The authors are grateful for the financial support provided by Instituto Polit&#233;cnico Nacional grants 20120110, 20130399 and 20140239 SIP and also by Instituto de Ciencia y Tecnolog&#237;a del Distrito Federal Mexico (PICS 08-79, ICYT-DF, 2009-2012). Thanks also to CONACYT &#8211; Mexico for the graduate scholarship (225806) awarded to Selene Montserrat Garc&#237;a-Solares and for the financial support provided by grant 82627.

<img alt="figura 1" src="/files/ftp_upload/52956/52956fig1highres.jpg" width="450" /> Figura 1. Esquema para os passos do protocolo. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52956/52956fig1large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> 1. Recolha sedimentos marinhos para a Formação do Sludge <ol><li> Identificar uma área submarina acessível quer perto de fontes hidrotermais (devido à presença de sulfuretos, o que pode indicar uma maior actividade redutora de sulfato) ou para uma área em que os restos de matéria orgânica são detectáveis. </li><li> Para o propósito deste trabalho, levar cerca de 3 ou 4 kg de sedimentos e drenar a água fora das amostras. Colocar as amostras em sacos plásticos escuros. Não é necessária nenhuma refrigeração. </li><li> Uma vez no laboratório, manter os sacos com as amostras na geladeira, se eles não estão indo para ser utilizado de imediato. Para os fins deste trabalho, SAMPles pode estar no frigorífico durante semanas ou meses antes de os utilizar. </li><li> Tomar uma grande porção da amostra de sedimento (isto é, 1 ou 2 kg) e utilizar uma malha adequada (0,2 cm) para eliminar os sedimentos a partir de grandes fragmentos de material carbonado que pode ser encontrado ou algumas pedras que podem estar presentes. Nota: Neste caso, uma malha de 0,20 cm de diâmetro (0,0767 in) foi utilizado, mas pode ser de um tamanho diferente de acordo com o tamanho das partículas na amostra. <ol><li> Depois de passar o sedimento através da malha, misturar a porção seleccionada para promover que a porção é homogénea. </li><li> Retirar amostras mais pequenas separadas (isto é, 2 a 3 g) para determinar os sólidos suspensos voláteis conteúdo (VSS), seguindo os métodos padrão 11. Nota: Consulte a Figura 2 para obter os passos 1.2 a 1.4. </li></ol></li></ol><img alt="Figura 2" src="/files/ftp_upload/52956/52956fig2.jpg" /> Figura 2. Fotografias das amostras de sedimentos.As amostras (A) de sedimentos apenas depois de ter sido feita. Amostra (B) de sedimentos depois de passar através da malha. (C) Amostra colhida para a pesagem antes de sólidos suspensos voláteis (VSS) determinação. A placa de Petri não precisam ser esterilizados. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52956/52956fig2large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> 2. Bioreactor Set Up <ol><li> Para os fins deste trabalho, usar um reactor de vidro de UASB com um volume de trabalho total de 3 L. Em alternativa, usar um 1 ou 2 L de volume do reactor de vidro. </li><li> Com base no conteúdo do VSS dos sedimentos calcular a quantidade de sedimento para ser usada como inoculo para se obter 5 g de VSS no 1 L. </li><li> Levar em conta que, se a quantidade de sedimento após o cálculo é demasiado grande, o volume, em seguida, cerca de 25% a 30% do bioreactor deveria ser ocupada por os sedimentos em vez disso. <ol><li> Grave o conteúdo VSS, uma vez quevai mudar quando a comunidade microbiana é enriquecido no biorreator. O conteúdo VSS é necessária para os cálculos de sulfato de redução da atividade no biorreator. </li></ol></li><li> Assegure-se que a concentração final da solução de meio de tampão basal e no biorreactor é similar ao relatado por Guerrero-Barajas et ai. (2014) 12. <ol><li> Assegurar que os volumes finais dos sedimentos, meio basal, solução tampão e ácidos gordos voláteis são iguais ao volume de trabalho final do reactor. O meio basal 12 receita contém as concentrações apropriadas para a solução de traços de metais e vitaminas. </li><li> Prepara-se uma solução stock de meio basal e solução tampão numa concentração apropriada para o volume de trabalho do reactor utilizado (ou seja, 2, 3 ou 4 vezes mais concentrado do que a relatada no passo 2.4) para garantir que, quando é diluída, é na concentração relatado por Guerrero-Barajas et ai. (2014)12). Nota: A solução-mãe para o meio basal é sempre necessária, contudo, a solução tampão é necessário apenas no arranque. Não é necessário adicionar uma solução tampão depois de este tempo. </li><li> Prepara-se uma solução estoque de ácidos gordos voláteis: acetato, propionato e butirato de 2,5: COD proporção 1: 1. Leve em conta para os cálculos do acetato de sódio incluídos no meio basal. A concentração de COD final no reactor deve ser de 2,7 g / L. Cuidado: Prepare esta solução em um exaustor. Use luvas de borracha nitrílica e óculos de proteção para a preparação desta solução. Ter em conta a estequiometria das reacções de sulfato com os ácidos gordos voláteis que é mostrado na Figura 3. </li><li> Prepara-se uma solução estoque de sulfato de sódio (Na 2 SO 4) em uma concentração apropriada para fornecer ao reactor uma concentração final de 4,000 mg / L do ião sulfato (SO 4 2-). Alternativamente, incluem the quantidade de sulfato necessário no meio basal em vez de adicionar-lo a partir de uma solução estoque, enquanto o sulfato de final (SO 4 2-) a concentração é direita. </li></ol></li><li> Colocar os sedimentos no reactor misturado com uma porção do meio de base para se certificar de que elas cheguem ao fundo do reactor. <ol><li> Adicionar o resto da solução de meio de tampão basal e misturado com a solução de ácidos gordos voláteis e da solução de sulfato. Certifique-se de que a solução de ácidos gordos voláteis é vertida para dentro do líquido. Nota: Realize esta etapa em um exaustor. </li><li> Defina as conexões e tubulações do reator para a bomba de reciclagem. Definir a taxa de fluxo de reciclagem em 60 ml / min. Definir o biorreactor na câmara de temperatura de 34 ° C. Verifique regularmente se as variações de temperatura são pequenos (ou seja, 34 ± 1,7 ° C) </li><li> Defina as conexões com a coluna de deslocamento de gás. Nota: Consulte a Figura 4 para passos 2.1 a 2.5. </li> &lt;/ ol&gt; </li></ol><img alt="Figura 3" src="/files/ftp_upload/52956/52956fig3highres.jpg" width="600" /> Figura 3. A estequiometria de redução de sulfato com VFA (acetato, propionato e butirato). <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52956/52956fig3large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> <img alt="Figura 4" src="/files/ftp_upload/52956/52956fig4highres.jpg" width="400" /> Figura 4. reator UASB. (A) de tempo inicial. (B) regime contínuo depois de 300 dias de operação. