Для начала откройте базу данных и аналитическую платформу систем традиционной китайской медицины. Введите лекарственный состав для Jiawei Shengjiang San, или JWSJS, и примените критерии скрининга. Затем с помощью базы данных извлеките цели, соответствующие ингредиентам.
Получите активные ингредиенты Bombyx batryticatus и Cicadidae Periostracum в базах данных традиционной китайской медицины и химического состава. После выбора соединений с номерами сервисных рефератов по химии загрузите 2D-схемы структуры активных ингредиентов от PubChem. С помощью SwissADME проверьте компоненты с высокой абсорбцией в желудочно-кишечном тракте как похожие на лекарства, два или более элемента которых являются да.
Импортируйте их в базу данных для прогнозирования целевого белка. В UniProt установите статус как рассмотренный и вид как человек, а также стандартизируйте целевые показатели. Ищите диабетическую нефропатию, или ДН, в различных базах данных и получайте мишени.
После объединения и дедупликации. Используя наше программное обеспечение 4.2.0, просмотрите общие цели JWSJS и DN для построения диаграмм Венна. Импортируйте активные ингредиенты и потенциальные мишени JWSJS в программное обеспечение Cytoscape 3.8.0 для создания диаграммы целевой сети ингредиентов лекарственных препаратов, которая визуализирует связь между лекарствами, ингредиентами, мишенями и болезнями.
Чтобы проанализировать пересекающиеся гены в платформе STRING, установите вид в Homo sapiens и минимальную требуемую оценку взаимодействия более 0,9 для построения сети с использованием режима анализа множественных белков. Используя Cytoscape 3.8.0, проанализируйте сеть топологически и вычислите центральность между ними, центральность близости, центральность степени, центральность собственного вектора, метод на основе локальной средней связности и значения центральности сети для каждого узла. Затем получите идентификаторы целей перекрестка с помощью orghs.eg.
пакет db. Использование профилировщика кластеров org.hs.eg. db, enrichplot и ggplot2, выполняют анализ обогащения.
Проведите скрининг для анализа обогащения функциональной онтологии генов по 10 основным биологическим объектам с скорректированным p-значением менее 0,05 и выберите 30 лучших путей с наибольшим обогащением для Киотской энциклопедии генов и анализа геномов. Выполните поиск в базе данных PubChem, чтобы получить файл SDF с 2D-структурой основных компонентов JWSJS. Используя программное обеспечение ChemBio3D Ultra 14.0, создайте и оптимизируйте его 3D-структуру.
Сохраните его в формате MOL2, чтобы использовать в качестве лигандного файла. Найдите и загрузите PDB-формат 3D-структуры основных мишеней из базы данных банка данных белков исследовательской совместной лаборатории структурной биоинформатики. Используя программное обеспечение PyMOL 2.4.0, удалите молекулы воды и лиганды из структуры белка и сохраните их в виде файла рецептора PDB.
Импортируйте файл рецепторного белка в программное обеспечение AutoDock Tools 1.5.7 для гидрирования и преобразуйте рецепторный белок и низкомолекулярный лиганд в формат PDBQT. Установите активный карман для рецепторного белка с коэффициентом расстояния, равным единице. Используя AutoDock Vina 1.2.0 для молекулярного докинга, рассчитайте энергию связывания.
Визуализируйте результаты стыковки с помощью программного обеспечения PyMOL 2.3.0 и LigPlot 2.2.5. Провести молекулярно-динамические или МД-исследования на трех наиболее перспективных производных лигандных комплексах и использовать водную среду SBC с 0,15 молярного натрия хлорида. Инициируйте фазу минимизации энергопотребления на 100 пикосекунд, используя стандартные параметры Desmond.
Обеспечьте стабильную температуру и давление 26,85 градуса Цельсия и 1,01325 бар во всех производственных системах с помощью цепи Ноуз-Гувера и методологий Мартины-Тобиаса-Кляйна. Выполните MD-моделирование в течение 100 наносекунд с временным шагом в две фемтосекунды, записывая атомные координаты каждые 100 пикосекунд. Откройте диаграмму взаимодействий моделирования или модуль SID и загрузите в него файлы с данными результатов моделирования.
После завершения анализа просмотрите и интерпретируйте результаты в интерфейсе модуля SID. Животному модельной группы вводят внутрибрюшинную инъекцию стрептозотоцина. Через 72 часа проверьте уровень сахара в крови с помощью забора крови из хвостовой вены.
Наблюдайте за гистопатологическими изменениями в почках крысы для подтверждения успешной модели ДНК. Затем вводите соответствующие препараты крысе через пероральный зонд один раз в день. Соберите образцы крови из брюшной аорты крысы, находящейся под наркозом.
Наконец, после усыпления крысы соберите почки для биохимического и микроскопического анализов. Периодическое кислотное окрашивание по Шиффу показало, что в модельной группе наблюдались увеличенные клубочковые объемы, утолщенная базальная мембрана и увеличенный мезангиальный матрикс по сравнению с нормальной группой. Эти патологические проявления были значительно облегчены в каждой группе приема препарата.
Просвечивающая электронная микроскопия показала, что базальная мембрана клубочков в модельной группе была утолщена по сравнению с нормальной группой. Микроскопические проявления у крыс в каждой группе введения были уменьшены в разной степени по сравнению с модельной группой. По сравнению с модельной группой наблюдалось значительное снижение экспрессии p-EGFR, p-MAPK3/1 и BAX, а также повышение экспрессии BCL-2 в тканях почек крыс каждой группы дозирования в различной степени.
