Para começar, abra o banco de dados de farmacologia de sistemas de medicina tradicional chinesa e a plataforma de análise. Insira a composição medicinal para Jiawei Shengjiang San, ou JWSJS, e aplique os critérios de triagem. Em seguida, usando o banco de dados, recupere os alvos correspondentes aos ingredientes.
Obtenha os ingredientes ativos de Bombyx batryticatus e Cicadidae Periostracum nos bancos de dados de medicina tradicional chinesa e composição química. Depois de selecionar compostos com números de serviço abstratos químicos, baixe diagramas de estrutura 2D de ingredientes ativos do PubChem. Com o SwissADME, rastreie os componentes com alta absorção gastrointestinal como similaridade de medicamentos cujos dois itens ou mais foram sim.
Importe-os para o banco de dados para previsão de proteína-alvo. No UniProt, defina o status como revisado e a espécie como humana e padronize as metas. Pesquise nefropatia diabética, ou ND, em vários bancos de dados e obtenha os alvos.
Depois de combinar e desduplicar. Usando nosso software 4.2.0, selecione os alvos comuns de JWSJS e DN para desenhar diagramas de Venn. Importe os ingredientes ativos e os alvos potenciais do JWSJS para o software Cytoscape 3.8.0 para criar um diagrama de rede de destino de ingrediente de medicamento que visualize a conexão entre medicamentos, ingredientes, alvos e doenças.
Para analisar os genes que se cruzam na plataforma STRING, defina a espécie como Homo sapiens e a pontuação de interação mínima necessária para mais de 0,9 para construir a rede usando um modo de análise de múltiplas proteínas. Usando o Cytoscape 3.8.0, analise a rede topologicamente e calcule a centralidade de intermediação, centralidade de proximidade, centralidade de grau, centralidade de autovetor, método baseado em conectividade média local e valores de centralidade de rede para cada nó. Em seguida, obtenha os IDs dos alvos de interseção com orghs.eg.
pacote db. Usando o criador de perfil de cluster org.hs.eg. db, enrichplot e ggplot2, realizam análises de enriquecimento.
Faça a triagem da análise de enriquecimento de ontologia genética funcional nos 10 principais resultados biológicos com um valor-p corrigido inferior a 0,05 e selecione as 30 principais vias com o maior enriquecimento para a Enciclopédia de Análise de Genes e Genomas de Kyoto. Pesquise no banco de dados PubChem para obter o arquivo SDF da estrutura 2D dos componentes principais do JWSJS. Usando o software ChemBio3D Ultra 14.0, gere e otimize sua estrutura 3D.
Salve-o no formato MOL2 para usá-lo como um arquivo ligante. Encontre e baixe o formato PDB da estrutura 3D dos alvos principais do banco de dados do banco de dados de proteínas do laboratório de pesquisa para bioinformática estrutural. Usando o software PyMOL 2.4.0, remova moléculas de água e ligantes da estrutura da proteína e salve-a como arquivo receptor PDB.
Importe o arquivo de proteína receptora para o software AutoDock Tools 1.5.7 para hidrogenação e converta a proteína receptora e o ligante de molécula pequena no formato PDBQT. Defina a bolsa ativa para a proteína receptora com o coeficiente de espaçamento definido como um. Usando o AutoDock Vina 1.2.0 para acoplamento molecular, calcule a energia de ligação.
Visualize os resultados do encaixe usando o software PyMOL 2.3.0 e LigPlot 2.2.5. Conduza investigações de dinâmica molecular ou MD em um trio dos complexos de ligantes derivados mais promissores e use o ambiente aquoso SBC com cloreto de sódio 0,15 molar. Inicie uma fase de minimização de energia por 100 picossegundos usando os parâmetros padrão de Desmond.
Garanta temperatura e pressão estáveis de 26,85 graus Celsius e 1,01325 bar em todos os sistemas de produção por meio das metodologias Nose-Hoover chain e Martyna-Tobias-Kline. Execute a simulação MD por 100 nanossegundos com um intervalo de tempo de dois femtossegundos, registrando as coordenadas atômicas a cada 100 picossegundos. Abra o diagrama de interações de simulação ou o módulo SID e carregue os arquivos de dados do resultado da simulação nele.
Quando a análise estiver concluída, visualize e interprete os resultados na interface do módulo SID. Injete no animal do grupo modelo uma injeção intraperitoneal de estreptozotocina. Após 72 horas, teste os níveis de açúcar no sangue por meio de amostragem de sangue na veia da cauda.
Observe as alterações histopatológicas no rim de rato para confirmar o modelo de ND bem-sucedido. Em seguida, administre medicamentos apropriados ao rato por meio de gavagem oral uma vez ao dia. Colete amostras de sangue da aorta abdominal do rato anestesiado.
Finalmente, após a eutanásia do rato, colete os rins para análises bioquímicas e microscópicas. A coloração com ácido periódico de Schiff mostrou que o grupo modelo apresentou aumento dos volumes glomerulares, espessamento da membrana basal e aumento da matriz mesangial em comparação com o grupo normal. Essas manifestações patológicas foram significativamente aliviadas em cada grupo administrado com drogas.
A microscopia eletrônica de transmissão indicou que a membrana basal glomerular no grupo modelo estava espessada em comparação com o grupo normal. As manifestações microscópicas de ratos em cada grupo de administração foram aliviadas em graus variados em comparação com o grupo modelo. Em comparação com o grupo modelo, houve uma redução significativa na expressão de p-EGFR, p-MAPK3 / 1 e BAX, e regulação positiva da expressão de BCL-2 em tecidos renais de ratos de cada grupo de dosagem em graus variados.
