JoVE Logo
АВТОРЫ
СВЯЖИТЕСЬ С НАМИ

Войдите в систему

Для просмотра этого контента требуется подписка на Jove Войдите в систему или начните бесплатную пробную версию.

В этой статье

  • Резюме
  • Аннотация
  • Введение
  • протокол
  • Результаты
  • Обсуждение
  • Раскрытие информации
  • Благодарности
  • Материалы
  • Ссылки
  • Перепечатки и разрешения

Резюме

Одной молекулы Магнитные пинцеты платформу для манипулирования G-quadruplexes сообщается, что позволяет для изучения G4 стабильность и регулирование различных белков.

Аннотация

Non канонические нуклеиновой кислоты вторичная структура, которую G-quadruplexes (G4) участвуют в различных клеточных процессах, таких как репликация ДНК, транскрипция, обработки РНК и удлинение теломер. В ходе этих процессов различные белки связывают и разрешить G4 структуры для выполнения их функций. Как функция G4 часто зависит от стабильности ее складчатые структуры, важно исследовать, как белки, связывающие G4 регулировать стабильности G4. Эта работа представляет метод для обработки одной молекулы G4, используя Магнитные пинцеты, который позволяет исследования регулирования G4 связывания белков на одной молекулы G4 в режиме реального времени. В общем этот метод подходит для широкий спектр применений в исследованиях для взаимодействия белков/лигандов и правил на различных вторичных структур ДНК или РНК.

Введение

Четыре мель ДНК или РНК G4 структуры играют решающую роль в многих важных биологических процессов1. Многие белки участвуют в привязке G4 и регулирования, включая белки, связывающие теломер (теломеразы, РПА, TEBPs, Аппл1, TRF2)1,2, факторы транскрипции (nucleolin, PARP1)3, РНК, белков (hnRNP А1, обработки hnRNP A2)4, Хеликазы (BLM, FANCJ, RHAU, предупреждение, Dna2, Pif1)5и репликацию ДНК, связанных белков (Rif1, Rev. 1, PrimPolymerase)6. Связывание с белками может стабилизировать или дестабилизировать G4 структур; Таким образом, регулирующих последующие биологические функции. Стабильность G4 измерялась тепловой плавка с использованием ультрафиолетового (УФ) или круговой дихроизма (CD) методы7. Однако, такие условия не являются физиологические соответствующих и трудно применять к изучению воздействия связывания белков7.

Бурное развитие в одной молекулы манипуляции технологий позволило исследования складывания и раскладывания биомолекулы, такие как ДНК или белка, на уровне одной молекулы с резолюцией нанометров в реальном времени8. Атомно-силовой микроскопии (АСМ), Оптический пинцет и Магнитные пинцеты являются наиболее часто используемые методы манипуляции одной молекулы. По сравнению с AFM и Оптический пинцет9, Магнитные пинцеты позволяют стабильные измерения складные разворачивается динамики одной молекулы дней, используя технику анти дрейф10,11.

Здесь один молекула манипуляции платформы, используя магнитные Пинцеты для изучения регуляции G4 стабильности путем связывания белков-сообщил12,13. Этой работе излагаются основные подходы, включая подготовку образца и потока канала, установки Магнитные пинцеты и калибровки силы. Управления сил и против дрейфа протоколов, как описано в шаге 3 позволяют на долгое время измерения при различных сил элементы управления, например постоянная сила (силы зажима) и постоянной загрузки оценить (сил рампы) и сила прыжок измерения. Протокол калибровки силы, описанные в шаге 4 позволяет калибровки силы < 1 мкм короткие тросов над большой силой диапазон до 100 pN, с относительной погрешностью в пределах 10%. Пример регулирования устойчивости Helicase РНК, связанные с AU-богатые элемент (RHAU) helicase (псевдоним DHX36, G4R1), который играет существенную роль в урегулировании что РНК G4 используется для демонстрации применения этой платформы13.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