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/52956/52956fig4large.jpg" target="_blank">Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.</a> 3. O funcionamento do reactor para promover Sulfidogenesis e crescimento dos microrganismos Nota: Permitir para o inóculo para consumir a volatile ácidos gordos e sulfato. Para este efeito, esperar durante uma semana para efectuar a primeira análise para o sulfato, sulfeto e consumo de COD. <ol><li> Após uma semana de incubação tomar uma amostra de 5 a 7 ml de líquido para realizar a análise de CQO, sulfato e teor em sulfureto e de pH seguindo métodos convencionais 11, 13. <ol><li> Analise sulfureto no espectrofotometricamente líquido (no comprimento de onda (λ) de 670 nm), seguindo o método de azul de metileno 13. <ol><li> Colocar 5 ml de uma solução de acetato de zinco (2% w / w) num balão volumétrico de 25 ml, adicionar rapidamente 200 ul da amostra com a solução de acetato de zinco. </li><li> Adicionar 2,5 ml de solução de uma N, N-dimetil-p-fenilenodiamina oxalato (DMP) (0,2% w / w em 20% de H 2 SO 4) e 125 ul de sulfato de ferro (III), solução de sulfato de amónio (10% w / w em 2% de H 2 SO 4) e completa com água destilada a 25 ml em frasco volumétrico. Aguarde 30 minutos para a reaçãoa ocorrer, o tempo em que a cor azul é estabilizada 13.. Nota: Espere pelo menos 15 minutos, mas não mais do que 60 minutos para testar as amostras no espectrofotômetro. Realizar a leitura da solução final azul no espectrofotómetro. </li></ol></li><li> Analise sulfato de acordo com métodos padrão 11. Aqui, quantificar sulfato como sulfato de bário, usando um método turbidimétrico. <ol><li> Colocar 5 ml de uma solução de condicionamento (ácido clorídrico HCl 1: 1) num balão volumétrico de 25 ml, adicionar 1 ml de amostra, previamente centrifugado (a 11.320 x g), para terminar a 25 ml do frasco volumétrico com água destilada e adicionar 1 g de cloreto de bário. </li><li> Misture a solução durante 1 min num vórtice. Espere por 4 min para o sulfato de bário para formar e ler a amostra no espectrofotômetro em um comprimento de onda (λ) de 420 nm 11. </li></ol></li><li> Analise COD de acordo com métodos padrão 11. Como alternativa, use um COD Determinakit ção. <ol><li> Antes da determinação de COD, centrifugar a amostra cuidadosamente (11.320 xg a) para remover o sulfureto remanescente que pode interferir na determinação. Se necessário, centrifugar duas vezes: a primeira vez imediatamente após a colheita da amostra ea segunda vez esperar 6 ou 8 horas e, em seguida, realizar a análise COD. </li><li> Adicionar 2 ml de amostra para um frasco de reacção do kit de determinação de COD, selar o frasco e homogeneizar a mistura por agitação suave. Prepara-se uma placa através da adição de 2 ml de água destilada para um outro frasco de reacção e homogeneizar a mistura. </li><li> Colocar os tubos no reactor de digestão a 150 ° C durante 2 horas. Remover os frascos e deixe-os arrefecer no escuro. Tome as leituras dos frascos no espectrofotômetro em um comprimento de onda de 620 nm. </li></ol></li><li> Obter o volume de gás a partir da coluna de deslocamento de gás. </li></ol></li><li> Aguarde até mais 5 a 7 dias até que o sulfato é consumido. Sulfato de COD e deve ser consumido numaproximadamente 85% a 90% antes de uma nova fornada alimentada é iniciado. </li><li> Uma vez sulfato (e COD) são consumidos, completamente repita o passo 2.4. Fornecer meio fresco e novos nutrientes para cada lote. </li><li> Repita os passos 3.1 e 3.2. Neste ponto, cada lote deve durar entre 7 e 10 dias. </li><li> Quando 3 a 4 lotes foram concluídos, repita a etapa 2.4, mas aumentar a concentração de CQO a 4 g / L. </li><li> Repita o passo 3.1 e 3.2 passo. <ol><li> Repetir o passo 3.3, mas aumentar a concentração de CQO a 6 g / L. </li><li> Repetir 3.6 e 3.6.1 aumentando gradualmente até concentração de CQO é 10 g / L. Nota: Adicione o gráfico que apresenta a concentração de sulfato (mg / L) em função do tempo (d). </li></ol></li><li> Quando o consumo de sulfato é superior a 80% em menos de 24 h e isto ocorre durante mais de uma semana, mudar o funcionamento do reactor de modo contínuo. Para o modo contínuo definir o tempo de retenção hidráulica (TRH) em 24 horas e manter a concentração de sulfato a 4 g / L e o CODem 10 g / L. Nota: Com o tempo o consumo deve ser sulfato mais rápido. </li></ol> 4. redutoras de sulfato atividade de teste <ol><li> Antes deste teste se certificar de que o biorreactor em regime contínuo apresenta variação inferior a 10% na concentração de sulfato restante. </li><li> Em um determinado dia, parar o reactor após um ciclo HRT e conduta passo 2.4. Para o passo 2.4.3 utilizar uma concentração de CQO de 10 g / L. </li><li> Uma vez que o bioreactor é alimentado, levar de 5 a 7 ml de amostras do líquido e para executar a análise COD, sulfato, sulfeto (passo 3.1) e o pH a cada hora. Anote o volume de gás produzido. </li><li> Calcule o sulfato de reduzir a atividade de acordo com a literatura 14. <img alt="Equação 1" src="/files/ftp_upload/52956/52956eq1.jpg" /></li></ol> SRA = sulfato de redução da atividade (mg COD-H 2 S) / gVSS * d m H 2 </em&gt; S = concentração, expressa em mg de sulfureto de COD-H 2 S VSS = volátil concentração de sólidos em suspensão t = tempo (d ou h) <ol start="5"><li> Adicione os