Для начала запустите программное обеспечение для обработки изображений, выберите файл, затем откройте данные и выберите ранее сгенерированные микрокомпьютерные томографические изображения в формате dot BMP. Когда откроется окно чтения параметров изображения, подтвердите параметры и примите их в случае их корректности. На главной панели нажмите на вид проекта, чтобы найти новый объект, созданный с именем файла dot BMP.
Щелкните правой кнопкой мыши по созданному объекту и выберите опцию орто-срез, затем нажмите создать. В разделе «Свойства» выберите плоскость ориентации и номер среза для просмотра. Чтобы получить 3D объемы полной головки в главной панели, перейдите в вид проекта, щелкните правой кнопкой мыши по объекту изображения, выберите опцию интерактивного порогового значения и нажмите кнопку Создать.
В разделе «Свойства» изменяйте значения минимального порогового значения RGB и максимального порогового значения RGB до тех пор, пока не будет выбрана часть изображения, соответствующая голове животного. Затем нажмите кнопку Применить. Щелкните правой кнопкой мыши по пороговому объекту, созданному в виде проекта.
В свойствах выберите изоповерхность, выберите пороговое значение для визуализации поверхности, затем нажмите кнопку Применить. Чтобы оцифровать ориентиры, щелкните правой кнопкой мыши по виду проекта, выберите «Создать объект», затем выберите точки и линии, за которыми следуют ориентиры, затем нажмите «Создать». Затем щелкните правой кнопкой мыши по новому объекту ориентиры.
Выберите вид достопримечательности и нажмите «Создать». В разделе Размер измените размер точки. Чтобы добавить ориентиры в свойствах, в режиме редактирования выберите «Добавить».
Оцифруйте пять равномерно распределенных точек вдоль кривых до следующей точки на пересечении коры среднего мозга, затем оцифруйте восемь полуточек вокруг коры. Чтобы сохранить оцифрованные точки, щелкните правой кнопкой мыши по ориентирам объекта и выберите «Сохранить данные». Чтобы сегментировать мозг, щелкните правой кнопкой мыши по виду проекта, затем создайте объект, выберите изображения и поля, а затем пометьте поле.
Нажмите на кнопку «Создать». Выберите объект поля метки и нажмите опцию редактора сегментации в свойствах. В разделе «Материалы» добавьте новый материал и переименуйте его в «мозг».
В разделе «Выделение» выберите текущий срез, чтобы сегментировать ткань, соответствующую мозгу в каждом срезе. В инструментах используйте волшебную палочку и кисть, чтобы выбрать мозговую ткань в каждом срезе. Затем в разделе «Выделение» нажмите «Добавить».
Теперь вернитесь к просмотру проекта, щелкните правой кнопкой мыши по полю метки и выберите «Создать поверхность», затем нажмите «Применить». Как только поверхность будет получена, примените extract surface для ее экспорта. С помощью микрокомпьютерной томографии, несмотря на небольшой размер мозга новорожденных мышей, можно различить анатомические структуры, такие как обонятельные луковицы, кора головного мозга, средний мозг, мозжечок и задний мозг.
Ручная сегментация всего мозга привела к 3D-модели реконструкции мозга новорожденных.
