Для начала подключите портативное устройство для визуализации устьиц к компьютеру, оснащенному программным обеспечением для получения изображений. С помощью листа бумаги осторожно удалите капли воды с инокулированных синегнойной палочкой листьев растения Arabidopsis thaliana. Теперь откройте верхнюю крышку устройства, поместите створку на предметный столик и закройте крышку.
Отрегулируйте фокусировку с помощью винта регулятора и нажмите кнопку Сохранить изображение на компьютере, чтобы сделать снимок. Чтобы выполнить автоматическое измерение устьичной апертуры, откройте блокнот Google Colaboratory. Нажмите «Файл», а затем «Сохранить копию на диске», чтобы создать локальную копию на Google Диске.
Когда откроется новая вкладка, закройте вкладку исходной записной книжки. Нажмите кнопку «Выполнить» в разделе «Настройка среды» в блокноте, чтобы импортировать необходимые библиотеки, не разворачивая блоки ячеек. В разделе Настройки каталога создайте три папки на Google Диске для анализа.
Переместите полученные изображения в папку example_result, классифицируя их по обработке или образцу для окончательной генерации графика. Щелкните Скачать обученные модели, чтобы скачать файлы ONNX обученных моделей из Zenodo. Поместите загруженные файлы в каталог модели.
Запустите вывод и измерение части устьичной апертуры блокнота, чтобы количественно оценить устьичную апертуру по отдельным изображениям. Полученные изображения с наложенным выводом и example_result. CSV-файл будет экспортирован в каталог inference_results.
Выполните раздел Создание графика, чтобы создать график относительно апертуры устьиц. Экспортируйте этот график в каталог inference_results. Уменьшение устьичного отверстия у растений, инокулированных пто, по сравнению с растениями, получившими фиктивную инокуляцию, наблюдалось через один час после инокуляции.
Через три часа после заражения устьичное отверстие как у растений, привитых Pto, так и у растений, получивших фиктивную инокуляцию, было практически одинаковым. Автоматическое измерение апертуры устьиц заняло около пяти секунд для обработки одного изображения, что привело к сокращению времени измерения на 95%.