gráficos correspondentes que mostram a percentagem de consumo de sulfato versus concentração de sulfureto ao longo do tempo, em mg / L. Faça os gráficos que mostram percentagem de consumo de COD ao longo do tempo. Adicione os gráficos que mostram a variação do pH ao longo do tempo. </li></ol> 5. O tricloroetileno (TCE) Teste de Redução <ol start="1"><li> Antes deste teste se certificar de que o bioreactor está a trabalhar em regime contínuo e mostra uma variação inferior a 10% na concentração de sulfato restante. Não inicie esse teste se a redução de sulfato em biorreator é inferior a 90%. </li><li> Prepara-se uma solução estoque de tricloroetileno (TCE), tendo em conta que a concentração final desse composto na fase líquida do bioreactor deve ser de 300 uM. Considere o partitioning do composto para o espaço de topo, utilizando a constante adimensional Lei Henry&#39;s (H&#39;) de TCE a 34 ° C. H&#39;at 34 ° C durante TCE é 0,4722. <img alt="Equação 2" src="/files/ftp_upload/52956/52956eq2.jpg" /> Cuidado: Prepare esta solução num fumehood e usar luvas e óculos de proteção. <ol><li> Por exemplo, para uma solução stock de 5.000 mM, calculada como segue: <img alt="Equação 3" src="/files/ftp_upload/52956/52956eq3.jpg" /> TCE concentração da fase gasosa = (0,4722) * (5.000) = 2.139 M. Inclua essa concentração na preparação da solução de estoque uma vez que esta quantidade de TCE será no espaço de topo. Em seguida, no líquido (água) da solução de reserva, a concentração de TCE real será: 5,000 + 2,139 = 7,139 uM. Densidade TCE = 1,43 g / ml. Converter a 7139 uM de Mg e, em seguida, utilizando a densidade de TCE calcular o volume de TCE para a solução estoque. Nota: A concentração da solução-mãe de TCE may ser inferior a 5,000 uM, isto é, 3000 ou 1000 uM, este depende da quantidade de volume desta solução pode ser entregue para o bioreactor de acordo com o seu volume de fase líquida. </li></ol></li><li> Prepare curvas padrão no cromatógrafo a gás para TCE, cis 1,2-dicloroetileno, trans -1,2-dicloroetileno, cloreto de vinilo e etileno. Prepare os cis -1,2-dicloroetileno e trans curvas padrão -1,2-dicloroetileno a partir de uma solução estoque de estes compostos, seguindo o mesmo procedimento descrito no ponto 5.2 para a solução estoque TCE. Preparar as curvas padrão para o cloreto de vinilo e etileno, diluindo a concentração de cada um dos gases a partir dos padrões (cilindros de gás). <ol><li> Preparar as curvas padrão destes compostos em um intervalo de 20 a 300 | iM. Usar o método relatado por Guerrero-Barajas et ai. (2011) 15, para a análise destes compostos no cromatógrafo de gás. Cuidado: Prepare estes sesoluções ard em um fumehood e usar luvas e óculos de proteção. </li></ol></li><li> Em um determinado dia, parar o reactor após um ciclo HRT e conduta passo 2.4. Para o passo 2.4.3 utilizar uma concentração de CQO de 10 g / L. </li><li> Uma vez que o bioreactor é alimentado, adicionar o TCE directamente para o líquido no bioreactor a partir da solução de reserva preparada no ponto 5.2, a concentração de TCE final na fase líquida do bioreactor deve ser de 300 uM. Defina a HRT a 12 hr. <ol><li> No final de um ciclo de HRT tomar amostras do líquido (500 a 1.000 ul) e análise de conduta para CQO, de sulfato e de sulfureto (passos 3.1.1, 3.1.2 e 3.1.3). Tome amostras do headspace (100 a 250 ul) e realizar análise de TCE, cis 1,2-dicloroetileno, trans -1,2-dicloroetileno, cloreto de vinilo e eteno no cromatógrafo a gás. </li></ol></li><li> Repita o passo 2.4. Para o passo 2.4.3 utilizar uma concentração de CQO de 10 g / L. </li><li> Não repetir qualquer teste de redução TCE até o biorreator apresenta mais de 90% de redução de sulfato e menos variação de 10% em ambos, a redução do sulfato e sulfato restante no bioreactor. </li><li> Repetir 5.4, 5.5 e 5.6 de duas ou três vezes mais. </li><li> Retirar amostras de sedimentos (0,5 g) para realizar a identificação dos microrganismos apenas depois de um teste de redução de TCE tenha terminado. Faça isso depois de testes de redução do TCE 2 ou 3. </li></ol> 6. redutoras de sulfato atividade de teste após a redução TCE Experiment <ol start="1"><li> Repita o passo 4 completamente. </li></ol> 7. Identificação dos microorganismos <ol><li> Recolher amostras de lodo de cerca de 0,5 g cada e realizar a extração de RNA total acordo com o método padrão de 12. </li><li> Amplificar o gene do rRNA 16S com a transcrição reversa e conduzir a reacção em cadeia da polimerase (RT-PCR) um passo 12. </li><li> Desenhar os primers para amplificar ou usar como uma primeira abordagem os sugeridos na literatura 11. Siga o amplificação procedimento sugerido na literatura 12. </li><li> Construir as bibliotecas 16S rRNA. Amplicons de PCR pode ser clonado usando um kit de clonagem-11. Tipicamente, 10 colónias de cada placa (cada colónia representa um produto de PCR) pode ser clonado. Prepara-se o ADN de plasmídeo para sequenciação de acordo com o procedimento sugerido na literatura 12. </li><li> Realizar o sequenciamento de fragmentos. Re-amplificar aproximadamente 1400 pb com os produtos de PCR externos com o protocolo para a amplificação por PCR como descrito anteriormente (passo 7.4) e o clone de acordo com o procedimento sugerido na literatura 12. Isolar o plasmídeo recombinante a partir de E. colônias coli como sugerido na literatura 12. Não realizar o procedimento parcial para o seqüenciamento com primers universais M13 12. </li><li> Conduzir a análise de sequências. Alinhe as sequências de nucleótidos utilizando o Clustal X e ajustar manualmente no editor de texto. Executar pesquisas BLAST das databas NCBIe. (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Blast.cgi) 12. </li><li> Obter os números de adesão sequência de nucleótidos. Deposite as sequências de nucleótidos dos clones identificados na base de dados EMBL sequência de nucleótidos (Gen-Bank / EMBL / DDBJ) sob os números de acesso correspondentes (ou seja, JQ713915eJQ713925 para sequências de amplicons) 12. </li></ol>

