3.4 : Сохранение белковых доменов для с разных белков

Домен белка это автономный раздел белка, который способен независимо сворачиваться, образуя трехмерную структуру. Существует ограниченное число способов, которыми белковые домены могут свернуться, поскольку есть определенные особенности трёхмерной укладки альфа-спиралей, бета-листов и петель, более энергитически благоприятные, чем другие. Существуют десятки тысяч различных белков.

В тоже время, существует менее 1, 500 известных доменов, потому что сходные домены присутствуют во многих белках. Белки с короткими аминокислотными последовательностями скорее всего, будут иметь только один домен. Но большинство белков содержат несколько доменов с ярко выраженными функциями.

Несколько доменов белка работают вместе, что позволяет выполнять свою роль. И часто одна область действует, как регулятор функции другого домена. Например, когда лиганд присоединяется к домену, связывающему лиганд, на рецепторе, это может привести к тому, что энзиматическая функция каталитического домена будет усилена.

Белковые домены эволюционировали как модули, которые можно пересортировать для создания новых белков с уникальными функциями путём процесса, который называется перемешивание доменов. Эти блоки будут совмещаться в различных ориентациях в зависимости от расположения хвостов N-и C-терминалов. цепи аминокислот.

Если N-терминал и C-терминал домена находятся в непосредственной близости близость, белок в конечном итоге будет компактной шаровидной структурой, Если N-и C-терминалы находятся на противоположных концах домена, общая структура будет в конце концов удлиненной и линейной. Src это белок, содержащий три выраженных белковых домена. Два из этих доменов, называемые домены гомологии Src, SH2 и SH3, позволяют белкам, содержащим этот домен, присоединяться к определенным последовательностям аминокислотных цепей.

Каждый из этих доменов состоит из различных белков. Домен SH2 связывается с фосфорилированными тирозинами и присутствует в более чем 115-ти различных белках. Домен SH3 связывается с насыщенными пролином последовательностями и встречается 300 раз в геноме человека.

Эти белковые домены, и другие, являются генетическими строительными блоками для создания белков, которые сочетают несколько функций уникальным образом.