протокол

1. Подготовка G4 ДНК для одной молекулы растяжение

  1. подготовить 5 '-тиоловых помечены и 5 '-биотин, помечены dsDNA ручки методом ПЦР с помощью DDNA полимеразы на шаблоне ДНК фага лямбда, используя 5 '-тиоловых и 5 '-биотин Праймеры 14 ( рис. 1). Обе ручки dsDNA имеют высокое содержание GC (> 60%) для предотвращения ДНК плавления когда ДНК проводится на высокой силы или во время распыления ДНК перехода 15.
  2. Продукты PCR, очищают с помощью комплекта коммерческой очистки и дайджест с BstXI энзима ограничения по заявлению производителя ' протокол s.
  3. Перевязать G4 формируя ssDNA и фланка ssDNA и dsDNA ручки с помощью T4 ДНК лигаза согласно данным производителя ' протокол s. Очистить перевязаны продукта экстракцией гель, используя набор коммерческой очистки согласно данным производителя ' протокол s.

2. Подготовка канала потока

  1. Coverslip очистки и Функционализация поверхности
    1. место снизу coverslips (#1.5, 22 × 32 мм) и верхний coverslips (#1.5, 20 x 20 мм) в Стекло покровное пятнать банок (каждый сосуд вмещает 7 штук coverslips, объем-~ 20 мл). Промыть coverslips в банки с дистиллированной водой в 2 - 5 раз.
    2. Добавить ~ 20 мл стирального раствора 5-40% в каждой банку, а затем место в ультразвуковой очистки бане 30 мин смойте дистиллированной воды для > 10 раз для удаления моющего средства.
    3. Сухой coverslips в банках в духовке (~ 150 ° C; Осторожно, горячие), или N 2 газом. Хранить сушеные Топ coverslips в шкаф сухой.
    4. Использования плазмы (O 2 газ) для очистки coverslips в банке за 10 мин. В течение 10 мин, подготовить 20 мл раствора 1% (3-аминопропил) triethoxysilane (APTES) в метаноле (осторожно, токсичный/горючих). Используйте Химический вытяжной шкаф для растворения APTES в метаноле.
      Примечание: Избегайте влажность при хранении APTES решение. Старые APTES часто вызывает проблемы в поверхности functionalizing coverslips.
    5. Сразу же после плазменной очистки, добавьте все 1% раствора APTES в банки и инкубировать на 1 ч. залить отходов в конкретных для метанола APTES 1% отходов бутылку. Необходимо выполнить связанные с метанолом Зонта химических веществ, легковоспламеняющихся.
    6. Промыть банки раз с метанолом и > 10 раз с дистиллированной водой, а затем сухой печи (~ 150 ° C; Осторожно, горячий). Магазин APTES-покрытием снизу coverslips в шкаф сухой, если не используется на срок до двух недель.
      Примечание: После каждого подпункта шаг от 2.1.1 для 2.1.4, процесс очистки может быть приостановлена в перед следующим этапом.
  2. Собрать канал потока
    1. подготовить два " прокладки ", то есть, парафина или двухсторонней ленты (~ 4 мм × 20 мм) для каждого канала. Место два куска распорки на нижней coverslip вдоль Лонг края. Место Топ coverslip на прокладку, образуя ячейку потока между ними (~ 10 мм × 20 мм площадь, Рисунок 2а , Б).