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The authors Selene Montserrat Garc&#237;a-Solares, Claudio Garibay-Orijel and Claudia Guerrero Barajas submitted (as inventors) in 2012 the application to obtain a patent entitled: &#8220;Process for the anaerobic treatment of industrial wastewater with high content of sulfate and chlorinated compounds&#8221;. This submission has been approved to the stage of the formatting. The submission has Instituto Polit&#233;cnico Nacional as the rights owner.

Existem várias aplicações de sulfidogenesis em biotecnologia ambiental, uma das aplicações mais utilizadas do metabolismo de bactérias redutoras de sulfato em consórcios com bactérias fermentadoras está em tratamento de águas residuais. Reatores UASB estão entre as principais abordagens de engenharia para tratamento de efluentes industriais com elevadas concentrações de sulfato. Neste trabalho, apresentamos um protocolo para obter lodo sulfidogenico de sedimentos marinhos em um reator UASB. Os passos críti...

Uma das contribuições mais importantes para a biotecnologia ambiental foi o projeto de biorreatores em que o lodo utilizado (inóculo) foi capaz de realizar em condições redutoras de sulfato. Redução do sulfato (SR) permite que o tratamento de fluxos de águas residuais que contêm elevadas concentrações de sulfato de para além da remoção simultânea de COD, metais pesados ​​e poluentes orgânicos, um facto que torna SR uma característica desejável das lamas 1. Alguns exemplos de efluentes contaminados com sulfato de vir de curtumes, papel, farmacêutica e manufatura química indústrias 1. No entanto, a maioria da literatura refere-se a sulfidogenico lamas quando lodo granular metanogênica foi adaptado para sulfidogenesis 2. Esta adaptação é normalmente alcançada através da manipulação do COD / SO 4 2- ratio no biorreactor e adição de produtos químicos para inibir metanógenos na 2,3 lamas. Em adição ao longo tempo que may requerem a formação dos grânulos sulfidogenico, a competição entre os metanogenos e redutores de sulfato e a tolerância da lama a altas concentrações de sulfureto são alguns dos principais problemas que podem surgir se a lama sulfidogenico utilizado no bioreactor é obtido a partir da adaptação de predominantemente lamas methanogenic a sulfato condições redutoras. Neste trabalho, descrevemos o procedimento para obter uma lama predominantemente sulfidogenico de fontes hidrotermais sedimentos (Punta Mita, Nayarit, México) em um reator anaeróbio de manta de lodo (UASB), em seguida, avaliar a sua sulfato de reduzir a atividade ao longo do tempo e realizar um experimento para avaliar a sua aplicação em descloração redutiva. A localização dos sedimentos foi escolhido porque ele tem sido relatado que, nesse local, há formação de sulfuretos, devido à actividade de redução de sulfato exibida pela comunidade microbiana que habitam em particular lugar 4. Há Severvantagens al na obtenção deste lodo sulfidogenico de sedimentos sobre a adaptação do lodo granular methanogenic para sulfidogenesis. Algumas destas vantagens são: (1) não é necessária para formar os grânulos para o biorreactor de operar, (2) as lamas tolera concentrações relativamente elevadas de sulfureto quando comparado a outros UASB que operam com lamas metanogênica adaptado, e (3) não está nenhuma competição para substrato com metanógenos mesmo de etilo é usado na mistura de ácidos gordos voláteis que está incluído no meio de cultura para promover a formação do lodo. Este procedimento foi seguido para promover sulfidogenesis porque sedimentos marinhos é uma associação natural de uma grande variedade de microorganismos, tais como bactérias redutoras de sulfato, da fermentação de bactérias e bactérias desalogenação apenas para mencionar alguns 5,6. O tipo de consórcio desenvolvido a partir de sedimentos marinhos utilizando este protocolo pode apresentar eficiência na redução de sulfato e, portanto, altas s<html> ulfate redução da atividade ao longo do tempo e maior tolerância ao sulfeto em concentrações mais elevadas do que o reportado como tóxico para methanogens e bactérias redutoras de sulfato. Por outro lado, é provável que a capacidade de desalogenação também é mostrado nos sedimentos, seguindo o protocolo proposto aqui, mas pode depender da comunidade microbiana inicial. Esta suposição é feita com base no fato de que descloração redutiva pode ocorrer pela respiração ou co-metabolismo, ambas as condições que podem ser promovidos na comunidade microbiana marinha 7. O cultivo dos sedimentos para obter a lama foi realizada usando uma mistura de acetato, propionato e butirato como substrato, porque estes ácidos gordos voláteis são utilizados por várias estirpes de bactérias redutoras de sulfato. Estes ácidos também são o tipo de compostos de carbono frequentemente encontrados em sedimentos marinhos, de acordo com vários relatos na literatura sobre material carbonáceo em sedimentos marinhos 5,6. conteúdo &quot;&gt; Finalmente, alguns dos compostos mais tóxicas que estão presentes nas massas de água subterrânea e outra de água em todo o mundo são os solventes clorados tais como tricloroetileno (TCE) ou tetracloroetileno (PCE). Estes compostos são tóxicos, não só para o ser humano, mas também para microorganismos, particularmente TCE, que ainda é considerado um poluente prioritária pela Agência de Proteção Ambiental em os EUA 8. Neste trabalho propôs um experimento no qual a lama sulfidogenico é testado em sua capacidade de reduzir TCE em concentrações que estão na faixa relatada por compostos clorados biodegradação sob condições metanogênicas 9,10. Vale ressaltar que a maioria das pesquisas sobre a biodegradação de compostos clorados tem sido conduzida sob condições metanogênicas 9,10. Consideramos que a experiência com TCE proposto neste protocolo é um bom exemplo das aplicações potenciais do lodo. O objetivo deste experimento foi para eavaliar a tolerância das lamas ao TCE e o efeito sobre o sulfato de TCE redução da actividade. Tendo em conta que a maior parte da investigação sobre a biodegradação de compostos clorados é levada a cabo sob condições metanogénicas, este protocolo sugere a formação de uma lama pode ser utilizada para, simultaneamente: (1) remover o sulfato, (2) remover o COD e (3) remover compostos clorados. Um passo adicional pode ser a de avaliar a lama sobre a remoção simultânea de TCE e metais pesados ​​(em adição ao sulfato e COD), duas condições que não podem ser avaliadas sob condições metanogénicas.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
	<tbody>
		<tr>
			<td>trichloroethylene&#160;</td>
			<td>sigma Aldrich</td>
			<td align="right">251402</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cis- 1,2 dichlorotehylene</td>
			<td>sigma Aldrich</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>trans-1,2 dichloroethylene</td>
			<td>sigma Aldrich</td>
			<td>D-62209</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>vinyl chloride scotty standard</td>
			<td>supelco</td>
			<td></td>
			<td>1000 ppm v/v in nitrogen</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ethene scotty standard</td>
			<td>supelco</td>
			<td></td>
			<td>99% purity</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pump</td>
			<td>Masterflex</td>
			<td></td>
			<td>Model 7553-75</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>spectrophotometer</td>
			<td>any</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>microcentrifuge</td>
			<td>any</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>gas tight syringes&#160;</td>
			<td>any</td>
			<td></td>
			<td>100 and 200 microliters</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UASB glass reactor</td>
			<td>any</td>
			<td></td>
			<td>under design</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>gas chromatograph&#160;</td>
			<td>any</td>
			<td></td>
			<td>FID detector</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>capillary column SPB-624</td>
			<td>supelco</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pH meter</td>
			<td>any</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>viton tubing</td>
			<td>Masterflex</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>basal medium reagents</td>
			<td>any</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>trace metals reagents</td>
			<td>any</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>vitamins solution reagents</td>
			<td>any</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>sodium sulfate</td>
			<td>any</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>volatile fatty acids</td>
			<td>any</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>COD determination kit</td>
			<td>HACH</td>
			<td></td>
			<td>range 0-15000 mg/L</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TOPO-TA cloning kit pCR&#174;4.0&#160;</td>
			<td>Invitrogen, US</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>S.N.A.P. TM Miniprep Kit&#160;</td>
			<td>Invitrogen, UK</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pure link TM Quick Plasmid Miniprep kit</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

