Для начала откройте веб-браузер и перейдите по ссылке для доступа к функции Joint Pathway Analysis на веб-сайте MetaboAnalyst. Откройте папку, в которой сохранены выходные файлы реализации DeepOmicsAE, и откройте текстовые файлы с именем module_n. txt для каждого сгенерированного модуля сигнализации.
В текстовых файлах найдите список белков и скопируйте их. На веб-странице MetaboAnalyst вставьте скопированный список белков в окно белков гена с возможностью изменения сворачивания. Повторите то же самое для метаболитов, вставив их в составной список с невозможностью изменения сгиба окна на той же веб-странице.
Выберите соответствующий организм и тип идентификатора. Затем отправьте информацию, нажав «Отправить» внизу страницы. На следующей странице проверьте сопоставление идентификаторов, чтобы убедиться, что идентификаторы распознаются правильно, а затем нажмите кнопку Продолжить.
На странице Настройка параметров выберите Интегрированные метаболические пути или Все интегрированные пути, чтобы визуализировать вклад входных данных в метаболические или все сигнальные пути. На панели «Выбор алгоритма» выберите «Анализ обогащения», «Гипергеометрический тест»; Мера топологии, центральность степени; и метод интегрирования, объединение p значений на уровне пути. Нажмите «Отправить» внизу страницы.
На последней странице, Просмотр результатов, будут отображаться результаты анализа обогащения. Это включает в себя графики обогащенных путей на основе их влияния и значимости, а также табличный список путей. Интерпретация MetaboAnalyst сигнальных модулей, полученных с помощью DeepOmicsAE на наборе данных из образцов мозга здоровых пациентов или пациентов с болезнью Альцгеймера, показала, что для каждого сигнального модуля были обогащены различные метаболические и сигнальные пути.
Более того, характеристика взаимодействий, происходящих между клиническими признаками и сигнальными модулями, показала, что измененный метаболизм глицеролипидов у пациентов с болезнью Альцгеймера был связан с их полом и возрастом на момент смерти. И наоборот, изменения синапсов и функциональности аксонов, как правило, происходят у пациентов с болезнью Альцгеймера, независимо от их пола, уровня образования и продолжительности жизни.