    2. Если парафина используется как заполнитель, место канал потока на подогреватель (60-120 ° C; Осторожно, горячие) для 5-10 s нежно нажимая стороны Топ coverslip склеить два coverslips, парафина. В результате поток канал имеет высоту ~ 100 мкм, и тем самым объем канала составляет ~ 20 мкл.
    3. Уплотнение длинной канала с силиконовый клей, чтобы избежать утечки. Использовать клей силиконовый сделать небольшой раковиной как структура каждой открытой краю канала потока, который служит в качестве входа и выхода раствора.
      Примечание: Вход и выход может также быть сделаны другими способами, например, придерживаясь небольшие пластиковые кольца, с помощью воска.
    4. Хранить каналы в сухой кабинета на срок до 4 недель.
  3. Tether ДНК на нижней поверхности канала потока
    1. развести шарики полистироля амино покрытием (диаметр: 3 мкм) 200 X в дистиллированной 1 X фосфат буфер солевой буфера (PBS). Вихревой шарик решения и затем впадают в каналы. Инкубировать решение шарик в каналах для ~ 30 мин удалить любой расклеиваться бусины промывкой 200 мкл буфера 1 ПБС.
    2. Регулировка (увеличение/уменьшение) время инкубации для достижения поверхностная плотность 1-5 шариков на площади 50 мм x 50 мм. Сохранение каналов, сданные бисера ссылка на срок до 3 дней.
    3. Развести sulfosuccinimidyl 4-(N-maleimidomethyl) циклогексан-1-карбоксилатных (сульфогруппу-ККАП) порошка в 1 раствор ПБС (~ 0,5 мг/мл). Вихревой решения и затем впадают в канал.
      Примечание: Готовить свежий раствор сульфогруппу ККАП перед использованием и добавьте его непосредственно на канал, чтобы избежать гидролиза ККАП.
    4. Инкубировать решение ККАП в канале на 30 мин удалить решение ККАП, омыв с большим количеством (1 мл, ~ 50 X громкость канала) раствора 1 ПБС.
      Примечание: Тщательно вымойте избыток ККАП. Этот шаг является очень важным для связывания ДНК на coverslip.
    5. , Привязывая ДНК
      1. развести тиоловых биотин помечены ДНК в ПБС, в результате концентрации ДНК ~ 0,3 Нм. Аккуратно Пипетка mix решение, поток раствора ДНК в канал ККАП покрытием и Инкубируйте 30 мин при комнатной температуре (~ 23 ° C).
    6. Аккуратно смыть бесплатные ДНК с 200 мкл блокирования решения, содержащего ПБС с 10 мг/мл, бычьим сывороточным альбумином (БСА) и 0,01% 2-меркаптоэтанол.
    7. Блок поверхности канала по инкубации канал в преграждая разрешение (10 мг/мл BSA, 0,01% 2-меркаптоэтанол) для > 2 h; после этого шага, канал готов для экспериментов. Подготовленный канал может храниться при температуре 4 ° C для ~ 1 день.
      Примечание: Блокирование шаг имеет важное значение для уменьшения неспецифической связывания ДНК и магнитные бусы для coverslips.