development of sulfidogenic sludge from marine sediments and trichloroethylene reduction in an upflow anaerobic sludge blanket reactor

The importance of microbial sulfate reduction relies on the various applications that it offers in environmental biotechnology. Engineered sulfate reduction is used in industrial wastewater treatment to remove large concentrations of sulfate along with the chemical oxygen demand (COD) and heavy metals. The most common approach to the process is with anaerobic bioreactors in which sulfidogenic sludge is obtained through adaptation of predominantly methanogenic granular sludge to sulfidogenesis. This process may take a long time and does not always eliminate the competition for substrate due to the presence of methanogens in the sludge. In this work, we propose a novel approach to obtain sulfidogenic sludge in which hydrothermal vents sediments are the original source of microorganisms. The microbial community developed in the presence of sulfate and volatile fatty acids is wide enough to sustain sulfate reduction over a long period of time without exhibiting inhibition due to sulfide. 
This protocol describes the procedure to generate the sludge from the sediments in an upflow anaerobic sludge blanket (UASB) type of reactor. Furthermore, the protocol presents the procedure to demonstrate the capability of the sludge to remove by reductive dechlorination a model of a highly toxic organic pollutant such as trichloroethylene (TCE). The protocol is divided in three stages: (1) the formation of the sludge and the determination of its sulfate reducing activity in the UASB, (2) the experiment to remove the TCE by the sludge, and (3) the identification of microorganisms in the sludge after the TCE reduction. Although in this case the sediments were taken from a site located in Mexico, the generation of a sulfidogenic sludge by using this procedure may work if a different source of sediments is taken since marine sediments are a natural pool of microorganisms that may be enriched in sulfate reducing bacteria.

Um comportamento típico da redução do sulfato no bioreactor é mostrado na Figura 5. É importante notar que, durante as primeiras semanas de redução de sulfato de operação será lenta. No entanto lento, o consumo de mais de 90% de sulfato de ao longo do tempo indica que o inoculo é o desenvolvimento de uma comunidade microbiana capaz de reduzir e, portanto, sulfato, enriquecida em bactérias redutoras de sulfato. Os diferentes períodos na figura indicam que a redução de sulf...

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Development of Sulfidogenic Sludge from Marine Sediments and Trichloroethylene Reduction in an Upflow Anaerobic Sludge Blanket Reactor

Microbial sulfate reduction is a process of great importance in environmental biotechnology. The success of the sulfidogenic reactors depends among other factors on the microbial composition of the sludge. Here, we present a protocol to develop sulfidogenic sludge from hydrothermal vents sediments in a UASB reactor for reductive dechlorination purposes.

Desenvolvimento de sulfidogenico Sludge de sedimentos marinhos e Redução Trichloroethylene em um Reator Anaeróbio de Manta de Lodo

The importance of microbial sulfate reduction relies on the various applications that it offers in environmental biotechnology. Engineered sulfate ...

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Research

JoVE Journal

Environment

9.6K visualizações.  Instituto Politécnico Nacional. Microbial sulfate reduction is a process of great importance in environmental biotechnology. The success of the sulfidogenic reactors depends among other factors on the microbial composition of the sludge. Here, we present a protocol to develop sulfidogenic sludge from hydrothermal vents sediments in a UASB reactor for reductive dechlorination purposes.

