После проведения иммуногистохимии тканей FFPE визуализируйте срезы с помощью цифрового сканера патологии. Запустите программу для выполнения спектрального размешивания аннотированных изображений. Выберите «Файл», затем нажмите «Открыть изображение» и выберите файлы QPTIFF, чтобы загрузить изображения в программу.
Разрешите загрузку в проект штампов, помеченных как информированные проекты. Загрузите файлы QPTIFF, подготовленные для компенсации автофлуоресценции. Выберите автофлуоресценцию на инструменте изображения, чтобы провести линию на изображении от неокрашенного предметного стекла через автофлуоресцентные структуры, такие как эритроциты и коллаген, для компенсации автофлуоресценции.
Затем перейдите в раздел «Редактировать маркеры и цвета». Назначьте имена маркеров, которые соответствуют флуорофору Opal, и настройте параметры цвета в соответствии с вашими предпочтениями. Выберите «Подготовить все» в левом нижнем углу интерфейса, чтобы начать размешивание флуорофоров.
Изучите все изображения, чтобы проверить видимость всех сигналов и успешное завершение процесса размикширования. Выберите значок глазного яблока, чтобы выключить, и включите все маркеры один за другим, чтобы проверить качество. Теперь перейдите на вкладку «Экспорт» и создайте новый пустой каталог экспорта, нажав кнопку «Обзор», расположенную под каталогом «Экспорт».
Выберите составное изображение и изображения компонентов мультиизображения TIFF на вкладке изображений для экспорта. Перейдите на вкладку «Пакетный анализ», расположенную вертикально слева для пакетной обработки слайдов, и выберите «Создать отдельные каталоги» для каждого элемента в разделе «Параметры экспорта». Чтобы добавить слайды для анализа, выберите файлы QPTIFF под кнопкой «Добавить слайды» и загрузите их в пакетный анализ.
Выберите Выполнить, чтобы начать пакетную обработку слайдов. Создайте новую папку, содержащую только файлы компонентов из спектрального несмешивания, обеспечив сохранение иерархической структуры папок. Запустите всю программу для просмотра слайдов.
Нажмите «Создать проект» слева и создайте или выберите новую пустую папку с подходящим именем. Затем нажмите «Автоматизировать» и выберите «Показать редактор скриптов». Скопируйте и вставьте существующий сценарий и измените его расположение, чтобы направить его в папку, содержащую все файлы компонентов слайдов.
Выберите Выполнить, чтобы начать процесс пакетной сшивки слайдов, а затем дождитесь его завершения. Теперь переместите недавно сгенерированные файлы OME TIFF в проект QuPath и сохраните их как новый проект. Когда появится новое окно, выберите «Установить тип изображения как флуоресцентный», затем нажмите кнопку «Импорт».
Перейдите в меню слева, выберите образец из списка и дважды кликните, чтобы открыть выбранный образец. Отрегулируйте интенсивность каналов, щелкнув значок «Контрастность», чтобы улучшить видимость. Выберите все каналы и выберите сброс.
Убедитесь, что автофлуоресценция выключена. Чтобы нарисовать область интереса или ROI для опухоли, нажмите значок контраста еще раз, а затем выберите «Показать оттенки серого». После этого выберите канал онкомаркера и отрегулируйте интенсивность для оптимальной видимости.
Нажмите инструмент «Кисть», чтобы нарисовать ROI вокруг опухоли. Нажмите на один инструмент и отрегулируйте ROI, нажимая клавишу Alt, чтобы сгладить ROI снаружи. Когда закончите, объедините все отдельные части опухоли в один ROI.
Щелкните правой кнопкой мыши аннотацию ROI в списке слева, выберите «Задать свойства» и укажите подходящее имя. Например, Tumor. Увеличьте ROI для инвазивного края из области опухоли, выбрав «Объекты», затем «Аннотации», а затем «Развернуть аннотации».
Выберите желаемый размер радиуса расширения. Выберите Удалить интерьер и ограничить родительский элемент. Нажмите на значок контраста, выберите автофлуоресцентный канал и отрегулируйте интенсивность для оптимальной видимости.
Нажмите палочку и отрегулируйте ROI, нажимая клавишу Alt, чтобы сгладить ROI снаружи и удалить любой фон, который не должен быть частью этого ROI. Щелкните правой кнопкой мыши аннотацию в списке слева. Затем выберите «Задать свойства», чтобы назначить ROI подходящее имя, например «инвазивное поле» или «IM».
При желании измените его цвет. Чтобы экспортировать аннотации, перейдите к параметру Файл, щелкните Данные объекта, Экспортировать как GeoJSON и выберите Экспортировать все объекты. Продолжайте использовать выбор по умолчанию при экспорте в качестве коллекции объектов и сохраните его в предпочтительном месте.