3. Магнитные пинцеты установки и идентификации одного dsDNA троса

  1. Магнитные пинцеты установки
    1. начала Магнитные пинцеты управления программы. Здесь, Магнитные пинцеты контролировались написано в дом программы LabVIEW.
    2. Выравнивание центров магнит перед монтажом канала. Используйте 4 X объектив для настройки осей x и y - магнитов в оптической оси микроскопа.
    3. Использовать управляемая компьютером моторизованных манипулятор для перемещения магниты вдоль z оси ( рисунок 2A) и задайте расстояние как d = 0 (d: расстояние между магнитами и coverslip) когда магниты прикрепить к coverslip на микроскопе.
    4. Программа движения магнитов через манипулятор для достижения контроля силы, включая постоянное (т.е., постоянные d) и время разной силы F (t) (то есть, время различной d(t )).
    5. Использовать яркий источник света светоизлучающих диодов (СИД) для обратно рассеянного освещения шарик через объектив. Собирать изображения шарик на дискретизации 100 Гц с зарядовой (связью ПЗС) камеры. < / ля >
  2. образца установки и идентификации троса единый dsDNA
    1. Tether формирования
      1. нежно потока в 200 X разбавленным M-280, парамагнитная бусины в Пробирной растворе (100 мм KCl, 2 MgCl 2, 10 мм трис рН 7,4 ) в канал. Проинкубируйте втечение 10 мин позволить бусы для привязки к биотин меченых молекул ДНК иммобилизованных на ККАП покрытием поверхности до конца тиоловых меченых. Аккуратно смыть ООН привязанный бусы, используя 200 мкл раствора стандартная реакция.
        Примечание: Бусы M-280 Показать нижний неспецифической привязки к поверхности по сравнению с других коммерческих магнитные бусы, например M-270.
    2. Монтировать канал на микроскопа. Поиск для бусин на нижней поверхности с помощью 100 X Нефть погружения цель.
    3. Выберите ссылку шарик на поверхности и движущихся привязанный шарик. Построения библиотек исходное изображение ссылка бисера и привязал шарик на самолеты различных defocus.
    4. Калибровка изображения бусы
      1. до экспериментов, использовать объективные пьезо привода для получения изображения ссылки и привязал бусы на самолеты различных defocus, расположенных на 20-50 Нм, которые хранятся как два отдельных бисера образ библиотеки и являются соответственно индексируются с defocus расстояние ( Рисунок 2D).
    5. x, y, z расположите определение
      1. во время экспериментов, определить положение шарик в плоскости x-y, центр тяжести шарика. Определите изменение высоты привязанный шарик, сравнивая текущее изображение шарик с теми, хранящиеся в библиотеке. Используйте функции auto корреляционный анализ мощности спектра Фурье изображений шарик 16.
    6. Против дрейфа обратной связи, с использованием бисера ссылка
      1. во время экспериментов, используйте пьезо для " замок " расстояние между объективную и конкретную ссылку бисера образ, хранящийся в библиотеке через низкой частоты Обратная связь управления, так что изображение застрял шарик имеет лучшее соотношение с определенного изображения, хранящиеся в библиотеке ( Рисунок 2D).
    7. Определить, является ли tether молекула единый dsDNA путем применения ~ 65 pN силы определяют молекула единый dsDNA если tether подвергается характерным ДНК, распыления переход 17 , 18 , 19. повторить процесс, пока не будет найден троса единый dsDNA. (Пожалуйста, обратитесь к следующему разделу для калибровки силы и ДНК, распыления перехода).

4. Магнитные пинцеты силу калибровки

  1. непосредственно определяют силу (до 100 pN) для длинные молекулы ДНК (48,502 bp λ-ДНК), с использованием бисера колебания через:
    figure-protocol-10227
    , где k B — постоянная Больцмана, T — температура по шкале Кельвина, δ 2 y-дисперсия колебаний шарик в направлении, перпендикулярном магнитном поле и силы направление. В этом направлении движение шарика можно описать как колебания маятника с длиной l + r 0, где l — это конец в конец расстояние вдоль направления сил (расширение) ДНК, и r 0 радиус в бисера 10 ( рис. 3A).
  2. Определение Калибровочная кривая для силы F как функция магнитов шарик расстояние d и F (d) для разных бусинок, используя длинные λ-ДНК. Обычно расстояние между магнитом и coverslip используется как длина троса ДНК могут быть проигнорированы. Вписываются в F-кривой d функцией двойной экспоненциальный распад:
    figure-protocol-11225
    , где установку параметров α1, α2, γ1, γ2 определяются Магнитные пинцеты и параметр C определяется свойством неоднородных магнитных шариков. Переключив C, F-d кривой, полученные из различных бисер может быть перекрытием 10 ( рис. 3B).
  3. Калибровка параметра C для индивидуальных магнитных шариков для коротких ДНК экспериментов.
    1. Определении силы, основанные на колебания требует записи шарик позиции с частотой выше чем угловой частоты:
      figure-protocol-11875
      , где γ — перетаскивания Коэффициент шарик. Для коротких ДНК на высокой силы она требует быстрее, чем 100 Гц частота записи, таким образом, силы не могут быть измерены непосредственно основаны на колебания с камерой. Однако, параметр C может быть определена путем измерения силы на низком силу диапазона (< 15 pN) с использованием колебания и установку данных с калиброванной F-кривой d для получения параметра C 20.
    2. В качестве альтернативы, для экспериментов с dsDNA, определить параметр C использованием ДНК, распыления перехода в силу ~ 65 pN ( рис. 3 c) 21 , 22 , 23, записывая положение d на прыжок показал расширение которых dsDNA (0,6 X увеличение длины контура длины). После определения параметра C, рассчитать силу для привязи бусины.
  4. Контролировать скорость загрузки, программирование движения магнитов через обратная функция F (d). Магнит должен подходить образец двойной экспоненциально.
    Примечание: Относительная ошибка силы, определяется методом экстраполяции является ~ 10% и главным образом вызваны шарик радиус неоднородность 20.