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A Fish-feeding Laboratory Bioassay to Assess the Antipredatory Activity of Secondary Metabolites from the Tissues of Marine Organisms

Marine chemical ecology is a young discipline, having emerged from the collaboration of natural products chemists and marine ecologists in the 1980s with the goal of examining the ecological functions of secondary metabolites from the tissues of marine organisms. The result has been a progression of protocols that have increasingly refined the ecological relevance of the experimental approach. Here we present the most up-to-date version of a fish-feeding laboratory bioassay that enables investigators to assess the antipredatory activity of secondary metabolites from the tissues of marine organisms. Organic metabolites of all polarities are exhaustively extracted from the tissue of the target organism and reconstituted at natural concentrations in a nutritionally appropriate food matrix. Experimental food pellets are presented to a generalist predator in laboratory feeding assays to assess the antipredatory activity of the extract. The procedure described herein uses the bluehead, Thalassoma bifasciatum, to test the palatability of Caribbean marine invertebrates; however, the design may be readily adapted to other systems. Results obtained using this laboratory assay are an important prelude to field experiments that rely on the feeding responses of a full complement of potential predators. Additionally, this bioassay can be used to direct the isolation of feeding-deterrent metabolites through bioassay-guided fractionation. This feeding bioassay has advanced our understanding of the factors that control the distribution and abundance of marine invertebrates on Caribbean coral reefs and may inform investigations in diverse fields of inquiry, including pharmacology, biotechnology, and evolutionary ecology.

This bioassay employs a model predatory fish to assess the presence of feeding-deterrent metabolites from organic extracts of the tissues of marine organisms at natural concentrations using a nutritionally comparable food matrix.

A Laboratory Bioassay alimentando-Fish para avaliar a actividade anti-predação de metabolitos secundários a partir de tecidos de organismos marinhos

Marine chemical ecology is a young discipline, having emerged from the collaboration of natural products chemists and marine ecologists in the 1980s with ...

Ambiente

VacuSIP, an Improved InEx Method for In Situ Measurement of Particulate and Dissolved Compounds Processed by Active Suspension Feeders

Benthic suspension feeders play essential roles in the functioning of marine ecosystems. By filtering large volumes of water, removing plankton and detritus, and excreting particulate and dissolved compounds, they serve as important agents for benthic-pelagic coupling. Accurately measuring the compounds removed and excreted by suspension feeders (such as sponges, ascidians, polychaetes, bivalves) is crucial for the study of their physiology, metabolism, and feeding ecology, and is fundamental to determine the ecological relevance of the nutrient fluxes mediated by these organisms. However, the assessment of the rate by which suspension feeders process particulate and dissolved compounds in nature is restricted by the limitations of the currently available methodologies. Our goal was to develop a simple, reliable, and non-intrusive method that would allow clean and controlled water sampling from a specific point, such as the excurrent aperture of benthic suspension feeders, in situ. Our method allows simultaneous sampling of inhaled and exhaled water of the studied organism by using minute tubes installed on a custom-built manipulator device and carefully positioned inside the exhalant orifice of the sampled organism. Piercing a septum on the collecting vessel with a syringe needle attached to the distal end of each tube allows the external pressure to slowly force the sampled water into the vessel through the sampling tube. The slow and controlled sampling rate allows integrating the inherent patchiness in the water while ensuring contamination free sampling. We provide recommendations for the most suitable filtering devices, collection vessel, and storing procedures for the analyses of different particulate and dissolved compounds. The VacuSIP system offers a reliable method for the quantification of undisturbed suspension feeder metabolism in natural conditions that is cheap and easy to learn and apply to assess the physiology and functional role of filter feeders in different ecosystems.

VacuSIP, an Improved InEx Method for In Situ Measurement of Particulate and Dissolved Compounds Processed by Active Suspension Feeders

We introduce the VacuSIP, a simple, non-intrusive, and reliable method for clean and accurate point sampling of water. The system was developed and evaluated for the simultaneous collection of the water inhaled and exhaled by benthic suspension feeders in situ, to cleanly measure removal and excretion of particulate and dissolved compounds.

VacuSIP, um método melhorado para Inex<em&gt; In Situ</em&gt; Medição de partículas e dissolvidos compostos Processado por alimentadores de suspensão ativa

Benthic suspension feeders play essential roles in the functioning of marine ecosystems. By filtering large volumes of water, removing plankton and ...

Extraction of Structural Extracellular Polymeric Substances from Aerobic Granular Sludge

To evaluate and develop methodologies for the extraction of gel-forming extracellular polymeric substances (EPS), EPS from aerobic granular sludge (AGS) was extracted using six different methods (centrifugation, sonication, ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), formamide with sodium hydroxide (NaOH), formaldehyde with NaOH and sodium carbonate (Na2CO3) with heat and constant mixing). AGS was collected from a pilot wastewater treatment reactor. The ionic gel-forming property of the extracted EPS of the six different extraction methods was tested with calcium ions (Ca2+). From the six extraction methods used, only the Na2CO3 extraction could solubilize the hydrogel matrix of AGS. The alginate-like extracellular polymers (ALE) recovered with this method formed ionic gel beads with Ca2+. The Ca2+-ALE beads were stable in EDTA, formamide with NaOH and formaldehyde with NaOH, indicating that ALE are one part of the structural polymers in EPS. It is recommended to use an extraction method that combines physical and chemical treatment to solubilize AGS and extract structural EPS.

The protocol provides a methodology to solubilize aerobic granular sludge in order to extract alginate-like extracellular polymers (ALE).

Extracção de substâncias estrutural extracelular poliméricos de Aerobic Granular Sludge

To evaluate and develop methodologies for the extraction of gel-forming extracellular polymeric substances (EPS), EPS from aerobic granular sludge (AGS) ...

