de proteínas histonas carregadas em intervalos repetidos. Os complexos histonas do DNA são chamados nucleossomas. Quando a RNA polimerase encontra os nucleossomas ou outras proteínas de ligação de DNA, ou algumas sequências específicas de DNA, ela pode parar.

A incapacidade de translocar mais pode levar à dissociação da RNA polimerase antes de o gene completo ser transcrito. Para evitar isto, a célula recruta proteínas acessórias especiais que podem ajudar a RNA polimerase executar um processo de alongamento ininterrupto sobre o gene. Os fatores de alongamento eucarióticos associam-se diretamente com RNA polimerase e ajudam-no a mover suavemente ao longo da cadeia do modelo de DNA e a realizar sua atividade catalítica.

Além disso, a célula também recruta algumas outras proteínas, tais como a o completo de remodelação cromatina ATP-dependente remodelando e histonas chaperonas, que permitem que a maquinaria de transcrição tenha acesso ao DNA genómico condensado dentro da cromatina. Estes complexos multi-subunidades perturbam a interação entre o núcleo do histona e o DNA, resultando na reestruturação ou reposicionamento dos nucleossomas. Alterações na arquitetura do nucleossoma ajudam a criar regiões livres de nucleossomas do DNA que pode ser facilmente encontrados pela maquinaria de transcrição.

Uma vez que o pré-mRNA é sintetizado, as histonas devem ser readmitidas no modelo de DNA. As proteínas remodeladoras da cromatina e as histonas chaperonas, então, rebobinam o DNA em torno das proteínas histonas, completando O processo de remontagem do nucleossoma.