5. Сингл молекула манипуляции G4 в присутствие и отсутствие привязки белки

  1. силы рампа экспериментов
    1. после выявления dsDNA троса, выполнить проверку сил увеличение 0.2 pN/s, а затем со скоростью загрузки силу смерти сканирования на – 0,2 pN/сек. После каждого цикла растяжения, удерживайте молекулы ДНК в 1 pN 30 s чтобы позволить ssDNA сворачивают G4.
  2. Силы прыжок эксперименты
    1. цикл силы между 54 pN 30 s, под которым сложенном G4 может быть развернут и 1 pN для 60-х, под которым может сворачивают сложенном G4-15т.
  3. Раствор белка потока
    1. потока раствора белка когда на ~ 20 pN силы чтобы избежать приверженность бусы из coverslip. Helicase ДЕА box RHAU, который показал высокую специфичность к структуре G4, был используется 24. Рекомбинантные helicase Drosophila melanogaster RHAU (DmRHAU) была выражена в Escherichia coli и очищенный, как описано ранее 25. G4 разматывания деятельность DmRHAU была assayed на tetramolecular G4 ДНК субстрата 13.
  4. Анализ разворачивающихся силы, с использованием собственных написано Matlab программы 14.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Результаты

Настройки эксперимента для растяжения одной молекулы G4 показан на рисунке 4. Последовательность формирования G4 одноцепочечной интервале между двумя ручками dsDNA был привязанный между coverslip и парамагнитными шарик. Чтобы найти шарик привязанный единый ds...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Обсуждение

Как описано выше, платформу для изучения механическая стабильность G4 ДНК и взаимодействий протеина G4 с помощью одной молекулы Магнитные пинцеты сообщается. Сопроводительных платформа, разработаны высокоэффективные протоколы нахождения G4 ДНК троса и измерение динамики складной разв?...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Раскрытие информации

Авторы не имеют ничего сообщать.

Благодарности

Авторы благодарят Meng Pan за корректуру рукопись. Эта работа поддерживается, Сингапур министерства от образования академических исследований Фонд Tier 3 (MOE2012-T3-1-001) до Д.Ю; Национальный исследовательский фонд через Сингапур Mechanobiology института для Д.Ю; Национальный исследовательский фонд, офис премьер-министра, Сингапур, в рамках своей программы Investigatorship СР (СР № Investigatorship премии СР-NRFI2016-03 для Д.Ю; Фонд фундаментальных исследований университетов Центральной H. Y (2017KFYXJJ153).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Материалы

NameCompanyCatalog NumberComments
DNA PCR primersIDTDNA preparations
DNA PCR chemicalsNEBDNA preparations
restriction enzyme BstXINEBR0113SDNA preparations
coverslips (#1.5, 22*32 mm, and 20*20 mm)BMH.BIOMEDIA72204flow channel preparation
Decon90Decon Laboratories Limitedflow channel preparation
APTESSigma440140-500MLflow channel preparation
Sulfo-SMCCThermoFisher Scientific22322flow channel preparation
M-280, paramganetic beads,streptavidinThermoFisher Scientific11205Dflow channel preparation
Polybead Amino Microspheres 3.00 μmPolysciences, Inc17145-5flow channel preparation
2-MercaptoethanolSigmaM6250-250MLflow channel preparation
Olympus Microscopes IX71OlympusIX71Magnetic tweezers setup
Piezo-Z Stages P-721Physik InstrumenteP-721Magnetic tweezers setup
Olympus Objective lense MPLAPON-Oil 100XOlympusMPLAPON-Oil 100XMagnetic tweezers setup
CCD/CMOS cameraAVTPike F-032BMagnetic tweezers setup
Translation linear stagePhysik InstrumenteMoCo DCMagnetic tweezers setup
LEDThorlabsMCWHLMagnetic tweezers setup
Cubic MagnetsSupermagneteMagnetic tweezers setup
LabviewNational InstrumentsMagnetic tweezers setup
OriginPro/MatlabOriginLab/MathWorksData analysis