A Flow-through Exposure System for Evaluating Suspended Sediments Effects on Aquatic Life

This paper describes the Fish Larvae and Egg Exposure System (FLEES). The flow-through exposure system is used to investigate the effects of suspended sediment on various aquatic species and life stages in the laboratory by using pumps and automating delivery of sediment and water to simulate suspension of sediment. FLEES data are used to develop exposure-response curves between the effects on aquatic organisms and suspended sediment concentrations at the desired exposure duration. The effects data are used to evaluate management practices used to reduce the interactions between aquatic organisms and anthropogenic causes of suspended sediments. The FLEES is capable of generating total suspended solids (TSS) concentrations as low as 30 to as high as 800 mg/L, making this system an ideal choice for evaluating the effects of TSS resulting from many activities including simulating low ambient levels of TSS to evaluating sources of suspended sediments from dredging operations, vessel traffic, freshets, and storms.

A robust and flexible flow-through exposure system designed to maintain sediment in suspension is presented. The system is used to investigate the effects of suspended sediment on various aquatic species and life stages in the laboratory.

Um Sistema de Exposição Fluxo através de sedimentação de Efeitos Avaliando suspensos sobre a vida aquática

This paper describes the Fish Larvae and Egg Exposure System (FLEES). The flow-through exposure system is used to investigate the effects of suspended ...

Preparation of Authigenic Pyrite from Methane-bearing Sediments for In Situ Sulfur Isotope Analysis Using SIMS

Different sulfur isotope compositions of authigenic pyrite typically result from the sulfate-driven anaerobic oxidation of methane (SO4-AOM) and organiclastic sulfate reduction (OSR) in marine sediments. However, unravelling the complex pyritization sequence is a challenge because of the coexistence of different sequentially formed pyrite phases. This manuscript describes a sample preparation procedure that enables the use of secondary ion mass spectroscopy (SIMS) to obtain in situ &#948;34S values of various pyrite generations. This allows researchers to constrain how SO4-AOM affects pyritization in methane-bearing sediments. SIMS analysis revealed an extreme range in &#948;34S values, spanning from -41.6 to +114.8&#8240;, which is much wider than the range of &#948;34S values obtained by the traditional bulk sulfur isotope analysis of the same samples. Pyrite in the shallow sediment mainly consists of 34S-depleted framboids, suggesting early diagenetic formation by OSR. Deeper in the sediment, more pyrite occurs as overgrowths and euhedral crystals, which display much higher SIMS &#948;34S values than the framboids. Such 34S-enriched pyrite is related to enhanced SO4-AOM at the sulfate-methane transition zone, postdating OSR. High-resolution in situ SIMS sulfur isotope analyses allow for the reconstruction of the pyritization processes, which cannot be resolved by bulk sulfur isotope analysis.

Preparation of Authigenic Pyrite from Methane-bearing Sediments for In Situ Sulfur Isotope Analysis Using SIMS

Analyses of the sulfur isotopic composition (&#948;34S) of pyrite from methane-bearing sediments have typically focused on bulk samples. Here, we applied secondary ion mass spectroscopy to analyze the &#948;34S values of various pyrite generations to understand the diagenetic history of pyritization.

Preparação de pirita Authigenic de sedimentos de metano-rolamento para In Situ enxofre isótopo análise usando o SIMS

Different sulfur isotope compositions of authigenic pyrite typically result from the sulfate-driven anaerobic oxidation of methane (SO4-AOM) and ...

Development of New Methods for Quantifying Fish Density Using Underwater Stereo-video Tools

The use of video camera systems in ecological studies of fish continues to gain traction as a viable, non-extractive method of measuring fish lengths and estimating fish abundance. We developed and implemented a rotating stereo-video camera tool that covers a full 360 degrees of sampling, which maximizes sampling effort compared to stationary camera tools. A variety of studies have detailed the ability of static, stereo-camera systems to obtain highly accurate and precise measurements of fish; the focus here was on the development of methodological approaches to quantify fish density using rotating camera systems. The first approach was to develop a modification of the metric MaxN, which typically is a conservative count of the minimum number of fish observed on a given camera survey. We redefine MaxN to be the maximum number of fish observed in any given rotation of the camera system. When precautions are taken to avoid double counting, this method for MaxN may more accurately reflect true abundance than that obtained from a fixed camera. Secondly, because stereo-video allows fish to be mapped in three-dimensional space, precise estimates of the distance-from-camera can be obtained for each fish. By using the 95% percentile of the observed distance from camera to establish species-specific areas surveyed, we account for differences in detectability among species while avoiding diluting density estimates by using the maximum distance a species was observed. Accounting for this range of detectability is critical to accurately estimate fish abundances. This methodology will facilitate the integration of rotating stereo-video tools in both applied science and management contexts.

We describe a new method for counting fishes, and estimating relative abundance (MaxN) and fish density using rotating stereo-video camera systems. We also demonstrate how to use distance from camera (Z distance) to estimate species-specific detectability.

Desenvolvimento de novos métodos para quantificar a densidade de peixes usando ferramentas de estéreo-vídeo subaquáticas

The use of video camera systems in ecological studies of fish continues to gain traction as a viable, non-extractive method of measuring fish lengths and ...

An Ultra-clean Multilayer Apparatus for Collecting Size Fractionated Marine Plankton and Suspended Particles

The distributions of many trace elements in the ocean are strongly associated with the growth, death, and re-mineralization of marine plankton and those of suspended/sinking particles. Here, we present an all plastic (Polypropylene and Polycarbonate), multi-layer filtration system for collection of suspended particulate matter (SPM) at sea. This ultra-clean sampling device has been designed and developed specifically for trace element studies. Meticulous selection of all non-metallic materials and utilization of an in-line flow-through procedure minimizes any possible metal contamination during sampling. This system has been successfully tested and tweaked for determining trace metals (e.g., Fe, Al, Mn, Cd, Cu, Ni) on particles of varying size in coastal and open ocean waters. Results from the South China Sea at the South East Asia Time-Series (SEATS) station indicate that diurnal variations and spatial distribution of plankton in the euphotic zone can be easily resolved and recognized. Chemical analysis of size-fractionated particles in surface waters of the Taiwan Strait suggests that the larger particles (&#62;153 &#181;m) were mostly biologically derived, while the smaller particles (10 - 63 &#181;m) were mostly composed of inorganic matter. Apart from Cd, the concentrations of metals (Fe, Al, Mn, Cu, Ni) decreased with increasing size.

