Важное требование репликации ДНК поддержание целостности генетического материала. По этой причине двухцепочечные разрывы ремонтируются в первую очередь по гомологичной рекомбинации. И это обычно происходит после синтеза ДНК, Когда две дочерние ДНК-молекулы находятся в непосредственной близости и могут служить шаблоном для ремонта друг-друга.

В эукариотах, белковый комплекс MRN, состоящий из специализированной нуклеазы, деградирует поврежденые концы ДНК, пока концы привязаны друг к другу. ДНК оставлена с одной провисающей цепью длиной от трех до четырех нуклеотидов с тремя прайм-ОН концами. Одноцепочечный участок стабилизируется белками RPA пока RAD51, гомолог прокариотического белка RecA активируется ATФ и связывается с ДНК формируя филамент.

В филаменте ДНК существует как триплеты нуклеотидов Где позвоночник"ДНК разматывается между смежными тройками. Эта белковая нить ДНК связывается с дуплексной ДНК от сестринского хроматида растягивание неповрежденного шаблона ДНК и дестабилизируя его, чтобы обе цепи можно было легко растянуть и повреждённая цепь может попытаться привязаться к шаблон в процессе, известном как вторжение цепи. Вторгающаяся цепочка ищет неповрежденные последовательности в геномной ДНК, пытаясь сформировать пару оснований в блоке из трех нуклеотидов.

Если основание попарно не соответствуют, вторгающаяся ДНК диссоциирует и ищет другие гомологичные регионы. Если один триплет из вторгающейся цепи соответствует шаблону, затем выбираются следующие три нуклеотидов. Если последовательность совпадает на протяжении не менее пяти триплетов, структура контура перемещения образуется с ДНК-полимеразой используя захваченном цепь в качестве шаблона.

После этого, геликаза вытесняет продлённую вторгающуюся цепь, чьи основания собираются в пары с незащищённой повреждена цепью. Затем, вторая поврежденная цепь рекомбинируется для подходящей цепи ДНК-шаблона еще одного раунда синтеза ДНК. Наконец, сестринская цепь диссоциирует.

И ДНК-лигаза запечатывает порезы, восстановливая отремонтированные спирали и обеспечивая точный ремонт неповрежденной хромосомы.