Ссылки

  1. Rhodes, D., Lipps, H. J. G-quadruplexes and their regulatory roles in biology. Nucleic Acids Res. 43 (18), 8627-8637 (2015).
  2. Brazda, V., Haronikova, L., Liao, J. C., Fojta, M. DNA and RNA quadruplex-binding proteins. Int J Mol Sci. 15 (10), 17493-17517 (2014).
  3. Gonzalez, V., Hurley, L. H. The C-terminus of nucleolin promotes the formation of the c-MYC G-quadruplex and inhibits c-MYC promoter activity. Biochemistry. 49 (45), 9706-9714 (2010).
  4. Wang, F., et al. telomerase-interacting protein that unfolds telomere G-quadruplex and promotes telomere extension in mammalian cells. Proc Natl Acad Sci U S A. 109 (50), 20413-20418 (2012).
  5. Mendoza, O., Bourdoncle, A., Boule, J. B., Brosh, R. M., Mergny, J. L. G-quadruplexes and helicases. Nucleic Acids Res. 44 (5), 1989-2006 (2016).
  6. Schiavone, D., et al. PrimPol Is Required for Replicative Tolerance of G Quadruplexes in Vertebrate Cells. Mol Cell. 61 (1), 161-169 (2016).
  7. Lane, A. N., Chaires, J. B., Gray, R. D., Trent, J. O. Stability and kinetics of G-quadruplex structures. Nucleic Acids Res. 36 (17), 5482-5515 (2008).
  8. Woodside, M. T., Block, S. M. Reconstructing folding energy landscapes by single-molecule force spectroscopy. Annu Rev Biophys. 43, 19-39 (2014).
  9. Neuman, K. C., Nagy, A. Single-molecule force spectroscopy: optical tweezers, magnetic tweezers and atomic force microscopy. Nat Methods. 5 (6), 491-505 (2008).
  10. Chen, H., et al. Improved high-force magnetic tweezers for stretching and refolding of proteins and short DNA. Biophys J. 100 (2), 517-523 (2011).
  11. Chen, H., et al. Dynamics of equilibrium folding and unfolding transitions of titin immunoglobulin domain under constant forces. J Am Chem Soc. 137 (10), 3540-3546 (2015).
  12. You, H., Wu, J., Shao, F., Yan, J. Stability and kinetics of c-MYC promoter G-quadruplexes studied by single-molecule manipulation. J Am Chem Soc. 137 (7), 2424-2427 (2015).
  13. You, H., Lattmann, S., Rhodes, D., Yan, J. RHAU helicase stabilizes G4 in its nucleotide-free state and destabilizes G4 upon ATP hydrolysis. Nucleic Acids Res. 45 (1), 206-214 (2017).
  14. You, H., et al. Dynamics and stability of polymorphic human telomeric G-quadruplex under tension. Nucleic Acids Res. 42 (13), 8789-8795 (2014).
  15. Fu, H., Chen, H., Marko, J. F., Yan, J. Two distinct overstretched DNA states. Nucleic Acids Res. 38 (16), 5594-5600 (2010).
  16. Gosse, C., Croquette, V. Magnetic tweezers: micromanipulation and force measurement at the molecular level. Biophys. J. 82 (6), 3314-3329 (2002).
  17. Fu, H., et al. Transition dynamics and selection of the distinct S-DNA and strand unpeeling modes of double helix overstretching. Nucleic Acids Res. 39 (8), 3473-3481 (2011).
  18. Zhang, X., Chen, H., Fu, H., Doyle, P. S., Yan, J. Two distinct overstretched DNA structures revealed by single-molecule thermodynamics measurements. Proc Natl Acad Sci U S A. 109 (21), 8103-8108 (2012).