Plankton and suspended particles play a major role in the biogeochemical cycles in the ocean. Here, we provide an ultra-clean, low stress method for the collection of various sizes of particles and plankton at sea with the capability of handling large volumes of seawater.

Um aparelho ultra limpo Multicamado para coleta de plâncton marinho tamanho fracionado e partículas em suspensão

The distributions of many trace elements in the ocean are strongly associated with the growth, death, and re-mineralization of marine plankton and those ...

In Situ Hybridization Techniques for Paraffin-Embedded Adult Coral Samples

Corals are important ocean invertebrates that are critical for overall ocean health as well as human health. However, due to human impacts such as rising ocean temperatures and ocean acidification, corals are increasingly under threat. To tackle these challenges, advances in cell and molecular biology have proven to be crucial for diagnosing the health of corals. Modifying some of the techniques commonly used in human medicine could greatly improve researchers&#39; ability to treat and save corals. To address this, a protocol for in situ hybridization used primarily in human medicine and evolutionary developmental biology has been adapted for use in adult corals under stress.
The purpose of this method is to visualize the spatial expression of an RNA probe in adult coral tissue that has been embedded in paraffin and sectioned onto glass slides. This method focuses on removal of the paraffin and rehydration of the sample, pretreatment of the sample to ensure permeability of the sample, pre-hybridization incubation, hybridization of the RNA probe, and visualization of the RNA probe. This is a powerful method when using non-model organisms to discover where specific genes are expressed, and the protocol can be easily adapted for other non-model organisms. However, the method is limited in that it is primarily qualitative, because expression intensity can vary depending on the amount of time used during the visualization step and the concentration of the probe. Furthermore, patience is required, as this protocol can take up to 5 days (and in many cases, longer) depending on the probe being used. Finally, non-specific background staining is common, but this limitation can be overcome.

In Situ Hybridization Techniques for Paraffin-Embedded Adult Coral Samples

The goal of this protocol is to perform in situ hybridization on adult coral samples that have been embedded in paraffin and sectioned onto glass slides. This is a qualitative method used to visualize the spatial expression of an RNA anti-sense probe in paraffin-embedded tissues.

In Situ Técnicas de hibridização para amostras de Coral adultas parafina

Corals are important ocean invertebrates that are critical for overall ocean health as well as human health. However, due to human impacts such as rising ...

An Anaerobic Biosensor Assay for the Detection of Mercury and Cadmium

Mercury (Hg) bioavailability to microbes is a key step to toxic Hg biomagnification in food webs. Cadmium (Cd) transformations and bioavailability to bacteria control the amount that will accumulate in staple food crops. The bioavailability of these metals is dependent on their speciation in solution, but more particularly under anoxic conditions where Hg is methylated to toxic monomethylmercury (MeHg) and Cd persists in the rhizosphere. Whole-cell microbial biosensors give a quantifiable signal when a metal enters the cytosol and therefore are useful tools to assess metal bioavailability. Unfortunately, most biosensing efforts have so far been constrained to oxic environments due to the limited ability of existing reporter proteins to function in the absence of oxygen. In this study, we present our effort to develop and optimize a whole-cell biosensor assay capable of functioning anaerobically that can detect metals under anoxic condition in quasi-real time and within hours. We describe how the biosensor can help assess how chemical variables relevant to the environmental cycling of metals affect their bioavailability. The following protocol includes methods to (1) prepare Hg and Cd standards under anoxic conditions, (2) prepare the biosensor in the absence of oxygen, (3) design and execute an experiment to determine how a series of variable affects Hg or Cd bioavailability, and (4) to quantify and interpret biosensor data. We show the linear ranges of the biosensors and provide examples showing the method's ability to distinguish between metal bioavailability and toxicity by utilizing both metal-inducible and constitutive strains.

Here, we present a protocol to use an anaerobic whole-cell microbial biosensor to evaluate how different environmental variables affect the bioavailability of Hg and Cd to bacteria in anoxic environments.

Um ensaio de anaeróbios Biosensor para a detecção de mercúrio e cádmio

Mercury (Hg) bioavailability to microbes is a key step to toxic Hg biomagnification in food webs. Cadmium (Cd) transformations and bioavailability to ...

Measuring the Shape and Size of Activated Sludge Particles Immobilized in Agar with an Open Source Software Pipeline

Experimental bioreactors, such as those treating wastewater, contain particles whose size and shape are important parameters. For example, the size and shape of activated sludge flocs can indicate the conditions at the microscale, and also directly affect how well the sludge settles in a clarifier.
Particle size and shape are both misleadingly &#39;simple&#39; measurements. Many subtle issues, often unaddressed in informal protocols, can arise when sampling, imaging, and analyzing particles. Sampling methods may be biased or not provide enough statistical power. The samples themselves may be poorly preserved or undergo alteration during immobilization. Images may not be of sufficient quality; overlapping particles, depth of field, magnification level, and various noise can all produce poor results. Poorly specified analysis can introduce bias, such as that produced by manual image thresholding and segmentation.
Affordability and throughput are desirable alongside reproducibility. An affordable, high throughput method can enable more frequent particle measurement, producing many images containing thousands of particles. A method that uses inexpensive reagents, a common dissecting microscope, and freely-available open source analysis software allows repeatable, accessible, reproducible, and partially-automated experimental results. Further, the product of such a method can be well-formatted, well-defined, and easily understood by data analysis software, easing both within-lab analyses and data sharing between labs.
We present a protocol that details the steps needed to produce such a product, including: sampling, sample preparation and immobilization in agar, digital image acquisition, digital image analysis, and examples of experiment-specific figure generation from the analysis results. We have also included an open-source data analysis pipeline to support this protocol.

The size and shape of particles in activated sludge are important parameters that are measured using varying methods. Inaccuracies arise from non-representative sampling, suboptimal images, and subjective analysis parameters. To minimize these errors and ease measurement, we present a protocol specifying every step, including an open source software pipeline.

Medindo a forma e o tamanho das partículas de lodo ativado imobilizada em ágar com um Pipeline de Software de código aberto

Experimental bioreactors, such as those treating wastewater, contain particles whose size and shape are important parameters. For example, the size and ...