  19. Zhang, X., et al. Revealing the competition between peeled ssDNA, melting bubbles, and S-DNA during DNA overstretching by single-molecule calorimetry. Proc Natl Acad Sci U S A. 110 (10), 3865-3870 (2013).
  20. Chen, H., et al. Improved High-Force Magnetic Tweezers for Stretching and Refolding of Proteins and Short DNA. Biophys. J. 100 (2), 517-523 (2011).
  21. Fu, H. X., et al. Transition dynamics and selection of the distinct S-DNA and strand unpeeling modes of double helix overstretching. Nucleic Acids Res. 39 (8), 3473-3481 (2011).
  22. Zhang, X., Chen, H., Fu, H., Doyle, P. S., Yan, J. Two distinct overstretched DNA structures revealed by single-molecule thermodynamics measurements. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 109 (21), 8103-8108 (2012).
  23. Zhang, X., et al. Revealing the competition between peeled ssDNA, melting bubbles, and S-DNA during DNA overstretching by single-molecule calorimetry. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 110 (10), 3865-3870 (2013).
  24. Vaughn, J. P., et al. The DEXH protein product of the DHX36 gene is the major source of tetramolecular quadruplex G4-DNA resolving activity in HeLa cell lysates. J Biol Chem. 280 (46), 38117-38120 (2005).
  25. Giri, B., et al. G4 resolvase 1 tightly binds and unwinds unimolecular G4-DNA. Nucleic Acids Res. 39 (16), 7161-7178 (2011).
  26. De Vlaminck, I., Dekker, C. Recent advances in magnetic tweezers. Annu Rev Biophys. 41, 453-472 (2012).
  27. Yan, J., Skoko, D., Marko, J. F. Near-field-magnetic-tweezer manipulation of single DNA molecules. Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. 70 (1 Pt 1), 011905(2004).
  28. Le, S., et al. Disturbance-free rapid solution exchange for magnetic tweezers single-molecule studies. Nucleic Acids Res. 43 (17), e113(2015).
  29. Neidle, S. Quadruplex Nucleic Acids as Novel Therapeutic Targets. J Med Chem. 59 (13), 5987-6011 (2016).
  30. Simone, R., Fratta, P., Neidle, S., Parkinson, G. N., Isaacs, A. M. G-quadruplexes: Emerging roles in neurodegenerative diseases and the non-coding transcriptome. FEBS Lett. 589 (14), 1653-1668 (2015).
  31. Balasubramanian, S., Hurley, L. H., Neidle, S. Targeting G-quadruplexes in gene promoters: a novel anticancer strategy? Nat Rev Drug Discov. 10 (4), 261-275 (2011).
  32. Amato, J., et al. Toward the Development of Specific G-Quadruplex Binders: Synthesis, Biophysical, and Biological Studies of New Hydrazone Derivatives. J Med Chem. 59 (12), 5706-5720 (2016).
  33. Wells, R. D. Non-B DNA conformations, mutagenesis and disease. Trends Biochem Sci. 32 (6), 271-278 (2007).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на использование текста или рисунков этого JoVE статьи

Запросить разрешение

Смотреть дополнительные статьи

127G quadruplexeshelicase

This article has been published

Video Coming Soon

JoVE Logo

Конфиденциальность

Условия эксплуатации

Политика

СВЯЖИТЕСЬ С НАМИ

РЕКОМЕНДОВАТЬ БИБЛИОТЕКЕ

НОВОСТИ JoVE

Исследования

Образование

АВТОРЫ

Библиотекарь

О JoVE

Авторские права © 2025 MyJoVE Corporation. Все права защищены